| 1. |
|
|
| 2. |
- Hudson, Thomas J., et al.
(författare)
-
International network of cancer genome projects
- 2010
-
Ingår i: Nature. - : Springer Science and Business Media LLC. - 0028-0836 .- 1476-4687. ; 464:7291, s. 993-998
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- The International Cancer Genome Consortium (ICGC) was launched to coordinate large-scale cancer genome studies in tumours from 50 different cancer types and/or subtypes that are of clinical and societal importance across the globe. Systematic studies of more than 25,000 cancer genomes at the genomic, epigenomic and transcriptomic levels will reveal the repertoire of oncogenic mutations, uncover traces of the mutagenic influences, define clinically relevant subtypes for prognosis and therapeutic management, and enable the development of new cancer therapies.
|
|
| 3. |
- Carraminana, Albert, et al.
(författare)
-
Rationale and Study Design for an Individualized Perioperative Open Lung Ventilatory Strategy in Patients on One-Lung Ventilation (iPROVE-OLV)
- 2019
-
Ingår i: Journal of Cardiothoracic and Vascular Anesthesia. - : W B SAUNDERS CO-ELSEVIER INC. - 1053-0770 .- 1532-8422. ; 33:9, s. 2492-2502
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Objective: The aim of this clinical trial is to examine whether it is possible to reduce postoperative complications using an individualized perioperative ventilatory strategy versus using a standard lung-protective ventilation strategy in patients scheduled for thoracic surgery requiring one-lung ventilation. Design: International, multicenter, prospective, randomized controlled clinical trial. Setting: A network of university hospitals. Participants: The study comprises 1,380 patients scheduled for thoracic surgery. Interventions: The individualized group will receive intraoperative recruitment maneuvers followed by individualized positive end-expiratory pressure (open lung approach) during the intraoperative period plus postoperative ventilatory support with high-flow nasal cannula, whereas the control group will be managed with conventional lung-protective ventilation. Measurements and Main Results: Individual and total number of postoperative complications, including atelectasis, pneumothorax, pleural effusion, pneumonia, acute lung injury; unplanned readmission and reintubation; length of stay and death in the critical care unit and in the hospital will be analyzed for both groups. The authors hypothesize that the intraoperative application of an open lung approach followed by an individual indication of high-flow nasal cannula in the postoperative period will reduce pulmonary complications and length of hospital stay in high-risk surgical patients. (C) 2019 Published by Elsevier Inc.
|
|
| 4. |
- Dengler, Juergen, et al.
(författare)
-
GrassPlot - a database of multi-scale plant diversity in Palaearctic grasslands
- 2018
-
Ingår i: Phytocoenologia. - : Schweizerbart. - 0340-269X. ; 48:3, s. 331-347
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- GrassPlot is a collaborative vegetation-plot database organised by the Eurasian Dry Grassland Group (EDGG) and listed in the Global Index of Vegetation-Plot Databases (GIVD ID EU-00-003). GrassPlot collects plot records (releves) from grasslands and other open habitats of the Palaearctic biogeographic realm. It focuses on precisely delimited plots of eight standard grain sizes (0.0001; 0.001;... 1,000 m(2)) and on nested-plot series with at least four different grain sizes. The usage of GrassPlot is regulated through Bylaws that intend to balance the interests of data contributors and data users. The current version (v. 1.00) contains data for approximately 170,000 plots of different sizes and 2,800 nested-plot series. The key components are richness data and metadata. However, most included datasets also encompass compositional data. About 14,000 plots have near-complete records of terricolous bryophytes and lichens in addition to vascular plants. At present, GrassPlot contains data from 36 countries throughout the Palaearctic, spread across elevational gradients and major grassland types. GrassPlot with its multi-scale and multi-taxon focus complements the larger international vegetationplot databases, such as the European Vegetation Archive (EVA) and the global database " sPlot". Its main aim is to facilitate studies on the scale-and taxon-dependency of biodiversity patterns and drivers along macroecological gradients. GrassPlot is a dynamic database and will expand through new data collection coordinated by the elected Governing Board. We invite researchers with suitable data to join GrassPlot. Researchers with project ideas addressable with GrassPlot data are welcome to submit proposals to the Governing Board.
|
|
| 5. |
- Belmar-Lopez, Carolina, et al.
(författare)
-
Tissue-derived mesenchymal stromal cells used as vehicles for anti-tumor therapy exert different in vivo effects on migration capacity and tumor growth
- 2013
-
Ingår i: BMC Medicine. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1741-7015. ; 11, s. 139-
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background: Mesenchymal stem cells (MSCs) have been promoted as an attractive option to use as cellular delivery vehicles to carry anti-tumor agents, owing to their ability to home into tumor sites and secrete cytokines. Multiple isolated populations have been described as MSCs, but despite extensive in vitro characterization, little is known about their in vivo behavior. The aim of this study was to investigate the efficacy and efficiency of different MSC lineages derived from five different sources (bone marrow, adipose tissue, epithelial endometrium, stroma endometrium, and amniotic membrane), in order to assess their adequacy for cell-based anti-tumor therapies. Our study shows the crucial importance of understanding the interaction between MSCs and tumor cells, and provides both information and a methodological approach, which could be used to develop safer and more accurate targeted therapeutic applications. Methods: We first measured the in vivo migration capacity and effect on tumor growth of the different MSCs using two imaging techniques: (i) single-photon emission computed tomography combined with computed tomography (SPECT-CT), using the human sodium iodine symporter gene (hNIS) and (ii) magnetic resonance imaging using superparamagnetic iron oxide. We then sought correlations between these parameters and expression of pluripotency-related or migration-related genes. Results: Our results show that migration of human bone marrow-derived MSCs was significantly reduced and slower than that obtained with the other MSCs assayed and also with human induced pluripotent stem cells (hiPSCs). The qPCR data clearly show that MSCs and hiPSCs exert a very different pluripotency pattern, which correlates with the differences observed in their engraftment capacity and with their effects on tumor growth. Conclusion: This study reveals differences in MSC recruitment/migration toward the tumor site and the corresponding effects on tumor growth. Three observations stand out: 1) tracking of the stem cell is essential to check the safety and efficacy of cell therapies; 2) the MSC lineage to be used in the cell therapy needs to be carefully chosen to balance efficacy and safety for a particular tumor type; and 3) different pluripotency and mobility patterns can be linked to the engraftment capacity of the MSCs, and should be checked as part of the clinical characterization of the lineage.
|
|
| 6. |
- Biurrun, Idoia, et al.
(författare)
-
Benchmarking plant diversity of Palaearctic grasslands and other open habitats
- 2021
-
Ingår i: Journal of Vegetation Science. - Oxford : John Wiley & Sons. - 1100-9233 .- 1654-1103. ; 32:4
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Journal of Vegetation Science published by John Wiley & Sons Ltd on behalf of International Association for Vegetation Science.Aims: Understanding fine-grain diversity patterns across large spatial extents is fundamental for macroecological research and biodiversity conservation. Using the GrassPlot database, we provide benchmarks of fine-grain richness values of Palaearctic open habitats for vascular plants, bryophytes, lichens and complete vegetation (i.e., the sum of the former three groups). Location: Palaearctic biogeographic realm. Methods: We used 126,524 plots of eight standard grain sizes from the GrassPlot database: 0.0001, 0.001, 0.01, 0.1, 1, 10, 100 and 1,000 m2 and calculated the mean richness and standard deviations, as well as maximum, minimum, median, and first and third quartiles for each combination of grain size, taxonomic group, biome, region, vegetation type and phytosociological class. Results: Patterns of plant diversity in vegetation types and biomes differ across grain sizes and taxonomic groups. Overall, secondary (mostly semi-natural) grasslands and natural grasslands are the richest vegetation type. The open-access file ”GrassPlot Diversity Benchmarks” and the web tool “GrassPlot Diversity Explorer” are now available online (https://edgg.org/databases/GrasslandDiversityExplorer) and provide more insights into species richness patterns in the Palaearctic open habitats. Conclusions: The GrassPlot Diversity Benchmarks provide high-quality data on species richness in open habitat types across the Palaearctic. These benchmark data can be used in vegetation ecology, macroecology, biodiversity conservation and data quality checking. While the amount of data in the underlying GrassPlot database and their spatial coverage are smaller than in other extensive vegetation-plot databases, species recordings in GrassPlot are on average more complete, making it a valuable complementary data source in macroecology. © 2021 The Authors.
|
|
| 7. |
- Gunnarsson, Carina, et al.
(författare)
-
Ökad användning av restströmmar från spannmålsodling för en svensk biobaserad ekonomi
- 2022
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Det finns ett stort intresse att använda halm i bioraffinaderiprocesser för att producera förnybara material, kemikalier och drivmedel, men mängden halm är begränsad och aktuella processer är ofta storskaliga. Målet med detta projekt var att bidra till ökad användning av tillgängliga restströmmar från spannmålsproduktion och därmed bidra till ökad andel inhemsk råvara till den svenska biobaserade industrin. Projektet undersökte tre restströmmar från spannmålsproduktionen: halm, rensverksfraktion (från tröskans rensverk som normalt sprids ut på fältet och inte samlas in) samt avrens från rensmaskiner och aspiratörer på spannmålsmottagningar. Arbetet innefattade att karakterisera olika sorters halm, utvärdera tekniker för att öka insamlingsgraden vid skörd, lagringsförsök samt modellering av leveranssäkerhet och skördestrategier. Ett speciellt fokus var att utvärdera materialet med avseende på biogasproduktion. Den grundläggande karakteriseringen som gjordes av halm och rensverksfraktion från höstvete, korn, havre, höstråg och höstraps visade vissa skillnader i innehåll av cellulosa, hemicellulosa, lignin, oorganiska ämnen samt extraktivämnen, men inga som kunde förklara skillnaderna i metanproduktionen mellan proverna. Råghalm hade den högsta metanproduktionen, medan halm från höstraps hade signifikant lägre metanproduktion än de andra halmsorterna. Metanproduktionen från rensverksfraktionerna visade samma tendens som för halmen. För att försöka hitta förklaringar till den lägre metanproduktionen för halm och rensverksfraktion från höstraps gjordes kompletterande analyser av biomassans struktur och sammansättning. Inga tydliga skillnader i cellullosakristallinitet kunde ses som skulle kunna förklara den lägre biogasproduktionen. De fördjupade analyserna kunde visa att det finns skillnader i ligninstruktur, det skulle dock behöva undersökas vidare om dessa bidrar till skillnaderna i metanproduktionen. En hypotes som inte kunde bekräftas är att höstrapshalmen innehåller glukosinulater som när de bryts ner kan verka hämmande på bakterierna i jäsningsprocessen. Detta behöver utredas vidare i kommande studier. I projektet utvärderades två olika tekniker för att förutom halm även samla in rensverksfraktion och därigenom öka mängden bärgat material. Vid skörd av spannmål samlas kärnan i en tank, medan halmen och övriga överjordiska delar av spannmålsplantan som återstår matas ut efter skördetröskan. Utvärderingen visade att total insamlad mängd biomassa ökade när även rensverksfraktionen samlades in. Även halmbalarnas densitet ökade vid inblandning av rensverksfraktionen i halmen, vilket är fördelaktigt för transporteffektiviteten. Ökningen av insamlad mängd och baldensitet var dock signifikant i endast ett av de två försöken. Mellan 36 % och 41 % av den teoretiskt bärgningsbara mängden biomassa samlades inte in och kan betraktas som förluster i systemet. Vissa av förlusterna går att åtgärda med val av maskiner som är väl anpassade till varandra medan andra kräver ett helt annat skördesystem. Potentialen för utveckling av nya och förbättrade tekniska system som möjliggör att en större andel biomassa kan tillvaratas är därför stor. Tillgången på halm för användning i bioraffinaderier kan även ökas genom att använda halm av olika kvalitet, tex fuktig halm. I tre olika lagringsförsök undersöktes under vilka förutsättningar det finns risk för förluster under aeroba förhållanden. Försöken utvärderades med avseende på effekten på förluster och kvalitet samt metanproduktion. Respirometerförsök genomfördes på halm och rensverksfraktion från höstvete och korn vid två olika vattenaktiviteter (vattenhalter) under ca 2 månader. Resultaten visade att förlusterna hos höstvetehalm troligen kan hållas låga om den lagras vid en vattenhalt under 20-23 %. Kornhalm verkar vara något känsligare och kan behöva vara några procentenheter torrare, medan rensverksfraktionen verkar vara något mer motståndskraftig mot mikrobiell tillväxt. I vetehalm ökade metanpotentialen under lagringen, medan den minskade för halm och rensverksfraktion från korn. Den stora minskningen i metanpotential för kornproverna kan ha orsakats av de högre kvävehalterna och lägre C/N kvot som gynnar mikrobiell aktivitet. Resultaten tyder på att fuktig aerob lagring av vetehalm kan fungera som ett förbehandlingssteg där cellulosanedbrytande mögelsvampar bryter ned cellulosan och därmed gör kolet mer tillgänglig för de metangasproducerande mikroorganismerna. Studien tyder på att denna process går snabbare med kornhalm. Dessa resultat behöver följas upp och fördjupas. Genom att utnyttja lagringstiden till biologisk förbehandling inför användning i bioraffinaderiet kan vi på ett positivt sätt utnyttja faktorer som normalt har negativ inverkan på kvalitet, såsom hög fukthalt och temperatur samt långa lagringstider. I fullskaliga försök som upprepades under två år vid Gasum AB biogasanläggning i Jordberga utvärderades avrenslagring under praktiska förhållande i stora plansilor utan täckning. Lagringsförsöket genomfördes med avrensat material (avrens) från i spannmålshandelns mottagningsanläggningar. Lagringsprocessen övervakades på olika djup genom mätningar av gassammansättning och temperatur och lagringsförlusterna bestämdes. Förlusterna av torrsubstans under lagringen varierade mellan 1,5 och 3 %, dock med undantag från ytprovet år två där förlusterna uppgick till 63 %. De höga förlusterna i ytprovet beror sannolikt på en längre lagringstid i kombination med direkt exponering mot atmosfäriska förhållanden och därmed nederbörd. Detta resulterade i en omfattande tillväxt av mögelsvampar. Metanpotentialen i proverna från ytan var båda åren signifikant lägre (8 % respektive 62 %) än i proverna från inläggningen. Mellan djupare liggande prover fanns ingen signifikant skillnad i metanpotential sinsemellan eller jämfört med inläggningsprovet. Låg vattenhalt, syrefattiga förhållanden och höga temperaturer hämmade mikrobiell tillväxt i djupare liggande prover. Den modelleringsstudie baserad på väderdata som genomfördes med syftet att under-söka hur leveranssäkerheten av halm påverkas av väderleken visade att mängden torr halm som kan bärgas varierar stort mellan år. Andelen av den tillgängliga mängden halm som i genomsnitt över flera år är möjlig att bala (pressningskoefficient) beräknades till 84, 86, 82 och 80 % för Västmanland, Östergötland, Västra Götaland respektive Skåne vid maximalt 18% vattenhalt vid pressning. Den varierade även över skördesäsongen. Den tillgängliga pressningstiden minskade från över 50 % i den andra halvan av juli till under 30 % i de första veckorna i oktober beroende på område. De genomsnittliga andelarna pressad halm varierade för de enskilda grödorna: den var högst för höstvete, ca 90 % för gårdarna belägna i Västmanland, Östergötland och Västra Götaland, och 80 % i Skåne. Andelarna för vårvete var lägst, 67–75 % beroende på område.
|
|
| 8. |
- Hurtado, Pilar, et al.
(författare)
-
Contrasting Environmental Drivers Determine Biodiversity Patterns in Epiphytic Lichen Communities along a European Gradient
- 2020
-
Ingår i: Microorganisms. - : MDPI. - 2076-2607. ; 8:12
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Assessing the ecological impacts of environmental change on biological communities requires knowledge of the factors driving the spatial patterns of the three diversity facets along extensive environmental gradients. We quantified the taxonomic (TD), functional (FD), and phylogenetic diversity (PD) of lichen epiphytic communities in 23 beech forests along Europe to examine their response to environmental variation (climate, habitat quality, spatial predictors) at a continental geographic scale. We selected six traits related to the climatic conditions in forest ecosystems, the water-use strategy and the nutrient uptake, and we built a phylogenetic tree based on four molecular markers. FD and climate determined TD and PD, with spatial variables also affecting PD. The three diversity facets were primarily shaped by distinct critical predictors, with the temperature diurnal range affecting FD and PD, and precipitation of the wettest month determining TD. Our results emphasize the value of FD for explaining part of TD and PD variation in lichen communities at a broad geographic scale, while highlighting that these diversity facets provide complementary information about the communities' response under changing environmental conditions. Furthermore, traits such as growth form, photobiont type, and reproductive strategy mediated the response of lichen communities to abiotic factors emerging as useful indicators of macroclimatic variations.
|
|
| 9. |
- Iles, Mark M., et al.
(författare)
-
A variant in FTO shows association with melanoma risk not due to BMI
- 2013
-
Ingår i: Nature Genetics. - : Springer Science and Business Media LLC. - 1546-1718 .- 1061-4036. ; 45:4, s. 428-432
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- We report the results of an association study of melanoma that is based on the genome-wide imputation of the genotypes of 1,353 cases and 3,566 controls of European origin conducted by the GenoMEL consortium. This revealed an association between several SNPs in intron 8 of the FTO gene, including rs16953002, which replicated using 12,313 cases and 55,667 controls of European ancestry from Europe, the USA and Australia (combined P = 3.6 x 10(-12), per-allele odds ratio for allele A = 1.16). In addition to identifying a new melanomasusceptibility locus, this is to our knowledge the first study to identify and replicate an association with SNPs in FTO not related to body mass index (BMI). These SNPs are not in intron 1 (the BMI-related region) and exhibit no association with BMI. This suggests FTO's function may be broader than the existing paradigm that FTO variants influence multiple traits only through their associations with BMI and obesity.
|
|
| 10. |
- Kurzeder, Christian, et al.
(författare)
-
Double-blind, placebo-controlled, randomized phase III trial evaluating pertuzumab combined with chemotherapy for low tumor human epidermal growth factor receptor 3 mRNA-Expressing platinum-resistant ovarian Cancer (PENELOPE)
- 2016
-
Ingår i: Journal of Clinical Oncology. - 0732-183X. ; 34:21, s. 25-2516
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Purpose The AGO-OVAR 2.29/ENGOT-ov14/PENELOPE prospectively randomized phase III trial evaluated the addition of pertuzumab to chemotherapy in patients with platinum-resistant ovarian carcinoma with low tumor human epidermal growth factor receptor 3 (HER3)mRNA expression. We report the results of the primary efficacy analysis. Patients and Methods Eligible patients had ovarian carcinoma that progressed during or within 6 months of completing four or more platinum cycles, centrally tested low tumor HER3 mRNA expression (concentration ratio # 2.81 by quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction on cobas z480 [Roche Molecular Diagnostics, Pleasanton, CA]), and no more than two prior lines of chemotherapy. After investigators selection of the chemotherapy backbone (single-agent topotecan, weekly paclitaxel, or gemcitabine), patientswere randomly assigned to also receive either placebo or pertuzumab (840-mg loading dose followed by 420 mg every 3 weeks). Stratification factors were selected chemotherapy, prior antiangiogenic therapy, and platinum-free interval. The primary end point was independent review committee-assessed progression-free survival (PFS). Additional end points included overall survival, investigator-assessed PFS, objective response rate, safety, patient-reported outcomes, and translational research. Results Overall, 156 patientswere randomly assigned. Adding pertuzumab to chemotherapy did not significantly improve independent review committee-assessed PFS for the primary analysis (stratified hazard ratio, 0.74; 95% CI, 0.50 to 1.11; P = .14; median PFS, 4.3 months for pertuzumab plus chemotherapy v 2.6 months for placebo plus chemotherapy). Sensitivity analyses and secondary efficacy end point results were consistent with the primary analysis. The effect on PFS favoring pertuzumab was more pronounced in the gemcitabine and paclitaxel cohorts. No new safety signals were seen. Conclusion Although the primary objective was not met, subgroup analyses showed trends in PFS favoring pertuzumab in the gemcitabine and paclitaxel cohorts, meriting further exploration of pertuzumab in ovarian cancer.
|
|
