SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/267992"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/267992" > A genome-wide assoc...

  • Chen, X.Karolinska Institute,Karolinska Institutet (författare)

A genome-wide association study of IgM antibody against phosphorylcholine: shared genetics and phenotypic relationship to chronic lymphocytic leukemia

  • Artikel/kapitelEngelska2018

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2018-03-14
  • Oxford University Press (OUP),2018

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:gup.ub.gu.se/267992
  • https://gup.ub.gu.se/publication/267992URI
  • https://doi.org/10.1093/hmg/ddy094DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-356866URI
  • http://kipublications.ki.se/Default.aspx?queryparsed=id:138201566URI
  • https://lup.lub.lu.se/record/6dc51f50-27d7-4c98-b6b9-8a125299b794URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • Phosphorylcholine (PC) is an epitope on oxidized low-density lipoprotein (oxLDL), apoptotic cells and several pathogens like Streptococcus pneumoniae. Immunoglobulin M against PC (IgM anti-PC) has the ability to inhibit uptake of oxLDL by macrophages and increase clearance of apoptotic cells. From our genome-wide association studies (GWASs) in four European-ancestry cohorts, six single nucleotide polymorphisms (SNPs) in 11q24.1 were discovered (in 3002 individuals) and replicated (in 646 individuals) to be associated with serum level of IgM anti-PC (the leading SNP rs35923643-G, combined beta = 0.19, 95% confidence interval 0.13-0.24, P = 4.3 x 10-11). The haplotype tagged by rs35923643-G (or its proxy SNP rs735665-A) is also known as the top risk allele for chronic lymphocytic leukemia (CLL), and a main increasing allele for general IgM. By using summary GWAS results of IgM anti-PC and CLL in the polygenic risk score (PRS) analysis, PRS on the basis of IgM anti-PC risk alleles positively associated with CLL risk (explained 0.6% of CLL variance, P = 1.2 x 10-15). Functional prediction suggested that rs35923643-G might impede the binding of Runt-related transcription factor 3, a tumor suppressor playing a central role in the immune regulation of cancers. Contrary to the expectations from the shared genetics between IgM anti-PC and CLL, an inverse relationship at the phenotypic level was found in a nested case-control study (30 CLL cases with 90 age- and sex-matched controls), potentially reflecting reverse causation. The suggested function of the top variant as well as the phenotypic association between IgM anti-PC and CLL risk needs replication and motivates further studies.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Gustafsson, StefanUppsala University,Uppsala universitet,Molekylär epidemiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)stegu732 (författare)
  • Whitington, T.Karolinska Institute (författare)
  • Borné, YanLund University,Lunds universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)med-boy (författare)
  • Lorentzen, Erik,1974University of Gothenburg,Gothenburg University,Göteborgs universitet,Core Facilities, Bioinformatics,Core Facilities, Bioinformatics,Gothenburg Univ, Dept Bioinformat, Gothenburg, Sweden(Swepub:gu)xjacer (författare)
  • Sun, J.Karolinska Institute (författare)
  • Almgren, PeterLund University,Lunds universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)endo-pal (författare)
  • Su, J. (författare)
  • Karlsson, R.Karolinska Institute,Karolinska Institutet (författare)
  • Song, J.Karolinska Institute,Karolinska Institutet (författare)
  • Lu, Y.Karolinska Institute,Karolinska Institutet,QIMR Berghofer Medical Research Institute (författare)
  • Zhan, Y.Karolinska Institute,Karolinska Institutet (författare)
  • Hagg, S.Karolinska Institute,Karolinska Institutet (författare)
  • Svensson, P.Karolinska Institute,Karolinska Institutet,Stockholm South General Hospital (författare)
  • Smedby, K. E.Karolinska Institute,Karolinska Institutet (författare)
  • Lind, LarsKarolinska Institute,Uppsala University,Karolinska Institutet,Uppsala universitet,Kardiovaskulär epidemiologi,Karolinska Inst, Dept Med Epidemiol & Biostat, Nobels Vag 12A,POB 281, SE-17177 Stockholm, Sweden,Mayo Clinic Minnesota(Swepub:uu)larslind (författare)
  • Ingelsson, Erik,1975-Uppsala University,Uppsala universitet,Molekylär epidemiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Stanford Univ, Dept Med, Sch Med, Div Cardiovasc Med,Cardiovasc Inst, Stanford, CA 94305 USA,Stanford University(Swepub:uu)ering425 (författare)
  • Lindgren, C. M.Univ Oxford, Wellcome Trust Ctr Human Genet, Oxford, England;Broad Inst MIT & Harvard Univ, Cambridge, MA USA,Wellcome Trust Centre for Human Genetics,Broad Institute (författare)
  • Morris, A. P.Univ Oxford, Wellcome Trust Ctr Human Genet, Oxford, England;Univ Liverpool, Dept Biostat, Liverpool, Merseyside, England,Wellcome Trust Centre for Human Genetics,University of Liverpool (författare)
  • Melander, OlleLund University,Lunds universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)endo-ome (författare)
  • Karlsson, Thomas,1956Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för samhällsmedicin och folkhälsa, enheten för hälsometri,Institute of Medicine, Department of Public Health and Community Medicine, Health Metrics,Gothenburg Univ, Sahlgrenska Acad, Inst Med, Hlth Metr, Gothenburg, Sweden,Sahlgrenska Academy(Swepub:gu)xkarth (författare)
  • de Faire, U.Karolinska Institute,Karolinska Institutet (författare)
  • Caidahl, Kenneth,1949Karolinska Institute,Karolinska Institutet,Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för medicin, avdelningen för molekylär och klinisk medicin,Institute of Medicine, Department of Molecular and Clinical Medicine,Gothenburg Univ, Sahlgrenska Acad, Inst Med, Dept Mol & Clin Med, Gothenburg, Sweden;Karolinska Inst, Dept Mol Med & Surg, Stockholm, Sweden,Sahlgrenska Academy(Swepub:gu)xcaike (författare)
  • Engström, GunnarLund University,Lunds universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine(Swepub:lu)smi-gen (författare)
  • Lind, L. (författare)
  • Karlsson, M. C. I.Karolinska Institute,Karolinska Institutet (författare)
  • Pedersen, N. L. (författare)
  • Frostegard, J.Karolinska Institute,Karolinska Institutet,Karolinska University Hospital (författare)
  • Magnusson, P. K. E.Karolinska Institute,Karolinska Institutet (författare)
  • Karolinska InstituteKarolinska Institutet (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Human Molecular Genetics: Oxford University Press (OUP)27:10, s. 1809-18180964-69061460-2083

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy