SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-275702"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-275702" > The architecture of...

The architecture of gene regulatory variation across multiple human tissues : the MuTHER study.

Nica, Alexandra C (författare)
Parts, Leopold (författare)
Glass, Daniel (författare)
visa fler...
Nisbet, James (författare)
Barrett, Amy (författare)
Sekowska, Magdalena (författare)
Travers, Mary (författare)
Potter, Simon (författare)
Grundberg, Elin (författare)
Small, Kerrin (författare)
Hedman, Asa K (författare)
Bataille, Veronique (författare)
Tzenova Bell, Jordana (författare)
Surdulescu, Gabriela (författare)
Dimas, Antigone S (författare)
Ingle, Catherine (författare)
Nestle, Frank O (författare)
di Meglio, Paola (författare)
Min, Josine L (författare)
Wilk, Alicja (författare)
Hammond, Christopher J (författare)
Hassanali, Neelam (författare)
Yang, Tsun-Po (författare)
Montgomery, Stephen B (författare)
O'Rahilly, Steve (författare)
Lindgren, Cecilia M (författare)
Zondervan, Krina T (författare)
Soranzo, Nicole (författare)
Barroso, Inês (författare)
Durbin, Richard (författare)
Ahmadi, Kourosh (författare)
Deloukas, Panos (författare)
McCarthy, Mark I (författare)
Dermitzakis, Emmanouil T (författare)
Spector, Timothy D (författare)
visa färre...
2011
2011
Engelska.
Ingår i: PLoS Genetics. - 1553-7390 .- 1553-7404. ; 7:2
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • While there have been studies exploring regulatory variation in one or more tissues, the complexity of tissue-specificity in multiple primary tissues is not yet well understood. We explore in depth the role of cis-regulatory variation in three human tissues: lymphoblastoid cell lines (LCL), skin, and fat. The samples (156 LCL, 160 skin, 166 fat) were derived simultaneously from a subset of well-phenotyped healthy female twins of the MuTHER resource. We discover an abundance of cis-eQTLs in each tissue similar to previous estimates (858 or 4.7% of genes). In addition, we apply factor analysis (FA) to remove effects of latent variables, thus more than doubling the number of our discoveries (1,822 eQTL genes). The unique study design (Matched Co-Twin Analysis--MCTA) permits immediate replication of eQTLs using co-twins (93%-98%) and validation of the considerable gain in eQTL discovery after FA correction. We highlight the challenges of comparing eQTLs between tissues. After verifying previous significance threshold-based estimates of tissue-specificity, we show their limitations given their dependency on statistical power. We propose that continuous estimates of the proportion of tissue-shared signals and direct comparison of the magnitude of effect on the fold change in expression are essential properties that jointly provide a biologically realistic view of tissue-specificity. Under this framework we demonstrate that 30% of eQTLs are shared among the three tissues studied, while another 29% appear exclusively tissue-specific. However, even among the shared eQTLs, a substantial proportion (10%-20%) have significant differences in the magnitude of fold change between genotypic classes across tissues. Our results underline the need to account for the complexity of eQTL tissue-specificity in an effort to assess consequences of such variants for complex traits.

Ämnesord

NATURAL SCIENCES  -- Biological Sciences (hsv//eng)
NATURVETENSKAP  -- Biologiska vetenskaper (hsv//swe)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy