SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

WFRF:(Ewels Philip)
 

Sökning: WFRF:(Ewels Philip) > Arnqvist Göran > A chromosome-level ...

A chromosome-level assembly of the seed beetle Callosobruchus maculatus genome with annotation of its repetitive elements

Arnqvist, Göran, Professor, 1961- (författare)
Uppsala universitet,Zooekologi
Westerberg, Ivar, 1996- (författare)
Stockholms universitet,Uppsala universitet,Systematisk biologi,Stockholm Univ, Dept Ecol Environm & Plant Sci, SE-10691 Stockholm, Sweden,Institutionen för ekologi, miljö och botanik,Uppsala University, Sweden
Galbraith, James (författare)
Univ Adelaide, Sch Biol Sci, Adelaide 5005, Australia.;Univ Exeter, Fac Environm Sci & Econ, Cornwall TR10 9FE, England.
visa fler...
Sayadi, Ahmed (författare)
Uppsala universitet,Reumatologi
Scofield, Douglas G., 1966- (författare)
Uppsala universitet,Evolutionsbiologi,UPPMAX
Olsen, Remi-André, 1985- (författare)
Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Stockholm Univ, Dept Biochem & Biophys, Sci Life Lab, SE-10691 Stockholm, Sweden.
Immonen, Elina (författare)
Uppsala universitet,Evolutionsbiologi
Bonath, Franziska, 1985- (författare)
Stockholms universitet,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Institutionen för molekylär biovetenskap, Wenner-Grens institut,Stockholm Univ, Wenner Gren Inst, Dept Mol Biosci, Sci Life Lab, SE-10691 Stockholm, Sweden.
Ewels, Philip (författare)
Seqera Labs, Barcelona 08005, Spain.
Suh, Alexander (författare)
Uppsala universitet,Systematisk biologi
visa färre...
 (creator_code:org_t)
Oxford University Press, 2024
2024
Engelska.
Ingår i: G3. - : Oxford University Press. - 2160-1836. ; 14:2
Relaterad länk:
https://doi.org/10.1...
visa fler...
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
https://urn.kb.se/re...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Callosobruchus maculatus is a major agricultural pest of legume crops worldwide and an established model system in ecology and evolution. Yet, current molecular biological resources for this species are limited. Here, we employ Hi-C sequencing to generate a greatly improved genome assembly and we annotate its repetitive elements in a dedicated in-depth effort where we manually curate and classify the most abundant unclassified repeat subfamilies. We present a scaffolded chromosome-level assembly, which is 1.01 Gb in total length with 86% being contained within the 9 autosomes and the X chromosome. Repetitive sequences accounted for 70% of the total assembly. DNA transposons covered 18% of the genome, with the most abundant superfamily being Tc1-Mariner (9.75% of the genome). This new chromosome-level genome assembly of C. maculatus will enable future genetic and evolutionary studies not only of this important species but of beetles more generally.

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Evolutionsbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Evolutionary Biology (hsv//eng)

Nyckelord

Chrysomelidae
chromosome conformation capture
X chromosome assembly
transposable elements
Tc1-Mariner

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

  • G3 (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy