| 1. |
|
|
| 2. |
- Ahlbeck Bergendahl, Ida, et al.
(författare)
-
Fisk- och skaldjursbestånd i hav och sötvatten 2016 : Resursöversikt
- 2016
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- I rapporten kan du ta del av bedömningen som görs av situationen för bestånd som regleras inom ramen för EU:s gemensamma fiskeripolitik (GFP). Bedömningarna baseras på det forskningssamarbete och den rådgivning som sker inom det Internationella Havsforskningsrådet (ICES).De bestånd som förvaltas nationellt baseras på de biologiska underlagen, och rådgivningen i huvudsak på den forskning och övervakning samt analys som bedrivs av Institutionen för akvatiska resurser vid Sveriges lantbruksuniversitet (SLU Aqua) samt yrkesfiskets rapportering.Rapporten omfattar 41 fiskarter uppdelade i olika bestånd, samt sju skal- och blötdjursarter.Nytt för årets upplaga är kapitlet om ekosystemtjänster. Avsnittet beskriver de fördelar människan får genom ekosystemen, till exempel hur fisk och skaldjur kommer till nytta för människan genom föda, rekreation och biologisk mångfald. Nytt för i år är också att rapportens diagram och figurer anpassats för läsare med defekt färgseende.Översikten är utarbetad av SLU Aqua på uppdrag av Havs- och vattenmyndigheten.
|
|
| 3. |
- Ahlner, Alexandra, 1984-
(författare)
-
Improved Methods for Characterization of Protein Dynamics by NMR spectroscopy and Studies of the EphB2 Kinase Domain
- 2015
-
Doktorsavhandling (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Proteins are essential for all known forms of life and in many lethal diseases protein failure is the cause of the disease. To understand proteins and the processes they are involved in, it is valuable to know their structures as well as their dynamics and interactions. The structures may not be directly inspected because proteins are too small to be visible in a light microscope, which is why indirect methods such as nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy have to be utilized. This method provides atomic information about the protein and, in contrast to other methods with similar resolution, the measurements are performed in solution resulting in more physiological conditions, enabling analysis of dynamics. Important dynamical processes are the ones on the millisecond timeframe, which may contribute to interactions of proteins and their catalysis of chemical reactions, both of significant value for the function of the proteins.To better understand proteins, not only do we need to study them, but also develop the methods we are using. This thesis presents four papers about improved NMR techniques as well as a fifth where the kinase domain of ephrinB receptor 2 (EphB2) has been studied regarding the importance of millisecond dynamics and interactions for the activation process. The first paper presents the software COMPASS, which combines statistics and the calculation power of a computer with the flexibility and experience of the user to facilitate and speed up the process of assigning NMR signals to the atoms in the protein. The computer program PINT has been developed for easier and faster evaluation of NMR experiments, such as those that evaluate protein dynamics. It is especially helpful for NMR signals that are difficult to distinguish, so called overlapped peaks, and the soft- ware also converts the detected signals to the indirectly measured physical quantities, such as relaxation rate constants, principal for dynamics. Next are two new versions of the Carr-Purcell-Maiboom-Gill (CPMG) dispersion pulse sequences, designed to measure millisecond dynamics in a way so that the signals are more separated than in standard experiments, to reduce problems with overlaps. To speed up the collection time of the data set, a subset is collected and the entire data set is then reconstructed, by multi-dimensional decomposition co-processing. Described in the thesis is also a way to produce suitably labeled proteins, to detect millisecond dynamics at Cα positions in proteins, using the CPMG dispersion relaxation experiment at lower protein concentrations. Lastly, the kinase domain of EphB2 is shown to be more dynamic on the millisecond time scale as well as more prone to interact with itself in the active form than in the inactive one. This is important for the receptor function of the protein, when and how it mediates signals.To conclude, this work has extended the possibilities to study protein dynamics by NMR spectroscopy and contributed to increased understanding of the activation process of EphB2 and its signaling mechanism.
|
|
| 4. |
- Ahlner, Alexandra, et al.
(författare)
-
PINT: a software for integration of peak volumes and extraction of relaxation rates
- 2013
-
Ingår i: Journal of Biomolecular NMR. - : Springer Verlag (Germany). - 0925-2738 .- 1573-5001. ; 56:3, s. 191-202
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- We present the software Peak INTegration (PINT), designed to perform integration of peaks in NMR spectra. The program is very simple to run, yet powerful enough to handle complicated spectra. Peaks are integrated by fitting predefined line shapes to experimental data and the fitting can be customized to deal with, for instance, heavily overlapped peaks. The results can be inspected visually, which facilitates systematic optimization of the line shape fitting. Finally, integrated peak volumes can be used to extract parameters such as relaxation rates and information about low populated states. The utility of PINT is demonstrated by applications to the 59 residue SH3 domain of the yeast protein Abp1p and the 289 residue kinase domain of murine EphB2.
|
|
| 5. |
- Andersson, Jan, et al.
(författare)
-
Fisk- och skaldjursbestånd i hav och sötvatten 2015 : Resursöversikt
- 2015
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- I rapporten kan du ta del av bedömningen som görs av situationen för bestånd som regleras inom ramen för EU:s gemensamma fiskeripolitik (GFP). Bedömningarna baseras på det forskningssamarbete och den rådgivning som sker inom det Internationella Havsforskningsrådet (ICES).De bestånd som förvaltas nationellt baseras på de biologiska underlagen och rådgivningen i huvudsak på den forskning och övervakning samt analys som bedrivs av Institutionen för akvatiska resurser (SLU Aqua) vid Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) samt yrkesfiskets rapportering.Rapporten omfattar 40 fiskarter uppdelade i olika bestånd, samt sex skal-och blötdjursarter.Nytt för årets upplaga är en beskrivning av hur de provfisken som ligger till grund för analys och rådgivning utförs.Översikten är utarbetad av Sveriges lantbruksuniversitet (SLU), Institutionen för akvatiska resurser (SLU Aqua), på uppdrag av Havs- och vattenmyndigheten.
|
|
| 6. |
- Andersson, Magnus, et al.
(författare)
-
Fiskbestånd och miljö i hav och sötvatten : Resurs- och miljööversikt 2012
- 2012
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Detta är den nionde utgåvan av den samlade översikten över fisk- och kräftdjursbeståndens status i våra vatten. Kunskap om fiskbestånden och miljön är en förutsättning för att utnyttjandet av fiskresurserna skall bli bärkraftigt. För svenska vattenområden beskrivs miljöutvecklingen i ett ekosystemsperspektiv, dels för att tydliggöra fiskens ekologiska roll och beskriva yttre miljöfaktorer som påverkar fiskbestånden, dels för att belysa fiskets effekter på miljön.Fiskbestånd och miljö i hav och sötvatten är utarbetad av Sveriges lantbruksuniversitet (SLU), Institutionen för akvatiska resurser (SLU Aqua), på uppdrag av Havs- och vattenmyndigheten. Rapporten sammanfattar utveckling och beståndsstatus för de kommersiellt viktigaste fisk- och kräftdjursarterna i våra vatten. Bedömningar och förvaltningsråd är baserade på Internationella Havsforskningsrådets (ICES) rådgivning, SLU Aquas nationella och regionala provfiskedata, samt yrkesfiskets rapportering.
|
|
| 7. |
- Campana, Pietro Elia, 1984-, et al.
(författare)
-
A gridded optimization model for photovoltaic applications
- 2020
-
Ingår i: Solar Energy. - : PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD. - 0038-092X .- 1471-1257. ; 202, s. 465-484
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- This study aims to develop a gridded optimization model for studying photovoltaic applications in Nordic countries. The model uses the spatial and temporal data generated by the mesoscale models STRANG and MESAN developed by the Swedish Meteorological and Hydrological Institute. The model is developed based on the comparison between five irradiance databases, three decomposition models, two transposition models, and two photovoltaic models. Several techno-economic and environmental aspects of photovoltaic systems and photovoltaic systems integrated with batteries are investigated from a spatial perspective. CM SAF SARAH-2, Engerer2, and Perez1990 have shown the best performances among the irradiance databases, and decomposition and transposition models, respectively. STRANG resulted in the second-best irradiance database to be used in Sweden for photovoltaic applications when comparing hourly global horizontal irradiance with weather station data. The developed model can be employed for carrying out further detailed gridded techno-economic assessments of photovoltaic applications and energy systems in general in Nordic countries. The model structure is generic and can be applied to every gridded climatological database worldwide.
|
|
| 8. |
- Carlsson, Jenny, 1977-, et al.
(författare)
-
Biosensor discrimination of meat juice from various animals using a lectin panel and ellipsometry
- 2005
-
Ingår i: Analytica Chimica Acta. - : Elsevier BV. - 0003-2670 .- 1873-4324. ; 547:2, s. 229-236
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- In this work, simple microcontact printed gold-wafers were used to make a lectin panel for investigation and discrimination of different meat juices from fresh meat of cattle, chicken, pig, cod, turkey and lamb. Seven different lectins were thus attached to gold surfaces using the streptavidin–biotin method. Lectins recognize and bind specifically to carbohydrate structures present on different proteins. The biorecognition was evaluated with null ellipsometry and the data obtained was related to an internal standard of lactoferrin. The data was evaluated with multivariate data analysis techniques to identify possible discrimination or grouping of data. Scanning ellipsometry was used for visualization of the binding pattern of the lectins and the meat juice proteins. The two-dimensional images obtained could be used to visualize the protein distribution, furthermore, to exclude anomalies. The results showed that the different meat juices from the six different species: cattle, chicken, pig, cod, turkey and lamb could be discriminated from each other. The results showed to be more repetitive for the mammalian meat juices. Using a simple model based on an artificial neuronal net, it was also possible to classify meat juices from the mammals investigated.
|
|
| 9. |
- Carlsson, Jenny, 1977-, et al.
(författare)
-
Investigation of sera from various species by using lectin affinity arrays and scanning ellipsometry
- 2005
-
Ingår i: Analytica Chimica Acta. - : Elsevier BV. - 0003-2670 .- 1873-4324. ; 530:2, s. 167-171
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Serum proteins of different species and of different human blood groups exhibit various protein glycosylation patterns. Sera from human, pig, sheep and guinea pig have been applied to a panel of eight different lectins immobilized on a gold wafer. The biorecognition has been evaluated with scanning ellipsometry and the two-dimensional matrices obtained have been treated with image analysis and MVDA for evaluation. The results showed a clear difference in protein binding pattern between the different species and thereby separation of the different sera could be made. Dendograms indicate that human and pig sera are the most related of the four different sera investigated.
|
|
| 10. |
|
|
