| 1. |
- Allentoft, Morten E., et al.
(författare)
-
Population genomics of post-glacial western Eurasia
- 2024
-
Ingår i: Nature. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 625:7994, s. 301-311
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Western Eurasia witnessed several large-scale human migrations during the Holocene1–5. Here, to investigate the cross-continental effects of these migrations, we shotgun-sequenced 317 genomes—mainly from the Mesolithic and Neolithic periods—from across northern and western Eurasia. These were imputed alongside published data to obtain diploid genotypes from more than 1,600 ancient humans. Our analyses revealed a ‘great divide’ genomic boundary extending from the Black Sea to the Baltic. Mesolithic hunter-gatherers were highly genetically differentiated east and west of this zone, and the effect of the neolithization was equally disparate. Large-scale ancestry shifts occurred in the west as farming was introduced, including near-total replacement of hunter-gatherers in many areas, whereas no substantial ancestry shifts happened east of the zone during the same period. Similarly, relatedness decreased in the west from the Neolithic transition onwards, whereas, east of the Urals, relatedness remained high until around 4,000 bp, consistent with the persistence of localized groups of hunter-gatherers. The boundary dissolved when Yamnaya-related ancestry spread across western Eurasia around 5,000 bp, resulting in a second major turnover that reached most parts of Europe within a 1,000-year span. The genetic origin and fate of the Yamnaya have remained elusive, but we show that hunter-gatherers from the Middle Don region contributed ancestry to them. Yamnaya groups later admixed with individuals associated with the Globular Amphora culture before expanding into Europe. Similar turnovers occurred in western Siberia, where we report new genomic data from a ‘Neolithic steppe’ cline spanning the Siberian forest steppe to Lake Baikal. These prehistoric migrations had profound and lasting effects on the genetic diversity of Eurasian populations.
|
|
| 2. |
|
|
| 3. |
- Ahlsén, Jimmy, et al.
(författare)
-
Undersökning av biota i anslutning till dumpade fartyg med kemisk ammunition
- 2018
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- På uppdrag av Havs- och vattenmyndigheten har en undersökning utförts i ett dumpningsområde utanför Måseskär där fartyg lastade med kemiska stridsmedel (CWA) sänktes efter andra världskriget.Studien som utfördes av Marine Monitoring AB omfattade fiske efter fisk och skaldjur under 2016 och 2017 i anslutning till tidigare identifierade vrak. Kemiska analyser av de fångade organismerna utfördes av ALS Scandinavia AB och the Finnish Institute for Verification of the Chemical Weapons Convention, University of Helsinki (VERIFIN).Valet av målarter gjordes med avseende på deras kommersiella betydelse, födoval samt deras avgiftningsförmåga. Bland fiskar valdes torsk, rödtunga, gråsej, vitlinglyra och pirål och av skaldjur havskräfta och nordhavsräka. På grund av utebliven fångst av nordhavsräka under 2016 års undersökning analyserades det året även den bottenlevande valthornssnäckan.Två typer av försöksdesign användes. Den första frågeställningen var huruvida de fångade arterna var lämpliga som livsmedel. Fiske med garn gjordes därför i nära anslutning till och på vraken och räkburar placerades även i deras omedelbara närhet. Den andra frågan var om den intensiva bottentrålningen i området kunde medföra spridning av sedimentbundna kemiska stridsmedel till ett större område. Kräftburar placerades därför ut i ett område längs den dominerande strömriktningen.Resultaten från de kemiska analyserna från 2016 och 2017 års undersökningar visade på spår av nedbrytningsprodukter från de arsenikhaltiga stridsmedlen Clark I och/eller Clark II i 6 av 49 prover. Vävnadsprover från en havskräfta, två fiskar av arten rödtunga, samt tre samlingsprover av nordhavsräka gav utslag vid analysen. Inga kemiska stridsmedel kunde påvisas i övriga prover.De funna halterna är mycket låga men visar att dessa stridsmedel är sänkta i området, vilket är ny kunskap. Tidigare undersökningar (Sjöfartsverket, 1992 och Spiridonov, M.A., Zhamoida, V.A. 1999) har visat rester av nedbrytningsprodukter av senapsgas (thiodiglykol) och av arsener i sediment i dumpningsområdet.De låga halterna av Clark I och/eller Clark II i vävnaden hos individerna medför ingen ökad hälsorisk vid konsumtion (personlig kommunikation, Salomon Sand, Livsmedelsverket) men rester av kemiska stridsmedel bör inte finnas alls i organismerna. Detektion av rester av kemiska stridsmedel har varit koncentrerad kring de centrala delarna av det vrakområde som undersökts av Sjöfartsverket (2015).Det har under undersökningens gång varit fortsatt intensiv trålaktivitet inom området, men huruvida det har skett någon tydlig spridning av sedimentbundna kemiska stridsmedel utanför vrakområdet har inte kunnat fastställas.
|
|
| 4. |
- Barwick, Vicki, et al.
(författare)
-
Method validation in analytical sciences: discussions on current practice and future challenges
- 2017
-
Ingår i: Accreditation and Quality Assurance. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0949-1775 .- 1432-0517. ; 22:5, s. 253-263
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Eurachem held a workshop on method validation in analytical sciences in Gent, Belgium, on 9–10 May 2016. A summary of the working group discussions is provided here. The discussions covered a range of issues concerned with current practice and future challenges in method validation, i.e. setting requirements for a method to be validated; planning validation studies; validation of qualitative and semi-quantitative methods; validation of multi-parameter methods; determination of trueness/bias; assessment of working range; validation in microbiology; and method validation under flexible scope of accreditation. Delegates (129) from 24 different countries and from different backgrounds, e.g. from both public and private laboratories, laboratory associations, accreditation bodies and universities, attended the working groups, thus providing opportunities to collect a variety of views and experiences as well as to identify potential gaps in current guidance and regulations. While the practicalities of assessing method performance characteristics are generally well understood, the issue of setting requirements for those characteristics beforehand is less straightforward. Although a number of documents addressing the principles of method validation are available, guidance on dealing with more complex and ‘non-ideal’ situations, as well as examples of good practice, would be welcomed and greater harmonisation of approaches was deemed necessary. There remains a need for guidance on both the concepts that apply to ‘qualitative’ or ‘nominal’ test methods and on the practical implementation of validation studies in such cases.
|
|
| 5. |
- Behzadi, Payam, et al.
(författare)
-
The Interleukin-1 (IL-1) Superfamily Cytokines and Their Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs)
- 2022
-
Ingår i: Journal of Immunology Research. - : Hindawi Publishing Corporation. - 2314-8861 .- 2314-7156. ; 2022
-
Forskningsöversikt (refereegranskat)abstract
- Interleukins (ILs)-which are important members of cytokines-consist of a vast group of molecules, including a wide range of immune mediators that contribute to the immunological responses of many cells and tissues. ILs are immune-glycoproteins, which directly contribute to the growth, activation, adhesion, differentiation, migration, proliferation, and maturation of immune cells; and subsequently, they are involved in the pro and anti-inflammatory responses of the body, by their interaction with a wide range of receptors. Due to the importance of immune system in different organisms, the genes belonging to immune elements, such as ILs, have been studied vigorously. The results of recent investigations showed that the genes pertaining to the immune system undergo progressive evolution with a constant rate. The occurrence of any mutation or polymorphism in IL genes may result in substantial changes in their biology and function and may be associated with a wide range of diseases and disorders. Among these abnormalities, single nucleotide polymorphisms (SNPs) can represent as important disruptive factors. The present review aims at concisely summarizing the current knowledge available on the occurrence, properties, role, and biological consequences of SNPs within the IL-1 family members.
|
|
| 6. |
- Bergkvist, Johanna, et al.
(författare)
-
Provtagningsdesign för övervakning av främmande arter : Övervakning i marin miljö
- 2020
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Denna rapport beskriver metod och resultat för identifiering av optimala övervakningsstationer för tidigt upptäckt av marina invasiva främmande arter samt uppföljning av dess spridningsmönster. Metoden är baserad på beräkning av en samlad invasionsrisk för 34 målarter som analyseras individuellt och samlade i relevanta ekologiska grupperingar som till exempel sötvattenstoleranta arter, marina arter eller bentiska arter. I analysen ingår tre faktorer:• Geografisk fördelning av lämpliga habitat beräknat med hjälp av utbredningsmodeller för varje art.• Artspecifik riskbedömning.• Introduktionsrisk i samband med fartygstrafik och vattenströmmar. Resultatet pekar på två separata spridningsmönster för invasiva arter till marina miljöer i Sverige; spridning av marina arter längs nordeuropeiska kustvatten och spridning av sötvattenstoleranta arter via den europeiska kontinenten. Dessa två spridningsvägar analyserades separat och resultaten stöder en jämn fördelning av övervakningsstationer längs den svenska kusten mellan Strömstad och Gävle, med fokus på de områden som pekas ut av de marina modellerna på västkusten och de områden som pekas ut av sötvattensmodellerna på östkusten. De mest lämpliga övervakningsplatserna är hamnområden.
|
|
| 7. |
- Bergkvist, Johanna, et al.
(författare)
-
Test och utvärdering av ny övervakning av främmande arter i hamnar och utsatta områden
- 2017
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Övervakning av hamnar och farleder är ett viktigt instrument för att tidigt upptäcka nya främmande arter och hindra dess spridning. På uppdrag av Havs- och vattenmyndigheten har Marine Monitoring AB utfört Test och utvärdering av ny övervakning av främmande arter i hamnar och utsatta områden. Undersökningen baseras på Metoder för övervakning av främmande arter. Protokoll för provtagning i hamnar och farleder samt Havs- och vattenmyndighetens manual Undersökningstyp: Främmande arter. Främmande arter som sprids med barlastvatten anses vara ett av de största ekologiska och ekonomiska hoten mot planeten. Behandling av barlastvatten och övervakning i hamnar syftar till att minska spridningen samt att tidigt upptäcka nya arter. Till testområde utsågs Preem AB:s hamn i Brofjorden norr om Lysekil. Inom hamnen togs prover i två områden, ett inre och ett yttre. Vidare togs prover vid Dynabrott och Brandskärs flak vid inloppet till Brofjorden. Undersökningen täcker in många olika habitat och prover tas på bottenfauna, växt- och djurplankton, påväxt och mobil epifauna. Totalt dokumenterades cirka 365 arter, varav fem betraktas som främmande i svenska vatten: amerikansk kammanet (Mnemiopsis leidyi), dinoflagellaten Karenia mikimotoi, japanplym (Dasysiphonia japonica), japanskt jätteostron (Crassostrea gigas) och slät havstulpan (Amphibalanus improvisus). Generellt har metoderna inom övervakningen fungerat bra, men vissa oklarheter förekommer i metoden och undersökningstypen och behöver förtydligas. Båt med vinsch eller lindragare rekommenderas för flera av momenten då de är för tunga för att utföras säkert manuellt. Provtagningen är omfattande och tidskrävande varför samordning med olika nationella program kan ge vinster, dels ekonomiskt men även i form av att utnyttja den taxonomiska kompetensen inom dessa program.
|
|
| 8. |
- Bergkvist, Johanna, et al.
(författare)
-
Vidareutveckling och test av övervakning av främmande arter : Extended Rapid Assessment Survey – eRAS
- 2020
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Marine Monitoring AB har på uppdrag av Havs- och vattenmyndigheten testat och utvärderat metoder för löpande övervakning av marina främmande arter i hamnar, med huvudsyftet att tidigt upptäcka introduktion av främmande arter i landet. Sedan tidigare finns ett fältprotokoll för inventering av främmande arter inför dispensprövning enligt barlastvattenkonventionen och havsmiljökonventionerna Helcom och Ospar. I denna rapport testas en mer tids- och kostnadseffektiv metod. Metoden kallas för Rapid Assessment Survey (RAS) och ingår som en av flera metoder i Helcoms övervakningsprogram för främmande arter. Provtagningen fokuserar på hårdbottenorganismer och lokaler som prioriteras är hamnar, marinor och vattenbruksanläggningar, alla är ”hotspots” för introduktion av främmande arter. RAS kan även utökas till att innefatta artificiella habitat och påväxtpaneler och kallas då extended Rapid Assessment Survey (eRAS). Det är den utökade undersökningen som testats här. Då metoden tagits fram för Östersjön fokuserades undersökningen till Östersjön. De besökta lokalerna är Nynäshamns hamn och gästhamn samt Bullandö marina. På västkusten besöktes råoljehamnen i Brofjorden i Lysekil.Totalt dokumenterades 84 taxa varav sju anses vara främmande för svenska vatten: slät havstulpan (Amphibalanus improvisus), havsborstmasken Boccardiella ligerica, hydrozoen Cordylophora caspia, havsborstmasken Marenzelleria sp., sandmussla (Mya arenaria), svartmunnad smörbult (Neogobius melanostomus) och nyazeeländsk tusensnäcka (Potamopyrgus antipodarum). En del av dessa arter har funnits i svenska vatten sedan lång tid tillbaka.Metoderna som använts fungerade generellt bra, men det är viktigt att vara medveten om förutsättningarna för metoderna. Då fokus ligger på hårdbottenorganismer riskerar vissa grupper att överses. Detta gäller framförallt plankton och bottenfauna i sediment. En svårighet var tillgång till hårdbottenytor i de stora hamnarna. För att det ska vara tids- och kostnadseffektivt ställs krav på utföraren, framförallt krävs taxonomisk kunskap och kännedom om den inhemska floran och faunan. Provtagningen går troligen snabbare med tiden om den upprepas i samma hamnar. Utökningen från RAS till eRAS ledde sannolikt till att fler främmande arter hittades. Därför rekommenderar vi att eRAS används för framtida övervakning. Val av undersökningslokaler bör ske efter bedömning av risk för introduktion av främmande arter med hjälp av spridningsmodeller utifrån naturlig spridning, vektorer och spridningsvägar för mänsklig spridning. Dessutom behöver man värdera resultat av tidigare undersökningar och göra expertbedömningar.
|
|
| 9. |
|
|
| 10. |
- Franck, Marina Christina Mikaela, et al.
(författare)
-
Urocortin3-expressing neurons in sensory transmission
-
Annan publikation (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Urocortin 3 (UCN3) is a neuropeptide involved in mechanosensation and stress regulation, and Ucn3-Cre neurons have been assigned a role in mechanical itch. Here, we show that Ucn3 marks a population of excitatory neurons in the mouse dorsal horn, divided into two non-overlapping subpopulations expressing protein kinase C g or calretinin/calbindin 2. Chemogenetic activation of spinal Ucn3-Cre neurons evoked a targeted biting/licking behavior towards the corresponding dermatome. Genetic deletion of vesicular glutamate transporter 2 (VGLUT2) in Ucn3-Cre neurons removed the phenotype, showing that the biting/licking behavior is VGLUT2-dependent. Conditional deletion of VGLUT2 did not affect acute thermal or mechanical withdrawal responses, nor thermal withdrawal responses after nerve growth factor-induced hypersensitivity or the prurifensive response to 48/80 or von Frey stimuli applied in nape. Instead, we found that a group of spinal Ucn3 neurons were activated in response to artificial scratching or 48/80-induced itch. Electrophysiological experiments showed that spinal Ucn3 neurons received both glycinergic and GABAergic tonic inhibition, and monosynaptic inputs from both Aβ and C fibers, which could be confirmed by rabies tracing. Spinal Ucn3/Ucn3-Cre neurons thus represent a mechanically sensitive population with several roles in the itch-scratch cycle.
|
|
