| 1. |
- Blease, Charlotte R, et al.
(författare)
-
Sharing clinical notes, and placebo and nocebo effects : Can documentation affect patient health?
- 2022
-
Ingår i: Journal of Health Psychology. - : Sage Publications. - 1359-1053 .- 1461-7277. ; 27:1, s. 135-146
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- This paper connects findings from the field of placebo studies with research into patients' interactions with their clinician's visit notes, housed in their electronic health records. We propose specific hypotheses about how features of clinicians' written notes might trigger mechanisms of placebo and nocebo effects to elicit positive or adverse health effects among patients. Bridging placebo studies with (a) survey data assaying patient and clinician experiences with portals and (b) randomized controlled trials provides preliminary support for our hypotheses. We conclude with actionable proposals for testing our understanding of the health effects of access to visit notes.
|
|
| 2. |
- Haider, Zahra, et al.
(författare)
-
Whole-genome informed circulating tumor DNA analysis by multiplex digital PCR for disease monitoring in B-cell lymphomas : a proof-of-concept study
- 2023
-
Ingår i: Frontiers in Oncology. - : Frontiers Media SA. - 2234-943X. ; 13
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- IntroductionAnalyzing liquid biopsies for tumor-specific aberrations can facilitate detection of measurable residual disease (MRD) during treatment and at follow-up. In this study, we assessed the clinical potential of using whole-genome sequencing (WGS) of lymphomas at diagnosis to identify patient-specific structural (SVs) and single nucleotide variants (SNVs) to enable longitudinal, multi-targeted droplet digital PCR analysis (ddPCR) of cell-free DNA (cfDNA). MethodsIn 9 patients with B-cell lymphoma (diffuse large B-cell lymphoma and follicular lymphoma), comprehensive genomic profiling at diagnosis was performed by 30X WGS of paired tumor and normal specimens. Patient-specific multiplex ddPCR (m-ddPCR) assays were designed for simultaneous detection of multiple SNVs, indels and/or SVs, with a detection sensitivity of 0.0025% for SV assays and 0.02% for SNVs/indel assays. M-ddPCR was applied to analyze cfDNA isolated from serially collected plasma at clinically critical timepoints during primary and/or relapse treatment and at follow-up. ResultsA total of 164 SNVs/indels were identified by WGS including 30 variants known to be functionally relevant in lymphoma pathogenesis. The most frequently mutated genes included KMT2D, PIM1, SOCS1 and BCL2. WGS analysis further identified recurrent SVs including t(14;18)(q32;q21) (IGH::BCL2), and t(6;14)(p25;q32) (IGH::IRF4). Plasma analysis at diagnosis showed positive circulating tumor DNA (ctDNA) levels in 88% of patients and the ctDNA burden correlated with baseline clinical parameters (LDH and sedimentation rate, p-value <0.01). While clearance of ctDNA levels after primary treatment cycle 1 was observed in 3/6 patients, all patients analyzed at final evaluation of primary treatment showed negative ctDNA, hence correlating with PET-CT imaging. One patient with positive ctDNA at interim also displayed detectable ctDNA (average variant allele frequency (VAF) 6.9%) in the follow-up plasma sample collected 2 years after final evaluation of primary treatment and 25 weeks before clinical manifestation of relapse. ConclusionIn summary, we demonstrate that multi-targeted cfDNA analysis, using a combination of SNVs/indels and SVs candidates identified by WGS analysis, provides a sensitive tool for MRD monitoring and can detect lymphoma relapse earlier than clinical manifestation.
|
|
| 3. |
- Hägglund, Moa, et al.
(författare)
-
Accounting for bacterial overlap between raw water communities and contaminating sources improves the accuracy of signature-based microbial source tracking
- 2018
-
Ingår i: Frontiers in Microbiology. - : Frontiers Media S.A.. - 1664-302X. ; 9
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Microbial source tracking (MST) analysis is essential to identifying and mitigating the fecal pollution of water resources. The signature-based MST method uses a library of sequences to identify contaminants based on operational taxonomic units (OTUs) that are unique to a certain source. However, no clear guidelines for how to incorporate OTU overlap or natural variation in the raw water bacterial community into MST analyses exist. We investigated how the inclusion of bacterial overlap between sources in the library affects source prediction accuracy. To achieve this, large-scale sampling-including feces from seven species, raw sewage, and raw water samples from water treatment plants - was followed by 16S rRNA amplicon sequencing. The MST library was defined using three settings: (i) no raw water communities represented; (ii) raw water communities selected through clustering analysis; and (iii) local water communities collected across consecutive years. The results suggest that incorporating either the local background or representative bacterial composition improves MST analyses, as the results were positively correlated to measured levels of fecal indicator bacteria and the accuracy at which OTUs were assigned to the correct contamination source increased fourfold. Using the proportion of OTUs with high source origin probability, underpinning a contaminating signal, is a solid foundation in a framework for further deciphering and comparing contaminating signals derived in signature-based MST approaches. In conclusion, incorporating background bacterial composition of water in MST can improve mitigation efforts for minimizing the spread of pathogenic and antibiotic resistant bacteria into essential freshwater resources.
|
|
| 4. |
- Lyander, Anna, et al.
(författare)
-
NGS method for parallel processing of high quality, damaged or fragmented input material using target enrichment
- 2024
-
Ingår i: PLOS ONE. - : Public Library of Science. - 1932-6203. ; 19:5 May
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Next-generation sequencing (NGS) has been increasingly popular in genomics studies over the last decade and is now commonly used in clinical applications for precision diagnostics. Many disease areas typically involve different kinds of sample specimens, sample qualities and quantities. The quality of the DNA can range from intact, high molecular weight molecules to degraded, damaged and very short molecules. The differences in quality and quantity pose challenges for downstream molecular analyses. To overcome the challenge with the need of different molecular methods for different types of samples, we have developed a joint procedure for preparing enriched DNA libraries from high molecular weight DNA and DNA from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue, fresh frozen tissue material, as well as cell-free DNA.
|
|
| 5. |
- Ottosson, Jakob, et al.
(författare)
-
Bevattningsvatten : kunskapsunderlag
- 2019
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Livsmedel från växtriket kan i vissa fall sprida mikrobiologisk smitta. Bär, bladgrönt och groddarmedför en särskild risk. Det beror på att de ofta äts råa eller efter minimal tillredning. Vi värmer deminte innan vi äter dem.Om livsmedlen är kontaminerade är det med stor sannolikhet orsakat av bevattningen. Vattnet kan havarit påverkat av avföring. Det kan också bero på spillning från vilda djur. Även naturgödsel kanförorena produkterna vid stänk från jord.Syftet med detta projekt var att se över kvaliteten på vatten för bevattning i Sverige. Vi ville koppladet till mikrobiologiska risker och utifrån det ta fram underlag till nationella råd och riktlinjer. Måletär ”en säkrare produktion av ätfärdiga bär och grönsaker som bättre förebygger sjukdomsutbrott”.Det visade sig att kvaliteten på vattnet generellt sett var god hos odlarna i projektet. Det samma gällergrödor. I vatten hittade vi enstaka sjukdomsframkallande mikroorganismer och ESBL-bildande E. coli.Dessa hittade vi dock endast i ytvatten som var mer förorenade av avföring och spillning. Men endastett fåtal prov på gröda visade på högre fekal förorening. Majoriteten av dessa kom från en och sammaodlare, som bevattnade med vatten från en damm. Vi hittade inga patogener på grödor. Däremot var ettprov på vitkål positivt för ESBL-bildande E. coli.Vi gjorde en kvantitativ riskvärdering av Shigatoxinproducerande E. coli (STEC) från isbergssallat.Den visade att även en liten förorening orsakad av avföring och utan påvisade STEC-bakterier ibevattningsvattnet kan utgöra en risk för mag-och tarminfektion. Riskvärderingen kan användas somunderlag för att föreslå mikrobiologiska kriterier, till exempel på vattenkvalitet. Vi behöver dockbeakta osäkerheterna med värderingen. De viktigaste osäkerheterna var utsöndringen av ochpatogeniciteten hos STEC från infekterade nötkreatur. Hur mycket av dessa fastnar på den bevattnadegrödan? Hur stor är sannolikheten att infekteras vid låga doser (enstaka STEC-bakterier)? Och hur storär risken av stänk från jord?Det finns olika åtgärder att ta till för att minska sannolikheten för utbrott och sjukdomsfall. Dessa är 1.Kriterier för vattenkvalitet. 2: Rening av vatten som inte uppnår dessa kriterier. 3. Införa enuppehållstid mellan sista bevattning och skörd. 4. Dessutom kan konsumenterna skölja produkternainnan de konsumerar dem. Det är också viktigt att se till att hålla utrustningen ren, exempelvis rör ochmunstycken. På så vis undviks föroreningar och tillväxt av bakterier.Om ytvatten måste användas för bevattning under de sista två veckorna innan skörd bör ettprovtagningsprogram utformas. Proven bör då visa på låg fekal förorening samt avsaknad avSalmonella. I bästa fall bör ytvatten renas före bevattning. Detta kan göras till exempel med hjälp avfotokatalys, UV-ljus eller filtrering. De sista två dagarna före skörd bör dock endast vatten avdricksvattenkvalitet användas.I en framtid med sjunkande grundvattennivåer, torrare somrar och blötare vintrar finns ett behov av attsamla in vatten för bevattning. Det bör göras under höstregn och vårfloder, samt vintertid. Vattnet fårsedan lagras i magasin. Vatten från bevattningsmagasin kan behöva renas innan det används förbevattning beroende på hur skyddat magasinet är från föroreningar.
|
|
| 6. |
|
|
