Transcriptome and regulatory maps of decidua-derived stromal cells inform gene discovery in preterm birth.

Tyck till om SwePub Sök här!

While a genetic component of preterm birth (PTB) has long been recognized and recently mapped by genome-wide association studies (GWASs), the molecular determinants underlying PTB remain elusive. This stems in part from an incomplete availability of functional genomic annotations in human cell types relevant to pregnancy and PTB. We generated transcriptome (RNA-seq), epigenome (ChIP-seq of H3K27ac, H3K4me1, and H3K4me3 histone modifications), open chromatin (ATAC-seq), and chromatin interaction (promoter capture Hi-C) annotations of cultured primary decidua-derived mesenchymal stromal/stem cells and in vitro differentiated decidual stromal cells and developed a computational framework to integrate these functional annotations with results from a GWAS of gestational duration in 56,384 women. Using these resources, we uncovered additional loci associated with gestational duration and target genes of associated loci. Our strategy illustrates how functional annotations in pregnancy-relevant cell types aid in the experimental follow-up of GWAS for PTB and, likely, other pregnancy-related conditions.

Aneas, Ivy (författare)
Knoblauch, Nicholas (författare)
Sobreira, Debora R (författare)
Clark, Nicole (författare)
Paz, Cristina (författare)
Horth, Cynthia (författare)
Ziffra, Ryan (författare)
Kaur, Harjot (författare)
Liu, Xiao (författare)
Anderson, Rebecca (författare)
Morrison, Jean (författare)
Cheung, Virginia C (författare)
Grotegut, Chad (författare)
Reddy, Timothy E (författare)
Jacobsson, Bo,1960Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för obstetrik och gynekologi,Institute of Clinical Sciences, Department of Obstetrics and Gynecology(Swepub:gu)xjacbo (författare)
Hallman, Mikko (författare)
Teramo, Kari (författare)
Murtha, Amy (författare)
Kessler, John (författare)
Grobman, William (författare)
Zhang, Ge (författare)
Muglia, Louis J (författare)
Rana, Sarosh (författare)
Lynch, Vincent J (författare)
Crawford, Gregory E (författare)
Ober, Carole (författare)
He, Xin (författare)
Nóbrega, Marcelo A (författare)
Göteborgs universitetInstitutionen för kliniska vetenskaper, Avdelningen för obstetrik och gynekologi (creator_code:org_t)

Ingår i:Science advances: American Association for the Advancement of Science (AAAS)6:492375-2548

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Reproduktionsmed ...

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.