Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Tyck till om SwePub Sök här!

Sökning: WFRF:(Brouwer R. M.) > Community assessmen...

Menden, MP (författare)

Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen

Artikel/kapitelEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2019-06-17
Springer Science and Business Media LLC,2019

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:141113030
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:141113030URI
https://doi.org/10.1038/s41467-019-09799-2DOI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

The effectiveness of most cancer targeted therapies is short-lived. Tumors often develop resistance that might be overcome with drug combinations. However, the number of possible combinations is vast, necessitating data-driven approaches to find optimal patient-specific treatments. Here we report AstraZeneca’s large drug combination dataset, consisting of 11,576 experiments from 910 combinations across 85 molecularly characterized cancer cell lines, and results of a DREAM Challenge to evaluate computational strategies for predicting synergistic drug pairs and biomarkers. 160 teams participated to provide a comprehensive methodological development and benchmarking. Winning methods incorporate prior knowledge of drug-target interactions. Synergy is predicted with an accuracy matching biological replicates for >60% of combinations. However, 20% of drug combinations are poorly predicted by all methods. Genomic rationale for synergy predictions are identified, including ADAM17 inhibitor antagonism when combined with PIK3CB/D inhibition contrasting to synergy when combined with other PI3K-pathway inhibitors in PIK3CA mutant cells.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Wang, D (författare)
Mason, MJ (författare)
Szalai, B (författare)
Bulusu, KC (författare)
Guan, YF (författare)
Yu, T (författare)
Kang, J (författare)
Jeon, M (författare)
Wolfinger, R (författare)
Nguyen, T (författare)
Zaslavskiy, M (författare)
Jang, IS (författare)
Ghazoui, Z (författare)
Ahsen, ME (författare)
Vogel, R (författare)
Neto, EC (författare)
Norman, T (författare)
Tang, EKY (författare)
Garnett, MJ (författare)
Di Veroli, GY (författare)
Fawell, S (författare)
Stolovitzky, G (författare)
Guinney, J (författare)
Dry, JR (författare)
Saez-Rodriguez, J (författare)
Abante, J (författare)
Abecassis, BS (författare)
Aben, N (författare)
Aghamirzaie, D (författare)
Aittokallio, T (författare)
Akhtari, FS (författare)
Al-lazikani, B (författare)
Alam, T (författare)
Allam, A (författare)
Allen, C (författare)
de Almeida, MP (författare)
Altarawy, D (författare)
Alves, V (författare)
Amadoz, A (författare)
Anchang, B (författare)
Antolin, AA (författare)
Ash, JR (författare)
Aznar, VR (författare)
Ba-alawi, W (författare)
Bagheri, M (författare)
Bajic, V (författare)
Ball, G (författare)
Ballester, PJ (författare)
Baptista, D (författare)
Bare, C (författare)
Bateson, M (författare)
Bender, A (författare)
Bertrand, D (författare)
Wijayawardena, B (författare)
Boroevich, KA (författare)
Bosdriesz, E (författare)
Bougouffa, S (författare)
Bounova, G (författare)
Brouwer, T (författare)
Bryant, B (författare)
Calaza, M (författare)
Calderone, A (författare)
Calza, S (författare)
Capuzzi, S (författare)
Carbonell-Caballero, J (författare)
Carlin, D (författare)
Carter, H (författare)
Castagnoli, L (författare)
Celebi, R (författare)
Cesareni, G (författare)
Chang, H (författare)
Chen, GC (författare)
Chen, HR (författare)
Chen, HY (författare)
Cheng, LJ (författare)
Chernomoretz, A (författare)
Chicco, D (författare)
Cho, KH (författare)
Cho, S (författare)
Choi, D (författare)
Choi, J (författare)
Choi, K (författare)
Choi, M (författare)
De Cock, M (författare)
Coker, E (författare)
Cortes-Ciriano, I (författare)
Cserzo, M (författare)
Cubuk, C (författare)
Curtis, C (författare)
Van Daele, D (författare)
Dang, CC (författare)
Dijkstra, T (författare)
Dopazo, J (författare)
Draghici, S (författare)
Drosou, A (författare)
Dumontier, M (författare)
Ehrhart, F (författare)
Eid, FE (författare)
ElHefnawi, M (författare)
Elmarakeby, H (författare)
van Engelen, B (författare)
Engin, HB (författare)
de Esch, I (författare)
Evelo, C (författare)
Falcao, AO (författare)
Farag, S (författare)
Fernandez-Lozano, C (författare)
Fisch, K (författare)
Flobak, A (författare)
Fornari, C (författare)
Foroushani, ABK (författare)
Fotso, DC (författare)
Fourches, D (författare)
Friend, S (författare)
Frigessi, A (författare)
Gao, F (författare)
Gao, XT (författare)
Gerold, JM (författare)
Gestraud, P (författare)
Ghosh, S (författare)
Gillberg, J (författare)
Godoy-Lorite, A (författare)
Godynyuk, L (författare)
Godzik, A (författare)
Goldenberg, A (författare)
Gomez-Cabrero, DKarolinska Institutet (författare)
Gonen, M (författare)
de Graaf, C (författare)
Gray, H (författare)
Grechkin, M (författare)
Guimera, R (författare)
Guney, E (författare)
Haibe-Kains, B (författare)
Han, Y (författare)
Hase, T (författare)
He, D (författare)
He, LY (författare)
Heath, LS (författare)
Hellton, KH (författare)
Helmer-Citterich, M (författare)
Hidalgo, MR (författare)
Hidru, D (författare)
Hill, SM (författare)
Hochreiter, S (författare)
Hong, S (författare)
Hovig, E (författare)
Hsueh, YC (författare)
Hu, ZY (författare)
Huang, JK (författare)
Huang, RS (författare)
Hunyady, L (författare)
Hwang, J (författare)
Hwang, TH (författare)
Hwang, W (författare)
Hwang, Y (författare)
Isayev, O (författare)
Walk, OBD (författare)
Jack, J (författare)
Jahandideh, S (författare)
Ji, JD (författare)
Jo, Y (författare)
Kamola, PJ (författare)
Kanev, GK (författare)
Karacosta, L (författare)
Karimi, M (författare)
Kaski, S (författare)
Kazanov, M (författare)
Khamis, AM (författare)
Khan, SA (författare)
Kiani, NAKarolinska Institutet (författare)
Kim, A (författare)
Kim, J (författare)
Kim, J (författare)
Kim, K (författare)
Kim, K (författare)
Kim, S (författare)
Kim, Y (författare)
Kim, Y (författare)
Kirk, PDW (författare)
Kitano, H (författare)
Klambauer, G (författare)
Knowles, D (författare)
Ko, M (författare)
Kohn-Luque, A (författare)
Kooistra, AJ (författare)
Kuenemann, MA (författare)
Kuiper, M (författare)
Kurz, C (författare)
Kwon, M (författare)
van Laarhoven, T (författare)
Laegreid, A (författare)
Lederer, S (författare)
Lee, H (författare)
Lee, J (författare)
Lee, YW (författare)
Leppaho, E (författare)
Lewis, R (författare)
Li, J (författare)
Li, L (författare)
Liley, J (författare)
Lim, WK (författare)
Lin, C (författare)
Liu, YY (författare)
Lopez, Y (författare)
Low, J (författare)
Lysenko, A (författare)
Machado, D (författare)
Madhukar, N (författare)
De Maeyer, D (författare)
Malpartida, AB (författare)
Mamitsuka, H (författare)
Marabita, FKarolinska Institutet (författare)
Marchal, K (författare)
Marttinen, P (författare)
Mason, D (författare)
Mazaheri, A (författare)
Mehmood, A (författare)
Mehreen, A (författare)
Michaut, M (författare)
Miller, RA (författare)
Mitsopoulos, C (författare)
Modos, D (författare)
Van Moerbeke, M (författare)
Moo, K (författare)
Motsinger-Reif, A (författare)
Movva, R (författare)
Muraru, S (författare)
Muratov, E (författare)
Mushthofa, M (författare)
Nagarajan, N (författare)
Nakken, S (författare)
Nath, A (författare)
Neuvial, P (författare)
Newton, R (författare)
Ning, Z (författare)
De Niz, C (författare)
Oliva, B (författare)
Olsen, C (författare)
Palmeri, A (författare)
Panesar, B (författare)
Papadopoulos, S (författare)
Park, J (författare)
Park, S (författare)
Park, S (författare)
Pawitan, Y (författare)
Peluso, D (författare)
Pendyala, S (författare)
Peng, J (författare)
Perfetto, L (författare)
Pirro, S (författare)
Plevritis, S (författare)
Politi, R (författare)
Poon, H (författare)
Porta, E (författare)
Prellner, I (författare)
Preuer, K (författare)
Pujana, MA (författare)
Ramnarine, R (författare)
Reid, JE (författare)
Reyal, F (författare)
Richardson, S (författare)
Ricketts, C (författare)
Rieswijk, L (författare)
Rocha, M (författare)
Rodriguez-Gonzalvez, C (författare)
Roell, K (författare)
Rotroff, D (författare)
de Ruiter, JR (författare)
Rukawa, P (författare)
Sadacca, B (författare)
Safikhani, Z (författare)
Safitri, F (författare)
Sales-Pardo, M (författare)
Sauer, S (författare)
Schlichting, M (författare)
Seoane, JA (författare)
Serra, J (författare)
Shang, MMKarolinska Institutet (författare)
Sharma, A (författare)
Sharma, H (författare)
Shen, Y (författare)
Shiga, M (författare)
Shin, M (författare)
Shkedy, Z (författare)
Shopsowitz, K (författare)
Sinai, S (författare)
Skola, D (författare)
Smirnov, P (författare)
Soerensen, IF (författare)
Soerensen, P (författare)
Song, JH (författare)
Song, SO (författare)
Soufan, O (författare)
Spitzmueller, A (författare)
Steipe, B (författare)
Suphavilai, C (författare)
Tamayo, SP (författare)
Tamborero, DKarolinska Institutet (författare)
Tang, J (författare)
Tanoli, ZUR (författare)
Tarres-Deulofeu, M (författare)
Tegner, JKarolinska Institutet (författare)
Thommesen, L (författare)
Tonekaboni, SAM (författare)
Tran, H (författare)
De Troyer, E (författare)
Truong, A (författare)
Tsunoda, T (författare)
Turu, G (författare)
Tzeng, GY (författare)
Verbeke, L (författare)
Videla, S (författare)
Vis, D (författare)
Voronkov, A (författare)
Votis, K (författare)
Wang, A (författare)
Wang, HQH (författare)
Wang, PW (författare)
Wang, S (författare)
Wang, W (författare)
Wang, XC (författare)
Wang, X (författare)
Wennerberg, K (författare)
Wernisch, L (författare)
Wessels, L (författare)
van Westen, GJP (författare)
Westerman, BA (författare)
White, SR (författare)
Willighagen, E (författare)
Wurdinger, T (författare)
Xie, L (författare)
Xie, SL (författare)
Xu, H (författare)
Yadav, B (författare)
Yau, C (författare)
Yeerna, H (författare)
Yin, JW (författare)
Yu, M (författare)
Yu, M (författare)
Yun, SJ (författare)
Zakharov, A (författare)
Zamichos, A (författare)
Zanin, M (författare)
Zeng, L (författare)
Zenil, H (författare)
Zhang, F (författare)
Zhang, PY (författare)
Zhang, W (författare)
Zhao, HY (författare)
Zhao, L (författare)
Zheng, WJ (författare)
Zoufir, A (författare)
Zucknick, M (författare)
Karolinska Institutet (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Nature communications: Springer Science and Business Media LLC10:1, s. 2674-2041-1723

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Nature communications (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Menden, MP; Wang, D; Mason, MJ; Szalai, B; Bulusu, KC; Guan, YF; visa fler...; Yu, T; Kang, J; Jeon, M; Wolfinger, R; Nguyen, T; Zaslavskiy, M; Jang, IS; Ghazoui, Z; Ahsen, ME; Vogel, R; Neto, EC; Norman, T; Tang, EKY; Garnett, MJ; Di Veroli, GY; Fawell, S; Stolovitzky, G; Guinney, J; Dry, JR; Saez-Rodriguez, ...; Abante, J; Abecassis, BS; Aben, N; Aghamirzaie, D; Aittokallio, T; Akhtari, FS; Al-lazikani, B; Alam, T; Allam, A; Allen, C; de Almeida, MP; Altarawy, D; Alves, V; Amadoz, A; Anchang, B; Antolin, AA; Ash, JR; Aznar, VR; Ba-alawi, W; Bagheri, M; Bajic, V; Ball, G; Ballester, PJ; Baptista, D; Bare, C; Bateson, M; Bender, A; Bertrand, D; Wijayawardena, B; Boroevich, KA; Bosdriesz, E; Bougouffa, S; Bounova, G; Brouwer, T; Bryant, B; Calaza, M; Calderone, A; Calza, S; Capuzzi, S; Carbonell-Caball ...; Carlin, D; Carter, H; Castagnoli, L; Celebi, R; Cesareni, G; Chang, H; Chen, GC; Chen, HR; Chen, HY; Cheng, LJ; Chernomoretz, A; Chicco, D; Cho, KH; Cho, S; Choi, D; Choi, J; Choi, K; Choi, M; De Cock, M; Coker, E; Cortes-Ciriano, ...; Cserzo, M; Cubuk, C; Curtis, C; Van Daele, D; Dang, CC; Dijkstra, T; Dopazo, J; Draghici, S; Drosou, A; Dumontier, M; Ehrhart, F; Eid, FE; ElHefnawi, M; Elmarakeby, H; van Engelen, B; Engin, HB; de Esch, I; Evelo, C; Falcao, AO; Farag, S; Fernandez-Lozano ...; Fisch, K; Flobak, A; Fornari, C; Foroushani, ABK; Fotso, DC; Fourches, D; Friend, S; Frigessi, A; Gao, F; Gao, XT; Gerold, JM; Gestraud, P; Ghosh, S; Gillberg, J; Godoy-Lorite, A; Godynyuk, L; Godzik, A; Goldenberg, A; Gomez-Cabrero, D; Gonen, M; de Graaf, C; Gray, H; Grechkin, M; Guimera, R; Guney, E; Haibe-Kains, B; Han, Y; Hase, T; He, D; He, LY; Heath, LS; Hellton, KH; Helmer-Citterich ...; Hidalgo, MR; Hidru, D; Hill, SM; Hochreiter, S; Hong, S; Hovig, E; Hsueh, YC; Hu, ZY; Huang, JK; Huang, RS; Hunyady, L; Hwang, J; Hwang, TH; Hwang, W; Hwang, Y; Isayev, O; Walk, OBD; Jack, J; Jahandideh, S; Ji, JD; Jo, Y; Kamola, PJ; Kanev, GK; Karacosta, L; Karimi, M; Kaski, S; Kazanov, M; Khamis, AM; Khan, SA; Kiani, NA; Kim, A; Kim, J; Kim, K; Kim, S; Kim, Y; Kirk, PDW; Kitano, H; Klambauer, G; Knowles, D; Ko, M; Kohn-Luque, A; Kooistra, AJ; Kuenemann, MA; Kuiper, M; Kurz, C; Kwon, M; van Laarhoven, T; Laegreid, A; Lederer, S; Lee, H; Lee, J; Lee, YW; Leppaho, E; Lewis, R; Li, J; Li, L; Liley, J; Lim, WK; Lin, C; Liu, YY; Lopez, Y; Low, J; Lysenko, A; Machado, D; Madhukar, N; De Maeyer, D; Malpartida, AB; Mamitsuka, H; Marabita, F; Marchal, K; Marttinen, P; Mason, D; Mazaheri, A; Mehmood, A; Mehreen, A; Michaut, M; Miller, RA; Mitsopoulos, C; Modos, D; Van Moerbeke, M; Moo, K; Motsinger-Reif, ...; Movva, R; Muraru, S; Muratov, E; Mushthofa, M; Nagarajan, N; Nakken, S; Nath, A; Neuvial, P; Newton, R; Ning, Z; De Niz, C; Oliva, B; Olsen, C; Palmeri, A; Panesar, B; Papadopoulos, S; Park, J; Park, S; Pawitan, Y; Peluso, D; Pendyala, S; Peng, J; Perfetto, L; Pirro, S; Plevritis, S; Politi, R; Poon, H; Porta, E; Prellner, I; Preuer, K; Pujana, MA; Ramnarine, R; Reid, JE; Reyal, F; Richardson, S; Ricketts, C; Rieswijk, L; Rocha, M; Rodriguez-Gonzal ...; Roell, K; Rotroff, D; de Ruiter, JR; Rukawa, P; Sadacca, B; Safikhani, Z; Safitri, F; Sales-Pardo, M; Sauer, S; Schlichting, M; Seoane, JA; Serra, J; Shang, MM; Sharma, A; Sharma, H; Shen, Y; Shiga, M; Shin, M; Shkedy, Z; Shopsowitz, K; Sinai, S; Skola, D; Smirnov, P; Soerensen, IF; Soerensen, P; Song, JH; Song, SO; Soufan, O; Spitzmueller, A; Steipe, B; Suphavilai, C; Tamayo, SP; Tamborero, D; Tang, J; Tanoli, ZUR; Tarres-Deulofeu, ...; Tegner, J; Thommesen, L; Tonekaboni, SAM; Tran, H; De Troyer, E; Truong, A; Tsunoda, T; Turu, G; Tzeng, GY; Verbeke, L; Videla, S; Vis, D; Voronkov, A; Votis, K; Wang, A; Wang, HQH; Wang, PW; Wang, S; Wang, W; Wang, XC; Wang, X; Wennerberg, K; Wernisch, L; Wessels, L; van Westen, GJP; Westerman, BA; White, SR; Willighagen, E; Wurdinger, T; Xie, L; Xie, SL; Xu, H; Yadav, B; Yau, C; Yeerna, H; Yin, JW; Yu, M; Yun, SJ; Zakharov, A; Zamichos, A; Zanin, M; Zeng, L; Zenil, H; Zhang, F; Zhang, PY; Zhang, W; Zhao, HY; Zhao, L; Zheng, WJ; Zoufir, A; Zucknick, M; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Farmaceutiska ve ...

NATURVETENSKAP: NATURVETENSKAP; och Data och informa ...; och Bioinformatik

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Cancer och onkol ...

Artiklar i publikationen: Nature communica ...

Av lärosätet: Karolinska Institutet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se