Sökning: onr:"swepub:oai:DiVA.org:uu-552573" >
Large scale investi...
Large scale investigation of GPCR molecular dynamics data uncovers allosteric sites and lateral gateways
Aranda-Garcia, David (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.;Hosp del Mar Med Res Inst IMIM, Res Programme Biomed Informat GRIB, Barcelona, Spain.
Stepniewski, Tomasz Maciej (författare)
Hosp del Mar Med Res Inst IMIM, Res Programme Biomed Informat GRIB, Barcelona, Spain.;InterAx Biotech AG, Villigen, Switzerland.
Torrens-Fontanals, Mariona (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.;Acellera Labs, Barcelona, Spain.
visa fler...
Garcia-Recio, Adrian (författare)
Hosp del Mar Med Res Inst IMIM, Res Programme Biomed Informat GRIB, Barcelona, Spain.
Lopez-Balastegui, Marta (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.;Hosp del Mar Med Res Inst IMIM, Res Programme Biomed Informat GRIB, Barcelona, Spain.
Medel-Lacruz, Brian (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.;Hosp del Mar Med Res Inst IMIM, Res Programme Biomed Informat GRIB, Barcelona, Spain.
Morales-Pastor, Adrian (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.;Hosp del Mar Med Res Inst IMIM, Res Programme Biomed Informat GRIB, Barcelona, Spain.
Peralta-Garcia, Alejandro (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.
Dieguez-Eceolaza, Miguel (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.;Hosp del Mar Med Res Inst IMIM, Res Programme Biomed Informat GRIB, Barcelona, Spain.
Sotillo-Nunez, David (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.
Ding, Tianyi (författare)
Queens Univ Belfast, Ctr Med Biol, Sch Pharm, Belfast BT9 7BL, Antrim, North Ireland.
Drabek, Matthäus (författare)
Univ Marburg, Dept Pharmaceut Chem, Marburg, Germany.
Jacquemard, Celien (författare)
Univ Strasbourg, Lab Innovat Therapeut, Strasbourg, France.
Jakowiecki, Jakub (författare)
Univ Warsaw, Fac Chem, Warsaw, Poland.;Univ Warsaw, Biol & Chem Res Ctr, Warsaw, Poland.
Jespers, Willem (författare)
Leiden Univ, Leiden Acad Ctr Drug Res, Div Drug Discovery & Safety, Leiden, Netherlands.
Jimenez-Roses, Mireia (författare)
Univ Nottingham & Birmingham, Ctr Membrane Prot & Receptors COMPARE, Birmingham, W Midlands, England.;Univ Nottingham, Nottingham, Midlands, England.;Sygnature Discovery Ltd, Nottingham, England.
Jun-Yu-Lim, Victor (författare)
Univ Marburg, Dept Pharmaceut Chem, Marburg, Germany.
Nicoli, Alessandro (författare)
Tech Univ Munich, Leibniz Inst Food Syst Biol, Freising Weihenstephan, Germany.
Orzel, Urszula (författare)
Univ Warsaw, Fac Chem, Warsaw, Poland.;Univ Warsaw, Biol & Chem Res Ctr, Warsaw, Poland.
Shahraki, Aida (författare)
Univ Marburg, Dept Pharmaceut Chem, Marburg, Germany.
Tiemann, Johanna K. S. (författare)
Univ Leipzig, Inst Med Phys & Biophys, Fak Med, D-04107 Leipzig, Germany.
Ledesma-Martin, Vicente (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.
Nerin-Fonz, Francho (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.
Suarez-Dou, Sergio (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.
Canal, Oriol (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.
Pandy-Szekeres, Gaspar (författare)
Univ Copenhagen, Dept Drug Design & Pharmacol, Copenhagen, Denmark.;HUN REN Res Ctr Nat Sci, Med Chem Res Grp, Budapest, Hungary.
Mao, Jiafei (författare)
Chinese Acad Sci, Beijing Natl Lab Mol Sci BNLMS, Inst Chem, ICCAS, Beijing, Peoples R China.;Chinese Acad Sci, Ctr Physicochem Anal & Measurement, Inst Chem, ICCAS, Beijing, Peoples R China.
Gloriam, David E. (författare)
Univ Copenhagen, Dept Drug Design & Pharmacol, Copenhagen, Denmark.
Kellenberger, Esther (författare)
Univ Strasbourg, Lab Innovat Therapeut, Strasbourg, France.
Latek, Dorota (författare)
Univ Warsaw, Fac Chem, Warsaw, Poland.
Guixa-Gonzalez, Ramon (författare)
CSIC, Dept Biol Chem, Inst Adv Chem Catalonia IQAC, E-08034 Barcelona, Spain.
Gutiérrez-de-Terán, Hugo (författare)
Uppsala universitet,Beräkningsbiologi och bioinformatik,CSIC, Res Ctr Nanomat & Nanotechnol CINN, Oviedo, Asturias, Spain.;Hlth Inst Principado Asturias ISPA, Oviedo, Asturias, Spain.
Tikhonova, Irina G. (författare)
Queens Univ Belfast, Ctr Med Biol, Sch Pharm, Belfast BT9 7BL, Antrim, North Ireland.
Hildebrand, Peter W. (författare)
Med Univ Leipzig, Inst Med Phys & Biophys, Leipzig, Sachsen, Germany.
Filizola, Marta (författare)
Icahn Sch Med Mt Sinai, Dept Pharmacol Sci, New York, NY USA.
Babu, M. Madan (författare)
St Jude Childrens Res Hosp, Dept Struct Biol, Memphis, TN USA.;St Jude Childrens Res Hosp, Ctr Excellence Data Driven Discovery, Memphis, TN USA.
Di Pizio, Antonella (författare)
Tech Univ Munich, Leibniz Inst Food Syst Biol, Freising Weihenstephan, Germany.;Tech Univ Munich, TUM Sch Life Sci, Chemoinformat & Prot Modelling, Freising Weihenstephan, Germany.
Filipek, Slawomir (författare)
Univ Warsaw, Fac Chem, Warsaw, Poland.
Kolb, Peter (författare)
Univ Marburg, Dept Pharmaceut Chem, Marburg, Germany.
Cordomi, Arnau (författare)
Univ Autonoma Barcelona UAB, Fac Biosci, Dept Biochem & Mol Biol, Cerdanyola Del Valles, Spain.
Giorgino, Toni (författare)
Natl Res Council Italy, Inst Biophys, IBF CNR, Milan, Italy.;Univ Milan, Dept Biosci, Milan, Italy.
Marti-Solano, Maria (författare)
Univ Cambridge, Dept Psychol, Cambridge, England.
Selent, Jana (författare)
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain.;Hosp del Mar Med Res Inst IMIM, Res Programme Biomed Informat GRIB, Barcelona, Spain.
visa färre...
Univ Pompeu Fabra UPF, Dept Med & Life Sci, Barcelona, Spain ;Hosp del Mar Med Res Inst IMIM, Res Programme Biomed Informat GRIB, Barcelona, Spain. Hosp del Mar Med Res Inst IMIM, Res Programme Biomed Informat GRIB, Barcelona, Spain.;InterAx Biotech AG, Villigen, Switzerland. (creator_code:org_t)
2025-02-27
2025
Engelska.
Ingår i: Nature Communications. - : Springer Nature. - 2041-1723. ; 16
Relaterad länk:
https://doi.org/10.1...
visa fler...
https://uu.diva-port... (primary) (Raw object)
https://urn.kb.se/re...
https://doi.org/10.1...
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
G protein-coupled receptors (GPCRs) constitute a functionally diverse protein family and are targets for a broad spectrum of pharmaceuticals. Technological progress in X-ray crystallography and cryogenic electron microscopy has enabled extensive, high-resolution structural characterisation of GPCRs in different conformational states. However, as highly dynamic events underlie GPCR signalling, a complete understanding of GPCR functionality requires insights into their conformational dynamics. Here, we present a large dataset of molecular dynamics simulations covering 60% of currently available GPCR structures. Our analysis reveals extensive local "breathing" motions of the receptor on a nano- to microsecond timescale and provides access to numerous previously unexplored receptor conformational states. Furthermore, we reveal that receptor flexibility impacts the shape of allosteric drug binding sites, which frequently adopt partially or completely closed states in the absence of a molecular modulator. We demonstrate that exploring membrane lipid dynamics and their interaction with GPCRs is an efficient approach to expose such hidden allosteric sites and even lateral ligand entrance gateways. The obtained insights and generated dataset on conformations, allosteric sites and lateral entrance gates in GPCRs allows us to better understand the functionality of these receptors and opens new therapeutic avenues for drug-targeting strategies.
Ämnesord
NATURVETENSKAP -- Biologi -- Molekylärbiologi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Biological Sciences -- Molecular Biology (hsv//eng)
NATURVETENSKAP -- Kemi -- Fysikalisk kemi (hsv//swe)
NATURAL SCIENCES -- Chemical Sciences -- Physical Chemistry (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
Av författaren/redakt...
Aranda-Garcia, D ...
Stepniewski, Tom ...
Torrens-Fontanal ...
Garcia-Recio, Ad ...
Lopez-Balastegui ...
Medel-Lacruz, Br ...
visa fler...
Morales-Pastor, ...
Peralta-Garcia, ...
Dieguez-Eceolaza ...
Sotillo-Nunez, D ...
Ding, Tianyi
Drabek, Matthäus
Jacquemard, Celi ...
Jakowiecki, Jaku ...
Jespers, Willem
Jimenez-Roses, M ...
Jun-Yu-Lim, Vict ...
Nicoli, Alessand ...
Orzel, Urszula
Shahraki, Aida
Tiemann, Johanna ...
Ledesma-Martin, ...
Nerin-Fonz, Fran ...
Suarez-Dou, Serg ...
Canal, Oriol
Pandy-Szekeres, ...
Mao, Jiafei
Gloriam, David E ...
Kellenberger, Es ...
Latek, Dorota
Guixa-Gonzalez, ...
Gutiérrez-de-Ter ...
Tikhonova, Irina ...
Hildebrand, Pete ...
Filizola, Marta
Babu, M. Madan
Di Pizio, Antone ...
Filipek, Slawomi ...
Kolb, Peter
Cordomi, Arnau
Giorgino, Toni
Marti-Solano, Ma ...
Selent, Jana
visa färre...
Om ämnet
NATURVETENSKAP
NATURVETENSKAP
och Biologi
och Molekylärbiologi
NATURVETENSKAP
NATURVETENSKAP
och Kemi
och Fysikalisk kemi
Artiklar i publikationen
Nature Communica ...
Av lärosätet
Uppsala universitet