| 1. |
- Sigfridsson, Kalle, et al.
(författare)
-
Electron transfer in ruthenium-modified spinach plastocyanin mutants
- 1998
-
Ingår i: Archives of Biochemistry and Biophysics. - : Academic Press. - 0003-9861 .- 1096-0384. ; 351:2, s. 197-206
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Four site-directed mutants of spinach plastocyanin, Pc(Leu12His), Pc(Leu15His), Pc(Thr79His), and Pc(Lys81His), have been modified by covalent attachment of a photoactive [Ru(bpy)2(im)]2+ complex at the surface-exposed histidine residues. The Pc-Ru complexes were characterized with optical absorption, CD, and EPR spectroscopy and their spectra were found to be similar to the unmodified proteins except in the case of the Pc(Leu12His) mutant which lost the Cu ion irreversibly during the Ru modification. Electron transfer (ET) within the other Pc-Ru complexes was studied with time-resolved optical spectroscopy, using an external-quencher approach. The fully reduced [Cu(I), Ru(II)] proteins were photoexcited and subsequently oxidized by an external quencher, [Ru(NH3)6]Cl3, forming the [Cu(I), Ru(III)] proteins. This was followed by an internal ET from Cu(I) to Ru(III). The rates of the internal ET reactions exhibit an exponential dependence on metal-to-metal separation, with a decay factor of 1.1 A-1. From a temperature-dependence study of the Ru-modified Pc(Lys81His) protein, a reorganization energy for the Cu-to-Ru ET reaction of 1.2 eV was determined. In this analysis it was found necessary to include an appreciable temperature dependence in the driving force of the ET reaction.
|
|
| 2. |
- Bergkvist, Anders, et al.
(författare)
-
Surface interactions in the complex between cytochrome f and the E43Q/D44N and E59K/E60Q plastocyanin double mutants as determined by (1)H-NMR chemical shift analysis
- 2001
-
Ingår i: Protein Science. - : John Wiley & Sons. - 0961-8368 .- 1469-896X. ; 10:12, s. 2623-2626
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- A combination of site-directed mutagenesis and NMR chemical shift perturbation analysis of backbone and side-chain protons has been used to characterize the transient complex of the photosynthetic redox proteins plastocyanin and cytochrome f. To elucidate the importance of charged residues on complex formation, the complex of cytochrome f and E43Q/D44N or E59K/E60Q spinach plastocyanin double mutants was studied by full analysis of the (1)H chemical shifts by use of two-dimensional homonuclear NMR spectra. Both mutants show a significant overall decrease in chemical shift perturbations compared with wild-type plastocyanin, in agreement with a large decrease in binding affinity. Qualitatively, the E43Q/D44N mutant showed a similar interaction surface as wild-type plastocyanin. The interaction surface in the E59K/E60Q mutant was distinctly different from wild type. It is concluded that all four charged residues contribute to the affinity and that residues E59 and E60 have an additional role in fine tuning the orientation of the proteins in the complex.
|
|
| 3. |
- Dunne, Aisling, et al.
(författare)
-
Structural complementarity of Toll/interleukin-1 receptor domains in Toll-like receptors and the adaptors Mal and MyD88
- 2003
-
Ingår i: Journal of Biological Chemistry. - : American Society for Biochemistry and Molecular Biology. - 0021-9258 .- 1083-351X. ; 278:42, s. 41443-41451
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The Toll/interleukin 1 receptor (TIR) domain is a region found in the cytoplasmic tails of members of the Toll-like receptor/interleukin-1 receptor superfamily. The domain is essential for signaling and is also found in the adaptor proteins Mal (MyD88 adaptor-like) and MyD88, which function to couple activation of the receptor to downstream signaling components. Experimental structures of two Toll/interleukin 1 receptor domains reveal a alpha-beta-fold similar to that of the bacterial chemotaxis protein CheY, and other evidence suggests that the adaptors can make heterotypic interactions with both the receptors and themselves. Here we show that the purified TIR domains of Mal and MyD88 can form stable heterodimers and also that Mal homodimers and oligomers are dissociated in the presence of ATP. To identify structural features that may contribute to the formation of signaling complexes, we produced models of the TIR domains from human Toll-like receptor 4 (TLR4), Mal, and MyD88. We found that although the overall fold is conserved the electrostatic surface potentials are quite distinct. Docking studies of the models suggest that Mal and MyD88 bind to different regions in TLRs 2 and 4, a finding consistent with a cooperative role of the two adaptors in signaling. Mal and MyD88 are predicted to interact at a third non-overlapping site, suggesting that the receptor and adaptors may form heterotetrameric complexes. The theoretical model of the interactions is supported by experimental data from glutathione S-transferase pull-downs and co-immunoprecipitations. Neither theoretical nor experimental data suggest a direct role for the conserved proline in the BB-loop in the association of TLR4, Mal, and MyD88. Finally we show a sequence relationship between the Drosophila protein Tube and Mal that may indicate a functional equivalence of these two adaptors in the Drosophila and vertebrate Toll pathways.
|
|
| 4. |
|
|
| 5. |
- Ejdebäck, Mikael, 1969-, et al.
(författare)
-
Effects of codon usage and vector-host combinations on the expression of spinach plastocyanin in Escherichia coli
- 1997
-
Ingår i: Protein Expression and Purification. - : Elsevier. - 1046-5928 .- 1096-0279. ; 11:1, s. 17-25
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Spinach plastocyanin has been expressed in Escherichia coli and exported to the periplasmic space. The effects of codon usage, expression system, growth length, and temperature on expression levels in LB medium were investigated. A stretch of codons, rare in E. coli, was identified and replaced with highly expressed codons, increasing the yield by at least 20%. Plastocyanin was more efficiently expressed under the T7 promoter than under the lac promoter. Maximum yields were obtained at 37 degrees C when growing the cells for 16 h after induction. The optimized expression system produced 38 mg holoprotein per liter culture. In this system it was also possible to express plastocyanin in minimal medium, at a yield of 10 mg per liter. N-terminal sequencing and mass spectrometry showed that plastocyanin was correctly processed. The expressed plastocyanin was purified to homogeneity, as shown by an A278/A597 ratio of 1.0, and together with amino acid analysis and the determination of oxidized and total copper contents, both the absorption coefficients for epsilon 278 and for epsilon 597 were determined to be 4700 M-1 cm-1.
|
|
| 6. |
- Ejdebäck, Mikael, 1969-, et al.
(författare)
-
En litteraturkurs för att träna generella färdigheter och förmågor
- 2021
-
Ingår i: DAL-21 Det akademiska lärarskapet. - Skövde : Högskolan i Skövde. - 9789198366785 ; , s. 28-29
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- Studenter ska enligt examensmålen i Högskolelagen (1992:1434) 1 kap. 8 § och Högskoleförordningen (1993:100), bilaga 2 under sin utbildning förvärva kunskaper och förståelse inom sitt ämnesområde samt utveckla sin värderingsförmåga och sitt förhållningssätt. Utöver detta ska de också tränas i färdigheter och förmågor, både sådana som är direkt relaterade till sitt ämnesområde men också färdigheter i informationskompetens, vetenskapligt skrivande och presentationsteknik. Under utbildningarna tränas detta i olika former av rapportskrivning med slutlig examination i examensarbetet. En vanlig uppfattning bland många lärare är att ämnesfokuset i utbildningens upplägg och innehåll gör att studenterna inte alltid hinner med en mer omfattande och fördjupad träning i de generella färdigheterna innan själva examensarbetet, vilket får konsekvenser för genomförandet av och kvaliteten på examensarbetet. Debattartiklar har skrivits om att studenter ofta är dåliga på att skriva (Enefalk et al, 2013; Garberding, 2019), vilket har uppmärksammats i media och lett till vidare diskussioner om en nationell ”skrivkris” eller ett ”skrivglapp”. Färdigheter inom informationskompetens (söka, samla, värdera och hantera information) har också blivit viktigare i dagens informationssamhälle tillsammans med vikten av att hitta relevanta och aktuella vetenskapliga källor.För att stötta studenterna och minska lärarnas arbetsbelastning har institutionen för biovetenskap genom åren utvecklat stödmaterial i form av en rapportskrivningsmanual, inspelade föreläsningar samt quizzer i Canvas med syftet att utveckla studenternas färdigheter i vetenskapligt skrivande. För att ytterligare utveckla dessa färdigheter har institutionen tillsammans med högskolebiblioteket utformat en kurs om 7,5 hp, Litteratursammanfattning i biovetenskap G2F, som nu ingår i slutet av andra året på samtliga kandidatprogram i biovetenskap. På kursen får studenterna en mer omfattande och fördjupad träning i informationskompetens och vetenskapligt skrivande samtidigt som de fördjupar sig teoretiskt inom sitt valda ämnesområde. I kursen examineras informations-sökning, värdering av information, peer-review, vetenskapligt skrivande samt referenshantering. Kursen gavs första gången våren 2020 (programkurs) samt efterföljande sommar och hösttermin (fristående och distans, halv- respektive kvartsfart).I detta bidrag presenterar vi kursens upplägg, genomförande och resultat baserat på dessa kurstillfällen. Vår erfarenhet så här långt är att studenterna efter genomgången kurs utvecklat sin litteratursökningsteknik, kunskaper i att värdera material och akademiskt skrivande samt behärskar referenshantering i större utsträckning, vilket bådar gott för kommande examensarbeten. Vad vi skulle vilja trycka på ytterligare vid kommande kurstillfällen är att studenterna i större utsträckning jämför och diskuterar likheter och skillnader i de olika källorna, dvs ”compare and contrast”. Studenterna var också mycket nöjda med kursens upplägg och genomförande, särskilt möjligheten att under en längre tid få fördjupa sig inom ett eget valt biovetenskapligt område.Kursupplägget och det material som utvecklats kan, efter viss anpassning, tillämpas på de flesta ämnesområden. Materialet finns tillgängligt på högskolan i Canvas Commons.ReferenserEnefalk, H., Andersson, L.M., Aronsson, A., Englund, V., Novaky, G., Svensson, M., Thisner, F., Ågren, H. & Ågren, M. (2 januari 2013) Våra studenter kan inte svenska. Upsala Nya Tidning. https://unt.se/debatt/vara-studenter-kan-inte-svenska-2027570.aspxGarberding, P. (25 oktober, 2019) Ökade skrivsvårigheter stressar lärare och studenter. Universitetsläraren. https://universitetslararen.se/2019/10/25/okade-skrivsvarigheter-stressar-larare-och-studenter/SFS 1992:1434. Högskolelag. Utbildningsdepartementet. Hämtad 11 februari, 2021, från https://www.riksdagen.se/sv/dokument-lagar/dokument/svensk-forfattningssamling/hogskolelag-19921434_sfs-1992-1434SFS 1993:100. Högskoleförordning. Utbildningsdepartementet. Hämtad 11 februari, 2021, från https://www.riksdagen.se/sv/dokument-lagar/dokument/svensk-forfattningssamling/hogskoleforordning-1993100_sfs-1993-100Resurser i Canvas CommonsDokument: Information Literacy Tutorial, Evaluation of Sources and Source Criticism, Literature Search ProtocolQuizzer: Basic Reference Management Quiz, Plagiarism Quiz
|
|
| 7. |
- Ejdebäck, Mikael, 1969-, et al.
(författare)
-
Personas som metod för utveckling av internationaliseringen i utbildning
- 2022
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- Enligt högskoleförordningens examensmål ska studenter efter avslutad utbildning inte bara uppvisa kunskap och förståelse för sitt områdes vetenskapliga grund utan även en rad färdigheter, förmågor, värderingsförmåga och förhållningssätt som inbegriper ett internationellt och interkulturellt perspektiv. Dessa perspektiv kan fås genom internationellt studentutbyte och mobilitet men också genom internationalisering på hemmaplan är tillgängligt för alla studenter. Internationaliseringen bryter språk- och kulturella barriärer, öppnar studenternas internationella perspektiv och bidrar därmed till att öka kvaliteten i utbildningarna och gör studenterna bättre förberedda för ett alltmer mångkulturellt samhälle och en global arbetsmarknad. Personas är fiktiva beskrivningar av typiska användare, förankrade i empiriska data med fokus på användarnas mål, behov, erfarenheter och beteenden. Inom området User Experience Design utgör personas ett viktigt stöd i den användarcentrerade designprocessen. Personas används ofta för att ge liv åt potentiella användare och därmed göra det lättare att ta användarens perspektiv, men har också använts för arbete med utveckling av studenters empatiska förmågor [1] [2]. I detta projekt användes personas för att beskriva studenters mål, behov, erfarenheter och beteenden, i relation till de internationella, interkulturella och globala färdigheter våra studenter behöver i sitt framtida yrkesliv. Syftet är att synliggöra de behov studenterna ska försöka möta och i sin tur söka avspegla detta i utbildningarna. I projektgruppen ingick programansvariga samt personer med erfarenhet av User Experience Design. Efter en kort presentation av projektet och dess resultat genomförs ett digitalt rundabordssamtal.Syftet med rundabordssamtalet är dels att diskutera allmängiltigheten i de projektresultat som presenterats, dels om personas kan användas för andra ändamål som exempelvis vid utveckling av högre utbildning. Projektledaren fungerar som moderator för samtalet och inleder med en kort Mentimeter-övning där deltagarna får reflektera kring det genomförda projektet och dess relevans för internationalisering i utbildningen. Beroende på antalet deltagare så kan rundabordssamtalet sedan delas in i mindre digitala grupper ledda av övriga projektdeltagare och med en gemensam återsamling med gemensam sammanfattning och avslut. Förväntat utfall från rundabordssamtalet är att sprida arbetssättet med personas men också att vi ska få med oss viktiga synpunkter för det fortsatta arbetet.[1] Haag, M., & Marsden, N. (2019). Exploring Personas as a Method to Foster Empathy in Student IT Design Teams. International Journal of Technology and Design Education, 29(3), 565–582.[2] van Rooij, S. W. (2012). Research-Based Personas: Teaching Empathy in Professional Education. Journal of Effective Teaching, 12(3), 77–86.
|
|
| 8. |
- Ejdebäck, Mikael, 1969-, et al.
(författare)
-
Progression inom informationskompetens och utveckling av studenters akademiska skrivande
- 2022
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- BakgrundEnligt högskoleförordningens examensordning ska studenter efter avslutad utbildning inte bara uppvisa kunskap och förståelse för sitt områdes vetenskapliga grund utan även en rad generiska färdigheter, förmågor, värderingsförmåga och förhållningssätt. Detta tränas och examineras vanligen i studentuppsatser av olika slag och under olika delar av utbildningen. För att uppnå fördjupade kunskaper i informationskompetens krävs ett strukturerat arbetssätt med progression, att kunskaperna relateras till ämnet och kopplas samman genom konstruktiv länkning av utbildningarnas lärandemål, examinationer och betygskriterier. Kopplingen mellan informationskompetens och ämneskunskaper har exempelvis studerats inom det samhällsvetenskapliga området (Anving et al., 2012). Det finns också exempel på integrerad undervisning i informationskompetens i ämnet ekonomi (Olsson & Näverå, 2019). Här presenterar vi hur lärare i de biovetenskapliga grundutbildningarna och bibliotekets och Studieverkstans personal samverkat med syfte att utveckla undervisningen och höja kvaliteten i utbildningarna genom att integrera informationskompetens och vetenskapligt skrivande i en biovetenskaplig kurs.GenomförandeSom utgångspunkt för arbetet finns den progressionstrappa i informationskompetens som används vid högskolebiblioteket i Skövde. Denna har anpassats för två biovetenskapliga grundutbildningar och integrerats i olika utbildningsmoment. I detta arbete beskriver vi progressionstrappan och dess koppling till en nytillkommen kurs i utbildningarna, Litteratursammanfattning i biovetenskap, som är på G2F-nivå och omfattar 7,5 högskolepoäng. På kursen får studenterna fördjupa sig i en biovetenskaplig frågeställning, söka, granska och värdera information samt skriva en sammanfattning i formatet av en vetenskaplig review. För att stödja studenterna i deras lärande finns det under kursens gång utbildningsmoment i att söka och värdera information, vetenskapligt skrivande och referentgranskning. Detta stöds av kursmaterial i form av manualer, övningar och protokoll som tagits fram för kursen. I presentationen presenteras läraktiviteterna med tillhörande material och examinationer samt de erfarenheter som gjorts baserat på två undervisningstillfällen under 2020 och 2021 då kursen erbjudits såväl som programkurs samt som fristående kurs.ResultatEtt jämlikt samarbete mellan lärare och bibliotekspersonal har varit en förutsättning för att åstadkomma en integrering av informationskompetens i kursen. Vikten av en ömsesidig förståelse för varandras områden är nödvändigt för integrering av informationskompetens i utbildningarna har tidigare beskrivits av Dawes (2019). Kursvärderingar har visat att kursens format fungerat väl och uppskattats av studenterna som fått fördjupa sig i ett område och tillämpat sina kunskaper inom informationskompetens. Studentuppsatserna visade en hög kvalitet med såväl bredd som vetenskapligt djup. Sammanfattningsvis har samarbetet lett till önskat resultat och arbetssättet kan framöver tillämpas på fler utbildningar och inom andra discipliner.ReferenserAnving, T., Badersten, B., Grandsjö, L., Gustavsson, J., Hedlund, M., Jönsson, K., & Zettergren, A-S. (2012). Informationskompetens – generella färdigheter för fördjupat lärande. I M. Irhammar, G. Amnér, & H. Adell (Red.), Proceedings, Lunds universitets utvecklingskonferens 11, 107-116. Lund University.Dawes, L. (2019). Faculty perceptions of teaching information literacy to first-year students: A phenomenographic study. Journal of Librarianship & Information Science, 51(2), 545–560. https://doi.org/10.1177/0961000617726129Olsson, A-K, Näverå, E. (2019). The way to the wave: To integrate media and information literacy in the “scientific wave” throughout a bachelor program in business administration. INTED2019 Proceedings, 3536-3546. https://doi.org/10.21125/inted.2019
|
|
| 9. |
- Ejdebäck, Mikael, 1969-, et al.
(författare)
-
Side-chain interactions in the plastocyanin-cytochrome f complex
- 2000
-
Ingår i: Biochemistry. - : American Chemical Society (ACS). - 0006-2960 .- 1520-4995. ; 39:17, s. 5022-5027
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Cytochrome f and plastocyanin are redox partners in the photosynthetic electron-transfer chain. Electron transfer from cytochrome f to plastocyanin occurs in a specific short-lived complex. To obtain detailed information about the binding interface in this transient complex, the effects of binding on the backbone and side-chain protons of plastocyanin have been analyzed by mapping NMR chemical-shift changes. Cytochrome f was added to plastocyanin up to 0.3 M equiv, and the plastocyanin proton chemical shifts were measured. Out of approximately 500 proton resonances, 86% could be observed with this method. Nineteen percent demonstrate significant chemical-shift changes and these protons are located in the hydrophobic patch (including the copper ligands) and the acidic patches of plastocyanin, demonstrating that both areas are part of the interface in the complex. This is consistent with the recently determined structure of the complex [Ubbink, M., Ejdebäck, M., Karlsson, B. G., and Bendall, D. S. (1998) Structure 6, 323-335]. The largest chemical-shift changes are found around His87 in the hydrophobic patch, which indicates tight contacts and possibly water exclusion from this part of the protein interface. These results support the idea that electron transfer occurs via His87 to the copper in plastocyanin and suggest that the hydrophobic patch determines the specificity of the binding. The chemical-shift changes in the acidic patches are significant but small, suggesting that the acidic groups are involved in electrostatic interactions but remain solvent exposed. The existence of small differences between the present data and those used for the structure may imply that the redox state of the metals in both proteins slightly affects the structure of the complex. The chemical-shift mapping is performed on unlabeled proteins, making it an efficient way to analyze effects of mutations on the structure of the complex.
|
|
| 10. |
- Ejdebäck, Mikael, 1969-
(författare)
-
Studies on spinach plastocyanin and mutants : Expression in Escherichia coli, folding and function
- 1999
-
Doktorsavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Photosynthesis is a process in which photons from sunlight excite chlorophylls in the thylakoid membranes of plants, algae and cyanobacteria. The photo-oxidised reaction centre chlorophyll P700 is re-reduced by an electron transferred from the soluble, blue copper protein plastocyanin. The oxidised plastocyanin dissociates and binds to the cytochrome b6f complex, where it accepts an electron and a new redox cycle can begin. Plastocyanin has three regions of importance for the interaction with its redox partners, a hydrophobic patch and two acidic (negatively charged) patches. Electrostatic interactions between opposite charges are important for the association and the specificity and stability of the formed complexes.In this work the interactions with photosystem 1 and cytochrome c have been studied using mutants of plastocyanin. The mutations introduced in the small acidic patch and position 88 of plastocyanin had small effects on the binding to photosystem 1 as compared to the weak binding reported for mutants in the large acidic patch. The affinity was increased by the Glu60Gln, Glu60Lys and Asp61Lys mutations and a more efficient electron transfer was observed for the Gln88Lys mutation. The association between Pc mutated in the small acidic patch and cytochrome c was weakened and the rearrangement hindered by lysines in positions 59 and 60.The development of an efficient expression system for spinach plastocyanin in the bacterium Escherichia coli made it possible to produce sufficient amounts of isotopically labelled plastocyanin for NMR experiments. This technique was used for solving the structure of the complex between plastocyanin and cytochrome f. The hydrophobic patch on plastocyanin binds to an area close to the heme on cytochrome f. Electrostatic interactions between opposite charges on the two proteins are also important. The short distance from the heme to the copper ligand His87 suggests an electron transfer from the heme via Tyr1 or Phe4 on cytochrome f.The involvement of specific amino-acid residues in copper binding or folding of plastocyanin has also been examined by site-directed mutagenesis. The copper-binding histidines have been replaced by other amino acids, but no blue protein could be produced. The stability of the different redox forms of copper plastocyanin as well as the zinc protein has also been determined by guanidinium-induced unfolding.
|
|
