SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-189333"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:su-189333" > Competitive mapping...

Competitive mapping allows for the identification and exclusion of human DNA contamination in ancient faunal genomic datasets

Feuerborn, Tatiana R. (författare)
Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,University of Copenhagen, Denmark; Swedish Museum of Natural History, Sweden; Centre for Palaeogenetics, Sweden,Univ Copenhagen, Globe Inst, Copenhagen, Denmark; Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Archaeol Res Lab, Stockholm, Sweden; Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden
Palkopoulou, Eleftheria (författare)
Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden
van der Valk, Tom (författare)
Naturhistoriska riksmuseet,Enheten för bioinformatik och genetik
visa fler...
von Seth, Johanna (författare)
Naturhistoriska riksmuseet,Stockholms universitet,Zoologiska institutionen,Swedish Museum of Natural History, Sweden; Centre for Palaeogenetics, Sweden,Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden; Stockholm Univ, Dept Zool, Stockholm, Sweden,Enheten för bioinformatik och genetik
Munters, Arielle R. (författare)
Uppsala universitet,Människans evolution
Pečnerová, Patrícia (författare)
Univ Copenhagen, Dept Biol, Copenhagen, Denmark
Dehasque, Marianne (författare)
Naturhistoriska riksmuseet,Stockholms universitet,Zoologiska institutionen,Swedish Museum of Natural History, Sweden; Centre for Palaeogenetics, Sweden,Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden; Stockholm Univ, Dept Zool, Stockholm, Sweden,Enheten för bioinformatik och genetik
Ureña, Irene (författare)
INIA, Dept Anim Breeding, Madrid, Spain
Ersmark, Erik (författare)
Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden
Kempe Lagerholm, Vendela (författare)
Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Archaeol Res Lab, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden
Krzewińska, Maja (författare)
Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Archaeol Res Lab, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden
Rodríguez-Varela, Ricardo (författare)
Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Archaeol Res Lab, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden
Götherström, Anders (författare)
Stockholms universitet,Institutionen för arkeologi och antikens kultur,Centre for Palaeogenetics, Sweden,Stockholm Univ, Dept Archaeol & Class Studies, Archaeol Res Lab, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden
Dalén, Love (författare)
Naturhistoriska riksmuseet,Stockholms universitet,Zoologiska institutionen,Swedish Museum of Natural History, Sweden; Centre for Palaeogenetics, Sweden,Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden; Stockholm Univ, Dept Zool, Stockholm, Sweden,Enheten för bioinformatik och genetik
Díez-del-Molino, David (författare)
Naturhistoriska riksmuseet,Stockholms universitet,Zoologiska institutionen,Swedish Museum of Natural History, Sweden; Centre for Palaeogenetics, Sweden,Swedish Museum Nat Hist, Dept Bioinformat & Genet, Stockholm, Sweden; Ctr Palaeogenet, Stockholm, Sweden; Stockholm Univ, Dept Zool, Stockholm, Sweden,Enheten för bioinformatik och genetik
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2020-11-30
2020
Engelska.
Ingår i: BMC Genomics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1471-2164. ; 21:1
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Background: After over a decade of developments in field collection, laboratory methods and advances in high-throughput sequencing, contamination remains a key issue in ancient DNA research. Currently, human and microbial contaminant DNA still impose challenges on cost-effective sequencing and accurate interpretation of ancient DNA data.Results: Here we investigate whether human contaminating DNA can be found in ancient faunal sequencing datasets. We identify variable levels of human contamination, which persists even after the sequence reads have been mapped to the faunal reference genomes. This contamination has the potential to affect a range of downstream analyses.Conclusions: We propose a fast and simple method, based on competitive mapping, which allows identifying and removing human contamination from ancient faunal DNA datasets with limited losses of true ancient data. This method could represent an important tool for the ancient DNA field.

Ämnesord

TEKNIK OCH TEKNOLOGIER  -- Miljöbioteknik (hsv//swe)
ENGINEERING AND TECHNOLOGY  -- Environmental Biotechnology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)

Nyckelord

Ancient DNA
DNA contamination removal
Palaeogenomics
Competitive mapping
Livets mångfald

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy