| 1. |
- Boräng, Stina, et al.
(författare)
-
Vascular gene expression in atherosclerotic plaque-prone regions analyzed by representational difference analysis
- 2004
-
Ingår i: Pathobiology (Basel). - : S. Karger AG. - 1015-2008 .- 1423-0291. ; 71:2, s. 107-114
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Objectives: Atherosclerotic plaques are known to develop and progress where the endothelium is subjected to turbulent blood flow. We have applied cDNA representational difference analysis (RDA) to study vascular gene expression in mouse aorta in a model for atherosclerosis. Methods: Gene expression profiles were investigated in plaque-prone and plaque-resistant localizations in the ascending aorta and arch in 8-week-oldApoE-/- and LDLR-/- mice. Total RNA was extracted and two rounds of subtraction were performed; the difference products were characterized in detail by shotgun cloning and analysis of more than 2,700 gene sequences. Results: The identified differentially expressed gene sequences include both genes with known involvement in vascular gene expression and genes previously not implicated in vascular processes. For example, CD36 and caveolin, previously reported for their participation in the progression of atherosclerosis, were found to have an increased expression in vessel localizations thought to be especially susceptible to plaque formation. Conclusions: This report provides new in vivo information of expressed genes that can be useful for further investigations of the molecular mechanisms in focal localization of atherosclerosis.
|
|
| 2. |
|
|
| 3. |
- Båge, Tove, et al.
(författare)
-
Signal pathways JNK and NF-kappa B, identified by global gene expression profiling, are involved in regulation of TNF alpha-induced mPGES-1 and COX-2 expression in gingival fibroblasts
- 2010
-
Ingår i: BMC Genomics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1471-2164. ; 11, s. 241-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: Prostaglandin E-2 (PGE(2)) is involved in several chronic inflammatory diseases including periodontitis, which causes loss of the gingival tissue and alveolar bone supporting the teeth. We have previously shown that tumor necrosis factor a (TNF alpha) induces PGE(2) synthesis in gingival fibroblasts. In this study we aimed to investigate the global gene expression profile of TNF alpha-stimulated primary human gingival fibroblasts, focusing on signal pathways related to the PGE(2)-synthesizing enzymes prostaglandin E synthases (PGES), as well as the upstream enzyme cyclooxygenase-2 (COX-2) and PGE(2) production. Results: Microarray and western blot analyses showed that the mRNA and protein expression of the inflammatory induced microsomal prostaglandin E synthase-1 (mPGES-1) was up-regulated by the cytokine TNF alpha, accompanied by enhanced expression of COX-2 and increased production of PGE(2). In contrast, the expression of the isoenzymes microsomal prostaglandin E synthase-2 (mPGES-2) and cytosolic prostaglandin E synthase (cPGES) was unaffected by TNF alpha treatment. Using oligonucleotide microarray analysis in a time-course factorial design including time points 1, 3 and 6 h, differentially expressed genes in response to TNF alpha treatment were identified. Enrichment analysis of microarray data indicated two positively regulated signal transduction pathways: c-Jun N-terminal kinase (JNK) and Nuclear Factor-kappa B (NF-kappa B). To evaluate their involvement in the regulation of mPGES-1 and COX-2 expression, we used specific inhibitors as well as phosphorylation analysis. Phosphorylation analysis of JNK (T183/Y185) and NF-kappa B p65 (S536) showed increased phosphorylation in response to TNF alpha treatment, which was decreased by specific inhibitors of JNK (SP600125) and NF-kappa B (Bay 11-7082, Ro 106-9920). Inhibitors of JNK and NF-kappa B also decreased the TNF alpha-stimulated up-regulation of mPGES-1 and COX-2 as well as PGE(2) production. Conclusion: In the global gene expression profile, the enrichment analysis of microarray data identified the two signal transduction pathways JNK and NF-kappa B as positively regulated by the cytokine TNF alpha. Inhibition of these TNF alpha-activated signal pathways reduced the expression of mPGES-1 and COX-2 as well as their end product PGE(2) in gingival fibroblasts. The involvement of the signal pathways JNK and NF-kappa B in the regulation of PGE(2) induced by TNF alpha may suggest these two pathways as possible attractive targets in the chronic inflammatory disease periodontitis.
|
|
| 4. |
- Davanian, Haleh, et al.
(författare)
-
Signaling pathways involved in the regulation of TNF alpha-induced toll-like receptor 2 expression in human gingival fibroblasts
- 2012
-
Ingår i: Cytokine. - : Elsevier BV. - 1043-4666 .- 1096-0023. ; 57:3, s. 406-416
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Periodontitis is a chronic inflammatory disease characterized by a host inflammatory response against bacteria that leads to destruction of the supporting structures of the teeth. Bacterial components of pathogens in the periodontal pocket are recognized by toll-like receptors (TLRs) that trigger an inflammatory response. In this study, we investigated the effects of the pro-inflammatory cytokine tumor necrosis factor alpha (TNF alpha) on TLR2 expression in human gingival fibroblasts. In addition, we examined the signaling pathways involved in the regulation of TNF alpha-induced TLR2 expression. Our results showed that TNF alpha increased TLR2 mRNA and protein expression. Microarray analysis and the inhibition of specific signaling pathways demonstrated that c-Jun N-terminal kinases (JNK) and nuclear factor kappa B (NF-kappa B) were involved in the regulation of INF alpha-induced TLR2 expression in gingival fibroblasts. Furthermore, the prostaglandin E-2 (PGE(2)) regulatory enzyme cytosolic phospholipase A(2) (cPLA(2)) and the anti-inflammatory prostaglandin 15-deoxy-Delta(12.14)-prostaglandin J(2) (15d-PGJ(2)), were found to regulate TLR2 mRNA expression stimulated by TNF alpha. Our findings suggest that these pathways and mediators, through the regulation of TLR2 expression in gingival fibroblasts, may be involved in the pathogenesis of periodontitis. The study provides new insights into the molecular mechanisms underlying the regulation of TLR2, implicated in the chronic inflammatory disease periodontitis.
|
|
| 5. |
- Li Zweifel, Ulla, et al.
(författare)
-
God havsmiljö 2020 : Marin strategi för Nordsjön och Östersjön Del 2: God miljöstatus och miljökvalitetsnormer
- 2012
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Havsmiljöförordningens övergripande mål är att upprätthålla eller uppnå en god miljöstatus i de svenska förvaltningsområdena Nordsjön och Östersjön till år 2020. En av uppgifterna i den första förvaltningsperioden är att bestämma vad som kännetecknar god miljöstatus i respektive förvaltningsområde samt att ta fram miljökvalitetsnormer. God miljöstatus baseras på ett ramverk av så kallade deskriptorer som anges i havsmiljödirektivet, det vill säga det EU-direktiv som i Sverige genomförs genom havsmiljöförordningen. Deskriptorerna beskriver god miljöstatus på en övergripande nivå för 11 temaområden. Till varje deskriptor hör en rad kriterier som anger vad som ska ingå i en bedömning av miljöstatus. I Sverige har god miljöstatus formulerats för samtliga 29 kriterier som ska beaktas enligt direktivet. Dessa kvalitativa beskrivningar anger vad som kännetecknar god miljöstatus i Nordsjön och Östersjön. För att praktiskt bedöma om god miljöstatus har uppnåtts föreslås 37 nationella indikatorer. En uppsättning av indikatorer omfattar miljöns tillstånd och avspeglar ekosystemets komponenter i form av nyckelarter, samhällen, och livsmiljöer. En utgångspunkt vid val av indikatorer för miljöns tillstånd har varit koppling till de belastningar som i den inledande bedömningen av miljötillståndet i Nordsjön och Östersjön bedömts ha stor negativ påverkan på ekosystemet. En annan uppsättning indikatorer berör påverkan och belastning på miljön i form av tillförsel av näringsämnen och farliga ämnen, samt biologisk och fysisk störning av miljön. Tillsammans utgör indikatorerna ett verktyg för att följa utvecklingen av miljötillståndet och effekter av åtgärder i havsmiljön. Vid val av indikatorer har arbetet delvis utgått från existerande miljöövervakning och redan utvecklade indikatorer. Med denna utgångspunkt uppfylls en rad av havsmiljödirektivets krav, bland annat en god uppföljning av effekter av tillförsel av näringsämnen. Funktionella indikatorer, det vill säga indikatorer som utvärderats och för vilka god miljöstatus har definierats, saknas dock för tio av havsmiljödirektivets 29 kriterier. För uppföljning av biologisk mångfald saknas bland annat miljöövervakning och metoder för att bedöma livsmiljöers tillstånd. För att kunna bedöma fysiska skador på havsbotten saknas en övergripande sammanställning av information om aktiviteter som påverkar havsbottnar samt metodik för att bedöma effekterna. Det saknas också utvecklade indikatorer för det kriterium som berör uppföljning av storleks- och åldersstruktur hos fiskar. Brist på kunskap gör också att inga förslag på svenska indikatorer kan ges för effekter på levande organismer från marint avfall, undervattensbuller, och främmande arter samt att endast ett begränsat antal indikatorer tagits fram som speglar effekter av farliga ämnen. De indikatorer som fastställs i juli 2012 utgör således inte en slutlig lista för att följa upp havsmiljödirektivet. Bristerna kommer att beaktas i det fortsatta genomförandet av havsmiljöförordningen där nästa steg är att anpassa miljöövervakningsprogrammen till uppföljning av miljötillståndet med valda indikatorer senast år 2014 samt att ta fram åtgärdsprogram till år 2015. God miljöstatus ska uppnås genom tillämpning av miljökvalitetsnormer det vill säga rättsligt bindande regler som avspeglar den lägsta godtagbara miljökvaliteten i Nordsjön och Östersjön. För att nå god miljöstatus har elva svenska miljökvalitetsnormer formulerats. Dessa miljökvalitetsnormer omfattar belastning i form av näringsämnen, farliga ämnen, främmande arter, uttag av arter, fysisk påverkan på havsbottnar och avfall i havsmiljön. Målsättningen har varit att utforma miljökvalitetsnormer som motsvarar alla de belastningar som i den inledande bedömningen har identifierats ha en stor påverkan på miljön.
|
|
| 6. |
- Lindberg, Johan, 1977-, et al.
(författare)
-
Variability in synovial inflammation in rheumatoid arthritis investigated by microarray technology
- 2006
-
Ingår i: Arthritis Research & Therapy. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1478-6362 .- 1478-6354. ; 8:2
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- In recent years microarray technology has been used increasingly to acquire knowledge about the pathogenic processes involved in rheumatoid arthritis. The present study investigated variations in gene expression in synovial tissues within and between patients with rheumatoid arthritis. This was done by applying microarray technology on multiple synovial biopsies obtained from the same knee joints. In this way the relative levels of intra-patient and inter-patient variation could be assessed. The biopsies were obtained from 13 different patients: 7 by orthopedic surgery and 6 by rheumatic arthroscopy. The data show that levels of heterogeneity varied substantially between the biopsies, because the number of genes found to be differentially expressed between pairs of biopsies from the same knee ranged from 6 to 2,133. Both arthroscopic and orthopedic biopsies were examined, allowing us to compare the two sampling methods. We found that the average number of differentially expressed genes between biopsies from the same patient was about three times larger in orthopedic than in arthroscopic biopsies. Using a parallel analysis of the tissues by immunohistochemistry, we also identified orthopedic biopsies that were unsuitable for gene expression analysis of synovial inflammation due to sampling of non-inflamed parts of the tissue. Removing these biopsies reduced the average number of differentially expressed genes between the orthopedic biopsies from 455 to 171, in comparison with 143 for the arthroscopic biopsies. Hierarchical clustering analysis showed that the remaining orthopedic and arthroscopic biopsies had gene expression signatures that were unique for each patient, apparently reflecting patient variation rather than tissue heterogeneity. Subsets of genes found to vary between biopsies were investigated for overrepresentation of biological processes by using gene ontology. This revealed representative 'themes' likely to vary between synovial biopsies affected by inflammatory disease.
|
|
| 7. |
- Lundmark, Anna, et al.
(författare)
-
Transcriptome analysis reveals mucin 4 to be highly associated with periodontitis and identifies pleckstrin as a link to systemic diseases
- 2015
-
Ingår i: Scientific Reports. - : Nature Publishing Group. - 2045-2322. ; 5
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The multifactorial chronic inflammatory disease periodontitis, which is characterized by destruction of tooth-supporting tissues, has also been implicated as a risk factor for various systemic diseases. Although periodontitis has been studied extensively, neither disease-specific biomarkers nor therapeutic targets have been identified, nor its link with systemic diseases. Here, we analyzed the global transcriptome of periodontitis and compared its gene expression profile with those of other inflammatory conditions, including cardiovascular disease (CVD), rheumatoid arthritis (RA), and ulcerative colitis (UC). Gingival biopsies from 62 patients with periodontitis and 62 healthy subjects were subjected to RNA sequencing. The up-regulated genes in periodontitis were related to inflammation, wounding and defense response, and apoptosis, whereas down-regulated genes were related to extracellular matrix organization and structural support. The most highly up-regulated gene was mucin 4 (MUC4), and its protein product was confirmed to be over-expressed in periodontitis. When comparing the expression profile of periodontitis with other inflammatory diseases, several gene ontology categories, including inflammatory response, cell death, cell motion, and homeostatic processes, were identified as common to all diseases. Only one gene, pleckstrin (PLEK), was significantly overexpressed in periodontitis, CVD, RA, and UC, implicating this gene as an important networking link between these chronic inflammatory diseases.
|
|
| 8. |
- Wernersson, Ann-Sofie, 1969, et al.
(författare)
-
The European technical report on aquatic effect-based monitoring tools under the water framework directive
- 2015
-
Ingår i: Environmental Sciences Europe. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2190-4715 .- 2190-4707. ; 27:11 March 2015
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The Water Framework Directive (WFD), 2000/60/EC, requires an integrated approach to the monitoring and assessment of the quality of surface water bodies. The chemical status assessment is based on compliance with legally binding Environmental Quality Standards (EQSs) for selected chemical pollutants (priority substances) of EU-wide concern. In the context of the mandate for the period 2010 to 2012 of the subgroup Chemical Monitoring and Emerging Pollutants (CMEP) under the Common Implementation Strategy (CIS) for the WFD, a specific task was established for the elaboration of a technical report on aquatic effect-based monitoring tools. The activity was chaired by Sweden and co-chaired by Italy and progressively involved several Member States and stakeholders in an EU-wide drafting group. The main aim of this technical report was to identify potential effect-based tools (e.g. biomarkers and bioassays) that could be used in the context of the different monitoring programmes (surveillance, operational and investigative) linking chemical and ecological status assessment. The present paper summarizes the major technical contents and findings of the report.
|
|
| 9. |
- Ytreberg, Agnes, et al.
(författare)
-
God havsmiljö 2020 : Marin strategi för Nordsjön och Östersjön Del 3: Övervakningsprogram
- 2014
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Havsmiljöförordningens övergripande mål är att upprätthålla eller uppnå en god miljöstatus i de svenska förvaltningsområdena Nordsjön och Östersjön till år 2020. En av uppgifterna i den första förvaltningsperioden är att fastställa övervakningsprogram.God miljöstatus baseras på ett ramverk av så kallade deskriptorer som anges i havsmiljödirektivet, det vill säga det EU-direktiv som i Sverige genomförs genom havsmiljöförordningen. Deskriptorerna beskriver god miljöstatus på en övergripande nivå för elva temaområden. Till varje deskriptor hör en rad kriterier som anger vad som ska ingå i en bedömning av miljöstatus. Utifrån de elva deskriptorerna har Sverige fastställt 13 övervakningsprogram. Sex program utgår ifrån olika biodiversitetsteman som berörs av en upp till tre deskriptorer, medan de övriga sju programmen utgår ifrån de deskriptorer som är mer inriktade mot belastning och miljöförändring.För varje program har ett antal underprogram föreslagits baserat på den nuvarande övervakningen och/eller planerad övervakning. Övervakning som ingår i programmen ska vara pågående och data ska vara tillgängliga. I programmen ingår nationell och regional miljöövervakning inklusive verksamhetsutövares recipientkontroll. Dessutom ingår annan typ av datainsamling som till exempel inventeringar av tumlare och uppgifter om omfattningen av mänskliga aktiviteter som orsakar belastning och miljöförändringar. Enligt havsmiljödirektivet ska övervakningen fånga upp tillstånd och miljöförändringar, belastning och omfattning av aktiviteterna som orsakar belastningen samt effekter av åtgärder. Eftersom nästa steg i havsförvaltningscykeln är att fastställa åtgärdsprogram kommer övervakning för att följa upp åtgärder att läggas till övervakningsprogrammen först under nästa förvaltningscykel.I beskrivningarna av programmen framgår hur den nuvarande övervakningen motsvarar de krav som ställs på dataunderlag genom havsmiljödirektivets bilaga III samt genom deskriptorer, kriterier, indikatorer och beslutade miljökvalitetsnormer. I dagens övervakning saknas bland annat tillräcklig övervakning för uppföljning av livsmiljöers tillstånd och utbredning. För marint avfall, buller och främmande arter saknas nationellt samordnad övervakning, men det görs regionala insatser och ett antal projekt har genomförts eller påbörjats för att öka kunskapen om hur övervakning bäst ska utformas. För de program som har pågående övervakning beskrivs utvecklingsbehoven för att förbättra underlaget för de återkommande tillståndsbedömningarna.Övervakningsprogrammet som fastställs under 2014 utgör således inte ett fast program för kunskapsinhämtning. Bristerna kommer att beaktas i det fortsatta genomförandet av havsmiljöförordningen där utveckling av indikatorer och övervakning kommer att ske kontinuerligt.
|
|
