SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-168741"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-168741" > Inference and visua...

  • Haworth, Simon (författare)

Inference and visualization of phenome-wide causal relationships using genetic data : an application to dental caries and periodontitis

  • BokEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • Cold Spring Harbor Laboratory,2019
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:umu-168741
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-168741URI
  • https://doi.org/10.1101/865956DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:vet swepub-contenttype
  • Ämneskategori:ovr swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Background: Hypothesis-free Mendelian randomization studies provide a way to assess the causal relevance of a trait across the human phenome but can be limited by statistical power or complicated by horizontal pleiotropy. The recently described latent causal variable (LCV) approach provides an alternative method for casual inference which might be useful in hypothesis-free experiments.Methods: We developed an automated pipeline for phenome-wide tests using the LCV approach including steps to estimate partial genetic causality, filter to a meaningful set of estimates, apply correction for multiple testing and then present the findings in a graphical summary termed a causal architecture plot. We apply this process to body mass index and lipid traits as exemplars of traits where there is strong prior expectation for causal effects and dental caries and periodontitis as exemplars of traits where there is a need for causal inference.Results: The results for lipids and BMI suggest that these traits are best viewed as creating consequences on a multitude of traits and conditions, thus providing additional evidence that supports viewing these traits as targets for interventions to improve health. On the other hand, caries and periodontitis are best viewed as a downstream consequence of other traits and diseases rather than a cause of ill health.Conclusions: The automated process is available as part of the MASSIVE pipeline from the Complex-Traits Genetics Virtual Lab (https://vl.genoma.io) and results are available in (https://view.genoma.io). We propose causal architecture plots based on phenome-wide partial genetic causality estimates as a way visualizing the overall causal map of the human phenome.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Fang Kho, Pik (författare)
  • Lif Holgerson, PernillaUmeå universitet,Institutionen för odontologi(Swepub:umu)pealin91 (författare)
  • Hwang, Liang-Dar (författare)
  • Timpson, Nicholas J. (författare)
  • Rentería, Miguel E. (författare)
  • Johansson, IngegerdUmeå universitet,Institutionen för odontologi(Swepub:umu)injo0003 (författare)
  • Cuellar-Partida, Gabriel (författare)
  • Umeå universitetInstitutionen för odontologi (creator_code:org_t)

Internetlänk

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy