Comparative performances of machine learning methods for classifying Crohn Disease patients using genome-wide genotyping data

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Tyck till om SwePub Sök här!

Sökning: WFRF:(Lindgren CM) > Örebro universitet > Comparative perform...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Romagnoni, ACentre de recherche sur l’inflammation UMR 1149, Inserm - Université Paris Diderot, Paris, France; Data Team, Département d’informatique de l’ENS, École normale supérieure, CNRS, PSL Research University, Paris, France (författare)

Comparative performances of machine learning methods for classifying Crohn Disease patients using genome-wide genotyping data

Artikel/kapitelEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

2019-07-17
Springer Science and Business Media LLC,2019

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:oai:prod.swepub.kib.ki.se:141395963
http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:141395963URI
https://doi.org/10.1038/s41598-019-46649-zDOI
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:oru:diva-75724URI

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska
Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

SwePubSwePub

Klassifikation

Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

Funding Agencies:Fondation pour la Recherche Medical DEI20151234405 Investissements d'Avenir programme ANR-11-IDEX-0005-02
Crohn Disease (CD) is a complex genetic disorder for which more than 140 genes have been identified using genome wide association studies (GWAS). However, the genetic architecture of the trait remains largely unknown. The recent development of machine learning (ML) approaches incited us to apply them to classify healthy and diseased people according to their genomic information. The Immunochip dataset containing 18,227 CD patients and 34,050 healthy controls enrolled and genotyped by the international Inflammatory Bowel Disease genetic consortium (IIBDGC) has been re-analyzed using a set of ML methods: penalized logistic regression (LR), gradient boosted trees (GBT) and artificial neural networks (NN). The main score used to compare the methods was the Area Under the ROC Curve (AUC) statistics. The impact of quality control (QC), imputing and coding methods on LR results showed that QC methods and imputation of missing genotypes may artificially increase the scores. At the opposite, neither the patient/control ratio nor marker preselection or coding strategies significantly affected the results. LR methods, including Lasso, Ridge and ElasticNet provided similar results with a maximum AUC of 0.80. GBT methods like XGBoost, LightGBM and CatBoost, together with dense NN with one or more hidden layers, provided similar AUC values, suggesting limited epistatic effects in the genetic architecture of the trait. ML methods detected near all the genetic variants previously identified by GWAS among the best predictors plus additional predictors with lower effects. The robustness and complementarity of the different methods are also studied. Compared to LR, non-linear models such as GBT or NN may provide robust complementary approaches to identify and classify genetic markers.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Jegou, S (författare)
Van Steen, K (författare)
Wainrib, G (författare)
Hugot, JP (författare)
Peyrin-Biroulet, L (författare)
Chamaillard, M (författare)
Colombel, JF (författare)
Cottone, M (författare)
D'Amato, MKarolinska Institutet (författare)
D'Inca, R (författare)
Halfvarson, Jonas,1970-Örebro universitet,Institutionen för medicinska vetenskaper(Swepub:oru)jshn (författare)
Henderson, P (författare)
Karban, A (författare)
Kennedy, NA (författare)
Khan, MA (författare)
Lemann, M (författare)
Levine, A (författare)
Massey, D (författare)
Milla, M (författare)
Ng, SME (författare)
Oikonomou, I (författare)
Peeters, H (författare)
Proctor, DD (författare)
Rahier, JF (författare)
Rutgeerts, P (författare)
Seibold, F (författare)
Stronati, L (författare)
Taylor, KM (författare)
Torkvist, LKarolinska Institutet (författare)
Ublick, K (författare)
Van Limbergen, J (författare)
Van Gossum, A (författare)
Vatn, MH (författare)
Zhang, H (författare)
Zhang, W (författare)
Andrews, JM (författare)
Bampton, PA (författare)
Barclay, M (författare)
Florin, TH (författare)
Gearry, R (författare)
Krishnaprasad, K (författare)
Lawrance, IC (författare)
Mahy, G (författare)
Montgomery, GW (författare)
Radford-Smith, G (författare)
Roberts, RL (författare)
Simms, LA (författare)
Hanigan, K (författare)
Croft, A (författare)
Amininijad, L (författare)
Cleynen, I (författare)
Dewit, O (författare)
Franchimont, D (författare)
Georges, M (författare)
Laukens, D (författare)
Theatre, E (författare)
Vermeire, S (författare)
Aumais, G (författare)
Baidoo, L (författare)
Barrie, AM (författare)
Beck, K (författare)
Bernard, EJ (författare)
Binion, DG (författare)
Bitton, A (författare)
Brant, SR (författare)
Cho, JH (författare)
Cohen, A (författare)
Croitoru, K (författare)
Daly, MJ (författare)
Datta, LW (författare)
Deslandres, C (författare)
Duerr, RH (författare)
Dutridge, D (författare)
Ferguson, J (författare)
Fultz, J (författare)
Goyette, P (författare)
Greenberg, GR (författare)
Haritunians, T (författare)
Jobin, G (författare)
Katz, S (författare)
Lahaie, RG (författare)
McGovern, DP (författare)
Nelson, L (författare)
Ng, SM (författare)
Ning, K (författare)
Pare, PThe Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, United Kingdom (författare)
Regueiro, MD (författare)
Rioux, JD (författare)
Ruggiero, E (författare)
Schumm, LP (författare)
Schwartz, M (författare)
Scott, R (författare)
Sharma, Y (författare)
Silverberg, MS (författare)
Spears, D (författare)
Steinhart, AH (författare)
Stempak, JM (författare)
Swoger, JM (författare)
Tsagarelis, C (författare)
Zhang, C (författare)
Zhao, HY (författare)
Aerts, J (författare)
Ahmad, T (författare)
Arbury, H (författare)
Attwood, A (författare)
Auton, A (författare)
Ball, SG (författare)
Balmforth, AJ (författare)
Barnes, C (författare)
Barrett, JC (författare)
Barroso, I (författare)
Barton, A (författare)
Bennett, AJ (författare)
Bhaskar, S (författare)
Blaszczyk, K (författare)
Bowes, J (författare)
Brand, OJ (författare)
Braund, PS (författare)
Bredin, F (författare)
Breen, G (författare)
Brown, MJ (författare)
Bruce, IN (författare)
Bull, J (författare)
Burren, OS (författare)
Burton, J (författare)
Byrnes, J (författare)
Caesar, S (författare)
Cardin, N (författare)
Clee, CM (författare)
Coffey, AJ (författare)
Mc Connell, J (författare)
Conrad, DF (författare)
Cooper, JD (författare)
Dominiczak, AF (författare)
Downes, K (författare)
Drummond, HE (författare)
Dudakia, D (författare)
Dunham, A (författare)
Ebbs, B (författare)
Eccles, D (författare)
Edkins, S (författare)
Edwards, C (författare)
Elliot, A (författare)
Emery, P (författare)
Evans, DM (författare)
Evans, G (författare)
Eyre, S (författare)
Farmer, A (författare)
Ferrier, IN (författare)
Flynn, E (författare)
Forbes, A (författare)
Forty, L (författare)
Franklyn, JA (författare)
Frayling, TM (författare)
Freathy, RM (författare)
Giannoulatou, E (författare)
Gibbs, P (författare)
Gilbert, P (författare)
Gordon-Smith, K (författare)
Gray, E (författare)
Green, E (författare)
Groves, CJ (författare)
Grozeva, D (författare)
Gwilliam, R (författare)
Hall, A (författare)
Hammond, N (författare)
Hardy, M (författare)
Harrison, P (författare)
Hassanali, N (författare)
Hebaishi, H (författare)
Hines, S (författare)
Hinks, A (författare)
Hitman, GA (författare)
Hocking, L (författare)
Holmes, C (författare)
Howard, E (författare)
Howard, P (författare)
Howson, JMM (författare)
Hughes, D (författare)
Hunt, S (författare)
Isaacs, JD (författare)
Jain, M (författare)
Jewell, DP (författare)
Johnson, T (författare)
Jolley, JD (författare)
Jones, IR (författare)
Jones, LA (författare)
Kirov, G (författare)
Langford, CF (författare)
Lango-Allen, H (författare)
Lathrop, GM (författare)
Lee, J (författare)
Lee, KL (författare)
Lees, C (författare)
Lewis, K (författare)
Lindgren, CM (författare)
Maisuria-Armer, M (författare)
Maller, J (författare)
Mansfield, J (författare)
Marchini, JL (författare)
Martin, P (författare)
Massey, DCO (författare)
McArdle, WL (författare)
McGuffin, P (författare)
McLay, KE (författare)
McVean, G (författare)
Mentzer, A (författare)
Mimmack, ML (författare)
Morgan, AE (författare)
Morris, AP (författare)
Mowat, C (författare)
Munroe, PB (författare)
Myers, S (författare)
Newman, W (författare)
Nimmo, ER (författare)
O'Donovan, MC (författare)
Onipinla, A (författare)
Ovington, NR (författare)
Owen, MJ (författare)
Palin, K (författare)
Palotie, A (författare)
Parnell, K (författare)
Pearson, R (författare)
Pernet, D (författare)
Perry, JRB (författare)
Phillips, A (författare)
Plagnol, V (författare)
Prescott, NJ (författare)
Prokopenko, I (författare)
Quail, MA (författare)
Rafelt, S (författare)
Rayner, NW (författare)
Reid, DM (författare)
Renwick, A (författare)
Ring, SM (författare)
Robertson, N (författare)
Robson, S (författare)
Russell, E (författare)
St Clair, D (författare)
Sambrook, JG (författare)
Sanderson, JD (författare)
Sawcer, SJ (författare)
Schuilenburg, H (författare)
Scott, CE (författare)
Scott, R (författare)
Seal, S (författare)
Shaw-Hawkins, S (författare)
Shields, BM (författare)
Simmonds, MJ (författare)
Smyth, DJ (författare)
Somaskantharajah, E (författare)
Spanova, K (författare)
Steer, S (författare)
Stephens, J (författare)
Stevens, HE (författare)
Stirrups, K (författare)
Stone, MA (författare)
Strachan, DP (författare)
Su, Z (författare)
Symmons, DPM (författare)
Thompson, JR (författare)
Thomson, W (författare)
Tobin, MD (författare)
Travers, ME (författare)
Turnbull, C (författare)
Vukcevic, D (författare)
Wain, L (författare)
Walker, M (författare)
Walker, NM (författare)
Wallace, C (författare)
Warren-Perry, M (författare)
Watkins, NA (författare)
Webster, J (författare)
Weedon, MN (författare)
Wilson, AG (författare)
Woodburn, M (författare)
Wordsworth, BP (författare)
Yau, C (författare)
Young, AH (författare)
Zeggini, E (författare)
Brown, MA (författare)
Burton, PR (författare)
Caulfield, MJ (författare)
Compston, A (författare)
Farrall, M (författare)
Gough, SCL (författare)
Hall, AS (författare)
Hattersley, AT (författare)
Hill, AVS (författare)
Mathew, CG (författare)
Pembrey, M (författare)
Satsangi, J (författare)
Stratton, MR (författare)
Worthington, J (författare)
Hurles, ME (författare)
Duncanson, A (författare)
Ouwehand, WH (författare)
Parkes, M (författare)
Rahman, N (författare)
Todd, JA (författare)
Samani, NJ (författare)
Kwiatkowski, DP (författare)
McCarthy, M (författare)
Craddock, N (författare)
Deloukas, P (författare)
Donnelly, P (författare)
Blackwell, JM (författare)
Bramon, E (författare)
Casas, JP (författare)
Corvin, A (författare)
Jankowski, J (författare)
Markus, HS (författare)
Palmer, CNA (författare)
Plomin, R (författare)
Rautanen, A (författare)
Trembath, RC (författare)
Viswanathan, AC (författare)
Wood, NW (författare)
Spencer, CCA (författare)
Band, G (författare)
Bellenguez, C (författare)
Freeman, C (författare)
Hellenthal, G (författare)
Pirinen, M (författare)
Strange, A (författare)
Blackburn, H (författare)
Bumpstead, SJ (författare)
Dronov, S (författare)
Gillman, M (författare)
Jayakumar, A (författare)
McCann, OT (författare)
Liddle, J (författare)
Potter, SC (författare)
Ravindrarajah, R (författare)
Ricketts, M (författare)
Waller, M (författare)
Weston, P (författare)
Widaa, S (författare)
Whittaker, P (författare)
Karolinska InstitutetCentre de recherche sur l’inflammation UMR 1149, Inserm - Université Paris Diderot, Paris, France; Data Team, Département d’informatique de l’ENS, École normale supérieure, CNRS, PSL Research University, Paris, France (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

Ingår i:Scientific reports: Springer Science and Business Media LLC9:1, s. 10351-2045-2322

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Scientific reports (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Romagnoni, A; Jegou, S; Van Steen, K; Wainrib, G; Hugot, JP; Peyrin-Biroulet, ...; visa fler...; Chamaillard, M; Colombel, JF; Cottone, M; D'Amato, M; D'Inca, R; Halfvarson, Jona ...; Henderson, P; Karban, A; Kennedy, NA; Khan, MA; Lemann, M; Levine, A; Massey, D; Milla, M; Ng, SME; Oikonomou, I; Peeters, H; Proctor, DD; Rahier, JF; Rutgeerts, P; Seibold, F; Stronati, L; Taylor, KM; Torkvist, L; Ublick, K; Van Limbergen, J; Van Gossum, A; Vatn, MH; Zhang, H; Zhang, W; Andrews, JM; Bampton, PA; Barclay, M; Florin, TH; Gearry, R; Krishnaprasad, K; Lawrance, IC; Mahy, G; Montgomery, GW; Radford-Smith, G; Roberts, RL; Simms, LA; Hanigan, K; Croft, A; Amininijad, L; Cleynen, I; Dewit, O; Franchimont, D; Georges, M; Laukens, D; Theatre, E; Vermeire, S; Aumais, G; Baidoo, L; Barrie, AM; Beck, K; Bernard, EJ; Binion, DG; Bitton, A; Brant, SR; Cho, JH; Cohen, A; Croitoru, K; Daly, MJ; Datta, LW; Deslandres, C; Duerr, RH; Dutridge, D; Ferguson, J; Fultz, J; Goyette, P; Greenberg, GR; Haritunians, T; Jobin, G; Katz, S; Lahaie, RG; McGovern, DP; Nelson, L; Ng, SM; Ning, K; Pare, P; Regueiro, MD; Rioux, JD; Ruggiero, E; Schumm, LP; Schwartz, M; Scott, R; Sharma, Y; Silverberg, MS; Spears, D; Steinhart, AH; Stempak, JM; Swoger, JM; Tsagarelis, C; Zhang, C; Zhao, HY; Aerts, J; Ahmad, T; Arbury, H; Attwood, A; Auton, A; Ball, SG; Balmforth, AJ; Barnes, C; Barrett, JC; Barroso, I; Barton, A; Bennett, AJ; Bhaskar, S; Blaszczyk, K; Bowes, J; Brand, OJ; Braund, PS; Bredin, F; Breen, G; Brown, MJ; Bruce, IN; Bull, J; Burren, OS; Burton, J; Byrnes, J; Caesar, S; Cardin, N; Clee, CM; Coffey, AJ; Mc Connell, J; Conrad, DF; Cooper, JD; Dominiczak, AF; Downes, K; Drummond, HE; Dudakia, D; Dunham, A; Ebbs, B; Eccles, D; Edkins, S; Edwards, C; Elliot, A; Emery, P; Evans, DM; Evans, G; Eyre, S; Farmer, A; Ferrier, IN; Flynn, E; Forbes, A; Forty, L; Franklyn, JA; Frayling, TM; Freathy, RM; Giannoulatou, E; Gibbs, P; Gilbert, P; Gordon-Smith, K; Gray, E; Green, E; Groves, CJ; Grozeva, D; Gwilliam, R; Hall, A; Hammond, N; Hardy, M; Harrison, P; Hassanali, N; Hebaishi, H; Hines, S; Hinks, A; Hitman, GA; Hocking, L; Holmes, C; Howard, E; Howard, P; Howson, JMM; Hughes, D; Hunt, S; Isaacs, JD; Jain, M; Jewell, DP; Johnson, T; Jolley, JD; Jones, IR; Jones, LA; Kirov, G; Langford, CF; Lango-Allen, H; Lathrop, GM; Lee, J; Lee, KL; Lees, C; Lewis, K; Lindgren, CM; Maisuria-Armer, ...; Maller, J; Mansfield, J; Marchini, JL; Martin, P; Massey, DCO; McArdle, WL; McGuffin, P; McLay, KE; McVean, G; Mentzer, A; Mimmack, ML; Morgan, AE; Morris, AP; Mowat, C; Munroe, PB; Myers, S; Newman, W; Nimmo, ER; O'Donovan, MC; Onipinla, A; Ovington, NR; Owen, MJ; Palin, K; Palotie, A; Parnell, K; Pearson, R; Pernet, D; Perry, JRB; Phillips, A; Plagnol, V; Prescott, NJ; Prokopenko, I; Quail, MA; Rafelt, S; Rayner, NW; Reid, DM; Renwick, A; Ring, SM; Robertson, N; Robson, S; Russell, E; St Clair, D; Sambrook, JG; Sanderson, JD; Sawcer, SJ; Schuilenburg, H; Scott, CE; Seal, S; Shaw-Hawkins, S; Shields, BM; Simmonds, MJ; Smyth, DJ; Somaskantharajah ...; Spanova, K; Steer, S; Stephens, J; Stevens, HE; Stirrups, K; Stone, MA; Strachan, DP; Su, Z; Symmons, DPM; Thompson, JR; Thomson, W; Tobin, MD; Travers, ME; Turnbull, C; Vukcevic, D; Wain, L; Walker, M; Walker, NM; Wallace, C; Warren-Perry, M; Watkins, NA; Webster, J; Weedon, MN; Wilson, AG; Woodburn, M; Wordsworth, BP; Yau, C; Young, AH; Zeggini, E; Brown, MA; Burton, PR; Caulfield, MJ; Compston, A; Farrall, M; Gough, SCL; Hall, AS; Hattersley, AT; Hill, AVS; Mathew, CG; Pembrey, M; Satsangi, J; Stratton, MR; Worthington, J; Hurles, ME; Duncanson, A; Ouwehand, WH; Parkes, M; Rahman, N; Todd, JA; Samani, NJ; Kwiatkowski, DP; McCarthy, M; Craddock, N; Deloukas, P; Donnelly, P; Blackwell, JM; Bramon, E; Casas, JP; Corvin, A; Jankowski, J; Markus, HS; Palmer, CNA; Plomin, R; Rautanen, A; Trembath, RC; Viswanathan, AC; Wood, NW; Spencer, CCA; Band, G; Bellenguez, C; Freeman, C; Hellenthal, G; Pirinen, M; Strange, A; Blackburn, H; Bumpstead, SJ; Dronov, S; Gillman, M; Jayakumar, A; McCann, OT; Liddle, J; Potter, SC; Ravindrarajah, R; Ricketts, M; Waller, M; Weston, P; Widaa, S; Whittaker, P; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

Artiklar i publikationen: Scientific repor ...

Av lärosätet: Karolinska Institutet; Örebro universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se