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Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-428350" > A BBS1 SVA F retrot...

A BBS1 SVA F retrotransposon insertion is a frequent cause of Bardet-Biedl syndrome

Delvallée, Clarisse (författare)
Laboratoire de Génétique Médicale, Institut de génétique médicale d'Alsace IGMA, INSERM U1112, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg UMRS_1112, Strasbourg, France
Nicaise, Samuel (författare)
Laboratoire de Génétique Médicale, Institut de génétique médicale d'Alsace IGMA, INSERM U1112, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg UMRS_1112, Strasbourg, France
Antin, Manuela (författare)
Laboratoires de Diagnostic Génétique, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
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Leuvrey, Anne-Sophie (författare)
Laboratoires de Diagnostic Génétique, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
Nourisson, Elsa (författare)
Laboratoires de Diagnostic Génétique, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
Leitch, Carmen C (författare)
Advanced Center for Translational and Genetic Medicine (ACT‐GeM), Stanley Manne Children's Research Institute, Ann and Robert H. Lurie Children's Hospital of Chicago, Chicago, Illinois, USA
Kellaris, Georgios (författare)
Advanced Center for Translational and Genetic Medicine (ACT‐GeM), Stanley Manne Children's Research Institute, Ann and Robert H. Lurie Children's Hospital of Chicago, Chicago, Illinois, USA
Stoetzel, Corinne (författare)
Laboratoire de Génétique Médicale, Institut de génétique médicale d'Alsace IGMA, INSERM U1112, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg UMRS_1112, Strasbourg, France
Geoffroy, Véronique (författare)
Laboratoire de Génétique Médicale, Institut de génétique médicale d'Alsace IGMA, INSERM U1112, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg UMRS_1112, Strasbourg, France
Scheidecker, Sophie (författare)
Laboratoire de Génétique Médicale, Institut de génétique médicale d'Alsace IGMA, INSERM U1112, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg UMRS_1112, Strasbourg, France; Laboratoires de Diagnostic Génétique, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
Keren, Boris (författare)
Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (ICM), Sorbonne Université, Paris, France; AP‐HP, Hôpital de la Pitié‐Salpêtrière, Département de Génétique, Paris, France
Depienne, Christel (författare)
Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (ICM), Sorbonne Université, Paris, France; Institute of Human Genetics, University Hospital Essen, University of Duisburg‐Essen, Essen, Germany
Klar, Joakim, PhD, 1974- (författare)
Uppsala universitet,Medicinsk genetik och genomik,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Barnkirurgisk forskning
Dahl, Niklas (författare)
Uppsala universitet,Science for Life Laboratory, SciLifeLab,Medicinsk genetik och genomik,Barnkirurgisk forskning
Deleuze, Jean-François (författare)
Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Institut de biologie François Jacob, Evry, France
Génin, Emmanuelle (författare)
Inserm UMR1078, CHRU Brest, Univ Brest, Brest, France
Redon, Richard (författare)
Université de Nantes, CNRS, INSERM, l'institut du thorax, Nantes, France
Demurger, Florence (författare)
Service de Génétique Médicale, Centre Hospitalier Bretagne Atlantique, Vannes, France
Devriendt, Koenraad (författare)
Center for Human Genetics, University Hospital Leuven and KU Leuven, Leuven, Belgium
Mathieu-Dramard, Michèle (författare)
Centre d'activité de génétique clinique, CLAD nord de France, CHU Amiens, Amiens, France
Poitou-Bernert, Christine (författare)
Assistance Publique Hôpitaux de Paris, Nutrition Department Pitié‐Salpêtrière Hospital; Sorbonne Université, INSERM, NutriOmics Research Unit, Paris, France
Odent, Sylvie (författare)
Centre de Référence Maladies Rares CLAD‐Ouest, Service de Génétique Clinique, CHU Rennes, Rennes, France ; CNRS, IGDR (Institut de Génétique et Développement de Rennes) UMR 6290, Université de Rennes, Rennes, France
Katsanis, Nicholas (författare)
Advanced Center for Translational and Genetic Medicine (ACT‐GeM), Stanley Manne Children's Research Institute, Ann and Robert H. Lurie Children's Hospital of Chicago, Chicago, Illinois, USA; Department of Pediatrics, Feinberg School of Medicine, Northwestern University, Chicago, Illinois, USA
Mandel, Jean-Louis (författare)
Laboratoires de Diagnostic Génétique, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France; Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire, CNRS UMR 7104, INSERM U964, Université de Strasbourg, Dept Transl Med and Neurogenetics Illkirch, France
Davis, Erica E (författare)
Advanced Center for Translational and Genetic Medicine (ACT‐GeM), Stanley Manne Children's Research Institute, Ann and Robert H. Lurie Children's Hospital of Chicago, Chicago, Illinois, USA; Department of Pediatrics, Feinberg School of Medicine, Northwestern University, Chicago, Illinois, USA
Dollfus, Hélène (författare)
Laboratoire de Génétique Médicale, Institut de génétique médicale d'Alsace IGMA, INSERM U1112, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg UMRS_1112, Strasbourg, France ; Service de Génétique Médicale, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France ; Filière SENSGENE, Centre de Référence pour les affections rares en génétique ophtalmologique, CARGO, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
Muller, Jean (författare)
Laboratoire de Génétique Médicale, Institut de génétique médicale d'Alsace IGMA, INSERM U1112, Fédération de Médecine Translationnelle de Strasbourg (FMTS), Université de Strasbourg UMRS_1112, Strasbourg, France; Laboratoires de Diagnostic Génétique, Hôpitaux Universitaires de Strasbourg, Strasbourg, France
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 (creator_code:org_t)
2020-11-14
2021
Engelska.
Ingår i: Clinical Genetics. - : John Wiley & Sons. - 0009-9163 .- 1399-0004. ; 99:2, s. 318-324
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Bardet-Biedl syndrome (BBS) is a ciliopathy characterized by retinitis pigmentosa, obesity, polydactyly, cognitive impairment and renal failure. Pathogenic variants in 24 genes account for the molecular basis of >80% of cases. Toward saturated discovery of the mutational basis of the disorder, we carefully explored our cohorts and identified a hominid-specific SINE-R/VNTR/Alu type F (SVA-F) insertion in exon 13 of BBS1 in eight families. In six families, the repeat insertion was found in trans with c.1169 T > G, p.Met390Arg and in two families the insertion was found in addition to other recessive BBS loci. Whole genome sequencing, de novo assembly and SNP array analysis were performed to characterize the genomic event. This insertion is extremely rare in the general population (found in 8 alleles of 8 BBS cases but not in >10 800 control individuals from gnomAD-SV) and due to a founder effect. Its 2435 bp sequence contains hallmarks of LINE1 mediated retrotransposition. Functional studies with patient-derived cell lines confirmed that the BBS1 SVA-F is deleterious as evidenced by a significant depletion of both mRNA and protein levels. Such findings highlight the importance of dedicated bioinformatics pipelines to identify all types of variation.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)

Nyckelord

BBS1
Bardet-Biedl syndrome
Mobile element insertion
SVA F
founder effect

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

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