| 1. |
|
|
| 2. |
- El-Semman, Ibrahim, 1977, et al.
(författare)
-
Genome-scale metabolic reconstructions of Bifidobacterium adolescentis L2-32 and Faecalibacterium prausnitzii A2-165 and their interaction
- 2014
-
Ingår i: BMC Systems Biology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1752-0509. ; 8:41
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: The gut microbiota plays an important role in human health and disease by acting as a metabolic organ. Metagenomic sequencing has shown how dysbiosis in the gut microbiota is associated with human metabolic diseases such as obesity and diabetes. Modeling may assist to gain insight into the metabolic implication of an altered microbiota. Fast and accurate reconstruction of metabolic models for members of the gut microbiota, as well as methods to simulate a community of microorganisms, are therefore needed. The Integrated Microbial Genomes (IMG) database contains functional annotation for nearly 4,650 bacterial genomes. This tremendous new genomic information adds new opportunities for systems biology to reconstruct accurate genome scale metabolic models (GEMs). Results: Here we assembled a reaction data set containing 2,340 reactions obtained from existing genome-scale metabolic models, where each reaction is assigned with KEGG Orthology. The reaction data set was then used to reconstruct two genome scale metabolic models for gut microorganisms available in the IMG database Bifidobacterium adolescentis L2-32, which produces acetate during fermentation, and Faecalibacterium prausnitzii A2-165, which consumes acetate and produces butyrate. F. prausnitzii is less abundant in patients with Crohn's disease and has been suggested to play an anti-inflammatory role in the gut ecosystem. The B. adolescentis model, iBif452, comprises 699 reactions and 611 unique metabolites. The F. prausnitzii model, iFap484, comprises 713 reactions and 621 unique metabolites. Each model was validated with in vivo data. We used OptCom and Flux Balance Analysis to simulate how both organisms interact. Conclusions: The consortium of iBif452 and iFap484 was applied to predict F. prausnitzii's demand for acetate and production of butyrate which plays an essential role in colonic homeostasis and cancer prevention. The assembled reaction set is a useful tool to generate bacterial draft models from KEGG Orthology.
|
|
| 3. |
- Karlsson, Fredrik, 1984, et al.
(författare)
-
Gut metagenome in European women with normal, impaired and diabetic glucose control
- 2013
-
Ingår i: Nature. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 498:7452, s. 99-103
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Type 2 diabetes (T2D) is a result of complex gene-environment interactions, and several risk factors have been identified, including age, family history, diet, sedentary lifestyle and obesity. Statistical models that combine known risk factors for T2D can partly identify individuals at high risk of developing the disease. However, these studies have so far indicated that human genetics contributes little to the models, whereas socio-demographic and environmental factors have greater influence(1). Recent evidence suggests the importance of the gut microbiota as an environmental factor, and an altered gut microbiota has been linked to metabolic diseases including obesity(2,3), diabetes(4) and cardiovascular disease(5). Here we use shotgun sequencing to characterize the faecal metagenome of 145 European women with normal, impaired or diabetic glucose control. We observe compositional and functional alterations in the metagenomes of women with T2D, and develop a mathematical model based on metagenomic profiles that identified T2D with high accuracy. We applied this model to women with impaired glucose tolerance, and show that it can identify women who have a diabetes-like metabolism. Furthermore, glucose control and medication were unlikely to have major confounding effects. We also applied our model to a recently described Chinese cohort(4) and show that the discriminant metagenomicmarkers for T2D differ between the European and Chinese cohorts. Therefore, metagenomic predictive tools for T2D should be specific for the age and geographical location of the populations studied.
|
|
| 4. |
- Karlsson, Fredrik, 1984, et al.
(författare)
-
Symptomatic atherosclerosis is associated with an altered gut metagenome
- 2012
-
Ingår i: Nature Communications. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2041-1723. ; 3
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Recent findings have implicated the gut microbiota as a contributor of metabolic diseases through the modulation of host metabolism and inflammation. Atherosclerosis is associated with lipid accumulation and inflammation in the arterial wall, and bacteria have been suggested as a causative agent of this disease. Here we use shotgun sequencing of the gut metagenome to demonstrate that the genus Collinsella was enriched in patients with symptomatic atherosclerosis, defined as stenotic atherosclerotic plaques in the carotid artery leading to cerebrovascular events, whereas Roseburia and Eubacterium were enriched in healthy controls. Further characterization of the functional capacity of the metagenomes revealed that patient gut metagenomes were enriched in genes encoding peptidoglycan synthesis and depleted in phytoene dehydrogenase; patients also had reduced serum levels of β-carotene. Our findings suggest that the gut metagenome is associated with the inflammatory status of the host and patients with symptomatic atherosclerosis harbor characteristic changes in the gut metagenome.
|
|
| 5. |
- Pousette, Anders, 1959, et al.
(författare)
-
Informationssäkerhetskultur i praktiken: Populärvetenskaplig sammanfattning
- 2023
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Projektet Informationssäkerhetskultur i praktiken har finansierats av MSB under åren 2019–2024 med syftet att förklara och belysa hur informationssäkerhetskulturen i organisationer kan förändras till det bättre. Fokus har varit på olika sätt att mäta och förändra kulturen. Projektet har genomförts av forskare i tre organisationer. Upplägget är tvärvetenskapligt med forskare specialiserade inom ämnen såsom fredsstudier, statsvetenskap, informatik, psykologi och cyberförsvar. Det tvärvetenskapliga angreppssättet har, förutom de resultat som presenteras i denna rapport, inneburit stort kunskapsutbyte mellan forskare i projektet och förbättrat deras förståelse för de problem och dilemman som kopplas till hantering av informationssäkerhetskulturer. Projektets forskningsplan inkluderade flera datainsamlingsinsatser och interventioner i samhällsviktiga organisationer. Eftersom kunskap om en organisations informationssäkerhet kan missbrukas av illasinnade aktörer förutsatte projektet stort förtroende och engagemang från dessa organisationer. Det krävde också förtroende och engagemang från enskilda individer inom dessa organisationer som förväntades delta i studierna. Den pandemi som drabbade världen i början av projektet innebar att många av de planer som gjorts behövde justeras och förändras. Organisationer och personer som trots detta valt att stödja studien förtjänar därför ett tack utöver det vanliga. Stort tack!
|
|
| 6. |
- Ask, Andreas, 1977-
(författare)
-
The Role of Enterprise Architecture in Local eGovernment Adoption
- 2012
-
Licentiatavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- eFörvaltning ses som ett medel för att göra kommunalt förvaltningsarbete mer effektivt och interoperabelt. Dock begränsas kommuner av oförmåga att uppnå det vilket försvårar genomförandet av deras uppdrag. En orsak till varför införandet av eFörvaltning inte ger de systematiska fördelar som efterfrågas beror på att införandet av informations och kommunikations teknologier (IKT) inte är tillräckligt. Förändringen som krävs kan inte ske över en natt utan är en gradvis förändring över tid som även kräver nya sätt att arbeta på. Kommuner behöver hantera sin eFörvaltningsutveckling på ett mer strukturerat sätt för att öka möjligheterna att förverkliga de fördelarna som sägs kunna erhållas. Enterprise Architecture (EA) har på senare tid kommit att ses som en möjlig lösning för att komma tillrätta med denna problematik. Genom att arbeta mot en EA skapas möjligheten att brygga IKT system med affärsprocesser och därigenom leda till effektivitet och interoperabilitet. Dock är EA inom offentlig sektor ifrågasatt. Forskare menar att EA saknar tydlig definierad omfattning och begreppsvärld, vilket gör användningen av EA inom förvaltningsarbete svår. De omfattande logiska EA ramverk som finns idag saknar innehåll som är specifikt relaterade till offentlig sektor. Vari det blir problematiskt att arbeta mot en EA inom offentlig sektor.Denna licentiatavhandling lägger följande forskningsfråga: ”Vilken roll har EA för införandet av eFörvaltning inom Svenska kommuner?” Samt följande underfrågor ”Vilka förutsättningar finns för att använda EA vid eFörvaltningsutveckling?” ”Vad har Örebro kommun uppnått genom att arbete mot en EA i deras eFörvaltningsutveckling?” Och ”Vilka problem har Örebro kommun upplevt av att arbeta mot en EA vid eFörvaltningsutvecklingen?”. En longitudinell fallstudie av ett eFörvaltningsutvecklingsprojekt i Örebrokommun genomfördes mellan 2007 och 2009 med syfte att utröna dessa frågor och för att skapa insikt om EAs roll för eFörvaltningsutveckling. Förutsättningar, resultat och upplevda problem vid eFörvaltningsutvecklingen studerades. I anslutning till detta empiriska arbete genomfördes även en jämförandestudie av eFörvaltningsmål såsom de anges i officiella statliga dokument inom så väl Sverige som i EU gentemot förmodade fördelarna med EA som diskuteras i samtida EA-litteratur.Studien visar att EA som fenomen ses som en förutsättning för att lyckas med eFörvaltning. 7 viktiga aspekter gällande förutsättningen för att lyckas med kommuners eFörvaltningsutveckling identifierades: Skillnaden mellan administrativa och politiska ansvaret, Politiskt mandat, Politisk timing, Resursfördelning, Samordning under NPM, Leverantörsberoende, Val av standard och bäst praxis. För att förbättra möjligheten att röna framgång i eFörvaltningsutveckling behöver dessa aspekter aktualiseras och hanteras. New Public Management (NPM) som styrmodell utgör ett strukturellt hinder för eFörvaltningsutveckling som förhindrar en mer explicit användning av EA-ramverk, vilket påverkar möjligheten att uppnå uppsatta mål negativt. Trots den strukturella problematik som föreligger, kan stöd erhållas genom att arbeta utifrån ett ”EA-tänk”. Ett ”EAtänk” kan här ses som ett medel för att påbörja förändringen mot en EA utan att för den delen explicit använda sig av ett EA-ramverk, eller -metod. Dock är det viktigt skapa en förståelse för att ”EA-tänk” som fenomen i sin tur ger upphov till strukturer och således kan leda till problem som även de måste hanteras för att eFörvaltningsutveckling skall lyckas. eFörvaltning, NPM och ett ”EA-tänk” skapar en strukturell triad där olika strukturella egenskaper i vissa fall sammanfaller med varandra vari de kan stödja kommuner i dess arbete och således bidra till positiv utveckling. Medan det i andra fall leder till negativ utveckling där administrationen upplever problem att ta till sig av de rekommendationer eFörvaltningsprojektet kan tänkas ge till organisationen som helhet. Paradoxalt nog skapar denna strukturella triad en situation där kommuner måste arbete runt sig själv för att komma framåt. Normer och befintliga strukturer i kommuner förhindrar effektiv samarbete både internt mellan olika förvaltningar och externt gentemot andra kommuner och landsting vilket leder till fragmentariska framsteg mot projektmålen och i slutänden även kommunens övergripande mål gällande eFörvaltningsutveckling. Givet de i många fall motstridiga strukturella egenskaper som finns mellan NPM och eFörvaltning innebär att det initiala arbetet mot EA i eFörvaltningsutveckling är ett ytterst komplext fenomen. För att öka möjligheten att eFörvaltningsutvecklingen blir lyckad krävs det att kommuner känner till och hantera den negativa inverkan NPM har på eFörvaltningsutveckling. Samtidigt behöver de känna till och hanterar problematiken som uppstår av att arbeta mot en EA genom ett ”EA-tänk”, Samt att som studien visat, EA ger inget stöd för mer politiseras mål, vari kommuner behöver annat sätt och andra strategier för sådant arbete. Detta är viktigt att beakta, speciellt med tanke på att mer politiserade mål i mångt och mycket är de mål som kommer premieras av politiker. Av just den enkla orsaken att politiker inte blir omvalda på grund av “effektiva IKT integrerade interna processer” utan blir omvalda utifrån förbättringar som är synliga och som gagnar medborgare positivt.Avhandlingen bidrar till forsknings genom att öka förståelse för och behovet av att hantera både positiva och negativa faktorer som påverkar möjligheten att lyckas med eFörvaltningsutveckling inom kommunalt arbete. Vilket inkluderar de 7 identifierade kritiska faktorer måste aktualiseras och hanteras för att öka möjligheten att lyckas. Den negativa effekt NPM har på eFörvaltningsutveckling och hur ett ”EA-tänk” kan leda till positiv utveckling, även om det som denna studie visat inte kan bidra till mer politiserade mål. Vad gäller denna licentiatavhandlings bidrag till praktiken så bidrar den med att belysa den problematiska situation som föreligger av att institutionaliserade strukturer i många fall verkar som ett hinder mot förändring. Studien möjliggör även till att kommuner kan skapa en förståelse för sin egna eFörvaltningsutveckling och möjligtvis kan verka för att inte uppleva samma problematik som identifierats i Örebros eFörvaltningsutveckling samt visa på hur en kommun kan arbeta för att hantera den problematik som inte kan förhindras alternativ som uppstår trots denna kunskap.
|
|
| 7. |
|
|
| 8. |
- Christiansen, Evald H, et al.
(författare)
-
Instantaneous Wave-free Ratio versus Fractional Flow Reserve to Guide PCI.
- 2017
-
Ingår i: The New England journal of medicine. - : Massachussetts Medical Society. - 1533-4406 .- 0028-4793. ; 376:19, s. 1813-1823
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The instantaneous wave-free ratio (iFR) is an index used to assess the severity of coronary-artery stenosis. The index has been tested against fractional flow reserve (FFR) in small trials, and the two measures have been found to have similar diagnostic accuracy. However, studies of clinical outcomes associated with the use of iFR are lacking. We aimed to evaluate whether iFR is noninferior to FFR with respect to the rate of subsequent major adverse cardiac events.We conducted a multicenter, randomized, controlled, open-label clinical trial using the Swedish Coronary Angiography and Angioplasty Registry for enrollment. A total of 2037 participants with stable angina or an acute coronary syndrome who had an indication for physiologically guided assessment of coronary-artery stenosis were randomly assigned to undergo revascularization guided by either iFR or FFR. The primary end point was the rate of a composite of death from any cause, nonfatal myocardial infarction, or unplanned revascularization within 12 months after the procedure.A primary end-point event occurred in 68 of 1012 patients (6.7%) in the iFR group and in 61 of 1007 (6.1%) in the FFR group (difference in event rates, 0.7 percentage points; 95% confidence interval [CI], -1.5 to 2.8; P=0.007 for noninferiority; hazard ratio, 1.12; 95% CI, 0.79 to 1.58; P=0.53); the upper limit of the 95% confidence interval for the difference in event rates fell within the prespecified noninferiority margin of 3.2 percentage points. The results were similar among major subgroups. The rates of myocardial infarction, target-lesion revascularization, restenosis, and stent thrombosis did not differ significantly between the two groups. A significantly higher proportion of patients in the FFR group than in the iFR group reported chest discomfort during the procedure.Among patients with stable angina or an acute coronary syndrome, an iFR-guided revascularization strategy was noninferior to an FFR-guided revascularization strategy with respect to the rate of major adverse cardiac events at 12 months. (Funded by Philips Volcano; iFR SWEDEHEART ClinicalTrials.gov number, NCT02166736 .).
|
|
| 9. |
- Davidsson, Lisa, et al.
(författare)
-
A simple skin blister technique for the study of in vivo transmigration of human leukocytes.
- 2013
-
Ingår i: Journal of immunological methods. - : Elsevier BV. - 1872-7905 .- 0022-1759. ; 393:1-2, s. 8-17
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The study of human leukocytes is almost exclusively conducted using cells isolated from peripheral blood. This is especially true for neutrophils, despite the fact that these cells are of main (pathological) importance in extravascular tissues upon e.g., infection and/or tissue damage. The journey from circulation to tissue is typically associated with a number of cellular changes, making the cells primed, or hyper-responsive, and in many aspects distinct from the cells present in circulation. Models to obtain in vivo transmigrated leukocytes from human tissue are available, but not widely used. We describe here an easy-to-use model for the study of local inflammation, stemming from limited tissue damage, which can be used to isolate viable and functional leukocytes. The model is based on the generation of aseptic skin blisters, formed by the application of negative pressure, and allows for investigations of the cellular infiltrate as well as of soluble mediators present in the exudate. We believe that this method, combined with modern analysis equipment suitable for small volumes and cell numbers, could be of great use for increasing our understanding of the nature and function of leukocytes that have left circulation and transmigrated to inflamed tissues.
|
|
| 10. |
- Escaned, Javier, et al.
(författare)
-
Safety of the Deferral of Coronary Revascularization on the Basis of Instantaneous Wave-Free Ratio and Fractional Flow Reserve Measurements in Stable Coronary Artery Disease and Acute Coronary Syndromes
- 2018
-
Ingår i: JACC. - : Elsevier. - 1936-8798 .- 1876-7605. ; 11:15, s. 1437-1449
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- OBJECTIVES The aim of this study was to investigate the clinical outcomes of patients deferred from coronary revascularization on the basis of instantaneous wave-free ratio (iFR) or fractional flow reserve (FFR) measurements in stable angina pectoris (SAP) and acute coronary syndromes (ACS). BACKGROUND Assessment of coronary stenosis severity with pressure guidewires is recommended to determine the need for myocardial revascularization. METHODS The safety of deferral of coronary revascularization in the pooled per-protocol population (n = 4,486) of the DEFINE-FLAIR (Functional Lesion Assessment of Intermediate Stenosis to Guide Revascularisation) and iFR-SWEDEHEART (Instantaneous Wave-Free Ratio Versus Fractional Flow Reserve in Patients With Stable Angina Pectoris or Acute Coronary Syndrome) randomized clinical trials was investigated. Patients were stratified according to revascularization decision making on the basis of iFR or FFR and to clinical presentation (SAP or ACS). The primary endpoint was major adverse cardiac events (MACE), defined as the composite of all-cause death, nonfatal myocardial infarction, or unplanned revascularization at 1 year. RESULTS Coronary revascularization was deferred in 2,130 patients. Deferral was performed in 1,117 patients (50%) in the iFR group and 1,013 patients (45%) in the FFR group (p < 0.01). At 1 year, the MACE rate in the deferred population was similar between the iFR and FFR groups (4.12% vs. 4.05%; fully adjusted hazard ratio: 1.13; 95% confidence interval: 0.72 to 1.79; p = 0.60). A clinical presentation with ACS was associated with a higher MACE rate compared with SAP in deferred patients (5.91% vs. 3.64% in ACS and SAP, respectively; fully adjusted hazard ratio: 0.61 in favor of SAP; 95% confidence interval: 0.38 to 0.99; p = 0.04). CONCLUSIONS Overall, deferral of revascularization is equally safe with both iFR and FFR, with a low MACE rate of about 4%. Lesions were more frequently deferred when iFR was used to assess physiological significance. In deferred patients presenting with ACS, the event rate was significantly increased compared with SAP at 1 year. (C) 2018 The Authors. Published by Elsevier on behalf of the American College of Cardiology Foundation.
|
|
