Sökning: onr:"swepub:oai:gup.ub.gu.se/359434" >
Genomic determinant...
Genomic determinants of antibiotic resistance for Helicobacter pylori treatment: a retrospective phenotypic and genotypic observational study
Martínez-Martínez, Francisco José (författare)
Tuberculosis Genomics Unit, Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV), CSIC, Spain
Chiner-Oms, Álvaro (författare)
Furió, Victoria (författare)
visa fler...
Martínez, Francisco (författare)
Furió, Victoria (författare)
Comas, Iñaki (författare)
Tuberculosis Genomics Unit, Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV), CSIC; CIBER de Epidemiología y Salud Pública, CIBERESP, Madrid, Spain
Chiner-Oms, Álvaro (författare)
Yamaoka, Yoshio (författare)
Dekker, John P (författare)
Megraud, Francis (författare)
Jauvain, Marine (författare)
Varon, Christine (författare)
Lehours, Philippe (författare)
Jehanne, Quentin (författare)
Bénéjat, Lucie (författare)
Ducournau, Astrid (författare)
Romero-Gallo, Judith (författare)
Krishna, Uma (författare)
Peek, Richard M (författare)
Piazuelo, M Blanca (författare)
Wilson, Keith T (författare)
Loh, John T (författare)
Cover, Timothy L (författare)
Vale, Filipa F (författare)
Raaf, Naïma (författare)
Aftab, Hafeza (författare)
Akada, Junko (författare)
Matsumoto, Takashi (författare)
Haesebrouck, Freddy (författare)
Bartelli, Thais F (författare)
Nunes, Diana Noronha (författare)
Pelosof, Adriane (författare)
Sztokfisz, Claudia Zitron (författare)
Dias-Neto, Emmanuel (författare)
Assumpção, Paulo Pimentel (författare)
Karagyozov, Petko (författare)
Tishkov, Ivan (författare)
Goodman, Karen J (författare)
Geary, Janis (författare)
Cromarty, Taylor J (författare)
Price, Nancy L (författare)
Quilty, Douglas (författare)
Corvalan, Alejandro H (författare)
Gonzalez, Robinson (författare)
Riquelme, Arnoldo (författare)
García-Cancino, Apolinaria (författare)
Parra-Sepúlveda, Cristian (författare)
Castillo, Francisco (författare)
Bravo, Maria Mercedes (författare)
Pazos, Alvaro (författare)
Bravo, Luis E (författare)
Fox, James G (författare)
Ramírez-Mayorga, Vanessa (författare)
Molina-Castro, Silvia (författare)
Durán-Bermúdez, Sundry (författare)
Campos-Núñez, Christian (författare)
Chaves-Cervantes, Manuel (författare)
Tshibangu-Kabamba, Evariste (författare)
Tumba, Ghislain Disashi (författare)
Tshimpi-Wola, Antoine (författare)
de Jesus Ngoma-Kisoko, Patrick (författare)
Tshibangu, Fabien Mbaya (författare)
Mukanya, Alain Cimuanga (författare)
Nkomba, Tressy Kalenga (författare)
Cruz, Modesto (författare)
Abreu, José Jiménez (författare)
Secka, Ousman (författare)
Link, Alexander (författare)
Malfertheiner, Peter (författare)
Adinortey, Michael Buenor (författare)
Bockarie, Ansumana Sandy (författare)
Adinortey, Cynthia Ayefoumi (författare)
Ofori, Eric Gyamerah (författare)
Sgouras, Dionyssios N (författare)
Martinez-Gonzalez, Beatriz (författare)
Michopoulos, Spyridon (författare)
Georgopoulos, Sotirios (författare)
Hernandez, Elisa (författare)
Dominguez, Ricardo L (författare)
Morgan, Douglas R (författare)
Harðardóttir, Hjördís (författare)
Gunnarsdóttir, Anna Ingibjörg (författare)
Guðjónsson, Hallgrímur (författare)
Jónasson, Jón Gunnlaugur (författare)
Björnsson, Einar S (författare)
Ballal, Mamatha (författare)
Shetty, Vignesh (författare)
Miftahussurur, Muhammad (författare)
Division of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer Institute, Rockville, MD, USA
Sugihartono, Titong (författare)
Alfaray, Ricky Indra (författare)
Waskito, Langgeng Agung (författare)
Fauzia, Kartika Afrida (författare)
Syam, Ari Fahrial (författare)
Maulahela, Hasan (författare)
Malekzadeh, Reza (författare)
Peretz, Avi (författare)
Azrad, Maya (författare)
On, Avi (författare)
De Re, Valli (författare)
Zanussi, Stefania (författare)
Cannizzaro, Renato (författare)
Canzonieri, Vincenzo (författare)
Shimura, Takaya (författare)
Tokunaga, Kengo (författare)
Osaki, Takako (författare)
Kamiya, Shigeru (författare)
Jadallah, Khaled (författare)
Matalka, Ismail (författare)
Igissin, Nurbek Sagynbekuly (författare)
Moldobaeva, Mariia Satarovna (författare)
Rakhat, Attokurova (författare)
Choi, Il Ju (författare)
Kim, Jae Gyu (författare)
Kim, Nayoung (författare)
Leja, Mārcis (författare)
Vangravs, Reinis (författare)
Šķenders, Ģirts (författare)
Rūdule, Aiga (författare)
Kikuste, Ilze (författare)
Vanags, Aigars (författare)
Rudzīte, Dace (författare)
Kupcinskas, Juozas (författare)
Kiudeliene, Edita (författare)
Kiudelis, Vytautas (författare)
Gedgaudas, Rolandas (författare)
Jonaitis, Paulius (författare)
Kiudelis, Gediminas (författare)
Jonaitis, Laimas (författare)
Skieceviciene, Jurgita (författare)
Vadivelu, Jamuna (författare)
Loke, Mun Fai (författare)
Vellasamy, Kumutha Malar (författare)
Herrera-Goepfert, Roberto (författare)
Alonso-Larraga, Juan Octavio (författare)
Yee, Than Than (författare)
Htet, Kyaw (författare)
Matsuhisa, Takeshi (författare)
Shrestha, Pradeep Krishna (författare)
Ansari, Shamshul (författare)
Abiodun, Olumide (författare)
Jemilohun, Christopher (författare)
Akande, Kolawole Oluseyi (författare)
Olu-Abiodun, Oluwatosin (författare)
Magaji, Francis Ajang (författare)
Omotoso, Ayodele (författare)
Okonkwo, Uchenna (författare)
Osuagwu, Chukwuemeka Chukwunwendu (författare)
Owoseni, Opeyemi O (författare)
Castaneda, Carlos (författare)
Castillo, Miluska (författare)
Velapatino, Billie (författare)
Gilman, Robert H (författare)
Krzyżek, Paweł (författare)
Gościniak, Grażyna (författare)
Pawełka, Dorota (författare)
Korona-Glowniak, Izabela (författare)
Cichoz-Lach, Halina (författare)
Oleastro, Mónica (författare)
Figueiredo, Ceu (författare)
Machado, Jose C (författare)
Ferreira, Rui M (författare)
Bordin, Dmitry S (författare)
Livzan, Maria A (författare)
Tsukanov, Vladislav V (författare)
Tan, Patrick (författare)
Yeoh, Khay Guan (författare)
Zhu, Feng (författare)
Ally, Reid (författare)
Haas, Rainer (författare)
Fischer, Wolfgang (författare)
Montes, Milagrosa (författare)
Fernández-Reyes, María (författare)
Tamayo, Esther (författare)
Lizasoain, Jacobo (författare)
Bujanda, Luis (författare)
Lario, Sergio (författare)
Ramírez-Lázaro, María José (författare)
Calvet, Xavier (författare)
Brunet-Mas, Eduard (författare)
Domper-Arnal, María José (författare)
García-Mateo, Sandra (författare)
Abad-Baroja, Daniel (författare)
Delgado-Guillena, Pedro (författare)
Moreira, Leticia (författare)
Botargues, Josep (författare)
Pérez-Martínez, Isabel (författare)
Barreiro-Alonso, Eva (författare)
Flores, Virginia (författare)
Gisbert, Javier P (författare)
Muro, Edurne Amorena (författare)
Linares, Pedro (författare)
Alcoba, Laura (författare)
Martin, Vicente (författare)
Engstrand, Lars (författare)
Enroth, Helena (författare)
Högskolan i Skövde,Institutionen för biovetenskap,Forskningsmiljön Systembiologi,Infection Biology
Keller, Peter M (författare)
Wagner, Karoline (författare)
Pohl, Daniel (författare)
Lee, Yi-Chia (författare)
Liou, Jyh-Ming (författare)
Wu, Ming-Shiang (författare)
Kocazeybek, Bekir (författare)
Sarıbas, Suat (författare)
Tasçı, İhsan (författare)
Demiryas, Süleyman (författare)
Kepil, Nuray (författare)
Quiel, Luis (författare)
Villagra, Miguel (författare)
Norton, Morgan (författare)
Johnson, Deborah (författare)
Huang, Robert J (författare)
Hwang, Joo Ha (författare)
Szymczak, Wendy (författare)
Jacobs, William R (författare)
In, Haejin (författare)
Bollag, Roni (författare)
Lopez, Aileen (författare)
Kruse, Edward J (författare)
White, Joseph (författare)
Lane, Charlotte (författare)
Gao, Yang (författare)
Gold, Benjamin D (författare)
Cruz-Correa, Marcia (författare)
González-Pons, María (författare)
Rodriguez, Luz M (författare)
Tuan, Vo Phuoc (författare)
Quy Dung, Ho Dang (författare)
Binh, Tran Thanh (författare)
Huyen Trang, Tran Thi (författare)
Van Khien, Vu (författare)
Katsura, Yukako (författare)
Gonzalez-Hormazabal, Patricio (författare)
Tarazona-Santos, Eduardo (författare)
Zamudio, Roxana (författare)
Mariño-Ramírez, Leonardo (författare)
Backert, Steffen (författare)
Naumann, Michael (författare)
Smet, Annemieke (författare)
Berg, Douglas E (författare)
Yahara, Koji (författare)
Blaser, Martin J (författare)
Vincze, Tamas (författare)
Morgan, Richard D (författare)
Roberts, Richard J (författare)
Torres, Javier (författare)
Torres, Roberto C (författare)
Noureen, Mehwish (författare)
Cherry, Joshua L (författare)
Osada, Naoki (författare)
Fukuyo, Masaki (författare)
Arita, Masanori (författare)
Sandoval-Motta, Santiago (författare)
Agostini, Rajiv Boscolo (författare)
Ghirotto, Silvia (författare)
Muñoz-Ramírez, Zilia Y (författare)
Falush, Daniel (författare)
Thorell, Kaisa, 1983 (författare)
Gothenburg University,Göteborgs universitet,Institutionen för kemi och molekylärbiologi,Department of Chemistry and Molecular Biology
Uchiyama, Ikuo (författare)
Kobayashi, Ichizo (författare)
Wang, Difei (författare)
Hicks, Belynda (författare)
Yeager, Meredith (författare)
Hutchinson, Amy (författare)
Teshome, Kedest (författare)
Jones, Kristie (författare)
Luo, Wen (författare)
Goldstein, Alisa M (författare)
Hu, Nan (författare)
Taylor, Philip R (författare)
Song, Minkyo (författare)
Yu, Kai (författare)
Zhu, Bin (författare)
Abnet, Christian C (författare)
Rabkin, Charles S (författare)
Camargo, M Constanza (författare)
Yamaoka, Yoshio (författare)
Dekker, John P (författare)
Mégraud, Francis (författare)
Bénéjat, Lucie (författare)
Ducournau, Astrid (författare)
Giese, Alban (författare)
Jehanne, Quentin (författare)
Jauvain, Marine (författare)
Camargo, M Constanza (författare)
Comas, Iñaki (författare)
Lehours, Philippe (författare)
HpGP, Research Network (författare)
visa färre...
(creator_code:org_t)
Elsevier, 2026
2026
Engelska.
Ingår i: Lancet Microbe. - : Elsevier. - 2666-5247. ; 7:1
Relaterad länk:
https://doi.org/10.1...
visa fler...
https://his.diva-por... (primary) (Raw object)
https://gup.ub.gu.se...
https://doi.org/10.1...
https://urn.kb.se/re...
http://kipublication...
visa färre...
Abstract
Ämnesord
Stäng
Background Rising antimicrobial resistance of Helicobacter pylori is a public health challenge. Genomic-based susceptibility testing allows for the identification of resistance-associated mutations, complementing conventional diagnostics and advancing towards pathogen-based personalised therapies. Our study aimed to identify genes and mutations involved in antimicrobial resistance in H pylori and evaluate the extent to which these markers can be used as predictors of phenotypic resistance against clarithromycin and levofloxacin. Methods In this retrospective phenotypic and genotypic observational study, we included 1011 H pylori whole-genome sequences and strains of known geographical origin from the H pylori Genome Project (Hp GP) collection. We performed phenotypic clarithromycin and levofloxacin susceptibility testing on a subset of 419 Hp GP strains using Etest at a centralised laboratory. A genomic analysis was conducted to identify 23S rRNA and gyrA variants and build a curated catalogue of mutations associated with resistance to clarithromycin (ie, 23S rRNA 2142A→G, 2142A→C, and 2143A→G) and levofloxacin (ie, gyrA A88V or A88P, N87K or N87I, and D91G, D91N, or D91Y). Genotype–phenotype concordance was assessed to estimate sensitivity and specificity, and the curated catalogue of resistance-associated mutations was applied to the complete Hp GP set. Region-specific prevalence of resistance-associated mutations was calculated for a combined dataset including the Hp GP genomes and 768 whole-genome sequences retrieved from the US National Center for Biotechnology Information Sequence Read Archive repository. Associations between resistance genotypes, H pylori subpopulations, and minimum inhibitory concentrations (MICs) were tested. Findings Clarithromycin-resistant and levofloxacin-resistant Hp GP strains were estimated with a sensitivity and specificity of 100%, with all confidence intervals ranging from 96% to 100%. The combined analysis (n=1779) found the highest prevalence of clarithromycin resistance in the western Pacific region (173 [51·2%] of 338 in southeast Asia and 75 [29·8%] of 252 in eastern Asia), north African region (seven [38·9%] of 18), and western Asian region (12 [31·6%] of 38), whereas the highest prevalence of levofloxacin resistance was found in south Asia (14 [51·85%] of 27), Central America (48 [38·7%] of 124), eastern Europe (four [36·4%] of 11), and southern Africa (three [33·3%] of nine). Similarly, 23S rRNA and gyrA genotypes are variable across H pylori subpopulations. MIC values changed depending on the specific mutation in 23S rRNA (mean clarithromycin MIC 24·61 mg/L [95% CI 12·27–36·96] for 2143A→G and 142·25 mg/L [95% CI 77·88–206·61] for 2142A→G) and gyrA (mean levofloxacin MIC 9·66 mg/L [95% CI 6·75–12·56] for mutations on codon 91, and 27·97 mg/L [95% CI 25·82–30·11] for mutations on codon 87). Interpretation Mutations in specific genes are reliable indicators to clarithromycin and levofloxacin resistance in H pylori , making them useful markers for the development of diagnostic assays and molecular monitoring. Our results suggest that using clarithromycin and levofloxacin empirically, without previous susceptibility testing, is unsuitable in all geographical regions covered by this study.
Ämnesord
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Medicinska och farmaceutiska grundvetenskaper -- Mikrobiologi inom det medicinska området (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Basic Medicine -- Microbiology in the Medical Area (hsv//eng)
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP -- Klinisk medicin -- Infektionsmedicin (hsv//swe)
MEDICAL AND HEALTH SCIENCES -- Clinical Medicine -- Infectious Medicine (hsv//eng)
Nyckelord
Infection Biology
Publikations- och innehållstyp
ref (ämneskategori)
art (ämneskategori)
Hitta via bibliotek
Till lärosätets databas
Av författaren/redakt...
Martínez-Martíne ...
Chiner-Oms, Álva ...
Furió, Victoria
Martínez, Franci ...
Comas, Iñaki
visa fler...
Yamaoka, Yoshio
Dekker, John P
Megraud, Francis
Jauvain, Marine
Varon, Christine
Lehours, Philipp ...
Jehanne, Quentin
Bénéjat, Lucie
Ducournau, Astri ...
Romero-Gallo, Ju ...
Krishna, Uma
Peek, Richard M
Piazuelo, M Blan ...
Wilson, Keith T
Loh, John T
Cover, Timothy L
Vale, Filipa F
Raaf, Naïma
Aftab, Hafeza
Akada, Junko
Matsumoto, Takas ...
Haesebrouck, Fre ...
Bartelli, Thais ...
Nunes, Diana Nor ...
Pelosof, Adriane
Sztokfisz, Claud ...
Dias-Neto, Emman ...
Assumpção, Paulo ...
Karagyozov, Petk ...
Tishkov, Ivan
Goodman, Karen J
Geary, Janis
Cromarty, Taylor ...
Price, Nancy L
Quilty, Douglas
Corvalan, Alejan ...
Gonzalez, Robins ...
Riquelme, Arnold ...
García-Cancino, ...
Parra-Sepúlveda, ...
Castillo, Franci ...
Bravo, Maria Mer ...
Pazos, Alvaro
Bravo, Luis E
Fox, James G
Ramírez-Mayorga, ...
Molina-Castro, S ...
Durán-Bermúdez, ...
Campos-Núñez, Ch ...
Chaves-Cervantes ...
Tshibangu-Kabamb ...
Tumba, Ghislain ...
Tshimpi-Wola, An ...
de Jesus Ngoma-K ...
Tshibangu, Fabie ...
Mukanya, Alain C ...
Nkomba, Tressy K ...
Cruz, Modesto
Abreu, José Jimé ...
Secka, Ousman
Link, Alexander
Malfertheiner, P ...
Adinortey, Micha ...
Bockarie, Ansuma ...
Adinortey, Cynth ...
Ofori, Eric Gyam ...
Sgouras, Dionyss ...
Martinez-Gonzale ...
Michopoulos, Spy ...
Georgopoulos, So ...
Hernandez, Elisa
Dominguez, Ricar ...
Morgan, Douglas ...
Harðardóttir, Hj ...
Gunnarsdóttir, A ...
Guðjónsson, Hall ...
Jónasson, Jón Gu ...
Björnsson, Einar ...
Ballal, Mamatha
Shetty, Vignesh
Miftahussurur, M ...
Sugihartono, Tit ...
Alfaray, Ricky I ...
Waskito, Langgen ...
Fauzia, Kartika ...
Syam, Ari Fahria ...
Maulahela, Hasan
Malekzadeh, Reza
Peretz, Avi
Azrad, Maya
On, Avi
De Re, Valli
Zanussi, Stefani ...
Cannizzaro, Rena ...
Canzonieri, Vinc ...
Shimura, Takaya
Tokunaga, Kengo
Osaki, Takako
Kamiya, Shigeru
Jadallah, Khaled
Matalka, Ismail
Igissin, Nurbek ...
Moldobaeva, Mari ...
Rakhat, Attokuro ...
Choi, Il Ju
Kim, Jae Gyu
Kim, Nayoung
Leja, Mārcis
Vangravs, Reinis
Šķenders, Ģirts
Rūdule, Aiga
Kikuste, Ilze
Vanags, Aigars
Rudzīte, Dace
Kupcinskas, Juoz ...
Kiudeliene, Edit ...
Kiudelis, Vytaut ...
Gedgaudas, Rolan ...
Jonaitis, Pauliu ...
Kiudelis, Gedimi ...
Jonaitis, Laimas
Skieceviciene, J ...
Vadivelu, Jamuna
Loke, Mun Fai
Vellasamy, Kumut ...
Herrera-Goepfert ...
Alonso-Larraga, ...
Yee, Than Than
Htet, Kyaw
Matsuhisa, Takes ...
Shrestha, Pradee ...
Ansari, Shamshul
Abiodun, Olumide
Jemilohun, Chris ...
Akande, Kolawole ...
Olu-Abiodun, Olu ...
Magaji, Francis ...
Omotoso, Ayodele
Okonkwo, Uchenna
Osuagwu, Chukwue ...
Owoseni, Opeyemi ...
Castaneda, Carlo ...
Castillo, Milusk ...
Velapatino, Bill ...
Gilman, Robert H
Krzyżek, Paweł
Gościniak, Graży ...
Pawełka, Dorota
Korona-Glowniak, ...
Cichoz-Lach, Hal ...
Oleastro, Mónica
Figueiredo, Ceu
Machado, Jose C
Ferreira, Rui M
Bordin, Dmitry S
Livzan, Maria A
Tsukanov, Vladis ...
Tan, Patrick
Yeoh, Khay Guan
Zhu, Feng
Ally, Reid
Haas, Rainer
Fischer, Wolfgan ...
Montes, Milagros ...
Fernández-Reyes, ...
Tamayo, Esther
Lizasoain, Jacob ...
Bujanda, Luis
Lario, Sergio
Ramírez-Lázaro, ...
Calvet, Xavier
Brunet-Mas, Edua ...
Domper-Arnal, Ma ...
García-Mateo, Sa ...
Abad-Baroja, Dan ...
Delgado-Guillena ...
Moreira, Leticia
Botargues, Josep
Pérez-Martínez, ...
Barreiro-Alonso, ...
Flores, Virginia
Gisbert, Javier ...
Muro, Edurne Amo ...
Linares, Pedro
Alcoba, Laura
Martin, Vicente
Engstrand, Lars
Enroth, Helena
Keller, Peter M
Wagner, Karoline
Pohl, Daniel
Lee, Yi-Chia
Liou, Jyh-Ming
Wu, Ming-Shiang
Kocazeybek, Beki ...
Sarıbas, Suat
Tasçı, İhsan
Demiryas, Süleym ...
Kepil, Nuray
Quiel, Luis
Villagra, Miguel
Norton, Morgan
Johnson, Deborah
Huang, Robert J
Hwang, Joo Ha
Szymczak, Wendy
Jacobs, William ...
In, Haejin
Bollag, Roni
Lopez, Aileen
Kruse, Edward J
White, Joseph
Lane, Charlotte
Gao, Yang
Gold, Benjamin D
Cruz-Correa, Mar ...
González-Pons, M ...
Rodriguez, Luz M
Tuan, Vo Phuoc
Quy Dung, Ho Dan ...
Binh, Tran Thanh
Huyen Trang, Tra ...
Van Khien, Vu
Katsura, Yukako
Gonzalez-Hormaza ...
Tarazona-Santos, ...
Zamudio, Roxana
Mariño-Ramírez, ...
Backert, Steffen
Naumann, Michael
Smet, Annemieke
Berg, Douglas E
Yahara, Koji
Blaser, Martin J
Vincze, Tamas
Morgan, Richard ...
Roberts, Richard ...
Torres, Javier
Torres, Roberto ...
Noureen, Mehwish
Cherry, Joshua L
Osada, Naoki
Fukuyo, Masaki
Arita, Masanori
Sandoval-Motta, ...
Agostini, Rajiv ...
Ghirotto, Silvia
Muñoz-Ramírez, Z ...
Falush, Daniel
Thorell, Kaisa, ...
Uchiyama, Ikuo
Kobayashi, Ichiz ...
Wang, Difei
Hicks, Belynda
Yeager, Meredith
Hutchinson, Amy
Teshome, Kedest
Jones, Kristie
Luo, Wen
Goldstein, Alisa ...
Hu, Nan
Taylor, Philip R
Song, Minkyo
Yu, Kai
Zhu, Bin
Abnet, Christian ...
Rabkin, Charles ...
Camargo, M Const ...
Mégraud, Francis
Giese, Alban
HpGP, Research N ...
visa färre...
Om ämnet
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Medicinska och f ...
och Mikrobiologi ino ...
MEDICIN OCH HÄLSOVETENSKAP
MEDICIN OCH HÄLS ...
och Klinisk medicin
och Infektionsmedici ...
Artiklar i publikationen
Lancet Microbe
Av lärosätet
Göteborgs universitet
Högskolan i Skövde
Karolinska Institutet