| 1. |
- Nilsson, R. Henrik, 1976, et al.
(författare)
-
Improving ITS sequence data for identification of plant pathogenic fungi
- 2014
-
Ingår i: Fungal Diversity. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1560-2745 .- 1878-9129. ; 67:1, s. 11-19
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Plant pathogenic fungi are a large and diverse assemblage of eukaryotes with substantial impacts on natural ecosystems and human endeavours. These taxa often have complex and poorly understood life cycles, lack observable, discriminatory morphological characters, and may not be amenable to in vitro culturing. As a result, species identification is frequently difficult. Molecular (DNA sequence) data have emerged as crucial information for the taxonomic identification of plant pathogenic fungi, with the nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) region being the most popular marker. However, international nucleotide sequence databases are accumulating numerous sequences of compromised or low-resolution taxonomic annotations and substandard technical quality, making their use in the molecular identification of plant pathogenic fungi problematic. Here we report on a concerted effort to identify high-quality reference sequences for various plant pathogenic fungi and to re-annotate incorrectly or insufficiently annotated public ITS sequences from these fungal lineages. A third objective was to enrich the sequences with geographical and ecological metadata. The results – a total of 31,954 changes – are incorporated in and made available through the UNITE database for molecular identification of fungi (http://unite.ut.ee), including standalone FASTA files of sequence data for local BLAST searches, use in the next-generation sequencing analysis platforms QIIME and mothur, and related applications. The present initiative is just a beginning to cover the wide spectrum of plant pathogenic fungi, and we invite all researchers with pertinent expertise to join the annotation effort.
|
|
| 2. |
- Olsson, Pål Axel, et al.
(författare)
-
Värdväxten Johannesört Hypericum spp.
- 2022
-
Ingår i: Yrfän. - Sverige : Sveriges entomologiska förening. ; 3, s. 18-20
-
Tidskriftsartikel (populärvet., debatt m.m.)abstract
- Johannesörter Hypericum spp. är ett släkte med sju arter i Sverige. De känns igen på de gula femtaliga blommorna med många ståndare. Fem av arterna är antingen sällsynta eller väldigt lokalt förekommande. Man syftar därför främst på de två vanliga arterna äkta johannesört H. perforatum och fyrkantig johannesört H.maculatum när man pratar om demsom värdväxter för insekter. Dessatvå arter förekommer i liknande biotoper, främst på torra till medelfuktiga gräsmarker och ruderatmarker. De kan förekomma i stor mängd på igenväxningsmarker. Fyrkantig johannesört finns generellt på lite fuktigare marker och längre norrut än äkta johannesört. Johannesörthar också kallats mannablod eftersom krossade blomknoppar ger enblodröd färg.
|
|
| 3. |
- Ahrné, Karin, et al.
(författare)
-
Tillstånd och trender för arter och deras livsmiljöer – rödlistade arter i Sverige 2015
- 2015
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- 2015 års upplaga av den svenska rödlistan är den fjärde i ordningen. Den är baserad på IUCN:s rödlistningskriterier och revideras vart femte år. I rödlistan bedöms risken som enskilda arter av djur, växter och svampar löper att försvinna från Sverige. Bedömningen utförs av ArtDatabankens medarbetare i samverkan med över 100 externa experter, indelade i 14 expertkommittéer för olika organismgrupper. Under arbetet med 2015 års rödlista har tillstånd och trender bedömts för 21 600 arter och 1 318 lägre taxa (apomiktiska arter, underarter och varieteter), sammanlagt ca 22 900 taxa. Av de bedömda arterna klassificerades 2 029 som hotade (kategorierna CR, EN och VU) och 4 273 som rödlistade (inkluderar även kategorierna NT, RE och DD). Förhållandet mellan antalet rödlistade och antalet bedömda arter ar 19,8 %, vilket är ungefär samma värde som 2010 och 2005. I denna rapport jämförs antalet och andelen rödlistade arter mellan olika organismgrupper, biotoper, substrat och påverkansfaktorer. Texten ar indelad i en allmän del och åtta kapitel inriktade på olika landskapstyper. Landskapstyperna utgör en grov indelning av landets miljöer enligt följande kategorier: Skog, Jordbrukslandskap, Urbana miljöer, Fjäll, Våtmarker, Sötvatten, Havsstränder och Havsmiljöer. Skogen och jordbrukslandskapet är de artrikaste landskapstyperna med 1 800 respektive 1 400 arter som har en stark anknytning dit, och ytterligare flera hundra arter som förekommer där mer sporadiskt. De faktorer som påverkar flest rödlistade arter i Sverige är skogsavverkning och igenväxning, som båda utgör ett hot mot vardera ca 30 % av de rödlistade arterna. Avverkning minskar arealen av skog där naturliga strukturer och naturlig dynamik upprätthålls, och den orsakar därmed förlust av livsmiljöer. Igenväxning orsakas av ett antal faktorer, bland annat upphörande hävd (bete och slåtter), gödsling, trädplantering och brist på naturliga störningsregimer som t.ex. regelbundna översvämningar kring vattendrag och sjöar. Andra viktiga påverkansfaktorer är fiske, torrläggning av våtmarker, tillbakagång hos värdarter (främst alm och ask som drabbats av invasiva svampsjukdomar), klimatförändringar och konkurrens från invasiva arter. IUCN:s rödlisteindex beräknas för ett urval av de bedömda organismgrupperna. Rödlisteindex visar att skillnaderna mellan rödlistorna från 2000, 2005, 2010 och 2015 är små. Ett par undantag finns dock. Groddjur och stora däggdjur har fått en något förbättrad situation sedan 2000. Totalt förefaller det ändå som att trycket mot Sveriges artstock har förblivit relativt konstant under de senaste 15 åren.
|
|
| 4. |
- Andersson, Elin, et al.
(författare)
-
Uppföljning av biologisk mångfald meddata från Riksskogstaxeringen : Slutrapport, mars 2012
- 2012
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Denna rapport redovisar resultatet av ett samarbete mellan två projekt, dels ett projekt inom fortlöpandemiljöanalys på SLU, lett av Artdatabanken, dels ett projekt som letts av Länsstyrelsen i Jämtlandtillsammans med Artdatabanken och Skogsstyrelsen. Det senare drivs som ett så kallat miljömålsprojekt,med medel från Naturvårdsverket. I båda projekten är Riksskogstaxeringen en samarbetspartner.Grundtanken i båda projekten är att undersöka vilka parametrar i Riksinventeringen av skog (RIS) sombäst speglar tillståndet för biologisk mångfald.I ett första steg har arbetsgruppen valt ut ett antal parametrar som bör tas fram och undersökas. I ett andrasteg har SLU tagit fram ett bakgrundsmaterial som diskuterats vidare inom gruppen. Därefter har gruppentagit fram ett preliminärt förslag på vilka parametrar som kan vara lämpliga att prioritera för uppföljningav miljömålen. Förslaget har remitterats till forskare och myndigheter som kan tänkas ha intresse avinnehållet och inkomna synpunkter har inarbetats i föreliggande slutrapport. Innehållet kan utgöralämpligt bakgrundsmaterial om tillståndet i skogen, men också som indikatorer och andra mått som kananvändas på olika sätt i uppföljning av biologisk mångfald.Övergripande kan det konstateras att RIS ger värdefull kunskap om främst utvecklingen av skogligastrukturer som trädens ålder, trädslag, beståndsålder och andra kvaliteter. Denna information kan bidra tillatt beskriva förutsättningarna för den biologiska mångfalden. Ett flertal av parametrarna har haft enpositiv utveckling under miljömålsperioden. Det är däremot inte liktydigt med att utvecklingen för denbiologiska mångfalden utvecklats i en positiv riktning. Detta på grund av att de nivåer som vi har att utgåfrån (1999) ofta ligger på en så låg nivå jämfört med många arters behov att det krävs kraftigaförändringar för att arterna ska kunna utvecklas i positiv riktning.Projektet har hitintills prioriterat drygt ett tjugotal skogliga parametrar för uppföljning av biologiskmångfald inom miljömålssystemet. Av de skogliga parametrarna har följande föreslagits få hög prioritet:•Antal gamla träd över 121 år per kvadratkilometer, indelat i åldersklasser•Areal gammal skog fördelad på skogstyper; tall, gran, barr (ädel, barrädel, barrlöv)•Volym död ved av olika trädslag; tall, gran, löv•Volym död ved av olika grovlek•Areal ädellövskog indelad i åldersklasser•Areal ädellövskog fördelat på olika klasser för mängden död vedDe arter och spårtecken från inventeringen som särskilt uppmärksammats är:•Hackmärken•Vedsvamp•Tickor•Mjölkört•Hänglavar; man- och skägglav
|
|
| 5. |
- Aquilante, Francesco, et al.
(författare)
-
Modern quantum chemistry with [Open]Molcas
- 2020
-
Ingår i: Journal of Chemical Physics. - : AIP Publishing. - 0021-9606 .- 1089-7690. ; 152:21
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- MOLCAS/OpenMolcas is an ab initio electronic structure program providing a large set of computational methods from Hartree-Fock and density functional theory to various implementations of multiconfigurational theory. This article provides a comprehensive overview of the main features of the code, specifically reviewing the use of the code in previously reported chemical applications as well as more recent applications including the calculation of magnetic properties from optimized density matrix renormalization group wave functions.
|
|
| 6. |
|
|
| 7. |
- Carlsson, Gunnar, et al.
(författare)
-
SoC-Level Fault Management based on P1687 IJTAG
- 2011
-
Annan publikation (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Fault tolerance and fault management mechanisms are necessary means to reduce the impact of soft errors and wear out in electronic devices. The semiconductor products manufactured with latest and emerging processes are increasingly affected by these effects. The presentation describes a new general scalable fault management architecture based on the latest upcoming DFT standard IEEE P1687 IJTAG. The standard allows to create an efficient and regular network for handling fault detection information, manage test and system resources as a system-wide background process during system operation.
|
|
| 8. |
|
|
| 9. |
- Forsberg, Maria, 1974-, et al.
(författare)
-
Gammal skog räcker till mer
- 2016
-
Ingår i: Biodiverse. - 2002-3820. ; 21:3, s. 8-9
-
Tidskriftsartikel (populärvet., debatt m.m.)
|
|
| 10. |
- Ghani Zadegan, Farrokh, et al.
(författare)
-
Design, Verification and Application of IEEE 1687
- 2014
-
Ingår i: [Host publication title missing]. - 1081-7735. ; , s. 93-100
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- IEEE 1687 (IJTAG) has been developed to enable flexible and automated access to the increasing number of embedded instruments in today's integrated circuits. These instruments enable efficient post-silicon validation, debugging, wafer sort, package test, burn-in, bring-up and manufacturing test of printed circuit board assemblies, power-on self-test, and in-field test. Current paper presents an overview of challenges as well as selected examples in the following topics around IEEE 1687 networks: (1) design to efficiently access the embedded instruments, (2) verification to ensure correctness, and (3) fault management at functions performed in-field through the product's life time.
|
|
