High-throughput and Cost-effective Chicken Genotyping Using Next-Generation Sequencing

doi:10.1038/srep26929

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Sökning: onr:"20161127" > High-throughput and...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Pértille, Fábio (författare)

High-throughput and Cost-effective Chicken Genotyping Using Next-Generation Sequencing

E-artikel/E-kapitelEngelska2016

Förlag, utgivningsår, omfång ...

Nature Publishing Group2016

Nummerbeteckningar

LIBRIS-ID:20161127
http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-128866uri
urn:nbn:se:liu:diva-128866urn
10.1038/srep26929doi

Kompletterande språkuppgifter

Språk:engelska

Ingår i deldatabas

deldatabas:Eplk_tEPLK

Anmärkningar

<p>Funding agencies: University of Sao Paulo from Sao Paulo Research Foundation (FAPESP) [2014/08704-0]; Embrapa Swine and Poultry National Research Center; ERC GeneWell project; PRODETAB project [038-01/01]; CAPES; CNPq; program Science Without Borders - National Council for</p>
Published
gratis
Chicken genotyping is becoming common practice in conventional animal breeding improvement.Despite the power of high-throughput methods for genotyping, their high cost limits large scale use inanimal breeding and selection. In the present paper we optimized the CornellGBS, an efficient and costeffectivegenotyping by sequence approach developed in plants, for its application in chickens. Herewe describe the successful genotyping of a large number of chickens (462) using CornellGBS approach.Genomic DNA was cleaved with the PstI enzyme, ligated to adapters with barcodes identifyingindividual animals, and then sequenced on Illumina platform. After filtering parameters were applied,134,528 SNPs were identified in our experimental population of chickens. Of these SNPs, 67,096 hada minimum taxon call rate of 90% and were considered ‘unique tags’. Interestingly, 20.7% of theseunique tags have not been previously reported in the dbSNP. Moreover, 92.6% of these SNPs wereconcordant with a previous Whole Chicken-genome re-sequencing dataset used for validation purposes.The application of CornellGBS in chickens showed high performance to infer SNPs, particularly inexonic regions and microchromosomes. This approach represents a cost-effective (~US$50/sample)and powerful alternative to current genotyping methods, which has the potential to improve wholegenomeselection (WGS), and genome-wide association studies (GWAS) in chicken production.

Ämnesord och genrebeteckningar

Natural Sciences hsv
Computer and Information Science hsv
Bioinformatics (Computational Biology) hsv
Naturvetenskap hsv
Data- och informationsvetenskap hsv
Bioinformatik (beräkningsbiologi) hsv

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

Guerrero-Bosagna, Carlos (författare)
da Silva, Vinicius Henrique (författare)
Boschiero, Clarissa (författare)
da Silva Nunes, José de Ribamar (författare)
Corrêa Ledur, Mônica (författare)
Jensen, Per (författare)
Lehmann Coutinho, Luiz (författare)
Linköpings universitetInstitutionen för fysik, kemi och biologi243422 (utgivare)
Linköpings universitetTekniska fakulteten (utgivare)

Sammanhörande titlar

Del av/supplement till:channel record
Ingår i:VärdpublikationScientific Reports62045-2322

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Scientific Reports (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Pértille, Fábio; Guerrero-Bosagna ...; da Silva, Vinici ...; Boschiero, Clari ...; da Silva Nunes, ...; Corrêa Ledur, Mô ...; visa fler...; Jensen, Per; Lehmann Coutinho ...; visa färre...

Av lärosätet: Swepub_uni:_t

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se