| 1. |
- Berggrund, Malin, et al.
(författare)
-
Identification of candidate plasma protein biomarkers for cervical cancer using the multiplex proximity extension assay
- 2019
-
Ingår i: Molecular & Cellular Proteomics. - 1535-9476 .- 1535-9484. ; 18:4, s. 735-743
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Human papillomavirus (HPV) is recommended as the primary test in cervical cancer screening, with co-testing by cytology for HPV-positive women to identify cervical lesions. Cytology has low sensitivity and there is a need to identify biomarkers that could identify dysplasia that are likely to progress to cancer. We searched for plasma proteins that could identify women with cervical cancer using the multiplex proximity extension assay (PEA). The abundance of 100 proteins were measured in plasma collected at the time of diagnosis of patients with invasive cervical cancer and in population controls using the Olink Multiplex panels CVD II, INF I, and ONC II. Eighty proteins showed increased levels in cases compared to controls. We identified a signature of 11 proteins (PTX3, ITGB1BP2, AXIN1, STAMPB, SRC, SIRT2, 4E-BP1, PAPPA, HB-EGF, NEMO and IL27) that distinguished cases and controls with a sensitivity of 0.96 at a specificity of 1.0. This signature was evaluated in a prospective replication cohort with samples collected before, at or after diagnosis and achieved a sensitivity of 0.78 and a specificity 0.56 separating samples collected at the time of diagnosis of invasive cancer from samples collected prior to diagnosis. No difference in abundance was seen between samples collected prior to diagnosis or after treatment as compared to population controls, indicating that this protein signature is mainly informative close to time of diagnosis. Further studies are needed to determine the optimal window in time prior to diagnosis for these biomarker candidates.
|
|
| 2. |
|
|
| 3. |
- Iliev, Boyko, et al.
(författare)
-
A fuzzy technique for food- and water quality assessment with an electronic tongue
- 2006
-
Ingår i: Fuzzy sets and systems (Print). - : Elsevier BV. - 0165-0114 .- 1872-6801. ; 157:9, s. 1155-1168
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The problem of food- and water quality assessment is important for many practical applications, such as food industry and environmental monitoring. In this article we present a method for fast online quality assessment based on electronic tongue measurements. The idea is implemented in two steps. First we apply a fuzzy clustering technique to obtain prototypes corresponding to good and bad quality from a set of training data. During the second, online step we evaluate the membership of the current measurement to each cluster and make a decision about its quality. The result is presented to the user in a simple and understandable way, similar to the concept of traffic light signals. Namely, good quality is indicated with by a green light, bad quality with a red one, and a yellow light is a warning signal. The approach is demonstrated in two case studies: quality assessment of drinking water and baby food.
|
|
| 4. |
- Johansson, Malin B., et al.
(författare)
-
The Importance of Oxygen Vacancies in Nanocrystalline WO3−x ThinFilms Prepared by DC Magnetron Sputtering for Achieving High Photoelectrochemical Efficiency
- 2017
-
Ingår i: The Journal of Physical Chemistry C. - : American Chemical Society (ACS). - 1932-7447 .- 1932-7455. ; 121:13, s. 7412-7420
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The photoelectrochemical properties of tungsten oxide thinfilms with different stoichiometry (WO3−x) and thickness were investigated.The films were sputtered in O2/Ar gas (ratio 0.43) on glass substrates coatedwith fluorine-doped tin dioxide at two sputter pressures, Ptot = 10 and 30mTorr, yielding O/W ratios of the films, averaged over three samples, of 2.995and 2.999 (x ∼ 0.005 and x ∼ 0.001), respectively. The films were characterizedby X-ray diffraction, scanning electron microscopy, and spectrophotometry.The 10 mTorr samples showed large absorption in the near-infrared (NIR)range, whereas the 30 mTorr samples had a small absorption in this region. Theconcentration of oxygen vacancy band gap states was estimated from cyclicvoltammetry and was found to correlate with the optical absorption in the NIRregion. The incident photon to current efficiency for illumination from theelectrolyte side (IPCEEE) and substrate electrode side (IPCESE) showed higherefficiency for the more stoichiometric films, indicating that oxygen vacancies in the band gap act as recombination centers.Surprisingly high values of IPCEEE and IPCESE were found, and it was concluded that efficient charge separation and transporttake place almost throughout the entire film even for film electrodes as thick as 2 μm. Analysis of the spectral distribution of thephotoresponse (action spectra) using an extended Gärtner−Butler model to calculate the IPCE for front-side and back-sideillumination was performed and showed that the diffusion length is large, of the order of the depletion layer thickness.
|
|
| 5. |
|
|
| 6. |
|
|
| 7. |
- Karlsson, Oskar, et al.
(författare)
-
Neonatal exposure to the cyanobacterial toxin BMAA induces changes in protein expression and neurodegeneration in adult hippocampus.
- 2012
-
Ingår i: Toxicological Sciences. - : Oxford University Press (OUP). - 1096-0929 .- 1096-6080. ; 130:2, s. 391-404
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The cyanobacterial toxin β-N-methylamino-L-alanine (BMAA) has been proposed to contribute to neurodegenerative disease. We have previously reported a selective uptake of BMAA in the mouse neonatal hippocampus and that exposure during the neonatal period causes learning and memory impairments in adult rats. The aim of this study was to characterize effects in the brain of 6-month-old rats treated neonatally (postnatal days 9-10) with the glutamatergic BMAA. Protein changes were examined using the novel technique Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI) imaging mass spectrometry (IMS) for direct imaging of proteins in brain cryosections, and histological changes were examined using immunohistochemistry and histopathology. The results showed long-term changes including a decreased expression of proteins involved in energy metabolism and intracellular signaling in the adult hippocampus at a dose (150 mg/kg) that gave no histopathological lesions in this brain region. Developmental exposure to a higher dose (460 mg/kg) also induced changes in the expression of S100β, histones, calcium- and calmodulin-binding proteins, and guanine nucleotide-binding proteins. At this dose, severe lesions in the adult hippocampus including neuronal degeneration, cell loss, calcium deposits, and astrogliosis were evident. The data demonstrate subtle, sometimes dose-dependent, but permanent effects of a lower neonatal dose of BMAA in the adult hippocampus suggesting that BMAA could potentially disturb many processes during the development. The detection of BMAA in seafood stresses the importance of evaluating the magnitude of human exposure to this neurotoxin.
|
|
| 8. |
- Lindquist, Malin, 1975-
(författare)
-
Electronic tongue for water quality assessment
- 2007
-
Doktorsavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- This thesis describes the work on the development of a new electronic tongue for water quality assessment. The aim of this work is to build a complete system including a sensor and associated data analysis methods which is able to detect quality changes in drinking water and warn the user if the water is not suitable for drinking. Therefore, the main design issues were to build a portable, robust electronic tongue which provides a fast estimate of the water quality rather than identify the type of the contamination. In this sense, the system has a simple interface resembling traffic light signals. The system responds with green light for good water quality, red for bad quality and yellow if the result is uncertain. The electronic tongue sensor is based on voltammetry, which gives a relatively simple and robust system. It is suitable for the considered applications, since it is able to measure small changes in the chemical and micro-organic content in water. These properties are very important for our goal to develop an electronic tongue for water quality assessment. During the development process, the sensor system was modified in order to improve the system’s mobility and robustness. Moreover, the long-term stability and the extent of the sensor drift were evaluated for continuous use. The response time for the sensor is relatively short, but it generates large amounts of data. Therefore, there is a need for pre-processing and feature extraction methods to deal with the complexity of data. This is done with the help of multivariate analysis method. The quality assessment is done with different classification algorithms. We implemented fuzzy clustering and self-organizing maps. In this thesis, two real applications are also considered, where the measurement is taking place in streaming water. In the first case, the electronic tongue could be placed directly at a water tap where random measurements occur. In the second application continuous measurements are performed and information about the sensor drift is used in the data analysis. The evaluation confirmed that the improved sensor system fulfills the requirements for on-line measurements of water quality.
|
|
| 9. |
- Lindquist, Malin
(författare)
-
Grustäkter och fornlämningar - en inventering
- 1989
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Grus är eftertraktat inte bara i vår tid. Även under fornti den var grusåsarna attraktiva. Väldränerade områden och till gång på vatten var viktiga förutsättningar för bosättning. När man så småningom kunde bruka de tyngre jordarna, blev grusåsarna impediment, som i stor utsträckning kom att använ das till att anlägga gravar och gravfält på. Kända fornläm ningar är markerade med ett R på den ekonomiska kartan. De senaste årens erfarenhet visar, att man i samband med avbaningsarbeten för täktverksämliet kan träffa på inte tidigare kända gravar och boplatser, de senare i form av härdar, kok gropar och stolphål (sk svarta fläckar). Dessa "nya" forn lämningar har då inte varit synliga i markytan. Eventuell förekomst av sådana ej markerade fornlämningar kan dock kons tateras med hjälp av bl a fosfatkartering och grävande av provschakt.Alla fasta fornlämningar är skyddade enligt lagen om kultur minnen mm (1988:950). Innan ett område med fasta fornläm ningar exploateras, måste fornlämningarna tas bort. Till stånd att ta bort en fast fornlämning kan ges av länsstyrel sen, som därvid kan kräva att exploatören skall bekosta en särskild undersökning för att dokumentera fornlämningen. En sådan arkeologisk undersökning består inte bara av en utgräv ning, dvs ett borttagande av själva fornlämningen. Eftersom fornlämningar är ett oersättligt källmaterial som förstörs i och med ingreppet, är en fullgod dokumentation ett oefter givligt krav. Med fog kan därför hävdas att inte bara själva fältarbetet utan även rapportarbetet ingår som en omistlig del i den arkeologiska undersökningen. Denna rapport skall tillställas Riksantikvarieämbetet (RAÄ) och exploatör inom viss tid efter avslutat arbete. Arkeologarbetet debiteras i dag (november 1986) med ca 3 000:- kr/dag* (392:- kr/timme). Detta belopp är bestämt av RRV i samråd med RAÄ. Taxan inbe griper både fält- och rapportarbetet, men däremot tillkommer kostnader för resor och traktamente samt kostnader för maski ner och grovarbetskraft, som exploatören förutsätts stå för själv. I genomsnitt behövs 2-3 man som grovarbetskraft.För att kunna redovisa kulturminnesvårdens intressen i områ den med värdefulla grusfyndigheter, har en inventering och kostnadsberäkning gjorts för undersökning och borttagande av berörda fornlämningar.Medel har ställts till förfogande av statens naturvårdsverk. Följande arbete har utförts:Excerpiering ur fornlämningsregistret, ekonomiska kartan · och ATA (Antikvarisk-Topografiska Arkivet).Besiktning i fält. Någon heltäckande inventering har ej kunnat utföras. Alla befintliga grustäkter inom berörda områden har dock besiktigats, varvid ofta tidigare ej registrerade boplatsrester påträffats.Kostnadsberäkningar har gjorts för enstaka gravar och mindre gravfält. Gravfälten är synnerligen svåra att kostnadsberäkna utan föregående provundersökning, efter som de vanligtvis innehåller flera gravar än de i ytan synliga. Som exempel kan nämnas att på det sk södra gravfältet vid Sälle i Fröjel fanns 175 registrerade gravar. Fältet visade sig bestå av 473 gravar!Gravfält med mer än 20 gravar har inte tagits med, efter som kostnaderna för att gräva ut sådana gravfält bedömts vara alltför höga i förhållande till mängden grus. Forn lämningar inom bebyggelseområden har också undantagits.Grustäkternas och kartutsnittens (kartklippens) beteckningar är desamma som i Svantesson (1989): "Grus och sand i Gotlands län".
|
|
| 10. |
- Lindquist, Malin, 1941-
(författare)
-
Museer i samverkan: ”Another busy day” : sedan tolv år samarbetar Länsmuseet på Gotland med afrikanska museer
- 2004
-
Ingår i: Kulturmiljövård. - Stockholm : Riksantikvarieämbetet. - 1100-4800. ; :02, s. 40-46
-
Tidskriftsartikel (populärvet., debatt m.m.)abstract
- Kulturen kan ses som den enande länken i ett utvecklingsland och museerna som de lämpligaste institutionerna för strävan till en nationell samhörighetskänsla. Men när museifolk möts över kontinentgränser är inget självklart. Inga förutfattade meningar är sanna. Allt kan göras annorlunda. Samarbete över kulturgränserna är ibland mödosamt men utbytet ömsesidigt inspirerande och ökar förståelsen för att allt är kulturbundet.
|
|
