Genetic interaction analysis among oncogenesis-related genes revealed novel genes and networks in lung cancer development

↓ Direkt till sidans innehåll
↓ Direkt till sidans sekundära innehåll (sidomenyn)

Tyck till om SwePub Sök här!

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-170950" > Genetic interaction...

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Genetic interaction analysis among oncogenesis-related genes revealed novel genes and networks in lung cancer development

Li, Yafang (författare): Baylor College of Medicine

Xiao, Xiangjun (författare)

Bossé, Yohan (författare)

visa fler...

Gorlova, Olga (författare)

Gorlov, Ivan (författare)

Han, Younghun (författare)

Byun, Jinyoung (författare)

Leighl, Natasha (författare)

Johansen, Jakob S. (författare)

Barnett, Matt (författare)

Chen, Chu (författare)

Goodman, Gary (författare)

Cox, Angela (författare)

Taylor, Fiona (författare)

Woll, Penella (författare)

Wichmann, H. Erich (författare)

Manz, Judith (författare)

Muley, Thomas (författare)

Risch, Angela (författare)

Rosenberger, Albert (författare)

Han, Jiali (författare)

Siminovitch, Katherine (författare)

Arnold, Susanne M. (författare)

Haura, Eric B. (författare)

Bolca, Ciprian (författare)

Holcatova, Ivana (författare)

Janout, Vladimir (författare)

Kontic, Milica (författare)

Lissowska, Jolanta (författare)

Mukeria, Anush (författare)

Ognjanovic, Simona (författare)

Orlowski, Tadeusz M. (författare)

Scelo, Ghislaine (författare)

Swiatkowska, Beata (författare)

Zaridze, David (författare)

Bakke, Per (författare)

Skaug, Vidar (författare)

Zienolddiny, Shanbeh (författare)

Duell, Eric J. (författare)

Butler, Lesley M. (författare)

Houlston, Richard (författare)

Artigas, María Soler (författare)

Grankvist, Kjell (författare): Umeå universitet,Klinisk kemi

Johansson, Mikael (författare): Umeå universitet,Onkologi

Shepherd, Frances A. (författare)

Marcus, Michael W. (författare)

Brunnström, Hans (författare): Lund University,Lunds universitet,Tumörmikromiljö,Sektion I,Institutionen för kliniska vetenskaper, Lund,Medicinska fakulteten,Förbättrad diagnostik och prognostik vid lungcancer och metastaser till lunga,Forskargrupper vid Lunds universitet,Tumor microenvironment,Section I,Department of Clinical Sciences, Lund,Faculty of Medicine,Improved diagnostics and prognostics of lung cancer and metastases to the lungs,Lund University Research Groups

Manjer, Jonas (författare): Lund University,Lunds universitet,Kirurgi,Forskargrupper vid Lunds universitet,Surgery,Lund University Research Groups

Melander, Olle (författare): Lund University,Lunds universitet,Kardiovaskulär forskning - hypertoni,Forskargrupper vid Lunds universitet,Cardiovascular Research - Hypertension,Lund University Research Groups

Muller, David C. (författare)

Overvad, Kim (författare)

Trichopoulou, Antonia (författare)

Tumino, Rosario (författare)

Liu, Geoffrey (författare)

Bojesen, Stig E. (författare)

Wu, Xifeng (författare)

Le Marchand, Loic (författare)

Albanes, Demetrios (författare)

Bickeböller, Heike (författare)

Aldrich, Melinda C. (författare)

Bush, William S. (författare)

Tardon, Adonina (författare)

Rennert, Gad (författare)

Teare, M. Dawn (författare)

Field, John K. (författare)

Kiemeney, Lambertus A. (författare)

Lazarus, Philip (författare)

Haugen, Aage (författare)

Lam, Stephen (författare)

Schabath, Matthew B. (författare)

Andrew, Angeline S. (författare)

Bertazzi, Pier Alberto (författare)

Pesatori, Angela C. (författare)

Christiani, David C. (författare)

Caporaso, Neil (författare)

Johansson, Mattias (författare)

McKay, James D. (författare)

Brennan, Paul (författare)

Hung, Rayjean J. (författare)

Amos, Christopher I. (författare): Dartmouth College

visa färre...

(creator_code:org_t)

et al

2019-03-05
2019
Engelska.
Ingår i: Oncotarget. - : Impact Journals, LLC. - 1949-2553. ; 10:19, s. 1760-1774

Relaterad länk:: https://doi.org/10.1...; visa fler...; https://umu.diva-por... (primary) (Raw object); https://www.oncotarg...; http://dx.doi.org/10... (free); https://urn.kb.se/re...; https://doi.org/10.1...; https://lup.lub.lu.s...; visa färre...

Tidskriftsartikel (refereegranskat)

Abstract Ämnesord

Stäng

The development of cancer is driven by the accumulation of many oncogenesis-related genetic alterations and tumorigenesis is triggered by complex networks of involved genes rather than independent actions. To explore the epistasis existing among oncogenesis-related genes in lung cancer development, we conducted pairwise genetic interaction analyses among 35,031 SNPs from 2027 oncogenesis-related genes. The genotypes from three independent genome-wide association studies including a total of 24,037 lung cancer patients and 20,401 healthy controls with Caucasian ancestry were analyzed in the study. Using a two-stage study design including discovery and replication studies, and stringent Bonferroni correction for multiple statistical analysis, we identified significant genetic interactions between SNPs in RGL1:RAD51B (OR=0.44, p value=3.27x10-11 in overall lung cancer and OR=0.41, p value=9.71x10-11 in non-small cell lung cancer), SYNE1:RNF43 (OR=0.73, p value=1.01x10-12 in adenocarcinoma) and FHIT:TSPAN8 (OR=1.82, p value=7.62x10-11 in squamous cell carcinoma) in our analysis. None of these genes have been identified from previous main effect association studies in lung cancer. Further eQTL gene expression analysis in lung tissues provided information supporting the functional role of the identified epistasis in lung tumorigenesis. Gene set enrichment analysis revealed potential pathways and gene networks underlying molecular mechanisms in overall lung cancer as well as histology subtypes development. Our results provide evidence that genetic interactions between oncogenesis-related genes play an important role in lung tumorigenesis and epistasis analysis, combined with functional annotation, provides a valuable tool for uncovering functional novel susceptibility genes that contribute to lung cancer development by interacting with other modifier genes.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)

Nyckelord

epistasis
functional annotation
lung cancer
oncogenesis
Epistasis
Functional annotation
Lung cancer
Oncogenesis

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Oncotarget (Sök värdpublikationen i LIBRIS)

Till lärosätets databas

1 av 1
Föregående post
Nästa post
Till träfflistan

Hitta mer i SwePub

Av författaren/redakt...: Li, Yafang; Xiao, Xiangjun; Bossé, Yohan; Gorlova, Olga; Gorlov, Ivan; Han, Younghun; visa fler...; Byun, Jinyoung; Leighl, Natasha; Johansen, Jakob ...; Barnett, Matt; Chen, Chu; Goodman, Gary; Cox, Angela; Taylor, Fiona; Woll, Penella; Wichmann, H. Eri ...; Manz, Judith; Muley, Thomas; Risch, Angela; Rosenberger, Alb ...; Han, Jiali; Siminovitch, Kat ...; Arnold, Susanne ...; Haura, Eric B.; Bolca, Ciprian; Holcatova, Ivana; Janout, Vladimir; Kontic, Milica; Lissowska, Jolan ...; Mukeria, Anush; Ognjanovic, Simo ...; Orlowski, Tadeus ...; Scelo, Ghislaine; Swiatkowska, Bea ...; Zaridze, David; Bakke, Per; Skaug, Vidar; Zienolddiny, Sha ...; Duell, Eric J.; Butler, Lesley M ...; Houlston, Richar ...; Artigas, María S ...; Grankvist, Kjell; Johansson, Mikae ...; Shepherd, France ...; Marcus, Michael ...; Brunnström, Hans; Manjer, Jonas; Melander, Olle; Muller, David C.; Overvad, Kim; Trichopoulou, An ...; Tumino, Rosario; Liu, Geoffrey; Bojesen, Stig E.; Wu, Xifeng; Le Marchand, Loi ...; Albanes, Demetri ...; Bickeböller, Hei ...; Aldrich, Melinda ...; Bush, William S.; Tardon, Adonina; Rennert, Gad; Teare, M. Dawn; Field, John K.; Kiemeney, Lamber ...; Lazarus, Philip; Haugen, Aage; Lam, Stephen; Schabath, Matthe ...; Andrew, Angeline ...; Bertazzi, Pier A ...; Pesatori, Angela ...; Christiani, Davi ...; Caporaso, Neil; Johansson, Matti ...; McKay, James D.; Brennan, Paul; Hung, Rayjean J.; Amos, Christophe ...; visa färre...

Om ämnet

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Medicinska och f ...; och Medicinsk geneti ...

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP: MEDICIN OCH HÄLS ...; och Klinisk medicin; och Cancer och onkol ...

Artiklar i publikationen: Oncotarget

Av lärosätet: Umeå universitet; Lunds universitet

Sök utanför SwePub

Sök vidare i:: Google; Google Book Search; Google Scholar

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

LIBRIS.kb.se