SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-244598"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-244598" > Identification of b...

Identification of best indicators of peptide-spectrum match using a permutation resampling approach

Akhtar, Malik N. (författare)
Southey, Bruce R. (författare)
Andrén, Per E. (författare)
Uppsala universitet,Institutionen för farmaceutisk biovetenskap
visa fler...
Sweedler, Jonathan V. (författare)
Rodriguez-Zas, Sandra L. (författare)
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2014
2014
Engelska.
Ingår i: Journal of Bioinformatics and Computational Biology. - 0219-7200 .- 1757-6334. ; 12:5, s. 1440001-
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Various indicators of observed-theoretical spectrum matches were compared and the resulting statistical significance was characterized using permutation resampling. Novel decoy databases built by resampling the terminal positions of peptide sequences were evaluated to identify the conditions for accurate computation of peptide match significance levels. The methodology was tested on real and manually curated tandem mass spectra from peptides across a wide range of sizes. Spectra match indicators from complementary database search programs were pro filed and optimal indicators were identified. The combination of the optimal indicator and permuted decoy databases improved the calculation of the peptide match significance compared to the approaches currently implemented in the database search programs that rely on distributional assumptions. Permutation tests using p-values obtained from software-dependent matching scores and E-values outperformed permutation tests using all other indicators. The higher overlap in matches between the database search programs when using end permutation compared to existing approaches con firmed the superiority of the end permutation method to identify peptides. The combination of effective match indicators and the end permutation method is recommended for accurate detection of peptides.

Ämnesord

MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine -- Pharmaceutical Sciences (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Farmaceutiska vetenskaper (hsv//swe)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Basic Medicine (hsv//eng)

Nyckelord

Neuropeptides
database search programs
tandem MS
p-value
significance levels
Ends permuted decoy database
permutations

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Sök utanför SwePub

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy