| 1. |
- Smith, Jennifer A, et al.
(författare)
-
Genome-wide association study identifies 74 loci associated with educational attainment
- 2016
-
Ingår i: Nature (London). - : Springer Science and Business Media LLC. - 1476-4687 .- 0028-0836. ; 533:7604, s. 539-542
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Educational attainment is strongly influenced by social and other environmental factors, but genetic factors are estimated to account for at least 20% of the variation across individuals. Here we report the results of a genome-wide association study (GWAS) for educational attainment that extends our earlier discovery sample of 101,069 individuals to 293,723 individuals, and a replication study in an independent sample of 111,349 individuals from the UK Biobank. We identify 74 genome-wide significant loci associated with the number of years of schooling completed. Single-nucleotide polymorphisms associated with educational attainment are disproportionately found in genomic regions regulating gene expression in the fetal brain. Candidate genes are preferentially expressed in neural tissue, especially during the prenatal period, and enriched for biological pathways involved in neural development. Our findings demonstrate that, even for a behavioural phenotype that is mostly environmentally determined, a well-powered GWAS identifies replicable associated genetic variants that suggest biologically relevant pathways. Because educational attainment is measured in large numbers of individuals, it will continue to be useful as a proxy phenotype in efforts to characterize the genetic influences of related phenotypes, including cognition and neuropsychiatric diseases.
|
|
| 2. |
- Berndt, Sonja I., et al.
(författare)
-
Genome-wide meta-analysis identifies 11 new loci for anthropometric traits and provides insights into genetic architecture
- 2013
-
Ingår i: Nature Genetics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1061-4036 .- 1546-1718. ; 45:5, s. 501-U69
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Approaches exploiting trait distribution extremes may be used to identify loci associated with common traits, but it is unknown whether these loci are generalizable to the broader population. In a genome-wide search for loci associated with the upper versus the lower 5th percentiles of body mass index, height and waist-to-hip ratio, as well as clinical classes of obesity, including up to 263,407 individuals of European ancestry, we identified 4 new loci (IGFBP4, H6PD, RSRC1 and PPP2R2A) influencing height detected in the distribution tails and 7 new loci (HNF4G, RPTOR, GNAT2, MRPS33P4, ADCY9, HS6ST3 and ZZZ3) for clinical classes of obesity. Further, we find a large overlap in genetic structure and the distribution of variants between traits based on extremes and the general population and little etiological heterogeneity between obesity subgroups.
|
|
| 3. |
- Joshi, Peter K, et al.
(författare)
-
Directional dominance on stature and cognition in diverse human populations
- 2015
-
Ingår i: Nature. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 523:7561, s. 459-462
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Homozygosity has long been associated with rare, often devastating, Mendelian disorders, and Darwin was one of the first to recognize that inbreeding reduces evolutionary fitness. However, the effect of the more distant parental relatedness that is common in modern human populations is less well understood. Genomic data now allow us to investigate the effects of homozygosity on traits of public health importance by observing contiguous homozygous segments (runs of homozygosity), which are inferred to be homozygous along their complete length. Given the low levels of genome-wide homozygosity prevalent in most human populations, information is required on very large numbers of people to provide sufficient power. Here we use runs of homozygosity to study 16 health-related quantitative traits in 354,224 individuals from 102 cohorts, and find statistically significant associations between summed runs of homozygosity and four complex traits: height, forced expiratory lung volume in one second, general cognitive ability and educational attainment (P < 1 × 10(-300), 2.1 × 10(-6), 2.5 × 10(-10) and 1.8 × 10(-10), respectively). In each case, increased homozygosity was associated with decreased trait value, equivalent to the offspring of first cousins being 1.2 cm shorter and having 10 months' less education. Similar effect sizes were found across four continental groups and populations with different degrees of genome-wide homozygosity, providing evidence that homozygosity, rather than confounding, directly contributes to phenotypic variance. Contrary to earlier reports in substantially smaller samples, no evidence was seen of an influence of genome-wide homozygosity on blood pressure and low density lipoprotein cholesterol, or ten other cardio-metabolic traits. Since directional dominance is predicted for traits under directional evolutionary selection, this study provides evidence that increased stature and cognitive function have been positively selected in human evolution, whereas many important risk factors for late-onset complex diseases may not have been.
|
|
| 4. |
- Locke, Adam E, et al.
(författare)
-
Genetic studies of body mass index yield new insights for obesity biology.
- 2015
-
Ingår i: Nature. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 518:7538, s. 197-401
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Obesity is heritable and predisposes to many diseases. To understand the genetic basis of obesity better, here we conduct a genome-wide association study and Metabochip meta-analysis of body mass index (BMI), a measure commonly used to define obesity and assess adiposity, in up to 339,224 individuals. This analysis identifies 97 BMI-associated loci (P < 5 × 10(-8)), 56 of which are novel. Five loci demonstrate clear evidence of several independent association signals, and many loci have significant effects on other metabolic phenotypes. The 97 loci account for ∼2.7% of BMI variation, and genome-wide estimates suggest that common variation accounts for >20% of BMI variation. Pathway analyses provide strong support for a role of the central nervous system in obesity susceptibility and implicate new genes and pathways, including those related to synaptic function, glutamate signalling, insulin secretion/action, energy metabolism, lipid biology and adipogenesis.
|
|
| 5. |
- Conti, David, V, et al.
(författare)
-
Trans-ancestry genome-wide association meta-analysis of prostate cancer identifies new susceptibility loci and informs genetic risk prediction
- 2021
-
Ingår i: Nature Genetics. - : Springer Nature. - 1061-4036 .- 1546-1718. ; 53:1, s. 65-75
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Prostate cancer is a highly heritable disease with large disparities in incidence rates across ancestry populations. We conducted a multiancestry meta-analysis of prostate cancer genome-wide association studies (107,247 cases and 127,006 controls) and identified 86 new genetic risk variants independently associated with prostate cancer risk, bringing the total to 269 known risk variants. The top genetic risk score (GRS) decile was associated with odds ratios that ranged from 5.06 (95% confidence interval (CI), 4.84-5.29) for men of European ancestry to 3.74 (95% CI, 3.36-4.17) for men of African ancestry. Men of African ancestry were estimated to have a mean GRS that was 2.18-times higher (95% CI, 2.14-2.22), and men of East Asian ancestry 0.73-times lower (95% CI, 0.71-0.76), than men of European ancestry. These findings support the role of germline variation contributing to population differences in prostate cancer risk, with the GRS offering an approach for personalized risk prediction. A meta-analysis of genome-wide association studies across different populations highlights new risk loci and provides a genetic risk score that can stratify prostate cancer risk across ancestries.
|
|
| 6. |
|
|
| 7. |
- Langlet, David, 1977-, et al.
(författare)
-
Ansvar för förorenad mark på båtuppläggningsplatser med fokus på ideella föreningar : [Liability for Contaminated Land at Leisure Boatyards with a Focus on Non-Profit Associations]
- 2014
-
Rapport (populärvet., debatt m.m.)abstract
- Tidigare sammanställningar av utförda markundersökningar på 34 båtuppläggningsplatser i svenska kustkommuner har visat att sådana områden oftast är mycket förorenade av ett flertal kända farliga ämnen och föreningar såsom olika metaller (koppar, zink, bly, kvicksilver, kadmium) och organiska föreningar (tennorganiska föreningar (ex TBT), polyaromatiska kolväten (PAH:er) och polyklorerade bifenyler (PCB:er)). TBT, PAH, bly-, kadmium- och kvicksilverföreningar tillhör de prioriterade substanserna som enligt EU:s ramvattendirektiv och dess dotterdirektiv ska fasas ut då de anses innebära en betydande risk för vattenmiljön. Det är även dessa ämnen som är mest angelägna att få bort från mark.En grov uppskattning ger vid handen att det finns omkring 2500 platser i landet som kan ha förorenats till följd av uppläggning och underhållsarbete med fritidsbåtar. I den här rapporten analyseras vem eller vilka som bär det rättsliga ansvar som aktualiseras av sådana föroreningar. Tyngdpunkten ligger på det offentligrättsliga ansvaret för eventuell sanering och tillhörande undersökningar (”avhjälpandeåtgärder”) som kan krävas enligt miljöbalkens 10 kapitel men även de rättsliga konsekvenser som föroreningar kan få i relationen mellan markägare och arrendator uppmärksammas.Länsstyrelserna driver merparten av det s.k. efterbehandlingsarbetet utifrån en särskild prioriteringsordning baserad på riskklassning. Båtuppläggningsplatser hamnar vanligen i riskklass två av fyra. När det gäller båtuppläggningsplatser är det emellertid kommunerna som har rollen av tillsynsmyndighet och därmed mandat att bl. a. ålägga den som är ansvarig enligt miljöbalkens regler att vidta avhjälpandeåtgärder.Grundregeln avseende ansvar för förorenade mark- och vattenområden är att den som bedriver eller har bedrivit den verksamhet som gav upphov till föroreningen (kallad ”verksamhetsutövaren”) ansvarar för att avhjälpa den i den omfattning det kan anses skäligt. Den skälighetsbedömning som följer av detta omfattar både miljörelaterade faktorer, inklusive planerad framtida markanvändning, och faktorer som har att göra med den ansvarige, bland annat hur lång tid som har förflutit sedan föroreningen ägde rum och vilken kunskap som då fanns om verksamhetens risker. Ansvaret för verksamhetsutövare är solidariskt vilket innebär att vem som helst av de verksamhetsutövare som bidragit till föroreningen kan åläggas att svara för avhjälpandet. Men om en verksamhetsutövare visar att hens bidrag till miljöskadan är så obetydligt att det inte ensamt motiverar något avhjälpande så ansvarar hen endast för den del som motsvarar det egna bidraget till skadan.I situationer där ingen verksamhetsutövare kan fås att utföra eller bekosta ett avhjälpande blir fastighetsägaren ansvarig för avhjälpandet även om hen inte haft något med den förorenande verksamheten att göra. Det gäller dock bara om fastighetsägaren förvärvat fastigheten efter den 31 december 1998 och då kände till eller borde ha upptäckt föroreningen.Om båtklubbar ska hållas ansvariga för markföroreningar beror på om de är att betrakta som utövare av den förorenande verksamheten vilket i sin tur är avhängigt av om de anses ha faktiska och rättsliga möjligheter att vidta åtgärder mot störningar och olägenheter. I rättspraxis finns tydligt stöd för att båtklubbar ska betraktas som utövare av den verksamhet som bedrivs av respektive förenings medlemmar och därmed ansvariga för eventuella föroreningar. Det utesluter emellertid inte att enskilda medlemmar också kan vara att anse som verksamhetsutövare. I de flesta situationer är dock enskilda medlemmars ansvar av mindre betydelse eftersom det ovan beskrivna undantaget från principen om solidariskt ansvar gör det praktiskt mycket svårt att ställa krav mot dem. Däremot bör en person som förorenat sin egen tomt genom båtuppläggning enklare kunna hållas ansvarig om den berörda kommunen skulle prioritera ett sådant fall.För båtklubbar som arrenderar marken där verksamheten bedrivs kan fastighetsägaren ha möjlighet att ställa krav på att marken återställs till det skick den hade innan arrendet påbörjades även om något sådant villkor inte finns uttryckligen i arrendeavtalet. Fastighetsägaren kan också ha möjlighet att kräva ersättning av arrendatorn på skadeståndsrättslig grund om till exempel värdet på marken minskar till följd av arrendatorns förorenande verksamhet.Viktigt är att det utöver ansvar för sanering också finns ett ansvar att förebygga skador från en pågående verksamhet. Kravet medför en skyldighet att vidta alla relevanta skyddsåtgärder som inte är orimliga med hänsyn till nyttan av åtgärderna jämfört med kostnaderna. Det gäller för såväl båtklubbar som för enskilda båtägare och kan vid behov preciseras genom förelägganden från tillsynsmyndigheten. För båtklubbarnas del är det viktigt att ha tydliga regler för medlemmarna och även kontrollera att dessa efterlevs.Arrendeavtal kan också vara ett viktigt instrument för att reglera hur marken får användas, inklusive ämnen som är otillåtna och åtgärder som ska vidtas för att förhindra spridning av redan använd giftig färg eller andra förorenande ämnen.Från politiskt håll finns anledning att överväga om båtuppläggningsplaster bör göras tillståndspliktiga för att därigenom förtydliga ansvarsförhållandena och sända en signal om verksamhetens potentiellt allvarliga konsekvenser.
|
|
| 8. |
- Lu, Yingchang, et al.
(författare)
-
New loci for body fat percentage reveal link between adiposity and cardiometabolic disease risk
- 2016
-
Ingår i: Nature Communications. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2041-1723. ; 7
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- To increase our understanding of the genetic basis of adiposity and its links to cardiometabolic disease risk, we conducted a genome-wide association meta-analysis of body fat percentage (BF%) in up to 100,716 individuals. Twelve loci reached genome-wide significance (P<5 × 10(-8)), of which eight were previously associated with increased overall adiposity (BMI, BF%) and four (in or near COBLL1/GRB14, IGF2BP1, PLA2G6, CRTC1) were novel associations with BF%. Seven loci showed a larger effect on BF% than on BMI, suggestive of a primary association with adiposity, while five loci showed larger effects on BMI than on BF%, suggesting association with both fat and lean mass. In particular, the loci more strongly associated with BF% showed distinct cross-phenotype association signatures with a range of cardiometabolic traits revealing new insights in the link between adiposity and disease risk.
|
|
| 9. |
- Ried, Janina S., et al.
(författare)
-
A principal component meta-analysis on multiple anthropometric traits identifies novel loci for body shape
- 2016
-
Ingår i: Nature Communications. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2041-1723. ; 7
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Large consortia have revealed hundreds of genetic loci associated with anthropometric traits, one trait at a time. We examined whether genetic variants affect body shape as a composite phenotype that is represented by a combination of anthropometric traits. We developed an approach that calculates averaged PCs (AvPCs) representing body shape derived from six anthropometric traits (body mass index, height, weight, waist and hip circumference, waist-to-hip ratio). The first four AvPCs explain >99% of the variability, are heritable, and associate with cardiometabolic outcomes. We performed genome-wide association analyses for each body shape composite phenotype across 65 studies and meta-analysed summary statistics. We identify six novel loci: LEMD2 and CD47 for AvPC1, RPS6KA5/C14orf159 and GANAB for AvPC3, and ARL15 and ANP32 for AvPC4. Our findings highlight the value of using multiple traits to define complex phenotypes for discovery, which are not captured by single-trait analyses, and may shed light onto new pathways.
|
|
| 10. |
- Shungin, Dmitry, et al.
(författare)
-
New genetic loci link adipose and insulin biology to body fat distribution.
- 2015
-
Ingår i: Nature. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 518:7538, s. 187-378
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Body fat distribution is a heritable trait and a well-established predictor of adverse metabolic outcomes, independent of overall adiposity. To increase our understanding of the genetic basis of body fat distribution and its molecular links to cardiometabolic traits, here we conduct genome-wide association meta-analyses of traits related to waist and hip circumferences in up to 224,459 individuals. We identify 49 loci (33 new) associated with waist-to-hip ratio adjusted for body mass index (BMI), and an additional 19 loci newly associated with related waist and hip circumference measures (P < 5 × 10(-8)). In total, 20 of the 49 waist-to-hip ratio adjusted for BMI loci show significant sexual dimorphism, 19 of which display a stronger effect in women. The identified loci were enriched for genes expressed in adipose tissue and for putative regulatory elements in adipocytes. Pathway analyses implicated adipogenesis, angiogenesis, transcriptional regulation and insulin resistance as processes affecting fat distribution, providing insight into potential pathophysiological mechanisms.
|
|
