SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-197069"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-197069" > Insights into the e...

  • Rands, Chris M. (författare)

Insights into the evolution of Darwin's finches from comparative analysis of the Geospiza magnirostris genome sequence

  • Artikel/kapitelEngelska2013

Förlag, utgivningsår, omfång ...

  • 2013
  • electronicrdacarrier

Nummerbeteckningar

  • LIBRIS-ID:oai:DiVA.org:uu-197069
  • urn:nbn:se:uu:diva-197069urn
  • https://doi.org/10.1186/1471-2164-14-95DOI

Kompletterande språkuppgifter

  • Språk:engelska
  • Sammanfattning på:engelska

Ingår i deldatabas

Klassifikation

  • Ämneskategori:ref swepub-contenttype
  • Ämneskategori:art swepub-publicationtype

Anmärkningar

  • gratis
  • Background: A classical example of repeated speciation coupled with ecological diversification is the evolution of 14 closely related species of Darwin's (Galapagos) finches (Thraupidae, Passeriformes). Their adaptive radiation in the Galapagos archipelago took place in the last 2-3 million years and some of the molecular mechanisms that led to their diversification are now being elucidated. Here we report evolutionary analyses of genome of the large ground finch, Geospiza magnirostris. Results: 13,291 protein-coding genes were predicted from a 991.0 Mb G. magnirostris genome assembly. We then defined gene orthology relationships and constructed whole genome alignments between the G. magnirostris and other vertebrate genomes. We estimate that 15% of genomic sequence is functionally constrained between G. magnirostris and zebra finch. Genic evolutionary rate comparisons indicate that similar selective pressures acted along the G. magnirostris and zebra finch lineages suggesting that historical effective population size values have been similar in both lineages. 21 otherwise highly conserved genes were identified that each show evidence for positive selection on amino acid changes in the Darwin's finch lineage. Two of these genes (Igf2r and Pou1f1) have been implicated in beak morphology changes in Darwin's finches. Five of 47 genes showing evidence of positive selection in early passerine evolution have cilia related functions, and may be examples of adaptively evolving reproductive proteins. Conclusions: These results provide insights into past evolutionary processes that have shaped G. magnirostris genes and its genome, and provide the necessary foundation upon which to build population genomics resources that will shed light on more contemporaneous adaptive and non-adaptive processes that have contributed to the evolution of the Darwin's finches.

Ämnesord och genrebeteckningar

  • Genomics
  • Evolution
  • Darwin's finches
  • Large ground finch
  • Geospiza magnirostris

Biuppslag (personer, institutioner, konferenser, titlar ...)

  • Darling, Aaron (författare)
  • Fujita, Matthew (författare)
  • Kong, Lesheng (författare)
  • Webster, Matthew T.Uppsala universitet,Institutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi,Science for Life Laboratory, SciLifeLab(Swepub:uu)maweb226 (författare)
  • Clabaut, Celine (författare)
  • Emes, Richard D. (författare)
  • Heger, Andreas (författare)
  • Meader, Stephen (författare)
  • Hawkins, Michael Brent (författare)
  • Eisen, Michael B. (författare)
  • Teiling, Clotilde (författare)
  • Affourtit, Jason (författare)
  • Boese, Benjamin (författare)
  • Grant, Peter R. (författare)
  • Grant, Barbara Rosemary (författare)
  • Eisen, Jonathan A. (författare)
  • Abzhanov, Arhat (författare)
  • Ponting, Chris P. (författare)
  • Uppsala universitetInstitutionen för medicinsk biokemi och mikrobiologi (creator_code:org_t)

Sammanhörande titlar

  • Ingår i:BMC Genomics14, s. 95-1471-21641471-2164

Internetlänk

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy