Tyck till om SwePub Sök här!
onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-128488"
Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:kth-128488" > Lennard-Jones Latti...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Lennard-Jones Lattice Summation in Bilayer Simulations Has Critical Effects on Surface Tension and Lipid Properties
-
- Wennberg, Christian L. (författare)
- KTH,Beräkningsbiofysik,SeRC - Swedish e-Science Research Centre
-
- Murtola, Teemu (författare)
- KTH,Teoretisk fysik,SeRC - Swedish e-Science Research Centre
-
- Hess, Berk (författare)
- KTH,Teoretisk fysik,SeRC - Swedish e-Science Research Centre
- visa fler...
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- 2013-07-09
- 2013
- Engelska.
- Ingår i: Journal of Chemical Theory and Computation. - : American Chemical Society (ACS). - 1549-9618 .- 1549-9626. ; 9:8, s. 3527-3537
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- The accuracy of electrostatic interactions in molecular dynamics advanced tremendously with the introduction of particle-mesh Ewald (PME) summation almost 20 years ago. Lattice summation electrostatics is now the de facto standard for most types of biomolecular simulations, and in particular, for lipid bilayers, it has been a critical improvement due to the large charges typically present in zwitterionic lipid headgroups. In contrast, Lennard-Jones interactions have continued to be handled with increasingly longer cutoffs, partly because few alternatives have been available despite significant difficulties in tuning cutoffs and parameters to reproduce lipid properties. Here, we present a new Lennard-Jones PME implementation applied to lipid bilayers. We confirm that long-range contributions are well approximated by dispersion corrections in simple systems such as pentadecane (which makes parameters transferable), but for inhomogeneous and anisotropic systems such as lipid bilayers there are large effects on surface tension, resulting in up to 5.5% deviations in area per lipid and order parameters-far larger than many differences for which reparameterization has been attempted. We further propose an approximation for combination rules in reciprocal space that significantly reduces the computational cost of Lennard-Jones PME and makes accurate treatment of all nonbonded interactions competitive with simulations employing long cutoffs. These results could potentially have broad impact on important applications such as membrane proteins and free energy calculations.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Kemi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Chemical Sciences (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Kemi -- Fysikalisk kemi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Chemical Sciences -- Physical Chemistry (hsv//eng)
- NATURVETENSKAP -- Fysik -- Atom- och molekylfysik och optik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Physical Sciences -- Atom and Molecular Physics and Optics (hsv//eng)
Nyckelord
- Molecular-Dynamics Simulations
- Isotropic Periodic Sum
- Particle Mesh Ewald
- Atom Force-Field
- Electrostatic Interactions
- Liquid Water
- Potentials
- Temperature
- Truncation
- Parameters
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
- Journal of Chemical Theory and Computation (Sök värdpublikationen i LIBRIS)
Till lärosätets databas
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Wennberg, Christ ...
- Murtola, Teemu
- Hess, Berk
- Lindahl, Erik
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Kemi
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Kemi
- och Fysikalisk kemi
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Fysik
- och Atom och molekyl ...
- Artiklar i publikationen
- Journal of Chemi ...
- Av lärosätet
- Kungliga Tekniska Högskolan
- Stockholms universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
