Sökning: WFRF:(Grabherr Manfred G.) >
Full-length transcr...
Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome
-
- Grabherr, Manfred G (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
Yassour, Moran (författare)
-
Haas, Brian J (författare)
-
visa fler...
-
Levin, Joshua Z (författare)
-
Thompson, Dawn A (författare)
-
Amit, Ido (författare)
-
Adiconis, Xian (författare)
-
Fan, Lin (författare)
-
Raychowdhury, Raktima (författare)
-
Zeng, Qiandong (författare)
-
Chen, Zehua (författare)
-
Mauceli, Evan (författare)
-
Hacohen, Nir (författare)
-
Gnirke, Andreas (författare)
-
Rhind, Nicholas (författare)
-
di Palma, Federica (författare)
-
Birren, Bruce W (författare)
-
Nusbaum, Chad (författare)
-
- Lindblad-Toh, Kerstin (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
Friedman, Nir (författare)
-
Regev, Aviv (författare)
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2011-05-15
- 2011
- Engelska.
-
Ingår i: Nature Biotechnology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1087-0156 .- 1546-1696. ; 29:7, s. 644-652
- Relaterad länk:
-
https://europepmc.or...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Massively parallel sequencing of cDNA has enabled deep and efficient probing of transcriptomes. Current approaches for transcript reconstruction from such data often rely on aligning reads to a reference genome, and are thus unsuitable for samples with a partial or missing reference genome. Here we present the Trinity method for de novo assembly of full-length transcripts and evaluate it on samples from fission yeast, mouse and whitefly, whose reference genome is not yet available. By efficiently constructing and analyzing sets of de Bruijn graphs, Trinity fully reconstructs a large fraction of transcripts, including alternatively spliced isoforms and transcripts from recently duplicated genes. Compared with other de novo transcriptome assemblers, Trinity recovers more full-length transcripts across a broad range of expression levels, with a sensitivity similar to methods that rely on genome alignments. Our approach provides a unified solution for transcriptome reconstruction in any sample, especially in the absence of a reference genome.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Mikrobiologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Microbiology in the medical area (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Grabherr, Manfre ...
-
Yassour, Moran
-
Haas, Brian J
-
Levin, Joshua Z
-
Thompson, Dawn A
-
Amit, Ido
-
visa fler...
-
Adiconis, Xian
-
Fan, Lin
-
Raychowdhury, Ra ...
-
Zeng, Qiandong
-
Chen, Zehua
-
Mauceli, Evan
-
Hacohen, Nir
-
Gnirke, Andreas
-
Rhind, Nicholas
-
di Palma, Federi ...
-
Birren, Bruce W
-
Nusbaum, Chad
-
Lindblad-Toh, Ke ...
-
Friedman, Nir
-
Regev, Aviv
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Mikrobiologi ino ...
- Artiklar i publikationen
-
Nature Biotechno ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet