| 1. |
- Fahlén, Jessica, 1973-, et al.
(author)
-
Bioinformatics strategies for cDNA-microarray data processing
- 2009. - 1
-
In: Batch effects and noise in microarray experiments. - : Wiley and Sons. - 9780470741382 ; , s. 61-74
-
Book chapter (other academic/artistic)abstract
- Pre-processing plays a vital role in cDNA-microarray data analysis. Without proper pre-processing it is likely that the biological conclusions will be misleading. However, there are many alternatives and in order to choose a proper pre-processing procedure it is necessary to understand the effect of different methods. This chapter discusses several pre-processing steps, including image analysis, background correction, normalization, and filtering. Spike-in data are used to illustrate how different procedures affect the analytical ability to detect differentially expressed genes and estimate their regulation. The result shows that pre-processing has a major impact on both the experiment’s sensitivity andits bias. However, general recommendations are hard to give, since pre-processing consists of several actions that are highly dependent on each other. Furthermore, it is likely that pre-processing have a major impact on downstream analysis, such as clustering and classification, and pre-processing methods should be developed and evaluated with this in mind.
|
|
| 2. |
- Fahlén, Jessica, 1973-
(author)
-
Essays on spatial point processes and bioinformatics
- 2010
-
Doctoral thesis (other academic/artistic)abstract
- This thesis consists of two separate parts. The first part consists of one paper and considers problems concerning spatial point processes and the second part includes three papers in the field of bioinformatics. The first part of the thesis is based on a forestry problem of estimating the number of trees in a region by using the information in an aerial photo, showing the area covered by the trees. The positions of the trees are assumed to follow either a binomial point process or a hard-core Strauss process. Furthermore, discs of equal size are used to represent the tree-crowns. We provide formulas for the expectation and the variance of the relative vacancy for both processes. The formulas are approximate for the hard-core Strauss process. Simulations indicate that the approximations are accurate. The second part of this thesis focuses on pre-processing of microarray data. The microarray technology can be used to measure the expression of thousands of genes simultaneously in a single experiment. The technique is used to identify genes that are differentially expressed between two populations, e.g. diseased versus healthy individuals. This information can be used in several different ways, for example as diagnostic tools and in drug discovery. The microarray technique involves a number of complex experimental steps, where each step introduces variability in the data. Pre-processing aims to reduce this variation and is a crucial part of the data analysis. Paper II gives a review over several pre-processing methods. Spike-in data are used to describe how the different methods affect the sensitivity and bias of the experiment. An important step in pre-processing is dye-normalization. This normalization aims to remove the systematic differences due to the use of different dyes for coloring the samples. In Paper III a novel dye-normalization, the MC-normalization, is proposed. The idea behind this normalization is to let the channels’ individual intensities determine the correction, rather than the average intensity which is the case for the commonly used MA-normalization. Spike-in data showed that the MC-normalization reduced the bias for the differentially expressed genes compared to the MA-normalization. The standard method for preserving patient samples for diagnostic purposes is fixation in formalin followed by embedding in paraffin (FFPE). In Paper IV we used tongue-cancer microRNA-microarray data to study the effect of FFPE-storage. We suggest that the microRNAs are not equally affected by the storage time and propose a novel procedure to remove this bias. The procedure improves the ability of the analysis to detect differentially expressed microRNAs.
|
|
| 3. |
- Fahlén, Jessica, 1973-, et al.
(author)
-
MicroRNA-microarray data analysis in the precence of FFPE storage time effects
- 2010
-
Other publication (other academic/artistic)abstract
- Background: The standard method for preserving patient samples for diagnostic purposes is fixation in formalin followed by embedding in paraffin (FFPE). The use of FFPE blocks makes it possible to include a large number of patients in the experimental studies since millions of FFPE blocks are stored around the world. However, FFPE storage can cause degradation and modifications of nucleic acids. In order to draw reliable biological conclusions it is therefore important to know what effect FFPE-storage have on the tissues and to have procedures that normalize this effect. In this paper, we study the effect that FFPE-storage has on microRNA-microarray data from tongue-cancer patients and propose a novel procedure for normalizing the bias introduced by FFPE-storage.Results: MicroRNA-microarray data from 21 tongue-cancer patients and 8 control patients were used. The samples were stored in FFPE blocks and had been in storage for up to 11 years. The data contained a large amount of biological relevant variation, yet the largest variation was due to the samples storage times. The storage effect was shown to be significant and some results suggested that it may be causal. Moreover, the microRNAs were unequally affected by storage and this could partially be explained by sequence characteristics. The novel normalization procedure was shown to have a large impact in the analysis ability to identify differentially expressed microRNAs between young and old cancer patients as well as between cancer and control patients. The p-values for the top microRNAs candidates were much lower for the proposed novel normalization compared to a standard normalization procedure which suggested that the novel normalization made the analysis more efficient.Conclusions: MicroRNA-microarray data can be seriously affected by FFPE-storage and the introduced variation cannot be removed by standard normalizations. The proposed normalization removes the bias introduced by FFPE-storage and gives higher sensitivity than the standard normalization.
|
|
| 4. |
- Fahlén-Yrlid, Linda, 1973, et al.
(author)
-
CD11c(high )dendritic cells are essential for activation of CD4+ T cells and generation of specific antibodies following mucosal immunization.
- 2009
-
In: Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950). - : The American Association of Immunologists. - 1550-6606 .- 0022-1767. ; 183:8, s. 5032-41
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- To generate vaccines that protect mucosal surfaces, a better understanding of the cells required in vivo for activation of the adaptive immune response following mucosal immunization is required. CD11c(high) conventional dendritic cells (cDCs) have been shown to be necessary for activation of naive CD8(+) T cells in vivo, but the role of cDCs in CD4(+) T cell activation is still unclear, especially at mucosal surfaces. The activation of naive Ag-specific CD4(+) T cells and the generation of Abs following mucosal administration of Ag with or without the potent mucosal adjuvant cholera toxin were therefore analyzed in mice depleted of CD11c(high) cDCs. Our results show that cDCs are absolutely required for activation of CD4(+) T cells after oral and nasal immunization. Ag-specific IgG titers in serum, as well as Ag-specific intestinal IgA, were completely abrogated after feeding mice OVA and cholera toxin. However, giving a very high dose of Ag, 30-fold more than required to detect T cell proliferation, to cDC-ablated mice resulted in proliferation of Ag-specific CD4(+) T cells. This proliferation was not inhibited by additional depletion of plasmacytoid DCs or in cDC-depleted mice whose B cells were MHC-II deficient. This study therefore demonstrates that cDCs are required for successful mucosal immunization, unless a very high dose of Ag is administered.
|
|
| 5. |
- Isberg, Sofia, 1966-, et al.
(author)
-
Från grupparbete till lärande i team
- 2017
-
Conference paper (other academic/artistic)abstract
- Från grupparbete till lärande i team Mål: Utgångspunkten i samtalet är frågan om hur vi kan gå från grupparbete till lärande i team i undervisningen. Ett mål med samtalet är att utbyta erfarenheter bland annat om pedagogiken bakom valet av grupparbete, sammansättning av grupper och hur vi som lärare kan stödja studenternas förmåga att lära genom samarbete med andra. Ett annat mål är att skapa ett nätverk inom universitetet där diskussionerna kan fortsätta.Syftet med samtalet är att bidra till kontinuerlig utveckling av lärares vardagspraktik och studenternas arbetsmiljö Genomförande (60 minuter) Ämnet introduceras genom en presentation av resultat från ett pedagogiskt PUNKTUM-projekt, med särskilt fokus på lärares och studenters upplevda utmaningar med grupparbete. För- och nackdelar med grupparbeten diskuteras sedan i mindre grupper.Bakgrund: Grupparbeten i olika omfattning är en vanlig arbetsform i många (nästan alla) kursmoment. Arbetsformen med grupparbeten motiveras bland annat med argument som att grupparbete/teamwork är en förberedelse för yrkeslivet där det i praktiskt taget alla organisationer förekommer uppgifter som ska lösas i grupp varför förmågan att samarbeta och arbeta i grupp är viktig att öva under studietiden. Andra argument som framförs bygger på en socialkonstruktionistisk syn på lärande som något som sker när människor möts och delar erfarenheter och att grupparbeten därför fyller en lärandefunktion. Samtidigt finns det lärare som snarare ser grupparbeten som ett sätt att resursmässigt hantera stora studentgrupper eftersom det minskar antalet handledningstillfällen och arbeten som ska bedömas.Studenter som tillsammans bildar en grupp för att genomföra en arbetsuppgift är inte detsamma som lärandet som kan uppstå i team (Oakley et al, 2004). Författarna menar vidare att studenter, i alla grupper, kan välja att arbeta tillsammans eller att dela upp arbetet och enbart sätta samman delarna, utan diskussion eller erfarenhetsutbyte. I motsats till det finns det team som samarbetar, inte alltid fysiskt, men medlemmarna är medvetna om vad andra göra och hur delar bidrar till en helhet (se t ex Qin et al, 2016).Utmaningar i lärarpraktikenI samtal med våra lärarkollegor har vi utifrån bland annat ovanstående noterat ett antal utmaningar i vår dagliga lärarpraktik. Utmaningar som vi behöver bli bättre på att hantera. 69 • Lärare tar för givet att studenter har förmåga att arbeta i grupp, trots att arbetsformen kan sägas bestå av en mängd olika kompetenser, såsom time management, konfliktlösning och kommunikationsförmåga (skriftligt och muntligt). Dessa kompetenser behöver var för sig introduceras och övas, samtidigt som de är integrerade under ett grupparbete• Studenterna kan gå igenom en utbildning och ta på sig samma typ av uppgift i alla grupparbeten vilket begränsar såväl lärandet som utvecklingen av generiska förmågor relaterade till arbete i grupp.• Argumentet att grupparbete förbereder för arbetslivet kan vara missvisande då grupparbete i arbetslivet inte är detsamma som grupparbete i högre utbildning. I det förstnämnda är gruppen sammansatt utifrån skilda kompetenser, ofta med specificerade roller. I det sistnämnda är alla mer eller mindre på samma nivå och roller är vanligen inte fördefinierade. • I majoriteten av våra kurser vid Handelshögskolan är fokus på uppgiften som ska lösas, det vill säga produkten/resultatet av grupparbetet. Det är i huvudsak utifrån produkten som handledning genomförs och bedömningsmallar och återkoppling ges.• Det finns inte alltid en tydlig pedagogisk tanke med formering av grupper. Det görs ofta utifrån ett lärarcentrerat perspektiv och mer sällan studentcentrerat.• Dysfunktionella grupper leder inte till lärande utan blir kontraproduktiva och det finns en risk att studenter mår dåligt, bränner ut sig, eller till och med avbryter sina studier. Grupparbeten kan upplevas på många olika sätt, men det är viktigt att vi som lärare känner till och förstår hur det påverkar studenter att arbeta i grupp. Om vi designar kurser utifrån enskilda moment om 7,5 hp, så kan studenterna gå från moment till moment med olika former av grupparbeten utan progression.Det kom ett mejl till studierektor från en student: ”Jag gick aldrig med i någon grupp… anledningen är att jag behöver en paus från grupparbetena för att inte bli deprimerad (tidigare grupparbeten har bara gjort mig frustrerad med fullständig avsaknad av någon som helst inlärning)”. Frågan om hur grupper sätts samman är också intressant ur ett lärandeperspektiv. Vad är det läraren pedagogiskt vill uppnå med vald gruppsammansättning och hur stödjer det studenternas lärande? Det finns många idéer om hur gruppsammansättning kan gå till; läraren sätter samman grupper, studenterna väljer själva, slumpmässig sammansättning, bokstavsordning…Det kom mejl om detta också: ”… jag är så less på detta med grupparbeten där vi studenter skall para ihop oss själva! Har själv inga problem, då jag är lite äldre än de andra och oftast hamnar i bra grupper pga min erfarenhet och kunskap. Men många mår riktigt dåligt av att hålla på och oroa sig för om ngn vill ha dom i sin grupp. Frågan jag ställer mig är: Vad är syftet med grupparbeten? Kan tänka mig att det är att lära sig att arbeta med andra människor, stärka ens sociala kompetens och vara lite obekväm och osäker? I så fall borde ju tillvägagångssättet vara att man undviker grupper som konsekvent består av samma människor? Så blir det ju INTE om ni låter studenterna välja själva hela tiden! Tycker vidare att det är er/universitetets skyldighet och uppgift att minimera risken för att ngn eller några hamnar utanför eller inte får en grupp tilldelad”Till detta rundabordssamtal välkomnar vi särskilt dig som brottas med gruppindelning, funderar över den pedagogiska poängen med grupparbeten och hur du bäst kan stödja studenternas eget lärande
|
|
| 6. |
- Landfors, Mattias, 1977-, et al.
(author)
-
MC-normalization : a novel method for dye-normalization of two-channel microarray data
- 2009
-
In: Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology. - Berkeley : The Berkeley Electronic Press (bepress). - 1544-6115 .- 1544-6115. ; 8:1, s. 42-
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Motivation: Pre-processing plays a vital role in two-color microarray data analysis. An analysis is characterized by its ability to identify differentially expressed genes (its sensitivity) and its ability to provide unbiased estimators of the true regulation (its bias). It has been shown that microarray experiments regularly underestimate the true regulation of differentially expressed genes. We introduce the MC-normalization, where C stands for channel-wise normalization, with considerably lower bias than the commonly used standard methods. Methods: The idea behind the MC-normalization is that the channels’ individual intensities determine the correction, rather than the average intensity which is the case for the widely used MA-normalization. The two methods were evaluated using spike-in data from an in-house produced cDNA-experiment and a public available Agilent-experiment. The methods were applied on background corrected and non-background corrected data. For the cDNA-experiment the methods were either applied separately on data from each of the print-tips or applied on the complete array data. Altogether 24 analyses were evaluated. For each analysis the sensitivity, the bias and two variance measures were estimated. Results: We prove that the MC-normalization has lower bias than the MA-normalization. The spike-in data confirmed the theoretical result and suggest that the difference is significant. Furthermore, the empirical data suggest that the MC-and MA-normalization have similar sensitivity. A striking result is that print-tip normalizations did have considerably higher sensitivity than analyses using the complete array data.
|
|
| 7. |
- Rentoft, Matilda, et al.
(author)
-
miRNA analysis of formalin-fixed squamous cell carcinomas of the tongue is affected by age of the samples
- 2011
-
In: International Journal of Oncology. - : Spandidos Publ. Ltd. - 1019-6439 .- 1791-2423. ; 38:1, s. 61-69
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Global miRNA expression arrays were used for analysis of 836 miRNAs in formalin-fixed paraffin-embedded samples from 21 tongue cancer patients and 8 controls. Samples had been stored for one to eleven years. Results separated tumour samples from controls, however, the largest variation was correlated to sample storage time, detectable already after one year. With the use of a linear regression model we could adjust for the storage-dependent effect, leading to the identification of 54 differentially expressed miRNAs in tongue cancer, compared to 16 when using standard normalization, including up-regulation of a novel miRNA, miR-424.
|
|
| 8. |
- Westlund, Jessica, et al.
(author)
-
CD47-deficient mice have decreased production of intestinal IgA following oral immunization but a maintained capacity to induce oral tolerance.
- 2012
-
In: Immunology. - Malden : Wiley. - 1365-2567 .- 0019-2805. ; 135:3, s. 236-44
-
Journal article (peer-reviewed)abstract
- Signal regulatory protein α (SIRPα/CD172a), expressed by myeloid cells including CD11b(+) dendritic cells, interacts with ubiquitously expressed CD47 to mediate cell-cell signalling and therefore, may be pivotal in the development of tolerance or immunity. We show that in mice deficient in CD47 (CD47(-/-) ) the cellularity in gut-associated lymphoid tissues is reduced by 50%. In addition, the frequency of CD11b(+) CD172a(+) dendritic cells is significantly reduced in the gut and mesenteric lymph nodes, but not in Peyer's patches. Activation of ovalbumin (OVA)-specific CD4(+) T cells in the mesenteric lymph nodes after feeding OVA is reduced in CD47(-/-) mice compared with wild-type however, induction of oral tolerance is maintained. The addition of cholera toxin generated normal serum anti-OVA IgG and IgA titres but resulted in reduced intestinal anti-OVA IgA in CD47(-/-) mice. Replacing the haematopoietic compartment in CD47(-/-) mice with wild-type cells restored neither the cellularity in gut-associated lymphoid tissues nor the capacity to produce intestinal anti-OVA IgA following immunization. This study demonstrates that CD47 signalling is dispensable for oral tolerance induction, whereas the expression of CD47 by non-haematopoietic cells is required for intestinal IgA B-cell responses. This suggests that differential CD4 T cell functions control tolerance and enterotoxin-induced IgA immunity in the gut.
|
|
