Tyck till om SwePub Sök här!
onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-191043"
Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-191043" >
- 1 av
- Föregående post
- Till träfflistan
Evaluation of Database Search Programs for Accurate Detection of Neuropeptides in Tandem Mass Spectrometry Experiments
- Akhtar, Malik N. (författare)
- Southey, Bruce R. (författare)
-
- Andrén, Per E. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,medicinsk masspektrometri
- visa fler...
- Sweedler, Jonathan V. (författare)
- Rodriguez-Zas, Sandra L. (författare)
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- 2012-11-06
- Engelska.
- Ingår i: Journal of Proteome Research. - : American Chemical Society (ACS). - 1535-3893 .- 1535-3907. ; 11:12, s. 6044-6055
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Neuropeptide identification in mass spectrometry experiments using database search programs developed for proteins is challenging. Unlike proteins, the detection of the complete sequence using a single spectrum is required to identify neuropeptides or prohormone peptides. This study compared the performance of three open-source programs used to identify proteins, OMSSA, X!Tandem and Crux, to identify prohormone peptides. From a target database of 7850 prohormone peptides, 23550 query spectra were simulated across different scenarios. Crux was the only program that correctly matched all peptides regardless of p-value and at p-value < 1 X 10(-2), 33%, 64%, and >75%, of the 5, 6, and >= 7 amino acid-peptides were detected. Crux also had the best performance in the identification of peptides from chimera spectra and in a variety of missing ion scenarios. OMSSA, X!Tandem and Crux correctly detected 98.9% (99.9%), 93.9% (97.4%) and 88.7% (98.3%) of the peptides at E- or p-value < 1 X 10(-6) (< 1 X 10(-2)), respectively. OMSSA and X! Tandem outperformed the other programs in significance level and computational speed, respectively. A consensus approach is not recommended because some prohormone peptides were only identified by one program.
Nyckelord
- peptidomics
- database search program
- prohormones
- Crux
- X!Tandem
- OMSSA
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Till lärosätets databas
- 1 av
- Föregående post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Akhtar, Malik N.
- Southey, Bruce R ...
- Andrén, Per E.
- Sweedler, Jonath ...
- Rodriguez-Zas, S ...
- Artiklar i publikationen
- Journal of Prote ...
- Av lärosätet
- Uppsala universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
