SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-196558"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-196558" > Genome reannotation...

  • Eckalbar, Walter L. (författare)

Genome reannotation of the lizard Anolis carolinensis based on 14 adult and embryonic deep transcriptomes

  • Artikel/kapitelEngelska2013

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2013-01-23
  • Springer Science and Business Media LLC,2013
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-196558
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-196558URI
  • https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-49DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Background: The green anole lizard, Anolis carolinensis, is a key species for both laboratory and field-based studies of evolutionary genetics, development, neurobiology, physiology, behavior, and ecology. As the first non-avian reptilian genome sequenced, A. carolinesis is also a prime reptilian model for comparison with other vertebrate genomes. The public databases of Ensembl and NCBI have provided a first generation gene annotation of the anole genome that relies primarily on sequence conservation with related species. A second generation annotation based on tissue-specific transcriptomes would provide a valuable resource for molecular studies. Results: Here we provide an annotation of the A. carolinensis genome based on de novo assembly of deep transcriptomes of 14 adult and embryonic tissues. This revised annotation describes 59,373 transcripts, compared to 16,533 and 18,939 currently for Ensembl and NCBI, and 22,962 predicted protein-coding genes. A key improvement in this revised annotation is coverage of untranslated region (UTR) sequences, with 79% and 59% of transcripts containing 5' and 3' UTRs, respectively. Gaps in genome sequence from the current A. carolinensis build (Anocar2.0) are highlighted by our identification of 16,542 unmapped transcripts, representing 6,695 orthologues, with less than 70% genomic coverage. Conclusions: Incorporation of tissue-specific transcriptome sequence into the A. carolinensis genome annotation has markedly improved its utility for comparative and functional studies. Increased UTR coverage allows for more accurate predicted protein sequence and regulatory analysis. This revised annotation also provides an atlas of gene expression specific to adult and embryonic tissues.

Ämnesord och genrebeteckningar

  • Annotation
  • Lizard
  • Anolis carolinensis
  • Transcriptome
  • Genome
  • RNA-Seq
  • Gene
  • Vertebrate
  • Embryo
  • Tissue-specific

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Hutchins, Elizabeth D. (författare)
  • Markov, Glenn J. (författare)
  • Allen, April N. (författare)
  • Corneveaux, Jason J. (författare)
  • Lindblad-Toh, KerstinUppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)kerli865 (författare)
  • Di Palma, Federica (författare)
  • Alfoeldi, Jessica (författare)
  • Huentelman, Matthew J. (författare)
  • Kusumi, Kenro (författare)
  • Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:BMC Genomics: Springer Science and Business Media LLC14, s. 49-1471-2164

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy