SwePub
Sök i LIBRIS databas

  Utökad sökning

onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/298860"
 

Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/298860" > Ultrasensitive DNA ...

Ultrasensitive DNA Immune Repertoire Sequencing Using Unique Molecular Identifiers.

Johansson, Gustav (författare)
Gothenburg University,Göteborgs universitet,Wallenberg Centre for Molecular and Translational Medicine,Sahlgrenska Centrum för Cancerforskning (SCCR),Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Sahlgrenska Center for Cancer Research (SCCR),Department of Laboratory Medicine
Kaltak, Melita (författare)
Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Sahlgrenska Centrum för Cancerforskning (SCCR),Department of Laboratory Medicine,Sahlgrenska Center for Cancer Research (SCCR)
Rîmniceanu, Cristiana (författare)
Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för mikrobiologi och immunologi,Institute of Biomedicine, Department of Microbiology and Immunology
visa fler...
Singh, Avadhesh Kumar, 1982 (författare)
Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för mikrobiologi och immunologi,Institute of Biomedicine, Department of Microbiology and Immunology
Lycke, Jan, 1956 (författare)
Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för klinisk neurovetenskap,Institute of Neuroscience and Physiology, Department of Clinical Neuroscience
Malmeström, Clas, 1965 (författare)
Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för neurovetenskap och fysiologi, sektionen för klinisk neurovetenskap,Institute of Neuroscience and Physiology, Department of Clinical Neuroscience
Hühn, Michael (författare)
Vaarala, Outi (författare)
Cardell, Susanna, 1959 (författare)
Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för biomedicin, avdelningen för mikrobiologi och immunologi,Institute of Biomedicine, Department of Microbiology and Immunology
Ståhlberg, Anders, 1975 (författare)
Gothenburg University,Göteborgs universitet,Sahlgrenska Centrum för Cancerforskning (SCCR),Wallenberg Centre for Molecular and Translational Medicine,Institutionen för biomedicin, avdelningen för laboratoriemedicin,Sahlgrenska Center for Cancer Research (SCCR),Department of Laboratory Medicine
visa färre...
 (creator_code:org_t)
2020-08-20
2020
Engelska.
Ingår i: Clinical chemistry. - : Oxford University Press (OUP). - 1530-8561 .- 0009-9147. ; 66:9, s. 1228-1237
Relaterad länk:
https://doi.org/10.1...
visa fler...
https://gup.ub.gu.se...
https://doi.org/10.1...
visa färre...
  • Tidskriftsartikel (refereegranskat)
Abstract Ämnesord
Stäng  
  • Immune repertoire sequencing of the T-cell receptor can identify clonotypes that have expanded as a result of antigen recognition or hematological malignancies. However, current sequencing protocols display limitations with nonuniform amplification and polymerase-induced errors during sequencing. Here, we developed a sequencing method that overcame these issues and applied it to γδ T cells, a cell type that plays a unique role in immunity, autoimmunity, homeostasis of intestine, skin, adipose tissue, and cancer biology.The ultrasensitive immune repertoire sequencing method used PCR-introduced unique molecular identifiers. We constructed a 32-panel assay that captured the full diversity of the recombined T-cell receptor delta loci in γδ T cells. The protocol was validated on synthetic reference molecules and blood samples of healthy individuals.The 32-panel assay displayed wide dynamic range, high reproducibility, and analytical sensitivity with single-nucleotide resolution. The method corrected for sequencing-depended quantification bias and polymerase-induced errors and could be applied to both enriched and nonenriched cells. Healthy donors displayed oligoclonal expansion of γδ T cells and similar frequencies of clonotypes were detected in both enrichment and nonenriched samples.Ultrasensitive immune repertoire sequencing strategy enables quantification of individual and specific clonotypes in a background that can be applied to clinical as well as basic application areas. Our approach is simple, flexible, and can easily be implemented in any molecular laboratory.

Ämnesord

MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP  -- Klinisk medicin -- Klinisk laboratoriemedicin (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES  -- Clinical Medicine -- Clinical Laboratory Medicine (hsv//eng)

Publikations- och innehållstyp

ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)

Hitta via bibliotek

Till lärosätets databas

Kungliga biblioteket hanterar dina personuppgifter i enlighet med EU:s dataskyddsförordning (2018), GDPR. Läs mer om hur det funkar här.
Så här hanterar KB dina uppgifter vid användning av denna tjänst.

 
pil uppåt Stäng

Kopiera och spara länken för att återkomma till aktuell vy