Sökning: hsv:(MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP) hsv:(Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper) hsv:(Medicinsk genetik) >
HaloPlex Targeted R...
HaloPlex Targeted Resequencing for Mutation Detection in Clinical Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Tumor Samples
-
- Moens, Lotte N. J. (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
- Falk-Sörqvist, Elin (författare)
- Uppsala universitet,Molekylära verktyg
-
- Ljungström, Viktor (författare)
- Uppsala universitet,Experimentell och klinisk onkologi
-
visa fler...
-
- Mattsson, Johanna (författare)
- Uppsala universitet,Experimentell och klinisk onkologi
-
- Sundström, Magnus (författare)
- Uppsala universitet,Experimentell och klinisk onkologi
-
- La Fleur, Linnea (författare)
- Uppsala universitet,Experimentell och klinisk onkologi
-
- Mathot, Lucy (författare)
- Uppsala universitet,Experimentell och klinisk onkologi
-
- Micke, Patrick (författare)
- Uppsala universitet,Experimentell och klinisk onkologi
-
- Nilsson, Mats (författare)
- Uppsala universitet,Stockholms universitet,Institutionen för biokemi och biofysik,Science for Life Laboratory (SciLifeLab),Molekylära verktyg,Stockholm Univ, Sci Life Lab, Dept Biochem & Biophys, S-10691 Stockholm, Sweden.
-
- Botling, Johan (författare)
- Uppsala universitet,Institutionen för immunologi, genetik och patologi
-
visa färre...
-
(creator_code:org_t)
- Elsevier BV, 2015
- 2015
- Engelska.
-
Ingår i: Journal of Molecular Diagnostics. - : Elsevier BV. - 1525-1578 .- 1943-7811. ; 17:6, s. 729-739
- Relaterad länk:
-
http://jmd.amjpathol...
-
visa fler...
-
https://urn.kb.se/re...
-
https://doi.org/10.1...
-
https://urn.kb.se/re...
-
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
- In recent years, the advent of massively parallel next-generation sequencing technologies has enabled substantial advances in the study of human diseases. Combined with targeted DNA enrichment methods, high sequence coverage can be obtained for different genes simultaneously at a reduced cost per sample, creating unique opportunities for clinical cancer diagnostics. However, the formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) process of tissue samples, routinely used in pathology departments, results in DNA fragmentation and nucleotide modifications that introduce a number of technical challenges for downstream biomotecular analyses. We evaluated the HaloPlex target enrichment system for somatic mutation detection in 80 tissue fractions derived from 20 clinical cancer cases with paired tumor and normal tissue available in both FFPE and fresh-frozen format. Several modifications to the standard method were introduced, including a reduced target fragment Length and two strand capturing. We found that FFPE material can be used for HaloPlex-based target enrichment and next-generation sequencing, even when starting from small amounts of DNA. By specifically capturing both strands for each target fragment, we were able to reduce the number of false-positive errors caused by FFPE-induced artifacts and Lower the detection limit for somatic mutations. We believe that the HaloPlex method presented here will be broadly applicable as a tool for somatic mutation detection in clinical cancer settings.
Ämnesord
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Mikrobiologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Microbiology in the medical area (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Cell- och molekylärbiologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Cell and Molecular Biology (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Medicinsk genetik (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Medical Genetics (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Immunologi inom det medicinska området (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Immunology in the medical area (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
- Av författaren/redakt...
-
Moens, Lotte N. ...
-
Falk-Sörqvist, E ...
-
Ljungström, Vikt ...
-
Mattsson, Johann ...
-
Sundström, Magnu ...
-
La Fleur, Linnea
-
visa fler...
-
Mathot, Lucy
-
Micke, Patrick
-
Nilsson, Mats
-
Botling, Johan
-
visa färre...
- Om ämnet
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Mikrobiologi ino ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Cell och molekyl ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Medicinsk geneti ...
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Klinisk medicin
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
-
MEDICIN OCH HÄLS ...
-
och Medicinska och f ...
-
och Immunologi inom ...
- Artiklar i publikationen
-
Journal of Molec ...
- Av lärosätet
-
Stockholms universitet
-
Uppsala universitet