Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-154524" >
Exploiting Nucleoti...
-
Grabherr, Manfred G.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
(författare)
Exploiting Nucleotide Composition to Engineer Promoters
- Artikel/kapitelEngelska2011
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2011-05-18
-
Public Library of Science (PLoS),2011
-
printrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-154524
-
https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-154524URI
-
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0020136DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
Anmärkningar
-
The choice of promoter is a critical step in optimizing the efficiency and stability of recombinant protein production in mammalian cell lines. Artificial promoters that provide stable expression across cell lines and can be designed to the desired strength constitute an alternative to the use of viral promoters. Here, we show how the nucleotide characteristics of highly active human promoters can be modelled via the genome-wide frequency distribution of short motifs: by overlapping motifs that occur infrequently in the genome, we constructed contiguous sequence that is rich in GC and CpGs, both features of known promoters, but lacking homology to real promoters. We show that snippets from this sequence, at 100 base pairs or longer, drive gene expression in vitro in a number of mammalian cells, and are thus candidates for use in protein production. We further show that expression is driven by the general transcription factors TFIIB and TFIID, both being ubiquitously present across cell types, which results in less tissue-and species-specific regulation compared to the viral promoter SV40. We lastly found that the strength of a promoter can be tuned up and down by modulating the counts of GC and CpGs in localized regions. These results constitute a "proof-of-concept" for custom-designing promoters that are suitable for biotechnological and medical applications.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Pontiller, Jens
(författare)
-
Mauceli, Evan
(författare)
-
Ernst, Wolfgang
(författare)
-
Baumann, Martina
(författare)
-
Biagi, Tara
(författare)
-
Swofford, Ross
(författare)
-
Russell, Pamela
(författare)
-
Zody, Michael C.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi(Swepub:uu)miczo266
(författare)
-
Di Palma, Federica
(författare)
-
Lindblad-Toh, KerstinUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi(Swepub:uu)kerli865
(författare)
-
Grabherr, Reingard M.
(författare)
-
Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:PLoS One: Public Library of Science (PLoS)6:5, s. e20136-1932-6203
Internetlänk
Hitta via bibliotek
-
PLoS One
(Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Grabherr, Manfre ...
-
Pontiller, Jens
-
Mauceli, Evan
-
Ernst, Wolfgang
-
Baumann, Martina
-
Biagi, Tara
-
visa fler...
-
Swofford, Ross
-
Russell, Pamela
-
Zody, Michael C.
-
Di Palma, Federi ...
-
Lindblad-Toh, Ke ...
-
Grabherr, Reinga ...
-
visa färre...
- Artiklar i publikationen
-
PLoS One
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet