| 1. |
- Axelsson, Jan, et al.
(författare)
-
Electron Capture Dissociation of Substance-P using a Commercially Available Fourier Transform Ion Cyclotron Resonance Mass Spectrometer
- 1999
-
Ingår i: Rapid Communications in Mass Spectrometry. - 0951-4198 .- 1097-0231. ; 13:6, s. 474-477
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Electron capture dissociation of the peptide Substance P is reported for the first time, with an unmodified, commercially available Fourier transform ion cyclotron resonance (FTICR) mass spectrometer. The fragmentation pattern is compared with that obtained with collisionally induced dissociation of the ions in the electrospray ion source, and note that electron capture dissociation gives a more easily interpreted spectrum, showing mainly C-fragments. With the exception of the proline residues, which require cleavage of two chemical bonds, we observe all C-fragmental we find the bias voltage of the electron gun not to be very critical.
|
|
| 2. |
- Blom, Kristin, et al.
(författare)
-
Eosinophil associated genes in the inflammatory bowel disease 4 region : Correlation to inflammatory bowel disease revealed
- 2012
-
Ingår i: World Journal of Gastroenterology. - : Baishideng Publishing Group Inc.. - 1007-9327 .- 2219-2840. ; 18:44, s. 6409-6419
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- AIM: To study the association between inflammatory bowel disease (IBD) and genetic variations in eosinophil protein X (EPX) and eosinophil cationic protein (ECP). METHODS: DNA was extracted from ethylene diamine tetraacetic acid blood of 587 patients with Crohn's disease (CD), 592 with ulcerative colitis (UC) and 300 healthy subjects. The EPX405 (G > C, rs2013109), ECP434 (G > C, rs2073342) and ECP562 (G > C, rs2233860) gene polymorphisms were analysed, by the 5'-nuclease allelic discrimination assay. For determination of intracellular content of EPX and ECP in granulocytes, 39 blood samples was collected and extracted with a buffer containing cetyltrimethylammonium bromide. The intracellular content of EPX was analysed using an enzyme-linked immunosorbent assay. The intracellular content of ECP was analysed with the UniCAP (R) system as described by the manufacturer. Statistical tests for calculations of results were chi(2) test, Fisher's exact test, ANOVA, Student-Newman-Keuls test, and Kaplan-Meier survival curve with Log-rank test for trend, the probability values of P < 0.05 were considered statistically significant. RESULTS: The genotype frequency for males with UC and with an age of disease onset of >= 45 years (n = 57) was for ECP434 and ECP562, GG = 37%, GC = 60%, CC = 4% and GG = 51%, GC = 49%, CC = 0% respectively. This was significantly different from the healthy subject's genotype frequencies of ECP434 (GG = 57%, GC = 38%, CC = 5%; P = 0.010) and ECP562 (GG = 68%, GC = 29 /0,CC = 3%; P = 0.009). The genotype frequencies for females, with an age of disease onset of >= 45 years with CD (n = 62), was for the ECP434 and ECP562 genotypes GG = 37%, GC = 52%, CC = 11% and GG = 48%, GC = 47% and CC = 5% respectively. This was also statistically different from healthy controls for both ECP434 (P = 0.010) and ECP562 (P = 0.013). The intracellular protein concentration of EPX and ECP was calculated in mu g/10(6) eosinophils and then correlated to the EPX 405 genotypes. The protein content of EPX was highest in the patients with the CC genotype of EPX405 (GG = 4.65, GC = 5.93, and CC = 6.57) and for ECP in the patients with the GG genotype of EPX405 (GG = 2.70, GC = 2.47 and CC = 1.90). ANOVA test demonstrated a difference in intracellular protein content for EPX (P = 0.009) and ECP (P = 0.022). The age of disease onset was linked to haplotypes of the EPX405, ECP434 and ECP562 genotypes. Kaplan Maier curve showed a difference between haplotype distributions for the females with CD (P = 0.003). The highest age of disease onset was seen in females with the EPX405CC, ECP434GC, ECP562CC haplotype (34 years) and the lowest in females with the EPX405GC, ECP434GC, ECP562GG haplotype (21 years). For males with UC there was also a difference between the highest and lowest age of the disease onset (EPX405CC, ECP434CC, ECP562CC, mean 24 years vs EPX405GC, ECP434GC, ECP562GG, mean 34 years, P = 0.0009). The relative risk for UC patients with ECP434 or ECP562-GC/CC genotypes to develop dysplasia/cancer was 2.5 (95%CI: 1.2-5.4, P = 0.01) and 2.5 (95%CI: 1.1-5.4, P = 0.02) respectively, compared to patients carrying the GG-genotypes. CONCLUSION: Polymorphisms of EPX and ECP are associated to IBD in an age and gender dependent manner, suggesting an essential role of eosinophils in the pathophysiology of IBD.
|
|
| 3. |
- Buijs, Jos, et al.
(författare)
-
A new method for the accurate determination of the isotopic state of single amide hydrogens within peptides using Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry
- 2000
-
Ingår i: Rapid Communications in Mass Spectrometry. - 0951-4198. ; 14:19, s. 1751-1756
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- A new method is presented to accurately determine the probability of having a deuterium or hydrogen atom on a specific amide position within a peptide after deuterium/hydrogen (D/H) exchange in solution. Amide hydrogen exchange has been proven to be a sensitive probe for studying protein structures and structural dynamics. At the same time, mass spectrometry in combination with physical fragmentation methods is commonly used to sequence proteins based on an amino acid residue specific mass analysis. In the present study it is demonstrated that the isotopic patterns of a series of peptide fragment ions obtained with capillary-skimmer dissociation, as observed with a 9.4 T Fourier transform ion cyclotron resonance (FTICR) mass spectrometer, can be used to calculate the isotopic state of specific amide hydrogens. This calculation is based on the experimentally observed isotopic patterns of two consecutive fragments and on the isotopic binomial distributions of the atoms in the residue constituting the difference between these two consecutive fragments. The applicability of the method is demonstrated by following the sequence-specific D/H exchange rate in solution of single amide hydrogens within some peptides.
|
|
| 4. |
|
|
| 5. |
|
|
| 6. |
|
|
| 7. |
|
|
| 8. |
- Nilsson, Kerstin, et al.
(författare)
-
54 forskare: Inte alla klarar höjd pensions-ålder
- 2017
-
Ingår i: Svenska Dagbladet, Stockholm. - 1101-2412.
-
Tidskriftsartikel (populärvet., debatt m.m.)abstract
- Ett hållbart och acceptabelt pensionssystem måste utformas utifrån personliga förutsättningar och förhållanden i arbetslivet, så att fler klarar att arbeta i högre ålder. Att enbart genom ekonomiska åtgärder höja pensionsåldern är inte långsiktigt hållbart, skriver 54 forskare.DEBATT | PENSIONForskning visar att cirka var fjärde har en diagnos eller skada orsakad av sitt arbete. Detta gör arbetsorsakad sjukdom och skada till ett betydelsefullt folkhälsoproblem. Att då enbart genom ekonomiska åtgärder höja pensionsåldern för samtliga (yrkes)grupper utifrån deras kronologiska ålder är inte långsiktigt hållbart när individers biologiska ålder är så olika bland annat till följd av arbetslivet. Detta är en demokratifråga. Forskning om äldre i arbetslivet och hållbart arbete visar att man då främst flyttar individer från pensionssystemet till sjukförsäkringssystemet och ökar klyftorna i samhället.Debatt Det här är en argumenterande text med syfte att påverka. Åsikterna som uttrycks är skribentens egna.Vi är 54 forskare som nu gemensamt har skrivit denna debattartikel. Anledningen är att vi är oroade över att cirka var fjärde blir sjuk av sitt arbete samtidigt som man i det förslag som ligger om att senarelägga ålderspensionen i princip utgår ifrån att arbetskraftsdeltagande enbart styrs av ekonomin. Vi vill trycka på betydelsen av åtgärder i arbetslivet för att komma tillrätta med ohälsan, det vill säga inte enbart ekonomiska restriktioner som tvingar folk som inte kan, vill och orkar att stanna kvar i arbetslivet till en högre kronologisk ålder.Pensionssystemet bygger på att vi ska arbeta en viss del av våra liv för att förtjäna möjligheter till pension. Vi bör dock inte enbart utgå ifrån antalet år sedan en person föddes, då korttidsutbildade generellt träder in på arbetsmarknaden tidigare än långtidsutbildade. De har alltså varit en del av arbetskraften från en yngre ålder. Människor med kortare utbildning har oftare ett arbete som innebär påfrestningar som kan inverka negativt på hälsotillståndet och som till och med kan påskynda det biologiska åldrandet. Dessutom lever korttidsutbildade generellt sett inte lika länge som långtidsutbildade, vilket delvis även avspeglar skilda livs- och arbetsvillkor.Den svenska sjukförsäkringsreformen 2008 avsåg att få tillbaka människor i arbete. Men studien fann att den faktiskt bidrog till att fler gick i tidig ålderspension av dem som var i åldern 55–64 år. Ökningen var störst bland korttidsutbildade. Mer än 5 procent fler gick i tidig ålderspension då det blev svårare att få sjukpenning och sjukersättning. Vi kan notera att det är vanligare att manliga chefer tar ut tidig ålderspension, jämfört med kvinnliga maskinskötare inom tillverkningsindustrin. I vissa yrken är det dessutom vanligare att människor, trots pension, både orkar och faktiskt ges möjlighet att arbeta vidare om de har en specialkompetens som efterfrågas. Om vi endast kombinerar ekonomiska morötter med piskor finns en stor risk att vi ökar klyftan mellan grupper som både kan och vill fortsätta att yrkesarbeta och personer som av olika skäl inte längre kan eller orkar.Ta nytta av den forskning som vi har tagit fram. Ett hållbart och acceptabelt pensionssystem måste utformas utifrån personliga förutsättningar och förhållanden i arbetslivet. Ett hållbart arbetsliv för allt fler i vår åldrande befolkning fordrar att vi samtidigt beaktar faktorer som relaterar till biologisk/kroppslig ålder, mental/kognitiv ålder samt social ålder/livsloppsfas och våra attityder som är kopplade till ålder. Vi måste ta större hänsyn till olika förutsättningar och varierande funktionsförmåga och utifrån detta anpassa de åtgärder som gör att arbetslivet blir möjligt och hållbart för allt fler även i högre ålder.”Morötter” är viktigare för en god arbetshälsa och hög produktivitet än en piska i form av oron för en dålig ekonomi.Forskning visar att pedagogik som bygger på ”morötter” oftast är betydligt bättre än ”piskor” för att nå framgångsrika och långsiktiga mål. ”Morötter” i samhället, för organisationer, företag och individer är därför viktiga för god arbetshälsa och fortsatt produktivitet och kan bidra till ett längre arbetsliv även för grupper som tidigare inte ens klarat av att arbeta fram till pensionsåldern. Genom forskning inom området har bland annat swage-modellen utarbetats. Detta är ett verktyg som visar på komplexiteten i ett hållbart arbetsliv och tillsammans med systematiskt arbetsmiljöarbete, handlingsplaner och åtgärder syftar till ett mer hållbart arbetsliv. Morötter är enligt forskningen i detta sammanhang åtgärder för en god fysisk och mental arbetsmiljö, avpassad arbetsbelastning, stödjande teknik, att man kan anpassa arbetstakten, alternativa arbetstidsmodeller vid behov. Det är viktigt att man känner sig trygg och förväntas och tillåts vara delaktig, att man blir sedd av chefen och arbetskamraterna. Att de egna arbetsuppgifterna upplevs som meningsfulla och behövda av andra skapar självförverkligande och tillfredsställelse i arbetet. Att man känner att ens arbetsuppgifter och man själv är viktig för organisationen och företaget. Att man trots högre ålder inkluderas i olika nysatsningar och får tillgång till kompetensutveckling och inte blir åsidosatt eller åldersdiskriminerad. Utvärderingar visar att de äldre medarbetarna som fick några av dessa anpassningar och möjligheter var mer effektiva, utvilade, stimulerade när de var på arbetet samtidigt som sjukfrånvaron minskade. Vilket i sin tur bidrar till ett längre arbetsliv för grupper som tidigare inte klarat av att arbeta fram till pensionsåldern. I organisationer som bygger på en deltagar- och lärandekultur rustas de anställda för att klara omställningar, nya arbetsuppgifter och vid behov även yrkesbyten.Med en åldrande befolkning där allt fler lever allt längre behöver vi arbeta till en högre ålder i framtiden för att pensionssystemet ska hålla. Men ”morötter” är viktigare för en god arbetshälsa och hög produktivitet än en piska i form av oron för en dålig ekonomi. Det kräver också att vi ändrar våra attityder och förhållningssätt till äldre på arbetsmarknaden, vilket vi bäst gör genom att organisationer och företag får incitament till och erbjuder mer individanpassade arbetsvillkor, särskilt för personer i högre ålder. Låt oss därför använda den framtagna kunskapen i praktiken för att göra arbetslivet friskt och hållbart för alla åldrar.
|
|
| 9. |
- Nilsson, Kerstin, et al.
(författare)
-
Vi är oroade över senare ålderspension
- 2017
-
Ingår i: Dagens Samhälle. - 1652-6511.
-
Tidskriftsartikel (populärvet., debatt m.m.)abstract
- Var fjärde person blir i dag sjuk till följd av sitt arbete. Att höja pensionsåldern för alla yrkesgrupper, utan konkreta åtgärder för att minska ohälsan, är därför problematiskt och mycket oroande. Det är, enligt forskarna, inte långsiktigt samhällsekonomiskt lönsamt att utan andra åtgärder höja pensionsåldern för alla. Vi – 54 forskare – är mycket oroade över konsekvenserna av att, som föreslagits, senarelägga ålderspensionen.Förslaget utgår i princip från arbetskraftsdeltagande i princip enbart styrs av ekonomin, medan forskningen visar att det bara är en av flera faktorer som styr hur länge och hur mycket människor väljer att arbeta.Det här sättet att lösa problemet med en åldrande befolkning och ett sviktande pensionssystem är inte samhällsekonomiskt lönsamt på lång sikt, utan riskerar bara att flytta runt folk mellan olika ersättningssystem. Pensionssystemet bygger på att vi ska arbeta en viss del av våra liv för att tjäna in vår pension. Vi bör dock inte enbart utgå ifrån ålder eller antalet år sedan en person föddes då korttidsutbildade generellt träder in på arbetsmarknaden tidigare än långtidsutbildade. De med kortare utbildningstid har alltså varit en del av arbetskraften från en yngre ålder. Människor med kortare utbildning har också oftare ett arbete som innebär påfrestningar som kan inverka negativt på hälsotillståndet och som till och med kan påskynda det biologiska åldrandet. Dessutom lever korttidsutbildade generellt sett inte lika länge som långtidsutbildade, vilket delvis även avspeglar skilda livs- och arbetsvillkor.Ta nytta av den forskning som vi har tagit fram. Ekonomin är självklart viktigt för att vi ska vilja arbeta, men den är som sagt enbart en av flera faktorer med betydelse vårt arbetsliv.Hälsotillståndet, både det fysiska och det mentala, har en avgörande betydelse för hur länge och hur mycket vi orkar arbeta. Ett fysiskt och mentalt belastande arbete är en stark riskfaktor för en nedsatt hälsa i slutet av arbetslivet. Arbetstid, arbetstakt och möjlighet till återhämtning spelar en allt större roll ju äldre vi blir. Andra aspekter är arbetsinnehåll, hur meningsfulla och stimulerande arbetsuppgifterna är, balansen mellan arbete och familjesituation och fritidsaktiviteter. Organisationskultur, ledarskapet, stöd i arbetet och kompetens har stor betydelse för om vi ska kunna och vilja arbeta till en högre ålder. Vi måste ta större hänsyn till olika förutsättningar och varierande funktionsförmåga och utifrån detta anpassa de åtgärder som gör att arbetslivet blir möjligt och hållbart för allt fler även i högre ålder.Ett hållbart och acceptabelt pensionssystem måste därför utformas utifrån personliga förutsättningar och förhållanden i arbetslivet. Ett hållbart arbetsliv för allt fler i vår åldrande befolkning fordrar att vi samtidigt beaktar faktorer som relaterar till biologisk/kroppslig ålder, mental/kognitiv ålder samt social ålder/livsloppsfas samt de attityder som är kopplade till ålder.
|
|
| 10. |
- Norlin, Nils, et al.
(författare)
-
Extended Förster theory for determining intraprotein distances : Part III. Partial donor–donor energy migration among reorienting fluorophores
- 2008
-
Ingår i: Physical Chemistry, Chemical Physics - PCCP. - : Royal Society of Chemistry (RSC). - 1463-9076 .- 1463-9084. ; 10, s. 6962-70
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- An extended Förster theory (EFT) is derived and outlined for electronic energy migration between two fluorescent molecules which are chemically identical, but photophysically non-identical. These molecules exhibit identical absorption and fluorescence spectra, while their fluorescence lifetimes differ. The latter means that the excitation probability becomes irreversible. Unlike the case of equal lifetimes, which is often referred to as, donor–donor energy migration (DDEM), the observed fluorescence relaxation is then no longer invariant to the energy migration process. To distinguish, the present case is therefore referred to as partial donor–donor energy migration (PDDEM). The EFT of PPDEM is described by a stochastic master equation (SME), which has been derived from the stochastic Liouville equation (SLE) of motion. The SME accounts for the reorienting as well as the translational motions of the interacting chromophores. Synthetic fluorescence lifetime and depolarisation data that mimics time-correlated single photon counting experiments have been generated and re-analysed. The rates of reorientation, as well as the orientational configurations of the interacting D-groups were examined. Moreover the EFT of PPDEM overcomes the classical 2-problem and the frequently applied approximation of 2 = 2/3 in the data analyses. An outline for the analyses of fluorescence lifetime and depolarisation data is also given, which might prove applicable to structural studies of D-labelled macromolecules, e.g. proteins. The EFT presented here brings the analyses of PDDEM data to the same level of molecular detail as that used in ESR- and NMR-spectroscopy.
|
|
