| 1. |
- Wang, Zhaoming, et al.
(författare)
-
Imputation and subset-based association analysis across different cancer types identifies multiple independent risk loci in the TERT-CLPTM1L region on chromosome 5p15.33
- 2014
-
Ingår i: Human Molecular Genetics. - : Oxford University Press (OUP). - 0964-6906 .- 1460-2083. ; 23:24, s. 6616-6633
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Genome-wide association studies (GWAS) have mapped risk alleles for at least 10 distinct cancers to a small region of 63 000 bp on chromosome 5p15.33. This region harbors the TERT and CLPTM1L genes; the former encodes the catalytic subunit of telomerase reverse transcriptase and the latter may play a role in apoptosis. To investigate further the genetic architecture of common susceptibility alleles in this region, we conducted an agnostic subset-based meta-analysis (association analysis based on subsets) across six distinct cancers in 34 248 cases and 45 036 controls. Based on sequential conditional analysis, we identified as many as six independent risk loci marked by common single-nucleotide polymorphisms: five in the TERT gene (Region 1: rs7726159, P = 2.10 × 10(-39); Region 3: rs2853677, P = 3.30 × 10(-36) and PConditional = 2.36 × 10(-8); Region 4: rs2736098, P = 3.87 × 10(-12) and PConditional = 5.19 × 10(-6), Region 5: rs13172201, P = 0.041 and PConditional = 2.04 × 10(-6); and Region 6: rs10069690, P = 7.49 × 10(-15) and PConditional = 5.35 × 10(-7)) and one in the neighboring CLPTM1L gene (Region 2: rs451360; P = 1.90 × 10(-18) and PConditional = 7.06 × 10(-16)). Between three and five cancers mapped to each independent locus with both risk-enhancing and protective effects. Allele-specific effects on DNA methylation were seen for a subset of risk loci, indicating that methylation and subsequent effects on gene expression may contribute to the biology of risk variants on 5p15.33. Our results provide strong support for extensive pleiotropy across this region of 5p15.33, to an extent not previously observed in other cancer susceptibility loci.
|
|
| 2. |
- Jacobs, Kevin B, et al.
(författare)
-
Detectable clonal mosaicism and its relationship to aging and cancer.
- 2012
-
Ingår i: Nature Genetics. - New York : Nature Publishing Group. - 1061-4036 .- 1546-1718. ; 44:6, s. 651-658
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- In an analysis of 31,717 cancer cases and 26,136 cancer-free controls from 13 genome-wide association studies, we observed large chromosomal abnormalities in a subset of clones in DNA obtained from blood or buccal samples. We observed mosaic abnormalities, either aneuploidy or copy-neutral loss of heterozygosity, of >2 Mb in size in autosomes of 517 individuals (0.89%), with abnormal cell proportions of between 7% and 95%. In cancer-free individuals, frequency increased with age, from 0.23% under 50 years to 1.91% between 75 and 79 years (P = 4.8 × 10(-8)). Mosaic abnormalities were more frequent in individuals with solid tumors (0.97% versus 0.74% in cancer-free individuals; odds ratio (OR) = 1.25; P = 0.016), with stronger association with cases who had DNA collected before diagnosis or treatment (OR = 1.45; P = 0.0005). Detectable mosaicism was also more common in individuals for whom DNA was collected at least 1 year before diagnosis with leukemia compared to cancer-free individuals (OR = 35.4; P = 3.8 × 10(-11)). These findings underscore the time-dependent nature of somatic events in the etiology of cancer and potentially other late-onset diseases.
|
|
| 3. |
- Melin, Beatrice, et al.
(författare)
-
Known glioma risk loci are associated with glioma with a family history of brain tumours : a case-control gene association study
- 2013
-
Ingår i: International Journal of Cancer. - : Wiley. - 0020-7136 .- 1097-0215. ; 132:10, s. 2464-2468
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Familial cancer can be used to leverage genetic association studies. Recent genome-wide association studies have reported independent associations between seven single nucleotide polymorphisms (SNPs) and risk of glioma. The aim of this study was to investigate whether glioma cases with a positive family history of brain tumours, defined as having at least one first- or second-degree relative with a history of brain tumour, are associated with known glioma risk loci. One thousand four hundred and thirty-one glioma cases and 2,868 cancer-free controls were identified from four casecontrol studies and two prospective cohorts from USA, Sweden and Denmark and genotyped for seven SNPs previously reported to be associated with glioma risk in casecontrol designed studies. Odds ratios were calculated by unconditional logistic regression. In analyses including glioma cases with a family history of brain tumours (n = 104) and control subjects free of glioma at baseline, three of seven SNPs were associated with glioma risk: rs2736100 (5p15.33, TERT), rs4977756 (9p21.3, CDKN2A-CDKN2B) and rs6010620 (20q13.33, RTEL1). After Bonferroni correction for multiple comparisons, only one marker was statistically significantly associated with glioma risk, rs6010620 (ORtrend for the minor (A) allele, 0.39; 95% CI: 0.250.61; Bonferroni adjusted ptrend, 1.7 x 104). In conclusion, as previously shown for glioma regardless of family history of brain tumours, rs6010620 (RTEL1) was associated with an increased risk of glioma when restricting to cases with family history of brain tumours. These findings require confirmation in further studies with a larger number of glioma cases with a family history of brain tumours.
|
|
| 4. |
- Sampson, Joshua N., et al.
(författare)
-
Analysis of Heritability and Shared Heritability Based on Genome-Wide Association Studies for 13 Cancer Types
- 2015
-
Ingår i: Journal of the National Cancer Institute. - : Oxford University Press (OUP). - 0027-8874 .- 1460-2105. ; 107:12
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: Studies of related individuals have consistently demonstrated notable familial aggregation of cancer. We aim to estimate the heritability and genetic correlation attributable to the additive effects of common single-nucleotide polymorphisms (SNPs) for cancer at 13 anatomical sites. Methods: Between 2007 and 2014, the US National Cancer Institute has generated data from genome-wide association studies (GWAS) for 49 492 cancer case patients and 34 131 control patients. We apply novel mixed model methodology (GCTA) to this GWAS data to estimate the heritability of individual cancers, as well as the proportion of heritability attributable to cigarette smoking in smoking-related cancers, and the genetic correlation between pairs of cancers. Results: GWAS heritability was statistically significant at nearly all sites, with the estimates of array-based heritability, h(l)(2), on the liability threshold (LT) scale ranging from 0.05 to 0.38. Estimating the combined heritability of multiple smoking characteristics, we calculate that at least 24% (95% confidence interval [CI] = 14% to 37%) and 7% (95% CI = 4% to 11%) of the heritability for lung and bladder cancer, respectively, can be attributed to genetic determinants of smoking. Most pairs of cancers studied did not show evidence of strong genetic correlation. We found only four pairs of cancers with marginally statistically significant correlations, specifically kidney and testes (rho = 0.73, SE = 0.28), diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) and pediatric osteosarcoma (rho = 0.53, SE = 0.21), DLBCL and chronic lymphocytic leukemia (CLL) (rho = 0.51, SE = 0.18), and bladder and lung (rho = 0.35, SE = 0.14). Correlation analysis also indicates that the genetic architecture of lung cancer differs between a smoking population of European ancestry and a nonsmoking Asian population, allowing for the possibility that the genetic etiology for the same disease can vary by population and environmental exposures. Conclusion: Our results provide important insights into the genetic architecture of cancers and suggest new avenues for investigation.
|
|
| 5. |
- Wang, Anqi, et al.
(författare)
-
Characterizing prostate cancer risk through multi-ancestry genome-wide discovery of 187 novel risk variants
- 2023
-
Ingår i: Nature Genetics. - : Springer Nature. - 1061-4036 .- 1546-1718. ; 55:12, s. 2065-2074
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The transferability and clinical value of genetic risk scores (GRSs) across populations remain limited due to an imbalance in genetic studies across ancestrally diverse populations. Here we conducted a multi-ancestry genome-wide association study of 156,319 prostate cancer cases and 788,443 controls of European, African, Asian and Hispanic men, reflecting a 57% increase in the number of non-European cases over previous prostate cancer genome-wide association studies. We identified 187 novel risk variants for prostate cancer, increasing the total number of risk variants to 451. An externally replicated multi-ancestry GRS was associated with risk that ranged from 1.8 (per standard deviation) in African ancestry men to 2.2 in European ancestry men. The GRS was associated with a greater risk of aggressive versus non-aggressive disease in men of African ancestry (P = 0.03). Our study presents novel prostate cancer susceptibility loci and a GRS with effective risk stratification across ancestry groups.
|
|
| 6. |
- Berglund, Ulla, et al.
(författare)
-
Landskapsanalys för transportinfrastruktur : en kunskaps- och metodredovisning för utveckling av väg- och järnvägsprojekt i enlighet med den Europeiska Landskapskonventionen
- 2013
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Rapporten ”Landskapsanalys för transportinfrastruktur” har tagits fram inom forskningsprojektet ”Bättre landskapsanalys för transportsektorn” (2010-2013) i samverkan mellan SLU och VTI och handlar om hur man kan arbeta med landskapsanalys (LA) i planläggningsprocessen för väg- ochjärnvägsprojekt. Vi kallar den ett kunskapsunderlag, och dess främsta syfte är att förmedla relevantkunskap från forskarsamhället till Trafikverkets landskapsexperter och därmed stödja Trafikverketsmöjligheter att leverera den landskapsanpassade infrastruktur som regeringen kräver.Fokus för arbetet har varit planläggningsfasen, dvs. när man enligt den sammanhållna vägprocessenkommit så långt att vägen/järnvägen ska prövas i en fysisk miljö.
|
|
| 7. |
- Berglund, Ulla, et al.
(författare)
-
Landskapsanalys för transportinfrastruktur : en kunskaps- och metodredovisning för utveckling av väg- och järnvägsprojekt i enlighet med den Europeiska Landskapskonventionen
- 2013
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Rapporten ”Landskapsanalys för transportinfrastruktur …” har tagits fram inom forskningsprojektet ”Bättre landskapsanalys för transportsektorn” (2010-2013) i samverkan mellan SLU och VTI och handlar om hur man kan arbeta med landskapsanalys (LA) i planläggningsprocessen för väg- och järnvägsprojekt. Vi kallar den ett kunskapsunderlag, och dess främsta syfte är att förmedla relevant kunskap från forskarsamhället till Trafikverkets landskapsexperter och därmed stödja Trafikverkets möjligheter att leverera den landskapsanpassade infrastruktur som regeringen kräver. Fokus för arbetet har varit planläggningsfasen, dvs. när man enligt den sammanhållna vägprocessen kommit så långt att vägen/järnvägen ska prövas i en fysisk miljö. Den här rapporten tar vid efter det strategiska skede som hanteras i rapporten ”Landskap i långsiktig planering” (Trafikverket 2012). ”Projektet har utförts med utgångspunkt i att LA ska vara en grund på vilken MKBprocessen vilar men också ge viktig bakgrundskunskap för gestaltningsprogrammet (GP). En anledning till projektets tillkomst är de ökade krav på helhetssyn som den Europeiska landskapskonventionen (ECL), som trädde ikraft i Sverige 2011, ställer på projekt som påverkar landskap. Det gäller inte bara landskap som har bedömts som vetenskapligt värdefulla eller har erkänt stora skönhetsvärden, utan också de så kallade vardagslandskap som omger våra städer och samhällen. Det är landskap där många människor bor, arbetar och tillbringar sin fritid och där utbyggnad av transportinfrastruktur får stor påverkan på de värden som är viktiga för brukarna. ELC betonar landskapets betydelse som en del i människors utformande av sin egen identitet såväl som sin gruppidentitet och dessutom allas rätt att vara delaktiga i värderingen av de landskap som berör dem. Europarådet (2008) skriver i sina rekommendationer för implementeringen av ELC att allmänhetens medverkan bör finnas med genom hela planerings- och beslutsprocessen i frågor som rör landskap. För det anför man dels demokratiska skäl, som grundar sig i uppfattningen att alla människor har intressen i landskapet och i den meningen också är sakägare. Dels anförs kunskapsskäl, närmare bestämt att genom allmänhetens medverkan öka medvetenheten om landskapet och dess värden såväl hos allmänheten som hos berörda experter. Arbetet inom projektet har bland annat gått ut på att finna och beskriva metoder som passar att användas i infrastrukturprojekt och som på ett rimligt sätt motsvarar det ELC föreskriver och rekommenderar. Särskilt fokus har satts på frågan om hur den berörda allmänhetens syn på sina landskap ska kunna komplettera och samverka med den expertkunskap som hittills helt dominerat LA inom transportsektorn. Den utgångspunkt som vi valt är den väl beskrivna och prövade metodansatsen ”Landscape Character assessment” (LCA) från Storbritannien, som har ett brett angreppssätt men kan sägas vara mindre välutvecklad när det gäller frågor kring landskapets historia och utveckling. Därför visar vi hur man kan kombinera den med metoden ”Historic Landscape Characterisation” (HLC) och hur man kan arbeta i de båda faserna beskrivnings- respektive bedömningsfas. På svenska benämner vi dessa metoder: landskapskaraktärisering respektive historisk landskapskaraktärisering. Eftersom utvecklingen av allmänhetens medverkan i LA inte är så stark överhuvudtaget har vi också fångat upp och delvis själva utvecklat metoder för dialog med berörda människor, där deras värderingar står i fokus. Det gäller en kartbaserad enkät, kartnålsmetoden, och en variant på gåtursmetoden som vi här kort och gott kallar busstur. Frågan om ljud – inte bara buller – är också ett ämne där LA hittills varit relativt svag. Där har vi bedrivit utvecklingsarbete, som resulterat i en mobilapplikation för karaktärisering av ljudlandskap. I uppdraget för det här projektet har det inte ingått att studera ekologisk landskapsanalys i sig. Däremot har vi redovisat hur vi tänker att den ekologiska analysen, landskapskaraktäriseringen 8 landskapsanalys för transportinfrastruktur och den historiska landskapskaraktäriseringen ska kunna samverka för det eftersträvade helhetsperspektivet. För att nå detta menar vi vidare att metoderna kulturmiljöanalys (DIVE) och strukturanalys också kan ge viktiga bidrag. Vi presenterar kort dessa metoder och deras tänkta roller i LA för väg- och järnvägsprojekt. Landskapskaraktärisering är alltså inte en enhetlig metod utan det vi kallar ansats eller ramverk, som kan anpassas efter projektets art och skala och efter landskapets egenskaper, dess sårbarhet och vilka värden som kan förutses ha betydelse för allmänheten såväl som för vetenskap och andra intressen. I rapporten finns därför information om hur olika specifika metoder kan kombineras och dessutom viss information om hur man kan prioritera i olika fall, vilka underlagsmaterial som kan var lämpliga etc. Kravet på att ge berörd allmänhet såväl som andra sakägare möjlighet att medverka i landskapskaraktäriseringen innebär knappast att specialisterna, landskapsexperterna, får mindre ansvar i processen. Frågan om kommunikation med sakägarna och sammanvägning av olika intressen kräver stor omsorg och skicklighet. I rapporten noterar vi det och ger förslag om hur denna kommunikation ska kunna planeras och utföras på ett effektivt och kvalitativt gott sätt. I många väg- och järnvägsprojekt krävs att en MKB genomförs för att i förväg beskriva vilka konsekevenser för människors hälsa och för miljön som projektet ifråga kan komma att ge upphov till. Vi beskriver i rapporten hur kunskap från den genomförda LA kan användas som underlag för MKB i flera avseenden och vid olika tillfällen i vägplanläggningen. På motsvarande vis vill vi också peka på hur kunskap som tas fram inom LA kan vara till nytta i arbetet med det Gestaltningsprogram (GP) som arbetas fram inom planläggningsprocessen. MKB och GP kan i många fall ses som slutprodukter för en stor del av arbetet med LA. För att LA skall kunna bidra till väg- och järnvägsplanläggning och till MKB och GP behöver krav ställas på dem som har att genomföra LA. Vi har inom ramen för projektet undersökt vad som bör ingå av kvalitets- och kompetenskrav vid upphandling av LA. Detta redovisas i rapporten som ett förslag på vad en upphandling bör innehålla. Avslutningsvis finns i rapporten en översikt och beskrivning i tabellform av exempel på projekt och metoder som vi hänvisat till i texten. Den innehåller uppgifter om sammanhang, genomförande, mm. och länkar eller andra hänvisningar till källor för vidare läsning.
|
|
| 8. |
- Berglund, Ulla, et al.
(författare)
-
Om landskap och landskapsanalys för väg och järnväg : ett kunskapsunderlag med fokus på begrepp och exempel
- 2011
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Landskapets och landskapsanalysens roll i planeringen påverkas av implementeringen av den europeiska landskapskonventionen (ELC) som nyligen inletts i Sverige. Kravet ökar på hantering av landskapsfrågor och på medverkan från allmänheten i till exempel infrastrukturprojekt. Därför behöver olika aktörer få aktuell kunskap om landskap och analys av landskap och så långt möjligt skaffa sig gemensamma referensramar i ämnet. Vägar och järnvägar har en avgörande betydelse för människors möjligheter att uppleva landskap. Samtidigt utgör de ingrepp som kräver kunskap och respekt för de landskap med sina sociala sammanhang som påverkas. Genom ELC har fokus ökat på ”vardagslandskapet”, dvs. de landskap som används och värderas av människor oavsett sådana värden som utomstående experter kan bedöma. Den här rapporten är den första redovisningen i ett forskningsuppdrag från Trafikverket: Bättre landskapsanalys för transportsektorn. Vi kallar den kunskapsunderlag, och den ska vara en källa till bildning och utbildning i frågor som rör landskap och landskapsanalys med fokus på vägoch järnvägsplanering. Arbetet utgår från en bred genomgång av forskning om landskap som fenomen och begrepp, om upplevelse av landskap och om människors möjligheter att påverka landskap och landskapsplanering. Vi har inte begränsat oss till, men särkilt lyft fram sådan kunskap, som har direkt relevans för tranportinfrastruktur och för nordiska förhållanden. Rapporten redogör för ELC: s förhållande till landskapet som sådant och till olika aspekter av landskap. Ett särskilt fokus har lagts på att utreda begreppen landskap och identitet och relatera dem till andra, centrala begrepp som ”plats” och ”karaktär”. Ett avsnitt hanterar allmänhetens medverkan i landskapsanalyser och planering. Vidare diskuteras olika typer av landskapsanalyser och ett antal goda exempel presenteras och gås igenom. Landskapet finns överallt och landskapsbegreppet kan användasi olika skalor, inte bara om stora områden. Det har också relevans likaväl i städer som på landsbygden. Infrastrukturen berör alla slags landskap. Med den här rapporten hoppas vi bidra till ett ökat intresse för landskapet i sin helhet, särskilt hos dem som genom stora projekt sätter avgörande och långvariga avtryck i vår gemensamma livsmiljö
|
|
| 9. |
- Brent, Louise, et al.
(författare)
-
Nursing care of fragility fracture patients
- 2018
-
Ingår i: Injury. - : Elsevier. - 0020-1383 .- 1879-0267. ; 49:8, s. 1409-1412
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The challenge of caring for patients with fragility fractures is particularly acute for nursing teams who are in short supply and work with patients following fracture on a 24 h basis, coordinating as well as providing complex care. This paper considers the role of nurses within the orthogeriatric team and highlights the value of effective nursing care in patient outcomes. It explores the nature of nursing for patients with fragility fracture with a focus on the provision of safe and effective care and the coordination of care across the interdisciplinary team. It also highlights the need for specific skills in orthopaedic and geriatric nursing as well as specialist education. (C) 2018 Elsevier Ltd. All rights reserved.
|
|
| 10. |
- Butler, Andrew, et al.
(författare)
-
Awareness-raising of landscape in practice. An analysis of Landscape Character Assessments in England
- 2014
-
Ingår i: Land Use Policy. - : Elsevier BV. - 0264-8377 .- 1873-5754. ; 36, s. 441-449
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Awareness-raising is one of the measures which signatories to the European Landscape Convention are expected to realise, yet it is unclear what awareness-raising entails when related to an ambiguous subject such as landscape. Our study builds a conceptual understanding of awareness-raising of landscape, recognising that it cannot be a purely top-down process but needs to be seen as a "multi-directional transfer of knowledge" or "co-creation of meaning". We have used this conceptual understanding as a lens for analysing practices which in some form help raise awareness of landscape. Document studies of Landscape Character Assessments undertaken in England since 2007 and interviews with key actors involved in Landscape Character Assessments were carried out in order to understand how awareness-raising is addressed. The findings suggest that while often overlooked or recognised as a top down endeavour landscape assessments have potential to develop co-creation of meaning.
|
|
