SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:a3bb558f-a028-44a5-88aa-2154baba8cc5"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:a3bb558f-a028-44a5-88aa-2154baba8cc5" > Systematic analyses...

  • Dai, JunchengNanjing Medical University (författare)

Systematic analyses of regulatory variants in DNase I hypersensitive sites identified two novel lung cancer susceptibility loci

  • Artikel/kapitelEngelska2019

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2019-01-09
  • Oxford University Press (OUP),2019
  • 9 s.

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:a3bb558f-a028-44a5-88aa-2154baba8cc5
  • https://lup.lub.lu.se/record/a3bb558f-a028-44a5-88aa-2154baba8cc5URI
  • https://doi.org/10.1093/carcin/bgy187DOI
  • https://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:umu:diva-161610URI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype
  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype

Anmärkningar

  • DNase I hypersensitive sites (DHS) are abundant in regulatory elements, such as promoter, enhancer and transcription factor binding sites. Many studies have revealed that disease-associated variants were concentrated in DHS-related regions. However, limited studies are available on the roles of DHS-related variants in lung cancer. In this study, we performed a large-scale case-control study with 20 871 lung cancer cases and 15 971 controls to evaluate the associations between regulatory genetic variants in DHS and lung cancer susceptibility. The expression quantitative trait loci (eQTL) analysis and pathway-enrichment analysis were performed to identify the possible target genes and pathways. In addition, we performed motif-based analysis to explore the lung-cancer-related motifs using sequence kernel association test. Two novel variants, rs186332 in 20q13.3 (C>T, odds ratio [OR] = 1.17, 95% confidence interval [95% CI]: 1.10-1.24, P = 8.45 × 10-7) and rs4839323 in 1p13.2 (T>C, OR = 0.92, 95% CI: 0.89-0.95, P = 1.02 × 10-6) showed significant association with lung cancer risk. The eQTL analysis suggested that these two SNPs might regulate the expression of MRGBP and SLC16A1, respectively. What's more, the expression of both MRGBP and SLC16A1 was aberrantly elevated in lung tumor tissues. The motif-based analysis identified 10 motifs related to the risk of lung cancer (P < 1.71 × 10-4). Our findings suggested that variants in DHS might modify lung cancer susceptibility through regulating the expression of surrounding genes. This study provided us a deeper insight into the roles of DHS-related genetic variants for lung cancer.

Ämnesord och genrebeteckningar

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Li, ZhihuaFirst Affiliated Hospital of Nanjing Medical University,Nanjing Medical University (författare)
  • Amos, Christopher I.Dartmouth College (författare)
  • Hung, Rayjean J.University of Toronto,Sinai Health System (författare)
  • Tardon, AdoninaUniversity of Oviedo,CIBER Epidemiology and Public Health (CIBERESP) (författare)
  • Andrew, Angeline S.Norris Cotton Cancer Center (författare)
  • Chen, ChuFred Hutchinson Cancer Research Center,Harvard University,Vanderbilt University (författare)
  • Christiani, David C.Harvard University (författare)
  • Albanes, DemetriosNational Cancer Institute, USA (författare)
  • van der Heijden, Erik H.F.M.Radboud University Medical Center (författare)
  • Duell, Eric J.Catalan Institute of Oncology (författare)
  • Rennert, GadCarmel Medical Center (författare)
  • Mckay, James D.International Agency for Research on Cancer, World Health Organization (författare)
  • Yuan, Jian MinUniversity of Pittsburgh Cancer Institute (författare)
  • Field, John K.University of Liverpool (författare)
  • Manjer, JonasLund University,Lunds universitet,Kirurgi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Surgery,Lund University Research Groups,Skåne University Hospital(Swepub:lu)smi-jma (författare)
  • Grankvist, KjellUmeå universitet,Umeå University,Klinisk kemi(Swepub:umu)kjgr0002 (författare)
  • Le Marchand, LoicUniversity of Hawaii at Manoa (författare)
  • Teare, M. DawnUniversity of Sheffield (författare)
  • Schabath, Matthew B.H. Lee Moffitt Cancer Center & Research Institute (författare)
  • Aldrich, Melinda C.Vanderbilt University (författare)
  • Tsao, Ming SoundPrincess Margaret Hospital University of Toronto (författare)
  • Lazarus, PhilipWashington State University (författare)
  • Lam, StephenBritish Columbia Cancer Agency (författare)
  • Bojesen, Stig E.Gentofte Hospital,University of Copenhagen (författare)
  • Arnold, SusanneUniversity of Kentucky Medical Center (författare)
  • Wu, XifengUniversity of Texas (författare)
  • Haugen, AageNational Institute of Occupational Health, Norway (författare)
  • Janout, VladimirPalacký University (författare)
  • Johansson, MikaelUmeå universitet,Umeå University,Onkologi(Swepub:umu)mijo0025 (författare)
  • Brhane, YonathanSinai Health System,University of Toronto (författare)
  • Fernandez-Somoano, AnaCIBER Epidemiology and Public Health (CIBERESP),University of Oviedo (författare)
  • Kiemeney, Lambertus A.Radboud University Medical Center (författare)
  • Davies, Michael P.A.University of Liverpool (författare)
  • Zienolddiny, ShanbehNational Institute of Occupational Health, Norway (författare)
  • Hu, ZhibinNanjing Medical University (författare)
  • Shen, HongbingNanjing Medical University (författare)
  • Nanjing Medical UniversityFirst Affiliated Hospital of Nanjing Medical University (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:Carcinogenesis: Oxford University Press (OUP)40:3, s. 432-4400143-33341460-2180

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy