Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-356454" >
Engineering a palet...
Engineering a palette of eukaryotic chromoproteins for bacterial synthetic biology
-
- Liljeruhm, Josefine (författare)
- Uppsala universitet,Molekylärbiologi
-
- Funk, Saskia K. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi
-
- Tietscher, Sandra (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi
-
visa fler...
-
- Edlund, Anders D. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Uppsala Univ, iGEM Uppsala, Uppsala, Sweden
-
- Jamal, Sabri (författare)
- Uppsala Univ, iGEM Uppsala, Uppsala, Sweden
-
- Yuen, Pikkei (författare)
- Uppsala Univ, iGEM Uppsala, Uppsala, Sweden
-
- Dyrhage, Karl (författare)
- Uppsala Univ, iGEM Uppsala, Uppsala, Sweden
-
- Gynnå, Arvid H. (författare)
- Uppsala universitet,Molekylär systembiologi,Uppsala Univ, iGEM Uppsala, Uppsala, Sweden
-
- Ivermark, Katarina (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för biologisk grundutbildning
-
- Lövgren, Jessica (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för biologisk grundutbildning
-
- Törnblom, Viktor (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för biologisk grundutbildning
-
- Virtanen, Anders, 1957- (författare)
- Uppsala universitet,Mikrobiologi
-
- Lundin, Erik (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Uppsala Univ, iGEM Uppsala, Uppsala, Sweden
-
- Wistand-Yuen, Erik, 1980- (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
-
- Forster, Anthony C. (författare)
- Uppsala universitet,Molekylärbiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- 2018-05-10
- 2018
- Engelska.
-
Ingår i: Journal of Biological Engineering. - : BIOMED CENTRAL LTD. - 1754-1611. ; 12
- Relaterad länk:
-
https://doi.org/10.1...
-
visa fler...
-
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
-
https://jbioleng.bio...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Background: Coral reefs are colored by eukaryotic chromoproteins (CPs) that are homologous to green fluorescent protein. CPs differ from fluorescent proteins (FPs) by intensely absorbing visible light to give strong colors in ambient light. This endows CPs with certain advantages over FPs, such as instrument-free detection uncomplicated by ultra-violet light damage or background fluorescence, efficient Forster resonance energy transfer (FRET) quenching, and photoacoustic imaging. Thus, CPs have found utility as genetic markers and in teaching, and are attractive for potential cell biosensor applications in the field. Most near-term applications of CPs require expression in a different domain of life: bacteria. However, it is unclear which of the eukaryotic CP genes might be suitable and how best to assay them.Results: Here, taking advantage of codon optimization programs in 12 cases, we engineered 14 CP sequences (meffRed, eforRed, asPink, spisPink, scOrange, fwYellow, amilGFP, amajLime, cjBlue, mefiBlue, aeBlue, amilCP, tsPurple and gfasPurple) into a palette of Escherichia coil BioBrick plasmids. BioBricks comply with synthetic biology's most widely used, simplified, cloning standard. Differences in color intensities, maturation times and fitness costs of expression were compared under the same conditions, and visible readout of gene expression was quantitated. A surprisingly large variation in cellular fitness costs was found, resulting in loss of color in some overnight liquid cultures of certain high-copy-plasmid-borne CPs, and cautioning the use of multiple CPs as markers in competition assays. We solved these two problems by integrating pairs of these genes into the chromosome and by engineering versions of the same CP with very different colors.Conclusion: Availability of 14 engineered CP genes compared in E coil, together with chromosomal mutants suitable for competition assays, should simplify and expand CP study and applications. There was no single plasmid-borne CP that combined all of the most desirable features of intense color, fast maturation and low fitness cost, so this study should help direct future engineering efforts.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Biologi -- Biokemi och molekylärbiologi (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Biochemistry and Molecular Biology (hsv//eng)
Nyckelord
- Chromoprotein
- Fluorescent protein
- Coral
- Escherichia coli
- Genetic marker
- Reporter gene
- Integration
- Fitness cost
- BioBrick
- iGEM
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Liljeruhm, Josef ...
-
Funk, Saskia K.
-
Tietscher, Sandr ...
-
Edlund, Anders D ...
-
Jamal, Sabri
-
Yuen, Pikkei
-
visa fler...
-
Dyrhage, Karl
-
Gynnå, Arvid H.
-
Ivermark, Katari ...
-
Lövgren, Jessica
-
Törnblom, Viktor
-
Virtanen, Anders ...
-
Lundin, Erik
-
Wistand-Yuen, Er ...
-
Forster, Anthony ...
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
-
NATURVETENSKAP
-
och Biologi
-
och Biokemi och mole ...
- Artiklar i publikationen
-
Journal of Biolo ...
- Av lärosätet
-
Uppsala universitet