onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/296850"
Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/296850" > RNA Sequencing of H...
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
RNA Sequencing of Hepatobiliary Cancer Cell Lines: Data and Applications to Mutational and Transcriptomic Profiling.
- Scherer, D. (författare)
-
- Davila Lopez, Marcela (författare)
- Gothenburg University,Göteborgs universitet,Core Facilities, Bioinformatics,Core Facilities, Bioinformatics
- Goeppert, B. (författare)
- visa fler...
- González Silos, R. (författare)
- Nova, I. (författare)
- Marcelain, K. (författare)
- Roa, J.C. (författare)
- Ibberson, D. (författare)
- Umu, S.U. (författare)
- Ballestad Rounge, T. (författare)
- Roessler, S. (författare)
- Lorenzo Bermejo, J. (författare)
- visa färre...
- (creator_code:org_t)
- 2020-09-03
- 2020
- Engelska.
- Ingår i: Cancers. - : MDPI AG. - 2072-6694. ; 12:9
- Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract
Ämnesord
Stäng
- Cancer cell lines allow the identification of clinically relevant alterations and the prediction of drug response. However, sequencing data for hepatobiliary cancer cell lines in general, and particularly gallbladder cancer (GBC), are sparse. Here, we apply RNA sequencing to characterize 10 GBC, eight hepatocellular carcinoma, and five cholangiocarcinoma (CCA) cell lines. RNA extraction, quality control, library preparation, sequencing, and pre-processing of sequencing data were implemented using state-of-the-art techniques. Public data from the MSK-IMPACT database and a large cohort of Japanese biliary tract cancer patients were used to illustrate the usage of the released data. The total number of exonic mutations varied from 7207 for the cell line NOZ to 9760 for HuCCT1. Researchers planning experiments that require TP53 mutations could use the cell lines NOZ, OCUG-1, SNU308, or YoMi. Mz-Cha-1 showed mutations in ATM, SNU308 presented SMAD4 mutations, and the only investigated cell line that showed ARID1A mutations was GB-d1. SNU478 was the cell line with the global gene expression pattern most similar to GBC, intrahepatic CCA, and extrahepatic CCA. EGFR, KMT2D, and KMT2C generally presented a higher expression in the investigated cell lines than in Japanese primary GBC tumors. We provide the scientific community with detailed mutation and gene expression data, together with three showcase applications, with the aim of facilitating the design of future in vitro cell culture assays for research on hepatobiliary cancer.
Ämnesord
- NATURVETENSKAP -- Data- och informationsvetenskap -- Bioinformatik (hsv//swe)
- NATURAL SCIENCES -- Computer and Information Sciences -- Bioinformatics (hsv//eng)
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Cancer och onkologi (hsv//swe)
- MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Cancer and Oncology (hsv//eng)
Publikations- och innehållstyp
- ref (ämneskategori)
- art (ämneskategori)
- 1 av 1
- Föregående post
- Nästa post
- Till träfflistan
Hitta mer i SwePub
- Av författaren/redakt...
- Scherer, D.
- Davila Lopez, Ma ...
- Goeppert, B.
- Abrahamsson, San ...
- González Silos, ...
- Nova, I.
- visa fler...
- Marcelain, K.
- Roa, J.C.
- Ibberson, D.
- Umu, S.U.
- Ballestad Rounge ...
- Roessler, S.
- Lorenzo Bermejo, ...
- visa färre...
- Om ämnet
-
- NATURVETENSKAP
- NATURVETENSKAP
- och Data och informa ...
- och Bioinformatik
-
- MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
- MEDICIN OCH HÄLS ...
- och Klinisk medicin
- och Cancer och onkol ...
- Artiklar i publikationen
- Cancers
- Av lärosätet
- Göteborgs universitet
Sök utanför SwePub
- Sök vidare i:
- Google Book Search
- Google Scholar
Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.
- Copyright © LIBRIS - Nationella bibliotekssystem
- LIBRIS.kb.se
