| 1. |
|
|
| 2. |
- Klionsky, Daniel J., et al.
(författare)
-
Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy
- 2012
-
Ingår i: Autophagy. - : Informa UK Limited. - 1554-8635 .- 1554-8627. ; 8:4, s. 445-544
-
Forskningsöversikt (refereegranskat)abstract
- In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process vs. those that measure flux through the autophagy pathway (i.e., the complete process); thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from stimuli that result in increased autophagic activity, defined as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the field understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field.
|
|
| 3. |
- Dengler, Juergen, et al.
(författare)
-
GrassPlot - a database of multi-scale plant diversity in Palaearctic grasslands
- 2018
-
Ingår i: Phytocoenologia. - : Schweizerbart. - 0340-269X. ; 48:3, s. 331-347
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- GrassPlot is a collaborative vegetation-plot database organised by the Eurasian Dry Grassland Group (EDGG) and listed in the Global Index of Vegetation-Plot Databases (GIVD ID EU-00-003). GrassPlot collects plot records (releves) from grasslands and other open habitats of the Palaearctic biogeographic realm. It focuses on precisely delimited plots of eight standard grain sizes (0.0001; 0.001;... 1,000 m(2)) and on nested-plot series with at least four different grain sizes. The usage of GrassPlot is regulated through Bylaws that intend to balance the interests of data contributors and data users. The current version (v. 1.00) contains data for approximately 170,000 plots of different sizes and 2,800 nested-plot series. The key components are richness data and metadata. However, most included datasets also encompass compositional data. About 14,000 plots have near-complete records of terricolous bryophytes and lichens in addition to vascular plants. At present, GrassPlot contains data from 36 countries throughout the Palaearctic, spread across elevational gradients and major grassland types. GrassPlot with its multi-scale and multi-taxon focus complements the larger international vegetationplot databases, such as the European Vegetation Archive (EVA) and the global database " sPlot". Its main aim is to facilitate studies on the scale-and taxon-dependency of biodiversity patterns and drivers along macroecological gradients. GrassPlot is a dynamic database and will expand through new data collection coordinated by the elected Governing Board. We invite researchers with suitable data to join GrassPlot. Researchers with project ideas addressable with GrassPlot data are welcome to submit proposals to the Governing Board.
|
|
| 4. |
- Eckersten, Henrik, et al.
(författare)
-
Framtida risker och hot mot svensk spannmåls- respektive mjölkproduktion : en analys av forskningsbehov för att bedöma risker
- 2015
-
Rapport (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- Vad är syftet med denna Riskanalys? Svensk spannmåls- och mjölkproduktion beror på många faktorer av vilka flera är så kallade biofysiska, dvs i allt väsentligt är de av naturvetenskaplig karaktär (t ex väder, sjukdomar mm). En del förändringar i dessa förutsättningar utgör hot. Vår studie avser att identifiera några av dessa hot och utvärdera, utifrån vetenskapligt testade metodiker, sannolikheten för att de orsakar en skada på produktionen. Detta kräver dock ett mycket omfattande arbete och i denna studie har vi därför begränsat oss till att (i) strukturera hur en vetenskapligt baserad riskanalys bör gå till, och (ii) göra ett antal preliminära riskanalyser för att (iii) identifiera kunskapsluckor som behöver forskas på för att analysen ska kunna antas vila på en vetenskaplig grund. Vad menar vi med Risk? Vi har definierat risk som sannolikheten att ett hot orsakar en viss negativ konsekvens för den skyddsvärda tillgången. Av dessa termer är kanske den sistnämnda den mest centrala. Vad är det vi vill skydda? Vi har valt ut två tillgångar, Sveriges nationella spannmåls- respektive mjölkproduktion och avser då den produktion som lämnar gården, eller används inom gården, och att de skyddas så att de förblir ungefär av den omfattningen de har i dagsläget. Hoten mot denna produktion har valts utifrån förslag från tidigare studier, workshop, tillgången på experter och att hoten ska vara av biofysisk karaktär. Vilket hot som verkligen utgör en stor risk vet vi ju dock inte förrän efter riskanalysen är utförd och valen av hot bygger därför på en preliminär uppskattning. Biofysisk karaktär innebär att vi främst analyserat naturvetenskapliga hot. Hoten orsakar effekter på produktionen i mätbara termer som sedan översätts till en mer abstrakt skala från ingen till extremt negativ konsekvens. Beroende på olika osäkerhetsfaktorer erhåller vi flera konsekvensvärden för ett givet hot, och fördelningen av dessa på konsekvensskalan utgör ett mått på sannolikheten. Risken anges alltså som ett förhållande mellan konsekvens och sannolikhet. Varför har vi gjort denna systemavgränsning? Riskanalysen har två huvudaktörer; riskhanteraren som definierar vad som ska anlyseras och analysfunktionen som utför analysen. Riskhanteraren är i vårt fall styrgruppen för SLUs forskningsprogram Framtidens lantbruk (FA, 2015) som har definierat typen av hot och de skyddsvärda tillgångarna som ska analyseras. Vi som utfört denna studie är analysfunktionen, och har alltså dessa definitioner som en utgångspunkt. Om vi ändå tillåter oss att spekulera kring valet av spannmåls- respektive mjölkproduktionen så kan det motiveras av SLU's nationella ansvar vad avser den vetenskapliga kompetensen inom de areella näringarna. Ett fokus på biofysiska hot motiveras av att dessa är potentiellt stora och växande, såsom t ex är fallet vad avser klimatförändringar. Riskanalyser av denna typ bildar centrala underlag för att formulera olika strategier, t ex angående livsmedelsförsörjning. Hur har arbetet gått till? Riskanalyserna har utförts för ett antal "krisscenarier"; fyra avseende hot mot spannmålsproduktionen (Radioaktivt-nedfall, Virus-i-spannmål, Herbicidresistens och Extremt-sommarväder) och tre avseende mjölkproduktionen (Leptospiros-utbrott, Foderimport-stopp och Värmebölja). Analysen tar sin utgångspunkt i ett omvärldsscenario som definierar de yttre förutsättningarna för vad som antas inträffa. Detta ligger till grund för att identifiera troliga hot mot produktionen och vilka åtgärder som förväntas vidtas. Vi har sedan utgått från att dessa hot och åtgärder verkligen har hänt när vi mha våra förklaringsmodeller bestämt effekterna på produktionen i termer av mätbara enheter ("metrics"; t ex procentuell minskning av lokal eller regional veteproduktion). Dessa effekter tolkas/integreras sedan till en konsekvens för, helst den nationella, men i realiteten främst den regionala produktionen i fem nivåer (ingen, liten, måttlig, stor respektive extrem). Osäkerheter i bedömningarna innebär att flera alternativa konsekvenser erhålls, för ett givet hot, och som ligger till grund för en sannolikhetsbedömning. Analyserna har gjorts av experter inom respektive hots vetenskapliga område, men som haft begränsade förutsättningar (av tidsskäl) att göra tillräckligt många bedömningar för att erhålla ett tillförlitligt mått på sannolikhetsfördelningen (osäkerheten). Istället har vi, vilket också är ett huvudsyfte med studien, huvudsakligen försökt identifiera de kunskapsluckor i förklaringsmodellerna som begränsat våra möjligheter att kunna göra vetenskapligt baserade bedömningar av effekterna (se vidare Appendix 3). Vad är resultatet? Vi har gjort vissa grova skattningar av sannolikheten trots det bristfälliga antalet bedömningar av konsekvenser. Om ett radioaktivt nedfall sker i en region får det extrema konsekvenser för dess spannmålsproduktion på regional nivå. Ett omfattande angrepp av jordburna virus orsakar en måttlig eller stor konsekvens. En utvecklad herbicidresistens hos ogräsen orsakar i huvudsak en liten till måttlig konsekvens. En extremt torr sommar kan ett år orsaka en stor konsekvens och ett annat år ingen alls. Likaledes orsakar en Regnig-sensommar i ca hälften av fallen ingen konsekvens, men för de resterande åren kan alla grader av konsekvenser uppstå på spannmålsproduktionen. För mjölkproduktionen orsakar samtliga tre hot (Leptospiros-utbrott, Foderimport-stopp och Värmebölja) en liten till måttlig konsekvens. Vad avser ett importsopp för foder är detta under förutsättning att olika åtgärdsprogram kombineras. Om fokus läggs på endast ett åtgärdsprogram ökar risken väsentligt. Dessa skattningar ska alltså inte betraktas som en vetenskapligt baserad analys i nuläget, utan demonstrerar främst exempel på resultat från sådana analyser. Skattningarna har hjälpt oss att identifiera vilka kunskaper vi saknar för att analyserna ska kunna betraktas som vetenskapligt baserade (se vidare Tabell 4.3a; sammanfattningar av respektive scenario finns i Resultatdelen). Analyserna har ibland också lett till att vi identifierat följdhändelser som faller utanför systemavgränsningen för vår studie och som andra studier har till uppgift att utreda. Många av de hot vi analyserat kan leda till betydande ekonomiska konsekvenser för enskilda företag, vilket i sin tur utgör hot mot produktionen. För denna analys krävs dock socioekonomiska analyser. Vi ser här också kopplingar mellan krisscenarier som är av biofysisk karaktär, t ex kan foder kontaminerat med radioaktivt cesium utgöra ett hot mot mjölkproduktionen. Vår studie har dock bara analyserat ett krisscenarios inverkan på antigen spannmåls- eller mjölkproduktionen.Vilka är de viktigaste slutsatserna? En central fråga är: Hur trovärdiga/säkra är dessa förutsägelser? Risk avser en förutsägelse om något som ännu inte hänt. Det första som behövs är alltså någon form av modell. Dessa modeller kan vara av olika sort i termer av vilken empirisk kunskap de använder för extrapolering (t ex funktioner, behandlingseffekter, mm), om de är objektiva och om de är transparenta. Alla modeller är osäkra i någon mening. Dock saknas i alla de fall vi undersökt mått på modellernas förutsägelseförmåga (med något enstaka undantag). En allmän slutsats blir att forskningen behöver inriktas mot att testa modellernas förutsägelseförmåga mot observationer för att kunna bidra till en vetenskapligt baserad riskanalys av spannmåls- respektive mjölkproduktionen. Detta innebär att experiment- och försöksupplägg behöver göras utifrån hypoteser (modeller) om hur de dynamiska förloppen beror på varierande förutsättningar och omgivningsförhållanden. T ex behöver de statistiska relationerna för hur Extremt-sommarväder påverkar spannmålsproduktionen, som används i vår studie, kompletteras med tester av grödmodeller som kan beakta flera vädervariablers samtida variationer i både tid och rum. För kunskapsluckor som är specifika för respektive hot, se Tabell 4.4Sammanfattningsvis behövs (i) fler förutsägelser av respektive potentiellt hots konsekvenser på produktionen, med modeller som har någon form av graderad tillförlitlighet, för att erhålla mått på osäkerheter. Dessutom behövs det (ii) tester av hypoteser för uppskalningar från kontrollerade experiment och försök (på en liten skala i tid och rum) till regional och nationell skala över flera år, och (iii) utveckling av metodiker för hur sannolikheter för hot, åtgärder respektive konsekvenser kan kombineras till en sannolikhetsfördelning som inbegriper bedömningsosäkerheter för alla dessa faktorer. Troligtvis behövs också att fler potentiella biofysiska hot analyseras. Hur går vi vidare? En mer fullständig riskanalys som inkluderar alla potentiellt stora hot mot produktionen, och samtidigt är vetenskapligt baserad, kräver att potentiella hot utreds kontinuerligt inom respektive produktionsrelaterat ämnesområde vid SLU. Detta kräver troligen att verksamheter som testar hypoteser för att förutsäga effekter av hot knyts nära den experimentella forskningen och experter inom respektive ämnesområde. Det krävs troligen också att en syntesverksamhet etableras på en ämnesövergripande nivå där metodiker kan standardardiseras, och olika hot och dess konsekvenser kan jämföras och kombineras. En sådan fungerande verksamhet behöver utvidga systemgränserna jämfört med vår studie, genom att sannolikheter för att hot uppkommer och att åtgärder faktiskt vidtas, också bedöms. Dessa sannolikheter behöver sedan integreras med sannolikheterna för konsekvenserna på produktionen. Därefter kan riskanalysen utökas till att inbegripa en mer a
|
|
| 5. |
|
|
| 6. |
- Acharya, B. S., et al.
(författare)
-
Introducing the CTA concept
- 2013
-
Ingår i: Astroparticle physics. - : Elsevier BV. - 0927-6505 .- 1873-2852. ; 43, s. 3-18
-
Tidskriftsartikel (övrigt vetenskapligt/konstnärligt)abstract
- The Cherenkov Telescope Array (CTA) is a new observatory for very high-energy (VHE) gamma rays. CTA has ambitions science goals, for which it is necessary to achieve full-sky coverage, to improve the sensitivity by about an order of magnitude, to span about four decades of energy, from a few tens of GeV to above 100 TeV with enhanced angular and energy resolutions over existing VHE gamma-ray observatories. An international collaboration has formed with more than 1000 members from 27 countries in Europe, Asia, Africa and North and South America. In 2010 the CTA Consortium completed a Design Study and started a three-year Preparatory Phase which leads to production readiness of CTA in 2014. In this paper we introduce the science goals and the concept of CTA, and provide an overview of the project. (C) 2013 Elsevier B.V. All rights reserved.
|
|
| 7. |
- Ahnlide, Jan Anders, et al.
(författare)
-
Does SISCOM contribute to favorable seizure outcome after epilepsy surgery?
- 2007
-
Ingår i: Epilepsia. - : Wiley. - 0013-9580 .- 1528-1167. ; 48:3, s. 579-588
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Purpose: To assess the additional value of subtraction ictal single-photon emission computed tomography (SPECT) coregistered to MRI (SISCOM) for localization of the epileptogenic zone in patients with drug-resistant epilepsy scheduled for invasive video-EEG (VEEG) before epilepsy surgery by a descriptive study from clinical practice. Methods: Forty-nine consecutive epilepsy patients between January 2000 and March 2006 were included. Thirty-six of the 49 patients were offered surgery, and 34 underwent resective surgery during the study period. Localizing and outcome data are presented from 31 patients with a follow-up period of >= 12 months. Successful ictal SPECT was performed in 26 patients, and SISCOM showed significant hyperperfusions with 3.5 SD above reference. Twenty patients had SISCOM-guided electrode placement, invasive monitoring, and 1-year postsurgical follow-up data. Two independent epileptologists evaluated whether SISCOM results (a) altered the hypothesis and extended the strategy for electrode placement at invasive recording, or (b) were confirmatory of other localizing data and did not alter the strategy. We defined that SISCOM had an impact on seizure outcome if the seizure-onset zone was seen in electrodes overlying a brain region with a significant hyperperfusion. When SISCOM was concordant with ictal onset in the extended electrodes, SISCOM was considered a prerequisite for the outcome at postoperative follow-up. Results: SISCOM findings altered and extended the strategy for electrode placement at invasive recording in 15 patients (group A). SISCOM was a prerequisite for seizure outcome in all six patients with favorable outcomes. Nine patients had poor results from surgery in this group; SISCOM was concordant with invasive VEEG in six patients, and discordant with invasive VEEG in three patients. SISCOM findings were confirmatory with other localizing data and did not alter the strategy at invasive recording in five patients (group B). Two patients had favorable surgical outcomes. In this group, three patients had poor results; SISCOM and other localizing findings were concordant with invasive VEEG in one patient and discordant with invasive VEEG in two patients. Conclusions: SISCOM is valuable for the identification of the epileptogenic zone in patients with drug-resistant epilepsy scheduled for invasive VEEG. SISCOM analysis was either a prerequisite for favorable result or concordant with other localizing methods in all patients with favorable seizure outcome at 1 year of follow-up [40%; confidence interval (CI), 19-64).
|
|
| 8. |
- Ahnlide, Jan Anders, et al.
(författare)
-
Ictal SPECT in clinical perisylvian syndrome.
- 2004
-
Ingår i: Acta Neurologica Scandinavica. - : Hindawi Limited. - 1600-0404 .- 0001-6314. ; 109:4, s. 280-283
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)
|
|
| 9. |
|
|
| 10. |
- Alehagen, Urban, et al.
(författare)
-
Relatively high mortality risk in elderly Swedish subjects with low selenium status
- 2016
-
Ingår i: European Journal of Clinical Nutrition. - : Nature Publishing Group. - 0954-3007 .- 1476-5640. ; 70:1, s. 91-96
-
Tidskriftsartikel (refereegranskat)abstract
- Background/Objectives: The daily dietary intake of selenium (Se), an essential trace element, is still low in Sweden in spite of decades of nutritional information campaigns and the effect of this on the public health is presently not well known. The objective of this study was to determine the serum Se levels in an elderly Swedish population and to analyze whether a low Se status had any influence on mortality.Subjects/Methods: Six-hundred sixty-eight (n=668) elderly participants were invited from a municipality and evaluated in an observational study. Individuals were followed for 6.8 years and Se levels were re-evaluated in 98 individuals after 48 months. Clinical examination of all individuals included functional classification, echocardiography, electrocardiogram and serum Se measurement. All mortality was registered and endpoints of mortality were assessed by Kaplan–Meier plots, and Cox proportional hazard ratios adjusted for potential confounding factors were calculated.Results: The mean serum Se level of the study population (n=668) was 67.1 μg/l, corresponding to relatively low Se intake. After adjustment for male gender, smoking, ischemic heart disease, diabetes, chronic obstructive pulmonary disease and impaired heart function, persons with serum Se in the lowest quartile had 43% (95% confidence interval (CI): 1.02–2.00) and 56% (95% CI: 1.03–2.36) increased risk for all-cause and cardiovascular mortality, respectively. The result was not driven by inflammatory effects on Se concentration in serum.Conclusion: The mean serum Se concentration in an elderly Swedish population was 67.1 μg/l, which is below the physiological saturation level for several selenoprotein enzymes. This result may suggest the value of modest Se supplementation in order to improve the health of the Swedish population.
|
|
