SwePub
Tyck till om SwePub Sök här!
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-154950"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:umu-154950" > Functional and evol...

Functional and evolutionary genomic inferences in Populus through genome and population sequencing of American and European aspen

Lin, Yao-Cheng (författare)
Wang, Jing (författare)
Umeå universitet,Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Centre for Integrative Genetics (CIGENE), Department of Animal and Aquacultural Sciences, Faculty of Biosciences, Norwegian University of Life Sciences, Ås, Norway
Delhomme, Nicolas (författare)
visa fler...
Schiffthaler, Bastian (författare)
Umeå universitet,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Institutionen för fysiologisk botanik
Sundström, Görel (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Institutionen för skoglig genetik och växtfysiologi,Department of Forest Genetics and Plant Physiology
Zuccolo, Andrea (författare)
Nystedt, Björn (författare)
Uppsala universitet,Molekylär evolution,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Hvidsten, Torgeir R., 1975- (författare)
Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC)
de la Torre, Amanda, 1976- (författare)
Umeå universitet,Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap,Umeå Plant Science Centre (UPSC),School of Forestry, Northern Arizona University, Flagstaff, AZ
Cossu, Rosa M. (författare)
Höppner, Marc P. (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
Lantz, Henrik (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Scofield, Douglas G., 1966- (författare)
Uppsala universitet,Umeå universitet,Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Department of Ecology and Genetics: Evolutionary Biology, Uppsala University, Sweden; Uppsala Multidisciplinary Center for Advanced Computational Science, Uppsala University, Sweden,Evolutionsbiologi
Zamani, Neda (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
Johansson, Anna C. V. (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för cell- och molekylärbiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab
Mannapperuma, Chanaka (författare)
Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC)
Robinson, Kathryn M., 1975- (författare)
Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC)
Mähler, Niklas (författare)
Umeå universitet,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Institutionen för fysiologisk botanik
Leitch, Ilia J. (författare)
Pellicer, Jaume (författare)
Park, Eung-Jun (författare)
Van Montagu, Marc (författare)
Van de Peer, Yves (författare)
Grabherr, Manfred (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi
Jansson, Stefan, 1959- (författare)
Umeå universitet,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Institutionen för fysiologisk botanik
Ingvarsson, Pär K. (författare)
Swedish University of Agricultural Sciences,Sveriges lantbruksuniversitet,Umeå universitet,Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap,Umeå Plant Science Centre (UPSC),Department of Plant Biology, Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden,Institutionen för växtbiologi,Umeå University
Street, Nathaniel R., 1979- (författare)
Umeå universitet,Institutionen för fysiologisk botanik,Umeå Plant Science Centre (UPSC)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
 
2018-10-29
2018
Engelska.
Ingår i: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - : NATL ACAD SCIENCES. - 0027-8424 .- 1091-6490. ; 115:46, s. E10970-E10978
Relaterad länk:
https://doi.org/10.1...
visa fler...
https://umu.diva-por... (primary) (Raw object)
https://www.pnas.org...
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
https://urn.kb.se/re...
https://res.slu.se/i...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • The Populus genus is one of the major plant model systems, but genomic resources have thus far primarily been available for poplar species, and primarily Populus trichocarpa (Torr. & Gray), which was the first tree with a whole-genome assembly. To further advance evolutionary and functional genomic analyses in Populus, we produced genome assemblies and population genetics resources of two aspen species, Populus tremula L. and Populus tremuloides Michx. The two aspen species have distributions spanning the Northern Hemisphere, where they are keystone species supporting a wide variety of dependent communities and produce a diverse array of secondary metabolites. Our analyses show that the two aspens share a similar genome structure and a highly conserved gene content with P. trichocarpa but display substantially higher levels of heterozygosity. Based on population resequencing data, we observed widespread positive and negative selection acting on both coding and noncoding regions. Furthermore, patterns of genetic diversity and molecular evolution in aspen are influenced by a number of features, such as expression level, coexpression network connectivity, and regulatory variation. To maximize the community utility of these resources, we have integrated all presented data within the PopGenIE web resource (PopGenIE.org).

Ämnesord

NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Genetik (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Genetics (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologi -- Bioinformatik och systembiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences -- Bioinformatics and Systems Biology (hsv//eng)

Nyckelord

genome assembly
natural selection
coexpression
population genetics
Populus

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy