| 1. |
- Beal, Jacob, et al.
(författare)
-
Robust estimation of bacterial cell count from optical density
- 2020
-
Ingår i: Communications Biology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2399-3642. ; 3:1
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Optical density (OD) is widely used to estimate the density of cells in liquid culture, but cannot be compared between instruments without a standardized calibration protocol and is challenging to relate to actual cell count. We address this with an interlaboratory study comparing three simple, low-cost, and highly accessible OD calibration protocols across 244 laboratories, applied to eight strains of constitutive GFP-expressing E. coli. Based on our results, we recommend calibrating OD to estimated cell count using serial dilution of silica microspheres, which produces highly precise calibration (95.5% of residuals <1.2-fold), is easily assessed for quality control, also assesses instrument effective linear range, and can be combined with fluorescence calibration to obtain units of Molecules of Equivalent Fluorescein (MEFL) per cell, allowing direct comparison and data fusion with flow cytometry measurements: in our study, fluorescence per cell measurements showed only a 1.07-fold mean difference between plate reader and flow cytometry data.
|
|
| 2. |
- Alasfar, Lina, et al.
(författare)
-
Effective Field Theory descriptions of Higgs boson pair production
- 2024
-
Annan publikation (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Higgs boson pair production is traditionally considered to be of particular interest for a measurement of the trilinear Higgs self-coupling. Yet it can offer insights into other couplings as well, since - in an effective field theory (EFT) parameterisation of potential new physics - both the production cross section and kinematical properties of the Higgs boson pair depend on various other Wilson coefficients of EFT operators. This note summarises the ongoing efforts related to the development of EFT tools for Higgs boson pair production in gluon fusion, and provides recommendations for the use of distinct EFT parameterisations in the Higgs boson pair production process. This document also outlines where further efforts are needed and provides a detailed analysis of theoretical uncertainties. Additionally, benchmark scenarios are updated. We also re-derive a parameterisation of the next-to-leading order (NLO) QCD corrections in terms of the EFT Wilson coefficients both for the total cross section and the distribution in the invariant mass of the Higgs boson pair, providing for the first time also the covariance matrix. A reweighting procedure making use of the newly derived coefficients is validated, which can be used to significantly speed up experimental analyses.
|
|
| 3. |
- Blyberg, Louise, et al.
(författare)
-
Glass, timber and adhesive joints - Innovative load bearing building components
- 2014
-
Ingår i: Construction and Building Materials. - : Elsevier BV. - 0950-0618 .- 1879-0526. ; 55, s. 470-478
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Structural glass-timber composite beams and shear wall elements were investigated in terms of their mechanical behaviour, energy performance and their LCA performance. The load bearing components were manufactured using annealed float glass which was adhesively bonded to the timber with different adhesives. The results show, among other things, that is is possible to join the two materials glass and timber and obtaining a non-brittle failure of the beams. The shear wall elements have the potential of being used as stabilising elements and load bearing walls in buildings of up to 4 storeys height. It is possible to combine glass and timber in a load bearing shear wall without loss of energy performance of a building or without loosing LCA performance. In addition to these benefits, the timber glass composite wall has, of course the benefit of being transparent.
|
|
| 4. |
- Flygt, Elisabeth, et al.
(författare)
-
Glas och trä i samverkan - innovativa byggprodukter med mervärde : energi och miljö
- 2012
-
Rapport (refereegranskat)abstract
- Glas är en viktig del av våra byggnader. Utan kontakt med omgivningen trivs vi inte inomhus! Tidigare har glaset varit en stor källa till värmeförluster och i de första passivhusen användes små fönster. En intressant frågeställning var därmed om man kunde ha projektets bärande glaskonstruktion i ett passivhus. l projektet har tre olika prototyper för byggprodukter i glas och trä konstruerats och testats på olika sätt, främst ur hållfasthetssynpunkt Protoyperna har limmats ihop och av de testade limmerna visade det sig att ett akrylatlim hade den bäst prestandan i sammanhanget. Den väggprototyp som togs fram har använts som underlag för energiberäkn ingarna. För att få så bra energiprestanda som möjligt infogades en isolerruta och energibeläggningar i det konstruerade väggelementet Energiberäkningar både med Isover Energi3 och DEROB-LTH gjordes på ett friliggande enplanshus konstruerat för att kunna uppnå passivhusprestanda. Resultat från beräkningar med bara bra treglas isolerrutor i huset jämfördes med att använda två olika väggelementet med motsvarande glasyta. Yärmegenomgångskoefficienten, U-värdet, för väggelementet beräknades med hjälp av programmet U-norm. När andelen glas som procent av golvarean ökades från 12 till 16% ökade inte energiförbrukningen för något fall. Därefter började energiförbrukningen att öka för treglasfönstret och för det sämre väggelementet. För det bättre väggelementet kom inte ökningen förrän glasarean motsvarade 21% av golvytan. För att uppfylla passivhusrekommendationen för den specifika energiförbrukningen krävdes det att det bättre väggelementet användes och att hälften av varmvattnet värmdes via solen samt att rumstemperaturen inte fick överstiga 20°C. Det bör därmed kunna gå att nå passivhusnivån men det ställs stora krav på konstruktion, design och inte minst brukaren. Det blir för varmt inne under sommarhalvåret med alla tre konstruktionerna trots att det bättre väggelementet har en solskyddsbeläggning. Ett takutsprång på 1,5 meter minskar tiden då temperaturen överstiger 26 °C men inte tillräckligt mycket för att nå ner till rekommendationen på maximalt 10% av sommarhalvåret. En solskyddsbeläggning räcker därmed inte utan det krävs ytterligare solskydd. Beräkningar visar att t. ex. användning av en exteriör solskyddsväv eller ett elektrokromt belagt glas från Sage löser problemet. Med DEROB-LTH gjordes även beräkningar på ett förslag till en stationsbyggnad över järnvägsspåret i Växjö. Även här blir det varmt på sommaren. Används kylning för att inte temperaturen ska överskrida 30°C ökar energi förbrukningen med mellan 0,3-3%o. Med ett extra solskydd som en elektrokrom applikation eller extern väv behövs ingen kylning alls och temperaturer över 26°C uppträder mindre än 1% av tiden. Två hela väggelement byggdes där det ena elementet innehöll en energisparbeläggning i isolerrutan men inte den andra. Inga fler beläggningar användes och det var luft i isolerrutorna. Dessa två provades i en hotbox. Den bästa av de två provade väggelementen har ett något sämre U-värde än den sämre av de två beräknade väggelementen och visar att detta är en fullt real iserbar konstruktion. Med hjälp av spänningsmäta ren, SCA LP, följdes spänningarna i glaset i den bärande del en av ett väggelement under en belastningsprovning med stigande vertikal linjelast upp till 80 kN. Resultaten i glasskivans mittpunkt följer ökningen av pålagd last väl och är ett smidigt sätt att kontrollera spänningar i en konstruktion på. Vid mätning av isolerrutan på ett väggelementen monterat i hotboxen och på ett element som stod fritt erhölls likartade spänningar. Resultaten från energiberäkningarna användes vid en LCA för det beräknade friliggande enplanshuset. Största påverkan på miljön har brukarfasen som utgör 94-95% av förbrukad primärenergi. Den lägre procentsatsen erhölls för väggelementet och den högre för treglasfönster med trä och aluminiumram. Även CO2 utsläppen blir något lägre...
|
|
| 5. |
- Friedrich, Felix W., et al.
(författare)
-
Evidence for FHL1 as a novel disease gene for isolated hypertrophic cardiomyopathy
- 2012
-
Ingår i: Human Molecular Genetics. - : Oxford University Press. - 0964-6906 .- 1460-2083. ; 21:14, s. 3237-3254
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is characterized by asymmetric left ventricular hypertrophy, diastolic dysfunction and myocardial disarray. HCM is caused by mutations in sarcomeric genes, but in 40 of patients, the mutation is not yet identified. We hypothesized that FHL1, encoding four-and-a-half-LIM domains 1, could be another disease gene since it has been shown to cause distinct myopathies, sometimes associated with cardiomyopathy. We evaluated 121 HCM patients, devoid of a mutation in known disease genes. We identified three novel variants in FHL1 (c.134delA/K45Sfs, c.459CA/C153X and c.827GC/C276S). Whereas the c.459CA variant was associated with muscle weakness in some patients, the c.134delA and c.827GC variants were associated with isolated HCM. Gene transfer of the latter variants in C2C12 myoblasts and cardiac myocytes revealed reduced levels of FHL1 mutant proteins, which could be rescued by proteasome inhibition. Contractility measurements after adeno-associated virus transduction in rat-engineered heart tissue (EHT) showed: (i) higher and lower forces of contraction with K45Sfs and C276S, respectively, and (ii) prolonged contraction and relaxation with both mutants. All mutants except one activated the fetal hypertrophic gene program in EHT. In conclusion, this study provides evidence for FHL1 to be a novel gene for isolated HCM. These data, together with previous findings of proteasome impairment in HCM, suggest that FHL1 mutant proteins may act as poison peptides, leading to hypertrophy, diastolic dysfunction and/or altered contractility, all features of HCM.
|
|
| 6. |
|
|
| 7. |
- Hou, Liping, et al.
(författare)
-
Genome-wide association study of 40,000 individuals identifies two novel loci associated with bipolar disorder.
- 2016
-
Ingår i: Human molecular genetics. - : Oxford University Press (OUP). - 1460-2083 .- 0964-6906. ; 25:15, s. 3383-94
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Bipolar disorder (BD) is a genetically complex mental illness characterized by severe oscillations of mood and behavior. Genome-wide association studies (GWAS) have identified several risk loci that together account for a small portion of the heritability. To identify additional risk loci, we performed a two-stage meta-analysis of >9 million genetic variants in 9,784 bipolar disorder patients and 30,471 controls, the largest GWAS of BD to date. In this study, to increase power we used ∼2,000 lithium-treated cases with a long-term diagnosis of BD from the Consortium on Lithium Genetics, excess controls, and analytic methods optimized for markers on the X-chromosome. In addition to four known loci, results revealed genome-wide significant associations at two novel loci: an intergenic region on 9p21.3 (rs12553324, p=5.87×10(-9); odds ratio=1.12) and markers within ERBB2 (rs2517959, p=4.53×10(-9); odds ratio=1.13). No significant X-chromosome associations were detected and X-linked markers explained very little BD heritability. The results add to a growing list of common autosomal variants involved in BD and illustrate the power of comparing well-characterized cases to an excess of controls in GWAS.
|
|
| 8. |
|
|
| 9. |
- Jensen, Christina T, et al.
(författare)
-
Dissection of progenitor compartments resolves developmental trajectories in B-lymphopoiesis
- 2018
-
Ingår i: Journal of Experimental Medicine. - : Rockefeller University Press. - 1540-9538 .- 0022-1007. ; 215:7, s. 1947-1963
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- To understand the developmental trajectories in early lymphocyte differentiation, we identified differentially expressed surface markers on lineage-negative lymphoid progenitors (LPs). Single-cell polymerase chain reaction experiments allowed us to link surface marker expression to that of lineage-associated transcription factors (TFs) and identify GFRA2 and BST1 as markers of early B cells. Functional analyses in vitro and in vivo as well as single-cell gene expression analyses supported that surface expression of these proteins defined distinct subpopulations that include cells from both the classical common LPs (CLPs) and Fraction A compartments. The formation of the GFRA2-expressing stages of development depended on the TF EBF1, critical both for the activation of stage-specific target genes and modulation of the epigenetic landscape. Our data show that consecutive expression of Ly6D, GFRA2, and BST1 defines a developmental trajectory linking the CLP to the CD19+ progenitor compartment.
|
|
| 10. |
- Jensen, Christina T., et al.
(författare)
-
Identification of stage-specific surface markers in early B cell development provides novel tools for identification of progenitor populations
- 2016
-
Ingår i: Journal of Immunology. - : The American Association of Immunologists. - 0022-1767 .- 1550-6606. ; 197:5, s. 1937-1944
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Whereas the characterization of B lymphoid progenitors has been facilitated by the identification of lineage-and stage-specific surface markers, the continued identification of differentially expressed proteins increases our capacity to explore normal and malignant B cell development. To identify novel surface markers with stage-specific expression patterns, we explored the reactivity of CD19+ B cell progenitor cells to Abs targeted to 176 surface proteins. Markers with stage-specific expression were identified using a transgenic reporter gene system subdividing the B cell progenitors into four surface IgM2 stages. This approach affirmed the utility of known stage-specific markers, as well as identifying additional proteins that selectively marked defined stages of B cell development. Among the stage-specific markers were the cell adhesion proteins CD49E, CD11A, and CD54 that are highly expressed selectively on the most immature progenitors. This work identifies a set of novel stage-specific surface markers that can be used as a complement to the classical staining protocols to explore B lymphocyte development.
|
|
