| 1. |
- Alm, Rikard, et al.
(författare)
-
Proteomic variation is as large within as between strawberry varieties
- 2007
-
Ingår i: Journal of Proteome Research. - : American Chemical Society (ACS). - 1535-3893 .- 1535-3907. ; 6:8, s. 3011-3020
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- in search for a strawberry (Fragaria ananassa) with low allergen content, we determined the proteomic variation within and between different varieties. Proteomics data were generated by DIGE and proteins identified with MALDI-MS/MS. The amount of the strawberry allergen Fra a 1 varied between different strawberry varieties (CV = 39%). The variation was at the same level, or even slightly larger, due to different growth conditions (CV = 43%). For 153 other proteins, the biological variation was more affected by different growth conditions than by different varieties (mean CV = 52% and 43%, respectively) due to variation in a subset of proteins. Thus, the allergen variation due to growth conditions must be taken into consideration in attempts to obtain a low-allergen strawberry. However, the allergen content was always lower in colorless (white) strawberry varieties than in the red ones. Moreover, of the spots whose expression correlated with the allergen and the color (32 and 68, respectively), only 3 were the same. This implies that these two phenotypic traits are not inseparable, and it may be possible to breed a red strawberry with low amount of allergen.
|
|
| 2. |
- Baden, Susanne P., 1952, et al.
(författare)
-
Shift in seagrass food web structure over decades is linked to overfishing
- 2012
-
Ingår i: Marine Ecology-Progress Series. - : Inter-Research Science Center. - 0171-8630 .- 1616-1599. ; 451, s. 61-73
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Empirical field studies in seagrass have revealed that overgrowth by filamentous algae which reduces seagrass growth can be explained by a top-down cascading effect caused by declines in top predators, which is enforced by eutrophication. On the Swedish west coast, 60% of the seagrass has disappeared since the 1980s. We hypothesised that overfishing, responsible for a >90% decline in the cod stock, and the 4 to 8 times increase in nutrient load since the 1930s have altered the seagrass structure and function during recent decades. We used quantitative samples from the 1980s and 2000s and analysed the trends in abundance of the 4 feeding guilds: top predatory fish, intermediate predatory fish, crustacean omnivores and mesoherbivores. Since the 1980s, the commercial catch of gadoids on the Swedish west coast has decreased by >90 %, and here we found that the biomass of top predators (gadoids and trout) that forage in seagrass has decreased by approximately 80%. In contrast, the biomass of intermediate predatory fish (gobids and sticklebacks) has increased 8 times during summer and 11 times during autumn, while mesoherbivores (idoteids and gammarids >7 mm) have more or less disappeared from the seagrass bed. We thus found clear evidence that a shift in seagrass food web structure has taken place over the last 3 decades. Combining these findings with our recent empirical results from field cage experiments in the Skagerrak seagrass, where we manipulate top-down and bottom-up regulation, we conclude that lack of grazers in concert with eutrophication most likely contributed to the overgrowth by filamentous algae and disappearance of the seagrass on the Swedish west coast.
|
|
| 3. |
- Carlsson, Andreas, et al.
(författare)
-
The Ability of DNAJB6b to Suppress Amyloid Formation Depends on the Chaperone Aggregation State
-
Ingår i: ACS Chemical Neuroscience. - 1948-7193.
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- For many chaperones, a propensity to self-assemble correlates with function. The highly efficient amyloid suppressing chaperone DNAJB6b has been reported to oligomerize. A key question is whether the DNAJB6b self-assemblies or their subunits are active units in the suppression of amyloid formation. Here, we address this question using a nonmodified chaperone. We use the well-established aggregation kinetics of the amyloid β 42 peptide (Aβ42) as a readout of the amyloid suppression efficiency. The experimental setup relies on the slow dissociation of DNAJB6b assemblies upon dilution. We find that the dissociation of the chaperone assemblies correlates with its ability to suppress fibril formation. Thus, the data show that the subunits of DNAJB6b assemblies rather than the large oligomers are the active forms in amyloid suppression. Our results provide insights into how DNAJB6b operates as a chaperone and illustrate the importance of established assembly equilibria and dissociation rates for the design of kinetic experiments.
|
|
| 4. |
- Emanuelsson, Andreas, et al.
(författare)
-
Accounting for overfishing in life cycle assessment: new impact categories for biotic resource use
- 2014
-
Ingår i: International Journal of Life Cycle Assessment. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0948-3349 .- 1614-7502. ; 19:5, s. 1156-1168
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Overfishing is a relevant issue to include in all life cycle assessments (LCAs) involving wild caught fish, as overfishing of fish stocks clearly targets the LCA safeguard objects of natural resources and natural ecosystems. Yet no robust method for assessing overfishing has been available. We propose lost potential yield (LPY) as a midpoint impact category to quantify overfishing, comparing the outcome of current with target fisheries management. This category primarily reflects the impact on biotic resource availability, but also serves as a proxy for ecosystem impacts within each stock. LPY represents average lost catches owing to ongoing overfishing, assessed by simplified biomass projections covering different fishing mortality scenarios. It is based on the maximum sustainable yield concept and complemented by two alternative methods, overfishing though fishing mortality (OF) and overfishedness of biomass (OB), that are less data-demanding. Characterization factors are provided for 31 European commercial fish stocks in 2010, representing 74 % of European and 7 % of global landings. However, large spatial and temporal variations were observed, requiring novel approaches for the LCA practitioner. The methodology is considered compliant with the International Reference Life Cycle Data System (ILCD) standard in most relevant aspects, although harmonization through normalization and endpoint characterization is only briefly discussed. Seafood LCAs including any of the three approaches can be a powerful communicative tool for the food industry, seafood certification programmes, and for fisheries management.
|
|
| 5. |
|
|
| 6. |
- Emanuelsson, Andreas
(författare)
-
Videoundersökning och marin habitatkartering runt Karlsöarna, Gotland 2019
- 2020
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Medins Havs och Vattenkonsulter har utfört en marin videoundersökning med habitatklassificering kring Stora och Lilla Karlsö vid Gotlands västkust somma-ren 2019. Syftet var att öka kunskaperna om områdets Natura 2000 naturtyper för att bättre kunna bedöma bevarandestatus och underlätta åtgärder för en god miljöstatus i enlighet med EU:s habitatdirektiv. Totalt filmades 120 videotranseker mellan 1 och 60 m djup inom de avgränsade Natura 2000 områdena. Filmerna analyserades med ”visuella metoder” för yttäckning av alger, växter, djur och bottentyp samt inräkning av kvalitativa observationer.Resultaten visade på en tydlig dominans av revhabitat runt öarna enligt Natura 2000s naturtyper. Totalt kunde 78 % av provtransekterna klassificeras som rev, varav 60 % kunde klassificeras som underkategorin biogent rev p.ga stora blåmusselbestånd. Dessa var något större vid Lilla Karlsö. Den dominerande flo-ran utgjordes av fastsittande fintrådiga alger, ofta rödalger. Vid de grundaste transekterna observerades enstaka förekomster av makroalger, främst sudare, grönslickar och blåstång. Marina kärlväxter representerades i detta fall enbart av ålgräs och endast vid två transekter, en vid vardera ö. Inga observationer gjordes av rödlistade arter eller mekanisk påverkan från ankring/fiske och endast en observation av marint skräp förekom.
|
|
| 7. |
- Emanuelsson, Andreas, et al.
(författare)
-
Ålgräskartering runt Gotland 2019-2021 : Videokartering med stöd av akustiska metoder
- 2022
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Länsstyrelsen i Gotlands län har undersökt marina områden med kärlväxter/sjögräs runt hela Gotland mellan 2019 och 2021 med undervattensvideo och akustiska metoder. Syftet med projektet var att kartlägga och säkra ålgräsets livsmiljöer (Zostera marina L.) med hög biologisk mångfald och viktiga ekosystemfunktioner. Denna rapport beskriver hur en ca 450 km lång sträcka avsökts med akustiska metoder motsvarade ca 79% av Gotlands kuststräcka och 1545 verifierande videoprov har provtagits och visuellt granskats för vegetationskomposition. All information har sammanställts till vegetationskartor över 17 kuststräckor som innefattar alla kända lokaler med förekomst och främst exkluderar stenbottnar med osannolik förekomst runt Visby. Arbetet har utförts och utprovats i tre steg; (1) slumpvisa videoprov 2019, (2) riktade videoprover i linjer avsökta med enkelstrålig sonar 2020 och (3) riktade videoprover i korridorer avsökta med sidoseende sonar (2021). Fältundersökningarna utfördes av marinbiologer och sjömätare från Medins Havs & Vattenkonsulter. 2021 utfördes största delen av fältarbetet och 2/3 av söksträckan inventerades med sidoseende sonar vilket innebar att en ca 100 m bred korridor karterades och verifierades med videopunkter vid varje observerad förändring i fält. För tolkning har ålgräsförekomsterna delats in i fyra olika klasser valda utifrån de lättast särskiljbara täckningsgraderna i sonardatan: Ej/osannolik ålgräsförekomst (0-1 %), otydligt/glest ålgräs (1-10 %), tydligt fragmenterat ålgräsbestånd (10-50 %) samt tydliga aggregationer av ålgräs (>50 %). Den geografisk utbredning kvantifierades i GIS-programvara och sammantaget hittades ålgräs på 39 % av all genomsökt yta och i den tätaste klassen av täckningsgrad vid 10% av ytorna ”äng”. 2020 utfördes undersökningar med enkelstråligt sonar kunde stora ytor runt Fårö och Slite uteslutas i brist på detekterbar långskottsvegetation och de få ytor som gav utslag kunde verifieras med kamera. Metoden bör anses effektiv i det fall sidoseende sonar (högre kostnad, svårare tillståndsförfaranden) inte finns att tillgå. Överlappande kartering i Slite skärgård visade på samstämmiga resultat mellan metoderna även om enkelstråligt ekolod har större sannolikhet att missa varierande och glesa habitat och täcker avsevärt mindre yta. 2019 utfördes endast dropvideoprov och stor variation och glesa populationer dokumenterades trots riktad slumpning i troliga habitat. För att uppfylla studiens karterande mål och syfte modifierades upplägget till att inkludera akustisk provtagning baserat på resultat från det slumpvisa söket. Geografiskt påträffades ålgräs i alla delområden runt hela ön med undantag av Irevik-Lickershamn som troligtvis var för exponerat med för stor andel hårdbotten. Slite närområde var det område med störst areal ålgräs och här påträffades även den största sammanhängande ålgräsängen på runt 250 ha i Vägumsviken. Södra Burgsvik och Ronehamn var även områden med långa sträckor dokumenterad tät äng. Sett till andelen ålgräs per avsökt område hade det mindre Fårösund området störst andel tät ålgräsäng. Utöver ålgräs var den vanligaste vegetationen i områdena fintrådiga alger följt av borstnate (Stuckenia pectinate), större brunalger (Fucus spp.) och kräkel (Furcellaria lumbricalis). Tolkningen av resultatet delar in ålgräsfynden i tre typer av livsstrategier runt Gotland. (a) På mjukbotten med gynnsam exponering kunde ålgräset breda ut sig med 20-50 %eller > 50 % täckningsgrad och skapa stora ängar vilket representerar största delen av fynden även inkluderade glesa bestånd. Varierade begränsade miljöfaktorer gör dock att variationen i täthet ofta är stor. De flesta större bestånd bör ha täckts in av sidoseendesonar metoden som brett, kontinuerligt och kustparallellt genomkorsar alla ytor på djup som inte begränsas av ljustillgång. (b) Ålgräs påträffas även i konkurrens med övriga kärlväxter på grunt vatten (< 2 m) där ålgräset avtog i täthet och täckningsgrad med djupet och tillkomsten av främst borstnate och fintrådiga alger. Här påträffades ålgräset oftast med en täckningsgrad på 1-10 % eller 10-20 %. Många av dessa potentiella ytor är inte fullt inkluderade eftersom det ofta rör sig om ej navigerbart vadningsdjup längt in i vikar. (c) I sedimentfickor infällda i häll och hårdbottensubstrat påträffades ibland enskilda plantor som kunde aggregeras vid läsidor av uddar och undervattensrev. Detta är de minst intuitiva fynden vilket öppnar upp för förekomst på många kanske förbisedda ytor vilket kan missas med akustiska metoder. Sett till totalbiomassa är detta dock en mycket liten del av Gotlands ålgräsbestånd och spelar troligtvis en mindre roll som skyddande undervattenshabitat för till exempel juvenil fisk jämfört med stora substratbindande ängar.Sammantaget kan Gotlands ålgräsbestånd beskrivas som variabla men allmänt förekommande runt ön. De är präglade av olika levandsstrategier anpassade efter begräsningar i substrat, exponering och konkurrens med andra kärlväxter. Akustiskt sök med stöd av verifierande videopunkter har visat sig vara en effektiv form av kartering av stora ytor vilket även kan tillämpas på andra kusträckor, översiktligt som i denna studie eller detaljerat upp till full täckning för uppföljande miljöövervakning i mindre områden.
|
|
| 8. |
- Emanuelsson, Rikard, et al.
(författare)
-
Configuration- and Conformation-Dependent Electronic-Structure Variations in 1,4-Disubstituted Cyclohexanes Enabled by a Carbon-to-Silicon Exchange
- 2014
-
Ingår i: Chemistry - A European Journal. - : Wiley. - 0947-6539 .- 1521-3765. ; 20:30, s. 9304-9311
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Cyclohexane, with its well-defined conformers, could be an ideal force-controlled molecular switch if it were to display substantial differences in electronic and optical properties between its conformers. We utilize sigma conjugation in heavier analogues of cyclohexanes (i.e. cyclohexasilanes) and show that 1,4-disubstituted cyclohexasilanes display configuration-and conformation-dependent variations in these properties. Cis- and trans-1,4-bis(trimethylsilylethynyl)-cyclohexasilanes display a 0.11 V difference in their oxidation potentials (computed 0.11 V) and a 0.34 eV difference in their lowest UV absorption (computed difference between first excitations 0.07 eV). This is in stark contrast to differences in the corresponding properties of analogous all-carbon cyclohexanes (computed 0.02 V and 0.03 eV, respectively). Moreover, the two chair conformers of the cyclohexasilane trans isomer display large differences in electronic-structure-related properties. This enables computational design of a mechanically force-controlled conductance switch with a calculated single-molecule ON/OFF ratio of 213 at zero-bias voltage.
|
|
| 9. |
- Emanuelsson, Rikard, et al.
(författare)
-
Cross-hyperconjugation : An unexplored orbital interaction between pi-conjugated and saturated molecular segments
- 2013
-
Ingår i: Angewandte Chemie International Edition. - : Wiley. - 1433-7851 .- 1521-3773. ; 52:3, s. 983-987
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Crossing a barrier: Molecules with saturated ER2 units (E=C or Si, R=electron-releasing group) inserted between two π-conjugated segments have electronic and optical properties that resemble those of cross-conjugated molecules (see figure). This cross-hyperconjugation provides a deeper understanding of the conjugation phenomenon, and is an alternative to cross-conjugation in the design of molecules for nano and materials applications.
|
|
| 10. |
|
|
