SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-136234"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-136234" > Comparative genomic...

Comparative genomics based on massive parallel transcriptome sequencing reveals patterns of substitution and selection across 10 bird species

Künstner, Axel (författare)
Uppsala universitet,Evolutionsbiologi
Wolf, Jochen B. W. (författare)
Uppsala universitet,Evolutionsbiologi
Backström, Niclas (författare)
Uppsala universitet,Evolutionsbiologi
visa fler...
Whitney, Osceola (författare)
Balakrishnan, Christopher N. (författare)
Day, Lainy (författare)
Edwards, Scott V. (författare)
Janes, Daniel E. (författare)
Schlinger, Barney A. (författare)
Wilson, Richard K. (författare)
Jarvis, Erich D. (författare)
Warren, Wesley C. (författare)
Ellegren, Hans (författare)
Uppsala universitet,Evolutionsbiologi
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2010
2010
Engelska.
Ingår i: Molecular Ecology. - 0962-1083 .- 1365-294X. ; 19:Suppl.1, s. 266-276
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Next-generation sequencing technology provides an attractive means to obtain largescale sequence data necessary for comparative genomic analysis. To analyse the patterns of mutation rate variation and selection intensity across the avian genome, we performed brain transcriptome sequencing using Roche 454 technology of 10 different non-model avian species. Contigs from de novo assemblies were aligned to the two available avian reference genomes, chicken and zebra finch. In total, we identified 6499 different genes across all 10 species, with ∼1000 genes found in each full run per species. We found evidence for a higher mutation rate of the Z chromosome than of autosomes (male-biased mutation) and a negative correlation between the neutral substitution rate (dS) and chromosome size. Analyses of the mean dN/dS ratio (ω) of genes across chromosomes supported the Hill-Robertson effect (the effect of selection at linked loci) and point at stochastic problems with x as an independent measure of selection. Overall, this study demonstrates the usefulness of next-generation sequencing for obtaining genomic resources for comparative genomic analysis of non-model organisms.

Ämnesord

NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologiska vetenskaper (hsv//swe)

Nyckelord

Avian genomics
Hill-Robertson effect
Male-mutation bias
Next generation sequencing 454
Selection
Biology
Biologi

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy