SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-191043"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-191043" > Evaluation of Datab...

Evaluation of Database Search Programs for Accurate Detection of Neuropeptides in Tandem Mass Spectrometry Experiments

Akhtar, Malik N. (författare)
Southey, Bruce R. (författare)
Andrén, Per E. (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap,medicinsk masspektrometri
visa fler...
Sweedler, Jonathan V. (författare)
Rodriguez-Zas, Sandra L. (författare)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2012
2012
Engelska.
Ingår i: Journal of Proteome Research. - 1535-3893 .- 1535-3907. ; 11:12, s. 6044-6055
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Neuropeptide identification in mass spectrometry experiments using database search programs developed for proteins is challenging. Unlike proteins, the detection of the complete sequence using a single spectrum is required to identify neuropeptides or prohormone peptides. This study compared the performance of three open-source programs used to identify proteins, OMSSA, X!Tandem and Crux, to identify prohormone peptides. From a target database of 7850 prohormone peptides, 23550 query spectra were simulated across different scenarios. Crux was the only program that correctly matched all peptides regardless of p-value and at p-value < 1 X 10(-2), 33%, 64%, and >75%, of the 5, 6, and >= 7 amino acid-peptides were detected. Crux also had the best performance in the identification of peptides from chimera spectra and in a variety of missing ion scenarios. OMSSA, X!Tandem and Crux correctly detected 98.9% (99.9%), 93.9% (97.4%) and 88.7% (98.3%) of the peptides at E- or p-value < 1 X 10(-6) (< 1 X 10(-2)), respectively. OMSSA and X! Tandem outperformed the other programs in significance level and computational speed, respectively. A consensus approach is not recommended because some prohormone peptides were only identified by one program.

Nyckelord

peptidomics
database search program
prohormones
Crux
X!Tandem
OMSSA

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy