| 1. |
|
|
| 2. |
- Beal, Jacob, et al.
(författare)
-
Robust estimation of bacterial cell count from optical density
- 2020
-
Ingår i: Communications Biology. - : Springer Science and Business Media LLC. - 2399-3642. ; 3:1
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Optical density (OD) is widely used to estimate the density of cells in liquid culture, but cannot be compared between instruments without a standardized calibration protocol and is challenging to relate to actual cell count. We address this with an interlaboratory study comparing three simple, low-cost, and highly accessible OD calibration protocols across 244 laboratories, applied to eight strains of constitutive GFP-expressing E. coli. Based on our results, we recommend calibrating OD to estimated cell count using serial dilution of silica microspheres, which produces highly precise calibration (95.5% of residuals <1.2-fold), is easily assessed for quality control, also assesses instrument effective linear range, and can be combined with fluorescence calibration to obtain units of Molecules of Equivalent Fluorescein (MEFL) per cell, allowing direct comparison and data fusion with flow cytometry measurements: in our study, fluorescence per cell measurements showed only a 1.07-fold mean difference between plate reader and flow cytometry data.
|
|
| 3. |
- Allard, Christina, et al.
(författare)
-
Rasbiologiskt språkbruk i statens rättsprocess mot sameby : DN Debatt 2015-06-11
- 2015
-
Annan publikation (populärvet., debatt m.m.)abstract
- Statens hantering av forskningsresultat i rättsprocessen med Girjas sameby utgör ett hot mot Sverige som rättsstat och kunskapsnation. Åratal av svensk och internationell forskning underkänns och man använder ett språkbruk som skulle kunna vara hämtat från rasbiologins tid. Nu måste staten ta sitt ansvar och börja agera som en demokratisk rättsstat, skriver 59 forskare.
|
|
| 4. |
- Henningsson, Anna, et al.
(författare)
-
Human tick-borne encephalitis and characterization of virus from biting tick
- 2016
-
Ingår i: Emerging Infectious Diseases. - : Centers for Disease Control and Prevention (CDC). - 1080-6040 .- 1080-6059. ; 22:8, s. 1485-1487
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- We report a case of human tick-borne encephalitis (TBE) in which the TBE virus was isolated from the biting tick. Viral growth and sequence were characterized and compared with those of a reference strain. Virus isolation from ticks from patients with TBE may offer a new approach for studies of epidemiology and pathogenicity. © 2016, Centers for Disease Control and Prevention (CDC). All rights reserved.
|
|
| 5. |
- Kauppi, Anna M., 1971-, et al.
(författare)
-
Inhibitors of type III secretion in Yersinia : design, synthesis and multivariate QSAR of 2-sulfonamino-benzanilides
- 2007
-
Ingår i: Bioorganic & Medicinal Chemistry. - : Elsevier Ltd. - 0968-0896 .- 1464-3391. ; 15:22, s. 6994-7011
-
Tidskriftsartikel (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Compound 1, 2-(benzo[1,2,5]thiadiazole-4-sulfonylamino)-5-chloro-N-(3,4-dichloro-phenyl)-benzamide, was identified as a putative type III secretion inhibitor in Yersinia, and the compound thus has a potential to be used to prevent or treat bacterial infections. A set of seven analogues was synthesized and evaluated in a type III secretion dependent reporter-gene assay with viable bacterial to give basic SAR. A second set of 19 compounds was obtained by statistical molecular design in the building block and product space and subsequent synthesis. Evaluation in the reporter-gene assay showed that the compounds ranged from non-active to compounds more potent than 1. Based on the data multivariate QSAR models were established and the final Hi-PLS model showed good correlation between experimentally determined % inhibition and the calculated % inhibition of the reporter-gene signal.
|
|
| 6. |
- Kindenberg, Björn, 1972-, et al.
(författare)
-
Budskap bortom raderna : Design-baserad forskning om undervisning för tolkande läsning
- 2019
-
Konferensbidrag (refereegranskat)abstract
- Tolkande och reflekterande läsning av skönlitteratur är en viktig del av ämnena svenska och svenska som andraspråk, inte minst i fostran av demokratiska medborgare (Svedner, 2012). Detta gör litteraturundervisningen till ett viktigt studieobjekt. Även om det genomförts många klassrumsstudier om litteraturundervisning (t.ex. Hultin, 2006; Bergman, 2007; Langer, 2011), har ganska få involverat lärare i forskningsprocessen. Vår studie utgår ifrån en design-baserad ansats (Cobb et al., 2003), där nio lärare från grundskolans tre stadier tillsammans med forskare planerat och genomfört undervisning i syfte att utveckla elevers tolkande och reflekterade läsning av skönlitterära texters budskap. Texters budskap är ett vanligt, men också omstritt (t.ex. Lundström et al., 2011) begrepp. I studien används begreppet budskap pragmatiskt, som en konkret utgångspunkt för undervisning där begreppet sedan breddas och fördjupas genom en iterativ serie av undervisningsinterventioner. I studien har följande forskningsfrågor formulerats: Vad innebär det att urskilja budskap i skönlitterära texter? Vad hindrar och möjliggör för elever att urskilja budskap i skönlitterära texter? Hur kan elevers förmåga att urskilja texters budskap fördjupas genom undervisning? Langers (2011) läsarpositioner används som ett teoretiskt och metodologiskt ramverk som väglett analys och undervisningsdesign. Det empiriska materialet består av elevtexter, inspelade elevsamtal, inspelade undervisningsavsnitt, lärares undervisningsmaterial och inspelade samtal mellan lärare och forskare. Resultatet visar bland annat att specifika undervisningsaktiviteter, exempelvis att försätta elever i situationer av aktivt budskapsskapande fördjupar elevers tolkning av text. Vidare visar resultaten att lärarens stöttning både kan underlätta och hindra elevers tolkning av text.
|
|
| 7. |
- Kindenberg, Björn, Doktorand, 1972-, et al.
(författare)
-
Textuniversumkompetens hos yngre elever : [Transmedia competence among young students]
- 2024
-
Ingår i: Forskning om undervisning och lärande. - 2000-9674 .- 2001-6131. ; 12:1, s. 7-26
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Ungas erfarenheter av fiktion präglas alltmer av transmediering, i betydelsen att litterära element från det traditionella medieformatet, tryckt text, omskapas i andra medieformat (spel, filmer o.s.v.). Detta fenomen har i forskning begreppsliggjorts som textuniversum. I denna artikel diskuteras vilka typer av kompetenser som kan förknippas med textuniversumbaserad undervisning om skönlitteratur. Fyra dimensioner av kompetens ses som viktiga för textuniversumbaserad undervisning. Diskussionen utgår dels från tidigare forskning, dels från empiriska belägg hämtade från ett pågående forskningsprojekt i vilket nya former av läsning i skolan undersöks. Avslutningsvis i artikeln presenteras en didaktisk modell avsedd att hjälpa lärare i utformning av denna typ av undervisning.
|
|
| 8. |
- Lesniak, Anna, et al.
(författare)
-
High-throughput screening and radioligand binding studies reveal monoamine oxidase-B as the primary binding target for D-deprenyl
- 2016
-
Ingår i: Life Sciences. - : Elsevier BV. - 0024-3205 .- 1879-0631. ; 152, s. 231-237
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Aims: D-deprenyl is a useful positron emission tomography tracer for visualization of inflammatory processes. Studies with [C-11]-D-deprenyl showed robust uptake in peripheral painful sites of patients with rheumatoid arthritis or chronic whiplash injury. The mechanism of preferential D-deprenyl uptake is not yet known, but the existence of a specific binding site was proposed. Thus, in the present study, we sought to identify the binding site for D-deprenyl and verify the hypothesis about the possibility of monoamine oxidase enzymes as major targets for this molecule. Main methods: A high-throughput analysis of D-deprenyl activity towards 165 G-protein coupled receptors and 84 enzyme targets was performed. Additionally, binding studies were used to verify the competition of [H-3]D-deprenyl with ligands specific for targets identified in the high-throughput screen. Key findings: Our high-throughput investigation identified monoamine oxidase-B, monoamine oxidase-A and angiotensin converting enzyme as potential targets for D-deprenyl. Further competitive [3H] D-deprenyl binding studies with specific inhibitors identified monoamine oxidase-B as the major binding site. No evident high-affinity hits were identified among G-protein coupled receptors. Significance: Our study was the first to utilize a high-throughput screening approach to identify putative D-deprenyl targets. It verified 249 candidate proteins and confirmed the role of monoamine oxidase - B in D-deprenyl binding. Our results add knowledge about the possible mechanism of D-deprenyl binding, which might aid in explaining the increased uptake of this compound in peripheral inflammation. Monoamine oxidase-B will be further investigated in future studies utilizing human inflamed synovium.
|
|
| 9. |
- Norberg, Anna, et al.
(författare)
-
Novel variants in Nordic patients referred for genetic testing of telomere-related disorders
- 2018
-
Ingår i: European Journal of Human Genetics. - : Nature Publishing Group. - 1018-4813 .- 1476-5438. ; 26:6, s. 858-867
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Telomere-related disorders are a clinically and genetically heterogeneous group of disorders characterized by premature telomere shortening and proliferative failure of a variety of tissues. This study reports the spectrum of telomere-related gene variants and telomere length in Nordic patients referred for genetic testing due to suspected telomere-related disorder. We performed Sanger sequencing of the genes TERT, TERC, DKC1, and TINF2 on 135 unrelated index patients and measured telomere length by qPCR on DNA from peripheral blood leukocytes. We identified pathogenic or likely pathogenic variants in 10 index patients, all of which had short telomeres compared to age-matched healthy controls. Six of the 10 variants were novel; three in TERC (n.69_74dupAGGCGC, n.122_125delGCGG, and n.407_408delinsAA) and three in TERT (p.(D684G), p.(R774*), and p.(*1133Wext*39)). The high proportion of novel variants identified in our study highlights the need for solid interpretation of new variants that may be detected. Measurement of telomere length is a useful approach for evaluating pathogenicity of genetic variants associated with telomere-related disorders.
|
|
| 10. |
- Paul, Enni, 1976-, et al.
(författare)
-
”Sen dess slutade godisar växa där” : tolkande läsning inom modersmålsämnet
- 2022
-
Ingår i: Forskning om undervisning och lärande. - 2000-9674 .- 2001-6131. ; 10:1, s. 31-54
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- I denna designbaserade studie utforskas hur tolkning av skönlitteratur förändras när lågstadieelever i modersmålsämnet ryska själva intar en författarroll. En utgångspunkt är att meningsskapande i mötet med texter är dialogiskt till sin natur och inbäddat i ett historiskt, kulturellt och socialt sammanhang. Begreppet intertextualitet, det vill säga att texter bär med sig ett eko av andra texter, används dels för analys av transkriberade samtal mellan en modersmålslärare och hennes elever, dels för analys av elevernas egenförfattade berättelser. Resultaten visar att elevernas tolkningar förskjuts från textens yta till det som finns ”gömt” inne i texten, samt från förgivettaganden baserade på den egna livsvärlden i och utanför skolan till tolkningar med intertextuella kopplingar till undervisningens sammanhang. Tolkningarna blir även mer flerstämmiga, vilket bidrar till utveckling av en egen röst. Resultaten pekar på att eleverna genom undervisningsinterventionerna blir del av en tolkande gemenskap, där läsförståelseutvecklingen sker inbäddad i ett sammanhang, snarare än som en dekontextualiserad aktivitetet.
|
|
