| 1. |
- Björner, Sofie, et al.
(författare)
-
Epithelial and Stromal MicroRNA Signatures of Columnar Cell Hyperplasia Linking Let-7c to Precancerous and Cancerous Breast Cancer Cell Proliferation
- 2014
-
Ingår i: Plos One. - : Public Library of Science (PLoS). - 1932-6203. ; 9:8
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Columnar cell hyperplasia (CCH) is the earliest histologically identifiable breast lesion linked to cancer progression and is characterized by increased proliferation, decreased apoptosis and elevated oestrogen receptor alpha (ER alpha) expression. The mechanisms underlying the initiation of these lesions have not been clarified but might involve early and fundamental changes in cancer progression. MiRNAs are key regulators of several biological processes, acting by influencing the post-transcriptional regulation of numerous targets, thus making miRNAs potential candidates in cancer initiation. Here we have defined novel epithelial as well as stromal miRNA signatures from columnar cell hyperplasia lesions compared to normal terminal duct lobular units by using microdissection and miRNA microarrays. Let-7c were among the identified downregulated epithelial miRNAs and its functions were delineated in unique CCH derived cells and breast cancer cell line MCF-7 suggesting anti-proliferative traits potentially due to effects on Myb and ER alpha. MiR-132 was upregulated in the stroma surrounding CCH compared to stoma surrounding normal terminal duct lobular units (TDLUs), and overexpression of miR-132 in immortalized fibroblasts and in fibroblasts co-cultured with epithelial CCH cells caused substantial expression changes of genes involved in metabolism, DNA damage and cell motility. The miRNA signatures identified in CCH indicate early changes in the epithelial and stromal compartment of CCH and could represent early key alterations in breast cancer progression that potentially could be targeted in novel prevention or treatment schedules.
|
|
| 2. |
- Ekelund Axelson, Lena, et al.
(författare)
-
Branschbeskrivning Trädgård : område hortikultur, utemiljö och fritidsodling
- 2012
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Det finns ett stort behov av att få kunskap om trädgårdsbranschens omfattning och betydelse.Här innefattas hortikulturell primärproduktion, utemiljöbranschen och fritidsodlingen. Branschen beskrivs bland annat i termer av arealer, antal företag, värdet i primärproduktionsledet, värdet i slutkonsumentledet, antal helårsanställda, antal säsongsanställda, forskningsvolym och utbildningsplatser. Hortikultur, trädgårdsodling karaktäriseras av ett stort antal trädgårdsväxtslag vilka intensivodlas till föda, för medicinskt eller industriellt bruk eller för estetisk användning i trädgård, park eller landskap (www.ne.se) och är också den interdisciplinära vetenskapliga plattform som är en nödvändig förutsättning för en kunskapsbaserad utveckling i trädgårdsbranschen. Den samlade produktionen av varor och tjänster inom trädgårdsbranschen, dvs. hortikulturell primärproduktion och utemiljötjänster, bedöms omfatta ca 30 miljarder kronor, fördelat på ca 7 miljarder i hortikulturell produktion av potatis, frukt, bär, grönsaker, svamp, prydnadsväxter och plantskoleväxter och ca 22 miljarder kronor av utemiljötjänster. Av värdet på hortikulturell primärproduktion, den första delen av trädgårdsbranschen, utgör ätliga produkter ungefär 70 % och prydnadsväxter samt småplantor/sticklingar 30 %. 70 % är fältodlade produkter och 30 % växthusodlade. Denna produktion sker på ca 50 000 hektar och sysselsätter motsvarande runt 8000 årsverken. Produktionen sker i ca 6000 företag. Ungefär 12 % av företagen har växthusproduktion och 90 % av antalet företag är inriktade på ätliga produkter. Trenden är att antalet företag minskar samtidigt som företagen blir allt större. Det finns samtidigt också små företag som i huvudsak odlar för den lokala marknaden. Södra Sverige och då framför allt Skåne, dominerar för flertalet produktionsinriktningar. Försäljningsvärdet i odlarledet av svensk produktion av kruk- och utplanteringsväxter, snittblommor, plantskoleväxter och liknande uppgick år 2010 till 1,6 miljarder kr. Importvärdet av växter var samtidigt ungefär 2,1 miljarder kr. Om man försöker basera konsumtionen på inhemsk produktion och import uppstår problem eftersom statistiken inte är jämförbar. Hushållens inköp av växter uppgick till ungefär 11 miljarder kr 2010. Utöver detta tillkommer en konsumtion utanför hushållen, exempelvis inköp till offentliga planteringar. Hushållens konsumtionsutgifter uppgick 2010 till knappt 19 miljarder kr för grönsaker och 14 miljarder för frukt. Enligt ett annat beräkningssätt uppgick hushållens totala inköp av frukt, grönsaker och potatis till drygt 31 miljarder kr. Av dessa utgjordes 12 miljarder av färska grönsaker och potatis och drygt 10 miljarder av färsk frukt medan resterande 9 miljarder bestod av bearbetade produkter. Utöver detta tillkommer den offentliga konsumtionen i måltider i skolor, dagis, vårdinrättningar och liknande. Den andra delen av trädgårdsbranschen, utemiljöbranschen, är det professionella arbetet med utemiljöer i form av parker, bostadsgårdar, kyrkogårdar, trädgårdar, golfbanor, dagistomter, sjukhusområden etc. Ett utmärkande drag är den starka uppsplittringen på många olika förvaltare och huvudmän. För många av dem är utemiljöverksamheten inte en huvudsyssla utan relativt marginell i förhållande till exempelvis fastighetsförvaltning i stort. Det samlade uppskattade värdet är minst 22 miljarder kronor och sysselsätter ca 33 000 personer i helårsarbeten. Enligt utredningens beräkningar är den totala omslutningen för skötsel av utemiljöer ca 17 miljarder kr, resterande 5 miljarder kr är således det samlade värdet för planering, projektering och anläggningsarbeten. Underlaget för den statistik som redovisas i denna sammanställning är inte fullständig, men bedömningen är att storleksordningarna bör stämma relativt väl. Utemiljötjänster som upplevelsetjänster (turism) och ”verksamhet inom trädgård och hälsa” har potentialen att med hortikulturen som grund omsätta mycket stora värden. Fritidsodlingen är den tredje stora delen av Trädgårdsbranschen. Det finns drygt 2,6 miljoner trädgårdar i Sverige, varav mer än 1,9 miljoner småhus, 675 000 fritidshus och över 50 000 kolonilotter. SCB uppskattar värdet av hushållens inköp av produkter för trädgården till 12,9 miljarder kr (2010). Ett fåtal universitet, institut och organisationer bedriver forskning inom hortikultur. SLU har både utbildningar, undervisning och forskning inom detta område. Tillhörigheten till landsbygdsdepartementet understryker denna profil i en jämförelse med andra lärosäten. SIK och JTI är exempel på institutsorganisationer med forskning inom området. Bedömning och beräkningar visar att hortikulturella forskningsprojekt vid LTJ- fakulteten, SLU i Alnarp i Skåne omsatte ca 22 miljoner kr (2011), såväl statsanslag som externa medel. Det utgör ca 20 % av fakultetens forskningsprojektsmedel och ca 3 % av bokförda forskningsprojektmedel inom SLU. Forskningen inom hortikultur motsvarar knappt 3 promille av branschens totala omsättning i primärproduktionsledet (ca 20 miljoner av 7 miljarder kr. Även forskning inom utemiljö bedrivs i första hand i Alnarp, men äve vis SLU iUltuna. Omfattningen var 2011 ca 32,5 miljoner kr varav hälften externa medel och hälften fakultetsmedel, vilket motsvarar 1,5 promille av utemiljöbranschens omsättning (ca 32 miljoner av 22 miljarder kr). Vid SLU finns ett flertal unika utbildningar inom hortikultur och inom utemiljöbranschen. De utbildningar som har fokus på hortikultur/trädgård är främst hortonom och trädgårdsingenjör. Andra utbildningar vid SLU som också har beröringspunkter med hortikultur är en kandidatutbildning inriktning livsmedel samt agronom utbildningen med inriktningarna landsbygdsutveckling och livsmedel i Ultuna. Landskapsarkitekter utbildas både i Uppsala och i Alnarp, landskapsingenjörer enbart i Alnarp. Om utbildningsvolymen motsvarar behovet har i dagsläget inte kunnat bedömas. Antalet utbildningsplatser på naturbruksskolor YH – utbildningar är däremot för låg. Antalet elever i årskurs 2 som har valt inriktning Trädgård på naturbruksprogrammet är 77 stycken i hela landet (våren 2012), en minskning med mer än hälften jämfört med år 2007. Elva naturbruksgymnasier har elever i årskurs 2 som valt inriktningen Trädgård. Några av skolorna har endast ett fåtal elever med denna inriktning. En konsekvens blir att antalet skolor som kan erbjuda inriktningen Trädgård inom gymnasieprogrammet kommer att minska. Yrkesvux är en nationell tidsbegränsad satsning på yrkesinriktad vuxenutbildning och en viktig rekryteringsbas för trädgårdsnäringen.
|
|
| 3. |
- Glimelius, Bengt, et al.
(författare)
-
U-CAN : a prospective longitudinal collection of biomaterials and clinical information from adult cancer patients in Sweden.
- 2018
-
Ingår i: Acta Oncologica. - : Taylor & Francis. - 0284-186X .- 1651-226X. ; 57:2, s. 187-194
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: Progress in cancer biomarker discovery is dependent on access to high-quality biological materials and high-resolution clinical data from the same cases. To overcome current limitations, a systematic prospective longitudinal sampling of multidisciplinary clinical data, blood and tissue from cancer patients was therefore initiated in 2010 by Uppsala and Umeå Universities and involving their corresponding University Hospitals, which are referral centers for one third of the Swedish population.Material and Methods: Patients with cancer of selected types who are treated at one of the participating hospitals are eligible for inclusion. The healthcare-integrated sampling scheme encompasses clinical data, questionnaires, blood, fresh frozen and formalin-fixed paraffin-embedded tissue specimens, diagnostic slides and radiology bioimaging data.Results: In this ongoing effort, 12,265 patients with brain tumors, breast cancers, colorectal cancers, gynecological cancers, hematological malignancies, lung cancers, neuroendocrine tumors or prostate cancers have been included until the end of 2016. From the 6914 patients included during the first five years, 98% were sampled for blood at diagnosis, 83% had paraffin-embedded and 58% had fresh frozen tissues collected. For Uppsala County, 55% of all cancer patients were included in the cohort.Conclusions: Close collaboration between participating hospitals and universities enabled prospective, longitudinal biobanking of blood and tissues and collection of multidisciplinary clinical data from cancer patients in the U-CAN cohort. Here, we summarize the first five years of operations, present U-CAN as a highly valuable cohort that will contribute to enhanced cancer research and describe the procedures to access samples and data.
|
|
| 4. |
- Lehn, Sophie, et al.
(författare)
-
Decreased expression of Yes-associated protein is associated with outcome in the luminal A breast cancer subgroup and with an impaired tamoxifen response
- 2014
-
Ingår i: Bmc Cancer. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1471-2407. ; 14
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: Yes-associated protein (YAP1) is frequently reported to function as an oncogene in many types of cancer, but in breast cancer results remain controversial. We set out to clarify the role of YAP1 in breast cancer by examining gene and protein expression in subgroups of patient material and by downregulating YAP1 in vitro and studying its role in response to the widely used anti-estrogen tamoxifen. Methods: YAP1 protein intensity was scored as absent, weak, intermediate or strong in two primary breast cancer cohorts (n = 144 and n = 564) and mRNA expression of YAP1 was evaluated in a gene expression dataset (n = 1107). Recurrence-free survival was analysed using the log-rank test and Cox multivariate analysis was used to test for independence. WST-1 assay was employed to measure cell viability and a luciferase ERE (estrogen responsive element) construct was used to study the effect of tamoxifen, following downregulation of YAP1 using siRNAs. Results: In the ER+ (Estrogen Receptor a positive) subgroup of the randomised cohort, YAP1 expression was inversely correlated to histological grade and proliferation (p = 0.001 and p = 0.016, respectively) whereas in the ER-(Estrogen Receptor a negative) subgroup YAP1 expression correlated positively to proliferation (p = 0.005). Notably, low YAP1 mRNA was independently associated with decreased recurrence-free survival in the gene expression dataset, specifically for the luminal A subgroup (p < 0.001) which includes low proliferating tumours of lower grade, usually associated with a good prognosis. This subgroup specificity led us to hypothesize that YAP1 may be important for response to endocrine therapies, such as tamoxifen, extensively used for luminal A breast cancers. In a tamoxifen randomised patient material, absent YAP1 protein expression was associated with impaired tamoxifen response which was significant upon interaction analysis (p = 0.042). YAP1 downregulation resulted in increased progesterone receptor (PgR) expression and a delayed and weaker tamoxifen in support of the clinical data. Conclusions: Decreased YAP1 expression is an independent prognostic factor for recurrence in the less aggressive luminal A breast cancer subgroup, likely due to the decreased tamoxifen sensitivity conferred by YAP1 downregulation.
|
|
| 5. |
- Agarwal, Prasoon
(författare)
-
Regulation of Gene Expression in Multiple Myeloma Cells and Normal Fibroblasts : Integrative Bioinformatic and Experimental Approaches
- 2014
-
Doktorsavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- The work presented in this thesis applies integrative genomic and experimental approaches to investigate mechanisms involved in regulation of gene expression in the context of disease and normal cell biology.In papers I and II, we have explored the role of epigenetic regulation of gene expression in multiple myeloma (MM). By using a bioinformatic approach we identified the Polycomb repressive complex 2 (PRC2) to be a common denominator for the underexpressed gene signature in MM. By using inhibitors of the PRC2 we showed an activation of the genes silenced by H3K27me3 and a reduction in the tumor load and increased overall survival in the in vivo 5TMM model. Using ChIP-sequencing we defined the distribution of H3K27me3 and H3K4me3 marks in MM patients cells. In an integrated bioinformatic approach, the H3K27me3-associated genes significantly correlated to under-expression in patients with less favorable survival. Thus, our data indicates the presence of a common under-expressed gene profile and provides a rationale for implementing new therapies focusing on epigenetic alterations in MM.In paper III we address the existence of a small cell population in MM presenting with differential tumorigenic properties in the 5T33MM murine model. We report that the predominant population of CD138+ cells had higher engraftment potential, higher clonogenic growth, whereas the CD138- MM cells presented with less mature phenotype and higher drug resistance. Our findings suggest that while designing treatment regimes for MM, both the cellpopulations must be targeted.In paper IV we have studied the general mechanism of differential gene expression regulation by CGGBP1 in response to growth signals in normal human fibroblasts. We found that CGGBP1 binding affects global gene expression by RNA Polymerase II. This is mediated by Alu RNAdependentinhibition of RNA Polymerase II. In presence of growth signals CGGBP1 is retained in the nuclei and exhibits enhanced Alu binding thus inhibiting RNA Polymerase III binding on Alus. Hence we suggest a mechanism by which CGGBP1 orchestrates Alu RNA-mediated regulation of RNA Polymerase II. This thesis provides new insights for using integrative bioinformatic approaches to decipher gene expression regulation mechanisms in MM and in normal cells.
|
|
| 6. |
|
|
| 7. |
- Axelson, Håkan
(författare)
-
Eyeing tumorigenesis: Notch signaling and epigenetic silencing of Rb in Drosophila.
- 2006
-
Ingår i: BioEssays. - : Wiley. - 0265-9247 .- 1521-1878. ; 28:7, s. 692-695
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Notch signaling plays an essential role in the processes of embryogenesis and cellular differentiation, and it is believed that the oncogenic effects of dysregulated Notch signaling are an anomalous reflection of the normal functions of this cascade. Nonetheless, the cellular events associated with oncogenic Notch signaling have thus far remained elusive. In a recent report, Ferres-Marco et al.((1)) described how they used the Drosphila eye as a model system and found that elevated Notch signaling in combination with activation of components of the Polycomb complex of transcriptional repressors led to metastatic growth of tumors through epigenetic silencing of the Rbf gene. Rbf is the Drosophila homologue of the retinoblastoma tumor-suppressor gene (Rb), thus it represents a novel link between Notch signaling, tumor growth and metastasis.
|
|
| 8. |
|
|
| 9. |
|
|
| 10. |
- Axelson, Håkan, et al.
(författare)
-
Renal stem cells and their implications for kidney cancer.
- 2013
-
Ingår i: Seminars in Cancer Biology. - : Elsevier BV. - 1096-3650 .- 1044-579X. ; 23:1, s. 56-61
-
Forskningsöversikt (refereegranskat)abstract
- The renal cell carcinomas (RCC) denote a diverse set of neoplasias with unique genetic and histological features. The RCCs emanate from the renal tubule, a highly heterogeneous epithelial structure, and depending on which cell is malignified the resulting cancer displays unique characteristics. Notwithstanding this, the cells of origin for the RCC forms are far from established, and only inferred by the accumulated weight of marker similarities, not always providing an unequivocal picture. The tubular epithelium is normally mitotically quiescent, but demonstrates a considerable regenerative capacity upon renal injury. Recently the hypothesis that regeneration is driven by adult stem cells has been added experimental support, providing further complexity to the issue of renal carcinogenesis. Whether these cells are linked to RCC is an open question. In the present review we therefore present the prevailing theories regarding kidney regeneration, since a better understanding of this process might be of relevance when considering the different malignancies that arise from kidney epithelium. Our own results show that papillary renal cell carcinoma displays considerable similarities to proximal tubular progenitor cells and we suggest that this tumor form may develop in a multi-step fashion via benign renal adenomas. The putative connection between renal stem cells and carcinomas is, however, not clarified, since the current understanding of the renal stem cell system is not complete. It is clear that the efforts to isolate and characterize renal progenitor/stem cells suffer from numerous technical limitations and that it remains likely that the kidney harbors different stem cell pools with a restricted differentiation potential.
|
|
