Sökning: onr:"swepub:oai:lup.lub.lu.se:040d57c3-4c19-4bab-8cf4-6ce3342cc141" >
Informed Conditioni...
-
Zaitlen, Noah
(författare)
Informed Conditioning on Clinical Covariates Increases Power in Case-Control Association Studies
- Artikel/kapitelEngelska2012
Förlag, utgivningsår, omfång ...
-
2012-11-08
-
Public Library of Science (PLoS),2012
-
electronicrdacarrier
Nummerbeteckningar
-
LIBRIS-ID:oai:lup.lub.lu.se:040d57c3-4c19-4bab-8cf4-6ce3342cc141
-
https://lup.lub.lu.se/record/3577222URI
-
https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1003032DOI
Kompletterande språkuppgifter
-
Språk:engelska
-
Sammanfattning på:engelska
Ingår i deldatabas
Klassifikation
-
Ämneskategori:art swepub-publicationtype
-
Ämneskategori:ref swepub-contenttype
Anmärkningar
-
Genetic case-control association studies often include data on clinical covariates, such as body mass index (BMI), smoking status, or age, that may modify the underlying genetic risk of case or control samples. For example, in type 2 diabetes, odds ratios for established variants estimated from low-BMI cases are larger than those estimated from high-BMI cases. An unanswered question is how to use this information to maximize statistical power in case-control studies that ascertain individuals on the basis of phenotype (case-control ascertainment) or phenotype and clinical covariates (case-controlcovariate ascertainment). While current approaches improve power in studies with random ascertainment, they often lose power under case-control ascertainment and fail to capture available power increases under case-control-covariate ascertainment. We show that an informed conditioning approach, based on the liability threshold model with parameters informed by external epidemiological information, fully accounts for disease prevalence and non-random ascertainment of phenotype as well as covariates and provides a substantial increase in power while maintaining a properly controlled falsepositive rate. Our method outperforms standard case-control association tests with or without covariates, tests of gene x covariate interaction, and previously proposed tests for dealing with covariates in ascertained data, with especially large improvements in the case of case-control-covariate ascertainment. We investigate empirical case-control studies of type 2 diabetes, prostate cancer, lung cancer, breast cancer, rheumatoid arthritis, age-related macular degeneration, and end-stage kidney disease over a total of 89,726 samples. In these datasets, informed conditioning outperforms logistic regression for 115 of the 157 known associated variants investigated (P-value = 1x10(-9)). The improvement varied across diseases with a 16% median increase in chi(2) test statistics and a commensurate increase in power. This suggests that applying our method to existing and future association studies of these diseases may identify novel disease loci.
Ämnesord och genrebeteckningar
Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)
-
Lindstroem, Sara
(författare)
-
Pasaniuc, Bogdan
(författare)
-
Cornelis, Marilyn
(författare)
-
Genovese, Giulio
(författare)
-
Pollack, Samuela
(författare)
-
Barton, Anne
(författare)
-
Bickeboeller, Heike
(författare)
-
Bowden, Donald W.
(författare)
-
Eyre, Steve
(författare)
-
Freedman, Barry I.
(författare)
-
Friedman, David J.
(författare)
-
Field, John K.
(författare)
-
Groop, LeifLund University,Lunds universitet,Genomik, diabetes och endokrinologi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Genomics, Diabetes and Endocrinology,Lund University Research Groups(Swepub:lu)endo-lgr
(författare)
-
Haugen, Aage
(författare)
-
Heinrich, Joachim
(författare)
-
Henderson, Brian E.
(författare)
-
Hicks, Pamela J.
(författare)
-
Hocking, Lynne J.
(författare)
-
Kolonel, Laurence N.
(författare)
-
Landi, Maria Teresa
(författare)
-
Langefeld, Carl D.
(författare)
-
Le Marchand, Loic
(författare)
-
Meister, Michael
(författare)
-
Morgan, Ann W.
(författare)
-
Raji, Olaide Y.
(författare)
-
Risch, Angela
(författare)
-
Rosenberger, Albert
(författare)
-
Scherf, David
(författare)
-
Steer, Sophia
(författare)
-
Walshaw, Martin
(författare)
-
Waters, Kevin M.
(författare)
-
Wilson, Anthony G.
(författare)
-
Wordsworth, Paul
(författare)
-
Zienolddiny, Shanbeh
(författare)
-
Tchetgen, Eric Tchetgen
(författare)
-
Haiman, Christopher
(författare)
-
Hunter, David J.
(författare)
-
Plenge, Robert M.
(författare)
-
Worthington, Jane
(författare)
-
Christiani, David C.
(författare)
-
Schaumberg, Debra A.
(författare)
-
Chasman, Daniel I.
(författare)
-
Altshuler, David
(författare)
-
Voight, Benjamin
(författare)
-
Kraft, Peter
(författare)
-
Patterson, Nick
(författare)
-
Price, Alkes L.
(författare)
-
Genomik, diabetes och endokrinologiForskargrupper vid Lunds universitet
(creator_code:org_t)
Sammanhörande titlar
-
Ingår i:PLoS Genetics: Public Library of Science (PLoS)8:111553-7404
Internetlänk
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Zaitlen, Noah
-
Lindstroem, Sara
-
Pasaniuc, Bogdan
-
Cornelis, Marily ...
-
Genovese, Giulio
-
Pollack, Samuela
-
visa fler...
-
Barton, Anne
-
Bickeboeller, He ...
-
Bowden, Donald W ...
-
Eyre, Steve
-
Freedman, Barry ...
-
Friedman, David ...
-
Field, John K.
-
Groop, Leif
-
Haugen, Aage
-
Heinrich, Joachi ...
-
Henderson, Brian ...
-
Hicks, Pamela J.
-
Hocking, Lynne J ...
-
Kolonel, Laurenc ...
-
Landi, Maria Ter ...
-
Langefeld, Carl ...
-
Le Marchand, Loi ...
-
Meister, Michael
-
Morgan, Ann W.
-
Raji, Olaide Y.
-
Risch, Angela
-
Rosenberger, Alb ...
-
Scherf, David
-
Steer, Sophia
-
Walshaw, Martin
-
Waters, Kevin M.
-
Wilson, Anthony ...
-
Wordsworth, Paul
-
Zienolddiny, Sha ...
-
Tchetgen, Eric T ...
-
Haiman, Christop ...
-
Hunter, David J.
-
Plenge, Robert M ...
-
Worthington, Jan ...
-
Christiani, Davi ...
-
Schaumberg, Debr ...
-
Chasman, Daniel ...
-
Altshuler, David
-
Voight, Benjamin
-
Kraft, Peter
-
Patterson, Nick
-
Price, Alkes L.
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
och Endokrinologi oc ...
- Artiklar i publikationen
-
PLoS Genetics
- Av lärosätet
-
Lunds universitet