| 1. |
- Forrest, ARR, et al.
(författare)
-
A promoter-level mammalian expression atlas
- 2014
-
Ingår i: Nature. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1476-4687 .- 0028-0836. ; 507:7493, s. 462-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)
|
|
| 2. |
- Noguchi, S, et al.
(författare)
-
FANTOM5 CAGE profiles of human and mouse samples
- 2017
-
Ingår i: Scientific data. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2052-4463. ; 4, s. 170112-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- In the FANTOM5 project, transcription initiation events across the human and mouse genomes were mapped at a single base-pair resolution and their frequencies were monitored by CAGE (Cap Analysis of Gene Expression) coupled with single-molecule sequencing. Approximately three thousands of samples, consisting of a variety of primary cells, tissues, cell lines, and time series samples during cell activation and development, were subjected to a uniform pipeline of CAGE data production. The analysis pipeline started by measuring RNA extracts to assess their quality, and continued to CAGE library production by using a robotic or a manual workflow, single molecule sequencing, and computational processing to generate frequencies of transcription initiation. Resulting data represents the consequence of transcriptional regulation in each analyzed state of mammalian cells. Non-overlapping peaks over the CAGE profiles, approximately 200,000 and 150,000 peaks for the human and mouse genomes, were identified and annotated to provide precise location of known promoters as well as novel ones, and to quantify their activities.
|
|
| 3. |
|
|
| 4. |
- Banhart, S., et al.
(författare)
-
Identification of a new Association between Genogroup G10557 (G7072) and Cefixime Resistance by means of molecular Typing of Neisseria gonorrhoeae Isolates in Germany (2014-2017)
- 2021
-
Ingår i: Der Hautarzt. - : Springer. - 0017-8470 .- 1432-1173. ; 72:Suppl. 1, s. S8-S9
-
Tidskriftsartikel (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Hintergrund/Fragestellung: Die Behandlung von Neisseria gonorrhoeae-Infektionen ist aufgrund sich neu entwickelnder Antibiotikaresistenzen gefährdet. Folglich sind Surveillance-Programme zur Beschreibung der antimikrobiellen Resistenz (AMR) und molekularen Epidemiologie bei Gonokokken auf nationaler und internationaler Ebene dringend erfor-derlich. In Deutschland wurde hierfür im Jahr 2013 das Gonokokken-Resistenznetzwerk (GORENET) etabliert. Unser Ziel war es, die geneti-sche Diversität von N. gonorrhoeae-Isolaten in Deutschland von 2014 bis 2017 mittels NG-MAST (N. gonorrhoeae multi-antigen sequence typing) zu beschreiben.Methoden: N. gonorrhoeae-Isolate aus den Jahren 2014–2017 (n=1220; 106 aus 2014, 122 aus 2015, 511 aus 2016 und 481 aus 2017) wurden deutschlandweit eingesandt und mittels AMR-Testung und NG-MAST charakterisiert.Ergebnisse: 88,4% aller Isolate stammten von Männern, 11,2% von Frauen. Das mediane Alter lag bei 32 Jahren (Interquartalsabstand; IQA: 25–44 Jahre). Insgesamt wurden 432 verschiedene NG-MAST-Sequenztypen (STs) einschließlich 146 neuer STs detektiert. Daraus resultieren 17 verschiedene Genogruppen, welche 59,2% aller Isolate beinhalten. Genogruppen G1407 und G10557 (G7072) waren signifikant mit Cefixim-Resistenz assoziiert. Dabei sank der Anteil dieser Genogruppen von 2014–2017 von 14,2 auf 6,2% (G1407) bzw. von 6,6 auf 3,1% (G10557 (G7072)),wohingegen der Anteil mehrerer Cefixim-empfindlicher Genogruppen (G11461, von 0,0 auf 5,6%; G17420, von 0,0 auf 5,0%; und G5441, von 0,9 und 4,8%) im gleichen Zeitraum anstieg.Schlussfolgerungen: In dieser Arbeit beschreiben wir Neisseria gonorrhoeae in Deutschland als eine genetisch diverse und variable Population und identifizieren eine neue Assoziation zwischen Genogruppe G10557 (G7072) und Cefixim-Resistenz. Diese Ergebnisse unterstreichen die Bedeutung der AMR-Überwachung auf der detaillierten Ebene molekularer Typisierung. Darüber hinaus deuten unsere Daten darauf hin, dass es mit Einführung einer dualen Therapie aus Ceftriaxon und Azithromycin und dem konsekutiv verminderten Einsatz von Cefixim zu einem Rückgang von Cefixim-resistenten Stämmen gekommen ist.
|
|
