| 1. |
- Menkveld, Albert J., et al.
(författare)
-
Nonstandard Errors
- 2024
-
Ingår i: JOURNAL OF FINANCE. - : Wiley-Blackwell. - 0022-1082 .- 1540-6261. ; 79:3, s. 2339-2390
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- In statistics, samples are drawn from a population in a data-generating process (DGP). Standard errors measure the uncertainty in estimates of population parameters. In science, evidence is generated to test hypotheses in an evidence-generating process (EGP). We claim that EGP variation across researchers adds uncertainty-nonstandard errors (NSEs). We study NSEs by letting 164 teams test the same hypotheses on the same data. NSEs turn out to be sizable, but smaller for more reproducible or higher rated research. Adding peer-review stages reduces NSEs. We further find that this type of uncertainty is underestimated by participants.
|
|
| 2. |
- Hytteborn, Håkan, et al.
(författare)
-
Century-long tree population dynamics in a deciduous forest stand in central Sweden
- 2017
-
Ingår i: Journal of Vegetation Science. - : Wiley. - 1100-9233 .- 1654-1103. ; 28:5, s. 1057-1069
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Question: We quantify tree dynamics over a century of free development in a small broadleaved forest dominated by Fraxinus excelsior and Ulmus glabra. What are the internal and external factors driving the changes, and how predictable are they? What were the time scale and effects of the spread of Dutch elm disease (DED)? Location: Vårdsätra, eastern central Sweden.Methods: The survival, growth and recruitment of all trees (≥ 12 cm in girth) were monitored in 1912, 1967, 1988 and 2013 (more often for a part of the forest). Woody species in the field and shrub layers were surveyed in permanent plots in 1976 and 2012. We used transition matrix models to project changes in population sizes and species composition within the century and for 2050.Results: The results indicate that the forest was in a successional development during the first period. The species composition had stabilised by 1967, except for an expansion of Acer platanoides and the drastic effect of DED that struck the forest around 2000. It took only a decade to kill virtually all large elms in the forest, leading to strong decrease in stem density and basal area. The evidence for effects of DED is still weak, but there has been an increase in saplings, notably of Fraxinus, Prunus padus, Ulmus, and of shoots of Corylus avellana. Several species that are abundant in the vicinity and as seeds fail to establish (Picea abies, Betula spp., Quercus robur, Populus tremula). Projections for 2050 based on the third period (1988-2013) are probably unrealistic since also Fraxinus may disappear because of the recent arrival of the ash dieback.Conclusions: Slow dynamics in forests that could follow from climate change will locally probably be overruled by unforeseen catastrophes, such as invasions by forest pathogens. These initiate changes with long lag phases difficult to quantify. Still, a dense deciduous forest can resist invasion of colonist species and of regionally dominant conifers; the reason being unfavourable conditions for establishment rather than dispersal limitation
|
|
| 3. |
- Ilina, Yulia, et al.
(författare)
-
Immunoassay-based quantification of full-length peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase in human plasma
- 2023
-
Ingår i: Scientific Reports. - 2045-2322. ; 13:1
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- A one-step sandwich chemiluminescence immunometric assay (LIA) was developed for the quantification of bifunctional peptidylglycine-α-amidating monooxygenase (PAM) in human plasma (PAM-LIA). PAM is responsible for the activation of more than half of known peptide hormones through C-terminal α-amidation. The assay employed antibodies targeting specific catalytic PAM-subunits, peptidylglycine alpha-hydroxylating monooxygenase (PHM) and peptidyl-alpha-hydroxyglycine alpha-amidating lyase (PAL), to ensure detection of full-length PAM. The PAM-LIA assay was calibrated with a human recombinant PAM enzyme and achieved a detection limit of 189 pg/mL and a quantification limit of 250 pg/mL. The assay demonstrated good inter-assay (6.7%) and intra-assay (2.2%) variabilities. It exhibited linearity when accessed by gradual dilution or random mixing of plasma samples. The accuracy of the PAM-LIA was determined to be 94.7% through spiking recovery experiments, and the signal recovery after substance interference was 94–96%. The analyte showed 96% stability after six freeze–thaw cycles. The assay showed strong correlation with matched EDTA and serum samples, as well as matched EDTA and Li-Heparin samples. Additionally, a high correlation was observed between α-amidating activity and PAM-LIA. Finally, the PAM-LIA assay was successfully applied to a sub-cohort of a Swedish population-based study, comprising 4850 individuals, confirming its suitability for routine high throughput screening.
|
|
| 4. |
- Ranlund, Åsa, et al.
(författare)
-
Metodbeskrivning : 2020 års inventeringar av gräsmarker och lövskogar
- 2021
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- En generell stickprovsdesign, inom vilken det går att inventera både vanliga och ovanliga fenomen på såväl nationell som regional nivå, utvecklades under 2019 och 2020. Under 2020 har den nya stickprovsdesignen använts för inventeringar av gräsmarker och lövskogar med syfte att förbättra nationella data på naturtyper med höga naturvärden, dvs. naturtyper som uppfyller kriterierna för EU:s art- och habitatdirektivs annex 1, samtidigt som vanligare naturtyper följdes där behov funnits för att komplettera befintliga data. I den här rapporten redovisar vi metodiken vi utvecklat för flygbilds- och fältinventeringarna samt hur urval av trakter till stickprov och provytor för fältbesök gått till.För gräsmarks- och lövskogsinventeringarna gjordes först ett gemensamt så kallat balanserat urval för att slumpmässigt välja ut trakter ur urvalsramen till stickprov. Sedan klassades alla provytor inom de utvalda trakterna i en flygbildsinventering till både lövskogs- och gräsmarksklasser. Utifrån de flygbildsinventerade klasserna skapades urvalsklasser separat för gräsmarks- respektive lövskogsinventeringen. Urvalsklasserna användes sedan för att välja ut provytor för fältbesök, ett urval som gjordes för gräsmarks- respektive lövskogsinventeringen oberoende av varandra.Metodiken för flygbildsinventering utvecklades för att gräsmarks- och lövskogsinventeringarna skulle kunna använda stora stickprov, i linje med den nya stickprovsdesignen. En viktig princip vid flygbildsinveteringen var överklassning, dvs att provytor inkluderades där klassningen var osäker. Detta för att säkerställa att alla gräsmarker och lövskogar inom inventeringarnas respektive ramverk hade möjlighet att ingå så att det statistiska kravet för stickprovsdesignen var uppfyllda. Provytor som utifrån flygbildsinventeringen helt säkert inte innehöll eftersökta naturtyper behövde inte besökas i fält vilket gjorde att fältbesöken fokuserades till provytor av intresse för gräsmarks- eller lövskogsinventeringarna. Det minskade kostnaden för fältbesök och vi kunde använda större stickprov. Sammantaget flygbildsinventerades över 137 000 provytor fördelat på 701 trakter inför fältinventeringen 2020.För fältinventeringen inom gräsmarks- och lövskogsinventeringarna introducerades flera nyheter jämfört med tidigare inventeringar för att samla in mer data på bl.a. naturtypers kvalitet. Varje delyta klassades t.ex. till en naturtyp oavsett om den uppfyller kravet för att bli klassad som en annex 1-naturtyp. Utöver det registrerades ett antal kvalitetsvariabler som visar vilka kriterier för annex 1 som är uppfyllda eller inte. Det gör att det går att jämföra areal och statusvariabler för en annex 1-naturtyp) med areal och statusvariabler av motsvarande naturtyp med låga naturvärden (dvs. där annex 1-kriterierna inte är uppfyllda). 1763 provytor fördelat på 187 trakter slumpades ut för att inventeras i fält 2020. Av dem inventerades 64 provytor 2021 eftersom de inte hanns med säsongen 2020.Eftersom antalet trakter är den viktigaste faktorn i att bestämma precisionen i skattningarna så vill vi inte minska antalet trakter eftersom det ökar osäkerheten i skattningarna. För att effektivisera inventeringarna arbetar vi därför med två olika angreppssätt för en viss stickprovstäthet. Dels vill vi förbättra möjligheten att korrekt kunna utesluta provytor, och ibland hela trakter, från fältbesök genom att förbättra flygbildsinventeringen. Det kan t.ex. handla om att minska överklassningen, genom att göra kriterierna för klasserna snävare . Under det första inventeringsåret 2020 tog det lite längre tid att inventera en trakt i fält än vad som var önskvärt. För att minska fälttiden kan vi därför behöva minska antalet provytor som vi inventerar per trakt alternativt förenkla fältmetodiken per provyta. Fältinsatsen kan också bli effektivare genom att inventering av smala linjära objekt, som åker- och vägrenar, görs genom en linjekorsningsinventering istället för via gräsmarks- och lövskogsinventeringarnas provytor. För lövskogsinventeringen 2020 var ålderskriteriet >30 år . Ett sätt att fokusera denna inventering mot naturtyper av större intresse är att höja ålderskriteriet så att inventeringen riktas mer mot äldre lövskogar. Utöver färre provytor skulle det antagligen också leda till att vi behöver besöka färre trakter inom lövskogsinventeringen. Nackdelen blir förstås att inventeringen inte inkluderar yngre skogar, så det är ett beslut som bör tas utifrån vilka frågeställningar som ska besvaras och hur prioriteringen ser ut för vilka data som ska samlas in.För att kunna ta tillvara de möjligheter som den nya stickprovsdesignen ger har vi utvecklat ny metodik för flygbildsinventering av stora stickprov inom gräsmarks- och lövskogsinventeringarna. Det förbättrar våra möjligheter att möta kraven på tillfredställande data även för mer ovanliga naturtyper. För att möta de ökade kraven på data till artikel 17-rapporteringen har vi också utvecklat och omprioriterat fältinventeringen. 2020 var det första året för gräsmarks- och lövskogsinventeringarna. Redan då fanns allt på plats men många delar behöver utvecklas vidare för att ytterligare effektivisera dem.
|
|
| 5. |
- White, Helen E., et al.
(författare)
-
Establishment of the first World Health Organization International Genetic Reference Panel for quantitation of BCR-ABL mRNA
- 2010
-
Ingår i: Blood. - : American Society of Hematology. - 0006-4971 .- 1528-0020. ; 116:22, s. E111-E117
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Serial quantitation of BCR-ABL mRNA levels is an important indicator of therapeutic response for patients with chronic myelogenous leukemia and Philadelphia chromosome-positive acute lymphoblastic leukemia, but there is substantial variation in the real-time quantitative polymerase chain reaction methodologies used by different testing laboratories. To help improve the comparability of results between centers we sought to develop accredited reference reagents that are directly linked to the BCR-ABL international scale. After assessment of candidate cell lines, a reference material panel comprising 4 different dilution levels of freeze-dried preparations of K562 cells diluted in HL60 cells was prepared. After performance evaluation, the materials were assigned fixed percent BCR-ABL/control gene values according to the International Scale. A recommendation that the 4 materials be established as the first World Health Organization International Genetic Reference Panel for quantitation of BCR-ABL translocation by real-time quantitative polymerase chain reaction was approved by the Expert Committee on Biological Standardization of the World Health Organization in November 2009. We consider that the development of these reagents is a significant milestone in the standardization of this clinically important test, but because they are a limited resource we suggest that their availability is restricted to manufacturers of secondary reference materials.
|
|
