| 1. |
- Ericsson, Olle, et al.
(författare)
-
Clinical validation of a novel automated cell-free DNA screening assay for trisomies 21, 13, and 18 in maternal plasma.
- 2019
-
Ingår i: Prenatal diagnosis. - : Wiley. - 1097-0223 .- 0197-3851. ; 39:11, s. 1011-1015
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- To evaluate clinical performance of a new automated cell-free (cf)DNA assay in maternal plasma screening for trisomies 21, 18, and 13, and to determine fetal sex.Maternal plasma samples from 1200 singleton pregnancies were analyzed with a new non-sequencing cfDNA method, which is based on imaging and counting specific chromosome targets. Reference outcomes were determined by either cytogenetic testing, of amniotic fluid or chorionic villi, or clinical examination of neonates.The samples examined included 158 fetal aneuploidies. Sensitivity was 100% (112/112) for trisomy 21, 89% (32/36) for trisomy 18, and 100% (10/10) for trisomy 13. The respective specificities were 100%, 99.5%, and 99.9%. There were five first pass failures (0.4%), all in unaffected pregnancies. Sex classification was performed on 979 of the samples and 99.6% (975/979) provided a concordant result.The new automated cfDNA assay has high sensitivity and specificity for trisomies 21, 18, and 13 and accurate classification of fetal sex, while maintaining a low failure rate. The study demonstrated that cfDNA testing can be simplified and automated to reduce cost and thereby enabling wider population-based screening.
|
|
| 2. |
- Bergemalm, Daniel, 1977-, et al.
(författare)
-
Systemic Inflammation in Preclinical Ulcerative Colitis
- 2021
-
Ingår i: Gastroenterology. - : AGA Institute. - 0016-5085 .- 1528-0012. ; 161:5, s. 1526-1539.e9
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background & Aims: Preclinical ulcerative colitis is poorly defined. We aimed to characterize the preclinical systemic inflammation in ulcerative colitis, using a comprehensive set of proteins.Methods: We obtained plasma samples biobanked from individuals who developed ulcerative colitis later in life (n = 72) and matched healthy controls (n = 140) within a population-based screening cohort. We measured 92 proteins related to inflammation using a proximity extension assay. The biologic relevance of these findings was validated in an inception cohort of patients with ulcerative colitis (n = 101) and healthy controls (n = 50). To examine the influence of genetic and environmental factors on these markers, a cohort of healthy twin siblings of patients with ulcerative colitis (n = 41) and matched healthy controls (n = 37) were explored.Results: Six proteins (MMP10, CXCL9, CCL11, SLAMF1, CXCL11 and MCP-1) were up-regulated (P < .05) in preclinical ulcerative colitis compared with controls based on both univariate and multivariable models. Ingenuity Pathway Analyses identified several potential key regulators, including interleukin-1β, tumor necrosis factor, interferon-gamma, oncostatin M, nuclear factor-κB, interleukin-6, and interleukin-4. For validation, we built a multivariable model to predict disease in the inception cohort. The model discriminated treatment-naïve patients with ulcerative colitis from controls with leave-one-out cross-validation (area under the curve = 0.92). Consistently, MMP10, CXCL9, CXCL11, and MCP-1, but not CCL11 and SLAMF1, were significantly up-regulated among the healthy twin siblings, even though their relative abundances seemed higher in incident ulcerative colitis.Conclusions: A set of inflammatory proteins are up-regulated several years before a diagnosis of ulcerative colitis. These proteins were highly predictive of an ulcerative colitis diagnosis, and some seemed to be up-regulated already at exposure to genetic and environmental risk factors.
|
|
| 3. |
|
|
| 4. |
|
|
| 5. |
- Edenius, Lars, et al.
(författare)
-
Referensområden som verktyg för viltförvaltningsunderlag
- 2019
-
Ingår i: Fakta. Skog. - 1400-7789.
-
Annan publikation (populärvet., debatt m.m.)abstract
- Referensområden är områden där vi följer populationer av älg och andra viltarter, samt förändringar i landskapet, mer intensivt.Referensområden är viktiga för att utveckla övervakningsmetoder och skaffa sig bra kunskap om hur systemet fungerar, för utbildning, samt som demonstrationsområden.Referensområden förväntas bli en viktig komponent i den nya ekosystembaserade viltförvaltningen.Slaktvikter, reproduktionsdata, åldersstruktur, älgtäthet, fodermängder, betestryck och skogsskador är exempel på data som är relevanta att samla in i referensområden för den nya älgförvaltningens behov.SLU har flera områden och försöksparker som kan utvecklas till nationella referensområden.Fördjupad övervakning inom referensområden är ett viktigt komplement till förvaltningsinventeringar inom miljöanalys och viltövervakning.
|
|
| 6. |
- Hofmeester, Tim, et al.
(författare)
-
Övervakning av vissa mindre däggdjur : Metoder och pågående övervakning
- 2023
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Det är grundläggande för all viltförvaltning att veta hur många individer det finns av olika arter, och hur antalen förändras över tid. Sådan information samlas in genom olika former av inventeringsmetoder inom ramen för viltövervakningen. Naturvårdsverket har givit Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) i uppdrag att ta fram en kunskapsöversikt över befintliga övervakningsmetoder och -system för de mindre däggdjursarter som jagas under allmän jakttid, samt de främmande arterna mink och vildkanin. Därutöver omfattar uppdraget även smågnagare, i och med deras betydelse för viktiga processer i ekosystemen. Rapporten utgör en del i ett pågående arbete att utreda möjligheterna för en integrerad viltövervakning i framtiden. Med undantag för smågnagare saknas riktade övervakningsprogram för arterna som tas upp i rapporten. Därmed baseras dagens kunskap främst på data från Artportalen samt avskjutningsstatistik, i bägge fallen insamlade genom frivilliga insatser med begränsade möjligheter till kvalitetssäkring. Andra data än antal individer som observerats, fångats eller fällts saknas i huvudsak. Genom att data från olika förvaltningsprojekt på lokal och regional skala också läggs in i Artportalen kan befintliga data både från allmänheten och den offentliga förvaltningen samlas och analyseras på ett enhetligt sätt. Så sker redan till viss del, men det finns möjligheter att utöka samordningen av insamlade data. Nya metoder erbjuder helt nya möjligheter att samla in kvalitetssäkrade data både för förekomst och för olika beteenden, dels genom kontrollerade övervakningsprogram dels genom bilder från allmänheten. Utvecklingen av viltkameror som tar bilder automatiskt när djur visar sig är på väg att revolutionera viltövervakningen. Det gäller särskilt djur som är nattaktiva eller svåra att följa av andra skäl. På motsvarande vis innebär möjligheten att ta bilder genom tubkikare att observationer kan kvalitetssäkras. Även utvecklingen av miljö-DNA som övervakningsmetod erbjuder nya möjligheter i framtiden. Parallellt med den tekniska utvecklingen tas allt mer komplexa statistiska metoder fram, som kan kombinera datakällor för att öka både precision och noggrannhet av populationsskattningar. Ny teknik och nya analysmetoder erbjuder en stor potential till förbättrad viltövervakning på kostnadseffektiva sätt. Dessa metoder behöver dock fortfarande kvalitetssäkras genom att jämföras med mer traditionella metoder, samt kalibreras för att möjliggöra att bygga vidare på befintliga tidsserier. Sammantaget är det tydligt att det idag saknas helhetsgrepp för övervakningen av mindre däggdjur. Samtidigt erbjuder ny teknik och nya metoder helt nya möjligheter att övervaka arter med olika ekologi kostnadseffektivt. Därmed möjliggörs en integrerad viltövervakning på ett helt nytt sätt.
|
|
| 7. |
|
|
| 8. |
- Andree, Maria, et al.
(författare)
-
Knowledge Products from Close-To-Practice Research
- 2024
-
Ingår i: Round table presentation at the NERA-conference, 6-8 March, Malnö University.
-
Konferensbidrag (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- ‘Close-to-practice research’ has received increased attention across the Nordic countries. Following the British Education Research Association (BERA), the notion of ‘close-to-practice research’ is used to refer to educational research that is based on problems in practice, often involves researchers working in partnership with practitioners in schools and addresses issues of relevance to practitioners. This roundtable focuses on how close-to-practice research can contribute to the knowledge base of the teaching profession by bringing together perspectives from didactics, school improvement and educational policy. More specifically, the interest is directed toward what characterizes the knowledge produced through practice-based research that may have significance for teachers' professional knowledge base and practice. The roundtable conversation builds on a previous analysis of what kinds of knowledge products are generated in didactic close-to-practice research where teachers and researchers work together within the research environment Stockholm Teaching & Learning Studies. As a result of this analysis a typology of knowledge products was proposed including: (i) descriptions of knowing, (ii) teaching design, (iii) didactic examples and (iv) methodological tools. It has been proposed that additional knowledge products may be developed, such as artifacts to be used in teaching (e.g. lesson plans, visual representations). The roundtable will include the following points of discussion: 1) a brief presentation of the typology, 2) challenging and developing the typology of knowledge products proposed by previous research by investigating different cases of close-to-practice research from traditions of action research and practice-developing research within subject-didactics, and 3) discussing how the notion of knowledge products may contribute to advancing the conversation on cumulativity in the field of educational research in general, and in relation to syntheses of close-to-practice research in particular. The participants will be engaged in conversations on the desirability and feasibility of striving towards cumulativity.
|
|
| 9. |
- Birgegård, Gunnar, 1944-, et al.
(författare)
-
Evaluation of beta globin mRNA as an early marker of haemoglobin response to epoetin treatment
- 2007
-
Ingår i: Medical Oncology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1357-0560 .- 1559-131X. ; 24:3, s. 318-322
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Approximately 60% of anaemic cancer patients respond to epoetin treatment. An early marker of response would be valuable in order to avoid ineffective treatment. We have previously shown that beta globin mRNA increases rapidly after epoetin beta treatment of healthy controls. In the present study we have evaluated whether a change of this marker during the first 2 weeks of epoetin treatment could predict later Hb response in anaemic cancer patients. Twenty cancer patients with Hb <11 g/dl received epoetin beta (NeoRecormon®) 10,000 IU three times weekly during 6 weeks. Hb, reticulocytes and β-globin mRNA were followed. The latter was measured quantitatively using PCR via the 5′ nuclease assay. Eleven patients responded with a Hb increase of >1 g/dl, nine were nonresponders. All responders increased in β-globin mRNA within 2 weeks, mean 7.7× base-line. With a cut-off of an increase of 3× base-line value, we obtained a specificity of 45% and a sensitivity of 91% for the prediction of a later increase of Hb >1 g/dl. With a cut-off of 4× base-line, the specificity increased to 66%, but the sensitivity decreased to 82%. Beta globin mRNA increases before Hb in all responding patients. However, some non-responding patients also show an increase, and there is a trade-off between specificity and sensitivity as the cut-off level is set at different levels. Compared to reticulocyte count, β-globin mRNA is more reliable in the individual patient, but the clinical usefulness of the assay needs to be evaluated in further studies.
|
|
| 10. |
|
|
